# HG changeset patch # User galaxyp # Date 1509400988 14400 # Node ID 93ce283945f6ac5c85a23cd1e3bc96e534b37b61 # Parent 67960a7795a9d181eb4796005f85f5ffb74f2b5a planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/msgfplus commit d79136535ee6feaee27c7764251e9ea047e683bb diff -r 67960a7795a9 -r 93ce283945f6 msgfplus.xml --- a/msgfplus.xml Sat Oct 28 04:00:05 2017 -0400 +++ b/msgfplus.xml Mon Oct 30 18:03:08 2017 -0400 @@ -307,6 +307,7 @@ + diff -r 67960a7795a9 -r 93ce283945f6 test-data/201208-378803-msgf_20161026-2mmu-tryptic-many_mods.mzid --- a/test-data/201208-378803-msgf_20161026-2mmu-tryptic-many_mods.mzid Sat Oct 28 04:00:05 2017 -0400 +++ b/test-data/201208-378803-msgf_20161026-2mmu-tryptic-many_mods.mzid Mon Oct 30 18:03:08 2017 -0400 @@ -1,42 +1,38 @@ - + - + - - + + - - + + + + - - - - - + + - - + + - - - - - - - + + + + @@ -53,10 +49,67 @@ - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -66,90 +119,184 @@ + + + + - - - - - - - - QMEAESISSSEQKHIQK + + PDPNTLCDEFKADEKKFWGK - - + + - - + + - + - + + + + + + + - - QIHKQESSSISEAEMQK + + EIAEAVSLPGK + + + + + + + + + + + + QPFPKKFPFSEFVPK + + + + + + + + + + + + + + + ESMKRALEYLRNRRK + + + + + + - - - - + - - RFQAFMNNKRSTDKMK + + AMGSNMEKVCLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + LCVKEMNSGMAK + + + + + + + + + - + + + + - + + + KLSHNSMLPK + - + + + + + + + - + - - MKDTSRKNNMFAQFRK + + PLMSNHSLKK - + - + + + + + + + - + + + RLYNWSILSK + - - + + + + + - + + + RLYNWSILSK + + + + + + + @@ -171,7 +318,250 @@ - + + NLNEWANNMEDISKKVEPK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + PEVKKSIDEMNNAWENLNK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + LVSDANEQYK + + + + + + + + + + + + YQENADSVLK + + + + + + + + + + + + QMEAESISSSEQKHIQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + QQAHIGEKMSHLRELQPVK + + + + + + + + + + + + + + + + + + EDHELCLQRTFVNK + + + + + + + + + + + + + + + QEKNMAINPSK + + + + + + + + + + + + + + + + + + SFPQNPVELK + + + + + + + + + + + + TRGPAALSEEK + + + + + + + + + + + + PFMIPFCNDGQICYEECQTK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + PFMIPFCNDGQICYEECQTK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + LHQEVCLCLQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + QLCLCVEQHLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + NEMAMCGSNVRQK @@ -189,7 +579,7 @@ - + QRVNSGCMAMENK @@ -207,7 +597,241 @@ - + + GRTRTAIRNGQVWEESLK + + + + + + + + + + + + LPQGYHPNDVEEEWGK + + + + + + + + + RFQAFMNNKRSTDKMK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + MKDTSRKNNMFAQFRK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + FLGRIGGNGEESENDK + + + + + + + + + + + + DNESEEGNGGIRGLFK + + + + + + + + + + + + RCNVARPHLRAYCK + + + + + + + + + + + + + + + + + + CYARLHPRAVNCRK + + + + + + + + + + + + + + + + + + MSHLRELQPVKYK + + + + + + + + + + + + + + + + + + ERMTEIKPLLCAGK + + + + + + + + + + + + + + + + + + QLCLCVEQHLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + QLCLCVEQHLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ECCDKPLLEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + LKETSSFRMRHLQSLHK + + + + + + + + + + + + + + QESSSISEAEMQK @@ -222,7 +846,7 @@ - + QMEAESISSSEQK @@ -237,6 +861,114 @@ + + QEPERNECFLSHK + + + + + + + + + + + + + + + + + + HSLFCENREPEQK + + + + + + + + + + + + + + + + + + LDSMSVDKIEERLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + LREEIKDVSMSDLK + + + + + + + + + + + + + + + + + + VASLRETYGDMADCCEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + ECCDAMDGYTERLSAVK + + + + + + + + + + + + + + + + LQKVAHDLMEIEGEPAPDRK @@ -261,95 +993,245 @@ - - ECCDKPLLEK + + RFQAFMNNKRSTDKMK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + SMENEDKEETVAK - - + + - - - - + - + - - ELLPKDCCEK + + SRGVLSAVSSKSQILQEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + SRGVLSAVSSKSQILQEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + SRGVLSAVSSKSQILQEK - + + + + + + + - - - - - - - + - - VASLRETYGDMADCCEK + + SRGVLSAVSSKSQILQEK + + + + + + + + + + + + + + + + + + SRGVLSAVSSKSQILQEK - - + + - - + + - - + + - + - - ECCDAMDGYTERLSAVK + + SRGVLSAVSSKSQILQEK - - + + + + + + + + + + + - - + + + KSIDEMNNAWENLNK + + + + + + + + - + + + + + + NLNEWANNMEDISKK + + + + + + + + + + + + + - - LPQGYHPNDVEEEWGK + + VKESLDQLLEQYQTSK + + + + + + + + + + + + + + + STQYQELLQDLSEKVK + + + + + + + + + + + + - - GWEEEVDNPHYGQPLK + + MAFRDVAVAFTQK - + + + + + + ESTLHLVLRLRGGC + + + + + + + + + + ILWAQKKAMGSNMEKVCLK @@ -393,36 +1275,6 @@ - - SMENEDKEETVAK - - - - - - - - - - - - - - - AVTEEKDENEMSK - - - - - - - - - - - - - VFIQMGGRLRLVLHLTSEK @@ -441,16 +1293,7 @@ - - MAFRDVAVAFTQK - - - - - - - - + QTVEAYSAAVQSQLQWMK @@ -462,40 +1305,171 @@ - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -504,12 +1478,6 @@ - - - - - - @@ -544,11 +1512,9 @@ - - - - - + + + @@ -607,6 +1573,12 @@ + + + + + + @@ -626,7 +1598,7 @@ - + @@ -637,7 +1609,7 @@ - + @@ -653,77 +1625,198 @@ - - - + + + - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - - - - - - + + + + + + + + - + - - + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + + + - - - - + + + + - + - - + + + + - - - - + + + + - + @@ -733,8 +1826,8 @@ - - + + @@ -759,8 +1852,8 @@ - - + + @@ -771,15 +1864,286 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - + + + + - - + + @@ -798,14 +2162,14 @@ - - - - + + + + - - + + @@ -816,13 +2180,291 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + - - - + + + @@ -841,12 +2483,12 @@ - - + + - - - + + + @@ -857,15 +2499,117 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + @@ -880,9 +2624,9 @@ - - - + + + @@ -902,63 +2646,13 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + @@ -966,75 +2660,247 @@ - + - - - - - - + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - + - - - - - + + + + + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + - + - + - + @@ -1045,9 +2911,9 @@ - - - + + + @@ -1063,9 +2929,9 @@ - - - + + + @@ -1076,51 +2942,6 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - @@ -1142,8 +2963,8 @@ - - + + @@ -1173,8 +2994,8 @@ - - + + @@ -1194,33 +3015,15 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + - - + +