comparison blast_report.py @ 23:8d92b3b58f5e draft

Uploaded

22:261235bbd475

from __future__ import print_function

'''Report on BLAST results.

python blast_report.py input_tab cheetah_tmpl output_html output_tab [-f [filter_pident]:[filterkw1,...,filterkwN]] [-b bin1_label=bin1_path[,...binN_label=binN_path]]
'''

import argparse
import re
import sys

from Cheetah.Template import Template


def stop_err( msg ):
    sys.stderr.write("%s\n" % msg)
    sys.exit(1)

                    )
parser.add_argument('-i', '--min-identity',
                    dest='min_identity',
                    )
parser.add_argument('-b', '--bins',
                    dest='bins'
                    )
parser.add_argument('-r', '--discard-redundant',
                    dest='discard_redundant',
                    default=False,
                    action='store_true'
                    )
parser.add_argument('input_tab')
parser.add_argument('cheetah_tmpl')
parser.add_argument('output_html')
parser.add_argument('output_tab')
args = parser.parse_args()

print('input_tab: %s    cheetah_tmpl: %s    output_html: %s    output_tab: %s' % (args.input_tab, args.cheetah_tmpl, args.output_html, args.output_tab))


#BINS

23:8d92b3b58f5e

from __future__ import print_function

'''Report on BLAST results.

python blast_report.py input_tab cheetah_tmpl output_html output_tab [-i [min_identity]] [-f filterkw1,...,filterkwN]] [-b bin1_label=bin1_path[,...binN_label=binN_path]]
'''

import argparse
import re
import sys

from Cheetah.Template import Template
from pprint import pprint

def stop_err( msg ):
    sys.stderr.write("%s\n" % msg)
    sys.exit(1)

                    )
parser.add_argument('-i', '--min-identity',
                    dest='min_identity',
                    )
parser.add_argument('-b', '--bins',
                    dest='bins',
                    action='append',
                    nargs='+'
                    )
parser.add_argument('-r', '--discard-redundant',
                    dest='discard_redundant',
                    default=False,
                    action='store_true'
                    )
parser.add_argument('input_tab')
parser.add_argument('cheetah_tmpl')
parser.add_argument('output_html')
parser.add_argument('output_tab')

args = parser.parse_args()

pprint(bins)

print('input_tab: %s    cheetah_tmpl: %s    output_html: %s    output_tab: %s' % (args.input_tab, args.cheetah_tmpl, args.output_html, args.output_tab))


#BINS