# HG changeset patch
# User devteam
# Date 1392325049 18000
# Node ID d8824d67d4643c1b0113a95f819ad13b69c37e23
# Parent  30ee72a4ca0c33fbf254457ebed790456448bd29
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diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 AddOrReplaceReadGroups.xml
--- a/AddOrReplaceReadGroups.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,242 +0,0 @@
-<tool name="Add or Replace Groups" id="picard_ARRG" version="1.106.0">
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  <command interpreter="java -jar -Xmx8g">
-      $JAVA_JAR_PATH/AddOrReplaceReadGroups.jar
-      INPUT="${inputFile}"
-      RGLB="${rglb}"
-      RGPL="${rgpl}"
-      RGPU="${rgpu}"
-      RGSM="${rgsm}"
-      RGID="${rgid}"
-      #if $readGroupOpts.rgOpts == "full"
-        RGCN="${readGroupOpts.rgcn}"
-        RGDS="${readGroupOpts.rgds}"
-        RGPI="${readGroupOpts.rgpi}"
-      #end if
-      #if $reporting.opt == "full"
-        VALIDATION_STRINGENCY="${reporting.vs}"
-        QUIET="${reporting.verbosity}"
-      #else
-        VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT
-        QUIET=True
-      #end if        
-      OUTPUT="${outFile}"
-      TMP_DIR="${__new_file_path__}" 
-  </command>
-  
-  <stdio>
-    <exit_code range="0" level="warning" description="Tool finished correctly" />
-  </stdio>
-  
-  
-  <inputs>
-    <param format="bam,sam" name="inputFile" type="data" label="SAM/BAM dataset to add or replace read groups in"
-      help="If empty, upload or import a SAM/BAM dataset." />
-    <param name="rgid" value="1" type="text" label="Read group ID (ID tag)" help="The most important read group tag. Galaxy will use a value of '1' if nothing provided." />
-    <param name="rgsm" value="" type="text" label="Read group sample name (SM tag). Required." />
-    <param name="rglb" value="" type="text" label="Read group library (LB tag). Required." />
-    <param name="rgpl" value="Illumina" type="text" label="Read group platform (PL tag). Required." help="illumina, solid, 454, pacbio, helicos" />
-    <param name="rgpu" value="" type="text" label="Read group platform unit. Required." help="like run barcode, etc." />
-    <conditional name="readGroupOpts">
-      <param name="rgOpts" type="select" label="Specify additional (optional) arguments" help="Allows you to set GCN, RGDS, and RGPI">
-        <option value="preSet">Use pre-set defaults</option>
-        <option value="full">Set optional arguments</option>
-      </param>
-      <when value="preSet" />
-      <when value="full">
-        <param name="rgcn" value="" type="text" label="Read group sequencing center name" help="Leave set to &lt;null&gt; for default (none)" />
-        <param name="rgds" value="" type="text" label="Read group description" help="Leave set to &lt;null&gt; for default (none)" />
-        <param name="rgpi" value="" type="text" label="Predicted insert size" help="Leave set to &lt;null&gt; for default (none)" />
-      </when>
-    </conditional>
-    
-    <conditional name="reporting">
-      <param name="opt" type="select" label="Change reporting options" help="Allows you to set Validation Stringency and Verbosity">
-        <option value="preSet">Use pre-set defaults</option>
-        <option value="full">Set optional arguments</option>
-      </param>
-      <when value="preSet" />
-      <when value="full">
-        <param name="vs" type="select" label="Set validation stringency">
-            <option value="LENIENT" selected="True">Lenient</option>
-            <option value="STRICT">Strict</option>
-            <option value="SILENT">Silent</option>
-        </param>
-        <param name="verbosity" type="select" label="Enable or supress reporting of job summary to Standard Error">
-            <option value="True" selected="True">Supress</option>
-            <option value="False">Enable</option>
-        </param>
-       </when>
-    </conditional>
-    
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data name="outFile" format="bam">
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-  <test>
-      <!-- Command for replacing read groups in bam:
-      java -jar AddOrReplaceReadGroups.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT INPUT=./test-data/PICARD-in-noHeader.sam OUTPUT=./test-data/PICARD-ARRG-test1.bam RGLB=test1 RGPL=Illumina RGPU=PLAT RGSM=sample1 RGID=test1 QUIET=True
-     -->
-      <param name="inputFile" value="PICARD-in-noHeader.sam" />
-      <param name="rglb" value="test1" />
-      <param name="rgpl" value="Illumina" />
-      <param name="rgpu" value="PLAT" />
-      <param name="rgsm" value="sample1" />
-      <param name="rgid" value="test1" />
-      <param name="rgOpts" value="preSet" />
-      <param name="opt" value="preSet" />
-      <output name="outFile" file="PICARD-ARRG-test1.bam" lines_diff="2" ftype="bam" />
-    </test>
-    <test>
-      <!-- Command for replacing read groups in sam:
-      java -jar AddOrReplaceReadGroups.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT INPUT=./test-data/in.sam OUTPUT=./test-data/PICARD-ARRG-test2.bam RGLB=test2 RGPL=Illumina RGPU=PLAT RGSM=sample2 RGID=test2 QUIET=True
-      picard_ARRG_input1.bam can be created from picard_ARRG_input1.sam
-      -->
-      <param name="inputFile" value="PICARD-in.sam" />
-      <param name="rglb" value="test2" />
-      <param name="rgpl" value="Illumina" />
-      <param name="rgpu" value="PLAT" />
-      <param name="rgsm" value="sample2" />
-      <param name="rgid" value="test2" />
-      <param name="rgOpts" value="preSet" />
-      <param name="opt" value="preSet" />
-      <output name="outFile" file="PICARD-ARRG-test2.bam" lines_diff="2" ftype="bam" />
-    </test>
-    <test>
-      <!-- Command for adding read groups in sam:
-      java -jar AddOrReplaceReadGroups.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT INPUT=./test-data/in.bam OUTPUT=./test-data/PICARD-ARRG-test3.bam RGLB=test3 RGPL=Illumina RGPU=PLAT RGSM=sample3 RGID=test3 QUIET=True
-      -->
-      <param name="inputFile" value="PICARD-in.bam" />
-      <param name="rglb" value="test3" />
-      <param name="rgpl" value="Illumina" />
-      <param name="rgpu" value="PLAT" />
-      <param name="rgsm" value="sample3" />
-      <param name="rgid" value="test3" />
-      <param name="rgOpts" value="preSet" />
-      <param name="opt" value="preSet" />
-      <output name="outFile" file="PICARD-ARRG-test3.bam" lines_diff="2" ftype="bam" />
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-.. class:: infomark
-
-**Purpose**
-
-Add or Replace Read Groups in an input BAM or SAM file.
-
-**Read Groups are Important!**
-
-Setting read groups correctly from the start will simplify your life greatly because you can merge multiple BAM files into one significantly reducing the number of analysis steps. Below we provide an explanation of read groups fields taken from GATK FAQ webpage:
-
-.. csv-table::
-   :header-rows: 1
-    
-    Tag,Importance,Definition,Meaning
-    "ID","Required","Read group identifier. Each @RG line must have a unique ID. The value of ID is used in the RG tags of alignment records. Must be unique among all read groups in header section. Read group IDs may be modified when merging SAM files in order to handle collisions.","Ideally, this should be a globally unique identify across all sequencing data in the world, such as the Illumina flowcell + lane name and number.  Will be referenced by each read with the RG:Z field, allowing tools to determine the read group information associated with each read, including the sample from which the read came.  Also, a read group is effectively treated as a separate run of the NGS instrument in tools like base quality score recalibration (a GATK component) -- all reads within a read group are assumed to come from the same instrument run and to therefore share the same error model."
-    "SM","Sample. Use pool name where a pool is being sequenced.","Required.  As important as ID.","The name of the sample sequenced in this read group.  GATK tools treat all read groups with the same SM value as containing sequencing data for the same sample.  Therefore it's critical that the SM field be correctly specified, especially when using multi-sample tools like the Unified Genotyper (a GATK component)."
-    "PL","Platform/technology used to produce the read. Valid values: ILLUMINA, SOLID, LS454, HELICOS and PACBIO.","Important.  Not currently used in the GATK, but was in the past, and may return.  The only way to known the sequencing technology used to generate the sequencing data","It's a good idea to use this field."
-    "LB","DNA preparation library identify","Essential for MarkDuplicates","MarkDuplicates uses the LB field to determine which read groups might contain molecular duplicates, in case the same DNA library was sequenced on multiple lanes."
-
-**Example of Read Group usage**
-
-Support we have a trio of samples: MOM, DAD, and KID.  Each has two DNA libraries prepared, one with 400 bp inserts and another with 200 bp inserts.  Each of these libraries is run on two lanes of an illumina hiseq, requiring 3 x 2 x 2 = 12 lanes of data.  When the data come off the sequencer, we would create 12 BAM files, with the following @RG fields in the header::
-
- Dad's data:
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE1      PL:illumina     LB:LIB-DAD-1 SM:DAD      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE2      PL:illumina     LB:LIB-DAD-1 SM:DAD      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE3      PL:illumina     LB:LIB-DAD-2 SM:DAD      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE4      PL:illumina     LB:LIB-DAD-2 SM:DAD      PI:400
-  
- Mom's data:
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE5      PL:illumina     LB:LIB-MOM-1 SM:MOM      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE6      PL:illumina     LB:LIB-MOM-1 SM:MOM      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE7      PL:illumina     LB:LIB-MOM-2 SM:MOM      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE8      PL:illumina     LB:LIB-MOM-2 SM:MOM      PI:400
- 
- Kid's data:
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE1      PL:illumina     LB:LIB-KID-1 SM:KID      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE2      PL:illumina     LB:LIB-KID-1 SM:KID      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE3      PL:illumina     LB:LIB-KID-2 SM:KID      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE4      PL:illumina     LB:LIB-KID-2 SM:KID      PI:400
-
-Note the hierarchical relationship between read groups (unique for each lane) to libraries (sequenced on two lanes) and samples (across four lanes, two lanes for each library).
-
-**Picard documentation**
-
-This is a Galaxy wrapper for AddOrReplaceReadGroups, a part of the external package Picard-tools_.
-
- .. _Picard-tools: http://www.google.com/search?q=picard+samtools
-
-------
-
-.. class:: infomark
-
-**Inputs, outputs, and parameters**
-
-Either a sam file or a bam file must be supplied. If a bam file is used, it must
-be coordinate-sorted. Galaxy currently coordinate-sorts all bam files.
-
-The output file is either bam (the default) or sam, according to user selection,
-and contains the same information as the input file except for the appropraite
-additional (or modified) read group tags. Bam is recommended since it is smaller.
-
-From the Picard documentation.
-
-AddOrReplaceReadGroups REQUIRED parameters::
-
-  Option (Type)    Description
-  
-  RGLB=String      Read Group Library
-  RGPL=String      Read Group platform (e.g. illumina, solid)
-  RGPU=String      Read Group platform unit (eg. run barcode)
-  RGSM=String      Read Group sample name
-  RGID=String      Read Group ID; Default value: null (empty)
-
-AddOrReplaceReadGroups OPTIONAL parameters::
-
-  Option (Type)    Description
-  
-  RGCN=String      Read Group sequencing center name; Default value: null (empty)
-  RGDS=String      Read Group description Default value: null (empty)
-  
-AddOrReplaceReadGroups REPORTING parameters::
-
-  Option (Type)                                 Description
-  
-  VALIDATION_STRINGENCY=ValidationStringency    Validation stringency for all SAM files read by this program. 
-                                                Setting stringency to SILENT can improve performance when 
-                                                processing a BAM file in which variable-length data (read, 
-                                                qualities, tags) do not otherwise need to be decoded. 
-                                                Default value (in Galaxy): LENIENT. 
-                                                
-  QUIET=Boolean                                 Whether to suppress job-summary info on System.err. 
-                                                Default value (in Galaxy): True. 
-
-
-.. class:: warningmark
-
-**Warning on SAM/BAM quality**
-
-Many SAM/BAM files produced externally and uploaded to Galaxy do not fully conform to SAM/BAM specifications. Galaxy deals with this by using the **LENIENT**
-flag when it runs Picard, which allows reads to be discarded if they're empty or don't map. This appears
-to be the only way to deal with SAM/BAM that cannot be parsed.
-
-
-
-  </help>
-</tool>
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 cleansamwrapper.sh
--- a/cleansamwrapper.sh	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2 +0,0 @@
-java -jar $JAVA_JAR_PATH/CleanSam.jar QUIET=True INPUT=$1 OUTPUT=$2.sam
-mv $2.sam $2
\ No newline at end of file
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 fastq2sam_wrapper.sh
--- a/fastq2sam_wrapper.sh	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,15 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-if [ "$1" == "sam" ]
-then
-    output=$2.sam
-else
-    output=$2
-fi
-
-java -XX:DefaultMaxRAMFraction=1 -XX:+UseParallelGC -jar "$JAVA_JAR_PATH/FastqToSam.jar" SAMPLE_NAME="$3" READ_GROUP_NAME="$4" OUTPUT=$output ${*:5}
-
-if [ "$1" == "sam" ]
-then
-    mv $2.sam $2
-fi
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 mergebamalignment_wrapper.sh
--- a/mergebamalignment_wrapper.sh	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,5 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-reference_without_extension=${3%.*}
-java -jar $JAVA_JAR_PATH/CreateSequenceDictionary.jar R=$3 O=$reference_without_extension.dict
-eval java -Xmx2G -jar $JAVA_JAR_PATH/MergeBamAlignment.jar O=$1.$2 R=$3 ${*:4}
-mv $1.$2 $1
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 mergesam_wrapper.sh
--- a/mergesam_wrapper.sh	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-eval java -Xmx2G -jar $JAVA_JAR_PATH/MergeSamFiles.jar O=$1.$2 ${*:3}
-mv $1.$2 $1
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_CleanSam.xml
--- a/picard_CleanSam.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,31 +0,0 @@
-<tool id="picard_cleansam" name="CleanSam" version="1.106.0">
-    <!-- Documentation: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#CleanSam
-Read SAM and perform various fix-ups. Currently, the only fix-ups are 1: to soft-clip an alignment that hangs off the end of its reference sequence; and 2: to set MAPQ to 0 if a read is unmapped.
--->
-  <description>Read SAM and perform various fix-ups.</description>
-  
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  
-  <command interpreter="bash">
-    cleansamwrapper.sh $input1 $output1
-  </command>
-  
-  <inputs>
-    <param name="input1" type="data" format="sam" label="SAM File to clean" />
-  </inputs>
-  
-  <outputs>
-    <data name="output1" format_source="input1" label="${tool.name} on ${on_string}: ${input1.datatype.file_ext}">
-    </data>
-  </outputs>
-  
-  <help>
-  
-
-**What it does**
-
-Read SAM and perform various fix-ups. Currently, the only fix-up it to soft-clip an alignment that hangs off the end of its reference sequence.
-
-
-  </help>
-</tool>
\ No newline at end of file
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_DownsampleSam.xml
--- a/picard_DownsampleSam.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,63 +0,0 @@
-<tool name="Downsample SAM" id="picard_DownsampleSam" version="1.106.0">
-    <!-- found on https://bitbucket.org/bwlang/galaxy-dist/src/ca5ded2e18a9ef802c31429e3cb861e8775b24d0/tools/picard/picard_DownsampleSam.xml -->
-   <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  <command interpreter="python">
-    picard_wrapper.py
-      --input=$inputFile
-      --output=$outFile
-      --probability=$probability
-      --seed=$seed
-      -j "\$JAVA_JAR_PATH/DownsampleSam.jar"
-  </command>
-  <inputs>
-    <param format="sam" name="inputFile" type="data" label="SAM dataset to be downsampled"
-           help="If empty, upload or import a SAM dataset." />
-    <param name="probability" type="float" size="5" label="Probability (between 0 and 1) that any given read will be kept" help="specify 1 to keep all reads, 0.1 to keep 10% of the reads" value="1" />
-    <param name="seed" type="integer" size="5" label="Random seed value" help="(same seed + same probability = same set of reads kept)" value="1" />
-
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data name="outFile" format="sam" label="${tool.name} on ${on_string}">
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-      <!-- Commands:
-      cp test-data/phiX.fasta .
-      samtools faidx phiX.fasta
-      java -jar CreateSequenceDictionary.jar R=phiX.fasta O=phiX.dict URI=phiX.fasta TRUNCATE_NAMES_AT_WHITESPACE=false SPECIES=phiX174
-      java -jar ReorderSam.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT I=test-data/picard_RS_input1.bam O=picard_RS_output1.bam REFERENCE=phiX.fasta ALLOW_INCOMPLETE_DICT_CONCORDANCE=false ALLOW_CONTIG_LENGTH_DISCORDANCE=false
-    -->
-      <param name="inputFile" value="picard_RS_input1.sam" />
-      <param name="probability" value="0.1" />
-      <param name="seed" value="2" />
-      <output name="outFile" file="picard_RS_output1.sam" ftype="sam" />
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-.. class:: infomark
-
-**Purpose**
-
-Randomly down-sample a SAM or BAM file to retain a random subset of the reads. Mate-pairs are either both kept or both discarded. Reads marked as not primary alignments are all discarded. Each read is given a probability P of being retained - results with the exact same input in the same order and with the same value for RANDOM_SEED will produce the same results.
-
-**Picard documentation**
-
-This is a Galaxy wrapper for DownsampleSam, a part of the external package Picard-tools_.
-
- .. _Picard-tools: http://www.google.com/search?q=picard+samtools
-
-------
-
-.. class:: warningmark
-
-**Warning on SAM/BAM quality**
-
-Many SAM/BAM files produced externally and uploaded to Galaxy do not fully conform to SAM/BAM specifications. Galaxy deals with this by using the **LENIENT**
-flag when it runs Picard, which allows reads to be discarded if they're empty or don't map. This appears
-to be the only way to deal with SAM/BAM that cannot be parsed.
-
-
-  </help>
-</tool>
\ No newline at end of file
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_FastqToSam.xml
--- a/picard_FastqToSam.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,154 +0,0 @@
-<tool id="picard_FastqToSam" name="FASTQ to BAM / SAM" version="1.106.0">
-  <description>creates an unaligned BAM or SAM file</description>
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  <!-- Dan Blankenberg & dorine -->
-  
-  <command interpreter="bash">fastq2sam_wrapper.sh
-    "${outputtype}"
-    "${output_bam}"
-    "${sample_name}" 
-    "${read_group_name}"
-    FASTQ="${input_fastq1}"
-    #if str( $input_fastq2) != "None":
-        FASTQ2="${input_fastq2}"
-    #end if
-    QUALITY_FORMAT="${ dict( fastqsanger='Standard', fastqcssanger='Standard', fastqillumina='Illumina', fastqsolexa='Solexa' )[ $input_fastq1.ext ] }" ##Solexa, Illumina, Standard
-    #if $param_type.param_type_selector == "advanced":
-        #if str( $param_type.library_name ) != "":
-            LIBRARY_NAME="${param_type.library_name}" 
-        #end if
-        #if str( $param_type.platform_unit ) != "":
-            PLATFORM_UNIT="${param_type.platform_unit}"
-        #end if
-        #if str( $param_type.platform ) != "":
-            PLATFORM="${param_type.platform}"
-        #end if 
-        #if str( $param_type.sequencing_center ) != "":
-            SEQUENCING_CENTER="${param_type.sequencing_center}"
-        #end if 
-        #if str( $param_type.predicted_insert_size ) != "":
-            PREDICTED_INSERT_SIZE="${param_type.predicted_insert_size}"
-        #end if 
-        #if str( $param_type.description.value ) != "":
-            DESCRIPTION="${param_type.description}"
-        #end if 
-        #if str( $param_type.run_date ) != "":
-            RUN_DATE="${param_type.run_date}"
-        #end if
-        #if str( $param_type.min_q ) != "":
-            MIN_Q="${param_type.min_q}"
-        #end if
-        #if str( $param_type.max_q ) != "":
-            MAX_Q="${param_type.max_q}"
-        #end if
-        SORT_ORDER="${param_type.sort_order}"
-    #else:
-        SORT_ORDER=coordinate ##unsorted, queryname, coordinate; always use coordinate
-    #end if
-  2&gt;&amp;1 
-  || echo "Error running Picard FastqToSAM" >&amp;2
-  </command>
-  <inputs>
-    <param name="input_fastq1" type="data" format="fastqsanger,fastqcsanger,fastqillumina,fastqsolexa" label="FASTQ file" /> 
-    <param name="input_fastq2" type="data" format="fastqsanger,fastqcsanger,fastqillumina,fastqsolexa" optional="True" label="Second FASTQ of paired end data" help="Only needed when using paired end data." >
-      <options options_filter_attribute="ext" from_parameter="tool.app.datatypes_registry.datatypes_by_extension" transform_lines="obj.keys()">
-        <column name="name" index="0"/>
-        <column name="value" index="0"/>
-        <filter type="param_value" ref="input_fastq1" ref_attribute="ext" column="0"/> 
-      </options>
-    </param>
-    <param name="read_group_name" type="text" value="A" label="Read Group Name" />
-    <param name="sample_name" type="text" value="unknown_sample" label="Sample Name" />
-    <conditional name="param_type">
-      <param name="param_type_selector" type="select" label="Basic or Advanced options">
-        <option value="basic" selected="True">Basic</option>
-        <option value="advanced">Advanced</option>
-      </param>
-      <when value="basic">
-        <!-- Do nothing here -->
-      </when>
-      <when value="advanced">
-        <param name="library_name" type="text" value="" label="Library Name" />
-        <param name="platform_unit" type="text" value="" label="Platform Unit" />
-        <param name="platform" type="text" value="" label="Platform" />
-        <param name="sequencing_center" type="text" value="" label="Sequencing Center" />
-        <param name="predicted_insert_size" type="integer" value="" optional="True" label="Predicted Insert Size" />
-        <param name="description" type="text" value="" label="Description" />
-        <param name="run_date" type="text" value="" label="Run Date" />
-        <param name="min_q" type="integer" optional="True" value="0" label="Min Q" />
-        <param name="max_q" type="integer" optional="True" value="93" label="Max Q" />
-        <param name="sort_order" type="select" label="Sort order">
-          <option value="coordinate" selected="True">coordinate</option>
-          <option value="queryname">queryname</option>
-          <option value="unsorted">unsorted</option>
-        </param>
-      </when>
-    </conditional>
-    <param name="outputtype" type="select" label="Select the output format">
-        <option value="bam">bam</option>
-        <option value="sam">sam</option>
-    </param>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="bam" name="output_bam" >
-     <change_format>
-        <when input="outputtype" value="sam" format="sam" />
-     </change_format>
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-      <test>
-          <param name="input_fastq1" value="bwa_wrapper_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
-          <param name="input_fastq2" />
-          <param name="read_group_name" value="A" />
-          <param name="sample_name" value="unknown sample" />
-          <param name="param_type_selector" value="basic" />
-          <output name="output_bam" file="picard_fastq_to_sam_out1.bam" ftype="bam"/> 
-      </test>
-      <test>
-          <param name="input_fastq1" value="bwa_wrapper_in2.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
-          <param name="input_fastq2" value="bwa_wrapper_in3.fastqsanger" ftype="fastqsanger" />
-          <param name="read_group_name" value="A" />
-          <param name="sample_name" value="unknown sample" />
-          <param name="param_type_selector" value="basic" />
-          <output name="output_bam" file="picard_fastq_to_sam_out2.bam" ftype="bam"/> 
-      </test>
-  </tests>
-  <help>
-**What it does**
-
-Picard: FastqToSam converts FASTQ files to unaligned BAM files.
-
-------
-
-Please cite the website "http://picard.sourceforge.net".
-
-------
-
-
-**Input formats**
-
-FastqToSam accepts FASTQ input files (note: the Fastq-sanger file format does not work with this Picard tool). If using paired-end data, you should select two FASTQ files.
-
-------
-
-**Outputs**
-
-The output is in BAM or in SAM format, see http://samtools.sourceforge.net for more details.
-
--------
-
-**FastqToSam settings**
-
-This is list of FastqToSam options::
-
- READ_GROUP_NAME=String	Read group name Default value: A. This option can be set to 'null' to clear the default value.
- SAMPLE_NAME=String	Sample name to insert into the read group header Required.
- LIBRARY_NAME=String	The library name to place into the LB attribute in the read group header Default value: null.
- PLATFORM_UNIT=String	The platform unit (often run_barcode.lane) to insert into the read group header Default value: null.
- PLATFORM=String	The platform type (e.g. illumina, solid) to insert into the read group header Default value: null.
- SEQUENCING_CENTER=String	The sequencing center from which the data originated Default value: null.
- PREDICTED_INSERT_SIZE=Integer	Predicted median insert size, to insert into the read group header Default value: null.
- DESCRIPTION=String	Inserted into the read group header Default value: null. 
-  </help>
-</tool>
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_MergeBamAlignment.xml
--- a/picard_MergeBamAlignment.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,198 +0,0 @@
-<tool id="picard_mergeBAMAlignment" name="Merge BAM Alignment" version="1.106.0">
-    <!-- Documentation: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeBamAlignment
-Merges alignment data from a SAM or BAM file with additional data stored in an unmapped BAM file and produces a third SAM or BAM file of aligned and unaligned reads. NOTE that this program expects to find a sequence dictionary in the same directory as REFERENCE_SEQUENCE and expects it to have the same base name as the reference fasta except with the extension '.dict'
-
-OUTPUT=File	Merged SAM or BAM file to write to. Required.
-REFERENCE_SEQUENCE=File	Path to the fasta file for the reference sequence. Required. 
--->
-  <description>Merges alignment data from a SAM or BAM file with additional data stored in an unmapped BAM file</description>
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  <command interpreter="bash">
-     mergebamalignment_wrapper.sh $output1 $outformat $REFERENCE_SEQUENCE UNMAPPED_BAM=$UNMAPPED_BAM PAIRED_RUN=$PAIRED_RUN
-
-     ## optional arguments from here
-
-     #if str( $ALIGNED_BAM ):
-     ALIGNED_BAM=$ALIGNED_BAM
-     #end if
-     #for $i in $ALIGNED_BAMs
-       ALIGNED_BAM=${i.ALIGNED_BAM_file}
-     #end for 
-
-     #if str( $READ1_ALIGNED_BAM ):
-     READ1_ALIGNED_BAM=$READ1_ALIGNED_BAM
-     #end if
-     #for $i in $READ1_ALIGNED_BAMs
-       READ1_ALIGNED_BAM=${i.READ1_ALIGNED_BAM_file}
-     #end for 
-
-     #if str( $ATTRIBUTES_TO_RETAIN ):
-     ATTRIBUTES_TO_RETAIN=$ATTRIBUTES_TO_RETAIN
-     #end if
-     #for $i in $ATTRIBUTES_TO_RETAINs
-       ATTRIBUTES_TO_RETAIN=${i.ATTRIBUTES_TO_RETAIN_extra}
-     #end for 
-
-     #if str( $READ2_ALIGNED_BAM ):
-     READ2_ALIGNED_BAM=$READ2_ALIGNED_BAM
-     #end if
-     #for $i in $READ2_ALIGNED_BAMs
-       READ2_ALIGNED_BAM=${i.READ2_ALIGNED_BAM_file}
-     #end for 
-
-     #if str( $PROGRAM_RECORD_ID ):
-     PROGRAM_RECORD_ID=$PROGRAM_RECORD_ID
-     #end if
-
-     #if str( $PROGRAM_GROUP_VERSION ):
-     PROGRAM_GROUP_VERSION=$PROGRAM_GROUP_VERSION
-     #end if
-
-     #if str( $PROGRAM_GROUP_COMMAND_LINE ):
-     PROGRAM_GROUP_COMMAND_LINE=$PROGRAM_GROUP_COMMAND_LINE
-     #end if
-
-     #if str( $PROGRAM_GROUP_NAME ):
-     PROGRAM_GROUP_NAME=$PROGRAM_GROUP_NAME
-     #end if
-
-     #if str( $CLIP_ADAPTERS ):
-     CLIP_ADAPTERS=$CLIP_ADAPTERS
-     #end if
-
-     #if str( $IS_BISULFITE_SEQUENCE ):
-     IS_BISULFITE_SEQUENCE=$IS_BISULFITE_SEQUENCE
-     #end if
-
-     #if str( $ALIGNED_READS_ONLY ):
-     ALIGNED_READS_ONLY=$ALIGNED_READS_ONLY
-     #end if
-
-     #if str( $MAX_INSERTIONS_OR_DELETIONS ):
-     MAX_INSERTIONS_OR_DELETIONS=$MAX_INSERTIONS_OR_DELETIONS
-     #end if
-
-     #if str( $READ1_TRIM ):
-     READ1_TRIM=$READ1_TRIM
-     #end if
-
-     #if str( $READ2_TRIM ):
-     READ2_TRIM=$READ2_TRIM
-     #end if
-
-     #if str( $EXPECTED_ORIENTATIONS ):
-     EXPECTED_ORIENTATIONS=$EXPECTED_ORIENTATIONS
-     #end if
-
-     #if str( $SORT_ORDER ):
-     SORT_ORDER=$SORT_ORDER
-     #end if
-
-     #if str( $PRIMARY_ALIGNMENT_STRATEGY ):
-     PRIMARY_ALIGNMENT_STRATEGY=$PRIMARY_ALIGNMENT_STRATEGY
-     #end if
-
-     #if str( $CLIP_OVERLAPPING_READS ):
-     CLIP_OVERLAPPING_READS=$CLIP_OVERLAPPING_READS
-     #end if
-
-     #if str( $INCLUDE_SECONDARY_ALIGNMENTS ):
-     INCLUDE_SECONDARY_ALIGNMENTS=$INCLUDE_SECONDARY_ALIGNMENTS
-     #end if
-
-      VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT TMP_DIR=$__new_file_path__
-          2&gt; $outlog
-    ##|| echo "Error running Picard MergeBamAlignment" >&amp;2
-  </command>
-  <inputs>
-<!-- required arguments below -->
-    <param name="title" label="Name for the output merged BAM or SAM file" type="text" default="Merged.bam" help="This name will appear in your history so use it to remember what the new file in your history contains" />
-    <param name="outformat" type="select" label="Output format" >
-      <option value="bam" selected="True">BAM</option>
-      <option value="sam">SAM</option>
-    </param>
-    <param name="UNMAPPED_BAM" label="Original SAM or BAM file of unmapped reads, which must be in queryname order.  Required." type="data" format="bam,sam" />
-    <param name="REFERENCE_SEQUENCE" label="Path to the fasta file for the reference sequence. Required." type="data" format="fasta" />
-    <param name="PAIRED_RUN" value="true" type="boolean"  label="Whether this is a paired-end run.   Required." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-<!-- optional arguments below -->
-    <param name="ALIGNED_BAM" label="SAM or BAM file(s) with alignment data.  This option may be specified 0 or more times. Cannot be used in conjuction with option(s) READ1_ALIGNED_BAM (R1_ALIGNED) READ2_ALIGNED_BAM (R2_ALIGNED)" type="data" format="bam,sam" help="Need to add more files? Use controls below." />
-    <repeat name="ALIGNED_BAMs" title="More ALIGNED_BAMs">
-      <param name="ALIGNED_BAM_file" label="ALIGNED_BAM" type="data" format="bam,sam" />
-    </repeat>
-    <param name="READ1_ALIGNED_BAM" label="SAM or BAM file(s) with alignment data from the first read of a pair.  This option may be specified 0 or more times.  Cannot be used in conjuction with option(s) ALIGNED_BAM (ALIGNED)" type="data" format="bam,sam" help="Need to add more files? Use controls below." />
-    <repeat name="READ1_ALIGNED_BAMs" title="More READ1_ALIGNED_BAMs">
-      <param name="READ1_ALIGNED_BAM_file" label="READ1_ALIGNED_BAM" type="data" format="bam,sam" />
-    </repeat>
-    <param name="READ2_ALIGNED_BAM" label="SAM or BAM file(s) with alignment data from the second read of a pair.  This option may be specified 0 or more times.  Cannot be used in conjuction with option(s) ALIGNED_BAM (ALIGNED)" type="data" format="bam,sam" help="Need to add more files? Use controls below." />
-    <repeat name="READ2_ALIGNED_BAMs" title="More READ2_ALIGNED_BAMs">
-      <param name="READ2_ALIGNED_BAM_file" label="READ2_ALIGNED_BAM" type="data" format="bam,sam" />
-    </repeat>
-    <param name="PROGRAM_RECORD_ID" label="The program group ID of the aligner (if not supplied by the aligned file)." type="text" default="" />
-    <param name="PROGRAM_GROUP_VERSION" label="The version of the program group (if not supplied by the aligned file)." type="text" default="" />
-    <param name="PROGRAM_GROUP_COMMAND_LINE" label="The command line of the program group (if not supplied by the aligned file)." type="text" default="" />
-    <param name="PROGRAM_GROUP_NAME" label="The name of the program group (if not supplied by the aligned file)." type="text" default="" />
-    <param name="CLIP_ADAPTERS" value="true" type="boolean"  label="Whether to clip adapters where identified.  Default value: true." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-    <param name="IS_BISULFITE_SEQUENCE" value="false" type="boolean"  label="Whether the lane is bisulfite sequence (used when caculating the NM tag)." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-    <param name="ALIGNED_READS_ONLY" value="false" type="boolean" label="Whether to output only aligned reads." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-    <param name="MAX_INSERTIONS_OR_DELETIONS" value="1" type="integer"
-      label="The maximum number of insertions or deletions permitted for an alignment to be included." 
-      help="Alignments with more than this many insertions or deletions will be ignored.  Set to -1 to allow any number of insertions or deletions.  Default value: 1." />
-
-    <param name="ATTRIBUTES_TO_RETAIN" label="Reserved alignment attributes (tags starting with X, Y, or Z) that should be brought over from the alignment data when merging.  This option may be specified 0 or more times." type="text" default="" />
-    <repeat name="ATTRIBUTES_TO_RETAINs" title="More ATTRIBUTES_TO_RETAIN">
-      <param name="ATTRIBUTES_TO_RETAIN_extra" label="ATTRIBUTES_TO_RETAIN" type="text" default="" />
-    </repeat>
-    <param name="READ1_TRIM" value="0" type="integer" label="The number of bases trimmed from the beginning of read 1 prior to alignment"/>
-    <param name="READ2_TRIM" value="0" type="integer" label="The number of bases trimmed from the beginning of read 2 prior to alignment"/>
-    <param name="EXPECTED_ORIENTATIONS" label="The name of the program group (if not supplied by the aligned file)." type="select">
-      <option value="null" selected="True">null</option>
-      <option value="FR">FR</option>
-      <option value="RF">RF</option>
-      <option value="TANDEM">TANDEM</option>
-    </param>
-    <param name="SORT_ORDER" label="The order in which the merged reads should be output.  Default value: coordinate." type="select">
-      <option value="coordinate" selected="True">coordinate</option>
-      <option value="queryname">queryname</option>
-      <option value="unsorted">unsorted</option>
-    </param>
-    <param name="PRIMARY_ALIGNMENT_STRATEGY" label="Strategy for selecting primary alignment when the aligner has provided more than one alignment for a pair or fragment, and none are marked as primary, more than one is marked as primary, or the primary alignment is filtered out for some reason." type="select" help="BestMapq expects that multiple alignments will be correlated with HI tag, and prefers the pair of 
-                              alignments with the largest MAPQ, in the absence of a primary selected by the aligner. EarliestFragment prefers the alignment which maps the earliest base in the read. Note that EarliestFragment may not be used for paired reads. BestEndMapq is appropriate for cases in which the aligner is not pair-aware, and does not output the HI tag. It simply picks the alignment for each end with the highest MAPQ, and makes those alignments primary, regardless of whether the two alignments make sense together.MostDistant is also for a non-pair-aware aligner, and picks the alignment pair with the largest insert size. If all alignments would be chimeric, it picks the alignments for each end with the best MAPQ.  For all algorithms, ties are resolved arbitrarily.  Default value: BestMapq.">
-      <option value="BestMapq" selected="True">BestMapq</option>
-      <option value="EarliestFragment">EarliestFragment</option>
-      <option value="BestEndMapq">BestEndMapq</option>
-      <option value="MostDistant">MostDistant</option>
-    </param>
-
-    <param name="CLIP_OVERLAPPING_READS" value="true" type="boolean" label="For paired reads, soft clip the 3' end of each read if necessary so that it does not extend past the 5' end of its mate." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-    <param name="INCLUDE_SECONDARY_ALIGNMENTS" value="true" type="boolean" label="If false, do not write secondary alignments to output." truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" />
-  </inputs>
-
-  <outputs>
-    <data format="bam" name="output1" label="${title}.${outformat}" >
-       <change_format>
-           <when input="outformat" value="sam" format="sam" />
-       </change_format>
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-	<!-- note: this test is untested :) -->
-      <test>
-          <param name="REFERENCE_SEQUENCE" value="merger.fasta" />
-          <param name="UNMAPPED_BAM" value="unmapped.sam" />
-          <param name="PAIRED_RUN" value="false" />
-          <param name="outformat" value="sam" />
-          <output name="output1" file="output_mergebamalignment" lines_diff="1"/> 
-      </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-**What it does**
-
-Merges alignment data from a SAM or BAM file with additional data stored in an unmapped BAM file and produces a third SAM or BAM file of aligned and unaligned reads. NOTE that this program expects to find a sequence dictionary in the same directory as REFERENCE_SEQUENCE and expects it to have the same base name as the reference fasta except with the extension '.dict' 
-metadata such as read groups
- 
-.. _Picard: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeBamAlignment
-
-
-  </help>
-</tool>
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_MergeSam.xml
--- a/picard_MergeSam.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,72 +0,0 @@
-<tool id="picard_mergesam" name="Merge SAM or BAM files" version="1.106.0">
-    <!-- Documentation: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeSamFiles
-Merges multiple SAM/BAM files into one file.
--->
-  <description>merges SAM or BAM files together</description>
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  <command interpreter="bash">
-    mergesam_wrapper.sh $output1 $outformat I=$input1 I=$input2 
-      #for $i in $inputs
-        I=${i.input}
-      #end for 
-      MSD=$mergeSD VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT TMP_DIR=$__new_file_path__
-          2&gt; $outlog
-    ##|| echo "Error running Picard MergeSamFiles" >&amp;2
-  </command>
-  <inputs>
-    <param name="title" label="Name for the output merged bam file" type="text" default="Merged.bam"
-       help="This name will appear in your history so use it to remember what the new file in your history contains" />
-    <param name="outformat" type="select" label="Output format" >
-      <option value="bam" selected="True">BAM</option>
-      <option value="sam">SAM</option>
-    </param>
-    <param name="mergeSD" value="true" type="boolean"  label="Merge all component bam file headers into the merged bam file"
-      truevalue="true" falsevalue="false" checked="yes" 
-      help="Control the MERGE_SEQUENCE_DICTIONARIES flag for Picard MergeSamFiles. Default (true) correctly propagates read groups and other important metadata" />
-    <param name="input1" label="First file" type="data" format="bam,sam" />
-    <param name="input2" label="with file" type="data" format="bam,sam" help="Need to add more files? Use controls below." />
-    <repeat name="inputs" title="Input Files">
-      <param name="input" label="Add file" type="data" format="bam,sam" />
-    </repeat>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="bam" name="output1" label="${title}.${outformat}" >
-       <change_format>
-           <when input="outformat" value="sam" format="sam" />
-       </change_format>
-    </data>
-    <data format="txt" name="outlog" label="${title}_${tool.name}.log" />
-  </outputs>
-  <tests>
-    <!-- TODO: add ability to test framework to test without at least 
-         one repeat element value
-    -->
-    <test>
-      <param name="title" value="test1" />
-      <param name="mergeSD" value="true" />
-      <param name="input1" value="sam_merge_in1.bam" ftype="bam" /> 
-      <param name="input2" value="sam_merge_in2.bam" ftype="bam" />
-      <output name="output1" file="sam_merge_out1.bam" ftype="bam" />
-      <output name="outlog" file="sam_merge_out1.log" ftype="txt" lines_diff="11"/>
-    </test>
-    <test>
-      <param name="title" value="test2" />
-      <param name="mergeSD" value="true" />
-      <param name="input1" value="sam_merge_in1.bam" ftype="bam" /> 
-      <param name="input2" value="sam_merge_in2.bam" ftype="bam" />
-      <param name="input" value="sam_merge_in3.bam" ftype="bam" />
-      <output name="output1" file="sam_merge_out2.bam" ftype="bam" />
-      <output name="outlog" file="sam_merge_out2.log" ftype="txt" lines_diff="11"/>
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-**What it does**
-
-This tool uses the Picard_ merge command to merge any number of BAM files together into one BAM file while preserving the BAM
-metadata such as read groups
-
-.. _Picard: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeSamFiles
-
-  </help>
-</tool>
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_MergeVcfs.xml
--- a/picard_MergeVcfs.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,66 +0,0 @@
-<tool id="picard_mergevcfs" name="Merge Vcfs files" version="1.106.0">
-    <!-- Documentation: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeVcfs
-Merges multiple SAM/BAM files into one file.
--->
-  <description>Merges multiple VCF or BCF files into one VCF file. </description>
-  
-  <requirements><requirement type="package" version="1.106.0">picard</requirement></requirements>
-  
-  <command>
-  java -Xmx4G -jar \$JAVA_JAR_PATH/MergeVcfs.jar I=$input1 I=$input2 O=$output1
-      #for $i in $inputs
-        I=${i.input}
-      #end for 
-  </command>
-  
-  <inputs>
-    <param name="title" label="Name for the output merged vcf file" type="text" default="Merged.vcf"
-       help="This name will appear in your history so use it to remember what the new file in your history contains" >
-    </param>
-    <param name="outformat" type="select" label="Output format" >
-      <option value="vcf" selected="True">VCF</option>
-      <option value="bcf">BCF</option>
-    </param>
-    <param name="input1" label="First file" type="data" format="vcf,bcf" />
-    <param name="input2" label="with file" type="data" format="vcf,bcf" help="Need to add more files? Use controls below." />
-    <repeat name="inputs" title="Input Files">
-      <param name="input" label="Add file" type="data" format="vcf,bcf" />
-    </repeat>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="vcf" name="output1" label="${title}.vcf" >
-    </data>
-    <data format="txt" name="outlog" label="${title}_${tool.name}.log" />
-  </outputs>
-  <tests>
-    <!-- TODO: add ability to test framework to test without at least 
-         one repeat element value
-    -->
-    <test>
-      <param name="title" value="test1" />
-      <param name="mergeSD" value="true" />
-      <param name="input1" value="sam_merge_in1.bam" ftype="bam" /> 
-      <param name="input2" value="sam_merge_in2.bam" ftype="bam" />
-      <output name="output1" file="sam_merge_out1.bam" ftype="bam" />
-      <output name="outlog" file="sam_merge_out1.log" ftype="txt" lines_diff="11"/>
-    </test>
-    <test>
-      <param name="title" value="test2" />
-      <param name="mergeSD" value="true" />
-      <param name="input1" value="sam_merge_in1.bam" ftype="bam" /> 
-      <param name="input2" value="sam_merge_in2.bam" ftype="bam" />
-      <param name="input" value="sam_merge_in3.bam" ftype="bam" />
-      <output name="output1" file="sam_merge_out2.bam" ftype="bam" />
-      <output name="outlog" file="sam_merge_out2.log" ftype="txt" lines_diff="11"/>
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-**What it does**
-
-Merges multiple VCF or BCF files into one VCF file. Input files must be sorted by their contigs and, within contigs, by start position. The input files must have the same sample and contig lists. An index file is created and a sequence dictionary is required by default.
-
-.. _Picard: http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#MergeVcfs
-
-  </help>
-</tool>
\ No newline at end of file
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_SamFormatConverter.xml
--- a/picard_SamFormatConverter.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,74 +0,0 @@
-<tool name="Picard SAM Format Converter" id="picard_SFC" version="0.1.0">
-  <requirements><requirement type="package">picard</requirement></requirements>
-  <command interpreter="python">
-    picard_wrapper.py
-      --input="$inputFile"
-      --output-format=$outputFormat
-      --output=$outFile
-      -j "\$JAVA_JAR_PATH/SamFormatConverter.jar"
-  </command>
-  <inputs>
-    <param format="bam,sam" name="inputFile" type="data" label="SAM/BAM"
-      help="If empty, upload or import a SAM/BAM dataset." />
-    <param name="outputFormat" type="boolean" checked="True" truevalue="bam" falsevalue="sam" label="Output bam instead of sam" help="Uncheck for sam output"/>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data name="outFile" format="bam" label="${tool.name} on ${on_string}: ${outputFormat} with read groups replaced">
-      <change_format>
-        <when input="outputFormat" value="sam" format="sam" />
-      </change_format>
-    </data>
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-      <!-- Command for replacing read groups in bam:
-java -jar SamFormatConverter.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT I=test-data/picard_SFC_input1.sam O=picard_SFC_output1.sam·
--->
-      <param name="inputFile" value="picard_ARRG_input1.bam" />
-      <param name="outputFormat" value="False" />
-      <output name="outFile" file="picard_ARRG_output1.sam" ftype="sam" />
-    </test>
-    <test>
-      <!-- Command for replacing read groups in sam:
-java -jar AddOrReplaceReadGroups.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT I=test-data/picard_ARRG_input1.sam O=picard_ARRG_output2.sam RGLB=LIB RGPL=IL RGPU=PL
-picard_ARRG_input1.bam can be created from picard_ARRG_input1.sam
--->
-      <param name="inputFile" value="picard_ARRG_input1.sam" />
-      <output name="outFile" file="picard_ARRG_output2.sam" ftype="sam" />
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-
-.. class:: infomark
-
-**Purpose**
-
-Convert a BAM file to a SAM file, or BAM to SAM.
-
-This is a Galaxy wrapper for SamFormatConverter, a part of the external package Picard-tools_.
-
- .. _Picard-tools: http://www.google.com/search?q=picard+samtools
-
-------
-
-.. class:: infomark
-
-**Inputs, outputs, and parameters**
-
-Either a sam file or a bam file must be supplied. If a bam file is used, it must
-be coordinate-sorted. Galaxy currently coordinate-sorts all bam files.
-
-The output file is either bam (the default) or sam, according to user selection,
-and contains the same information as the input file except for the appropraite
-additional (or modified) read group tags. Bam is recommended since it is smaller.
-
-**Warning on SAM/BAM quality**
-
-Many SAM/BAM files produced externally and uploaded to Galaxy do not fully conform to SAM/BAM specifications. Galaxy deals with this by using the **LENIENT**
-flag when it runs Picard, which allows reads to be discarded if they're empty or don't map. This appears
-to be the only way to deal with SAM/BAM that cannot be parsed.
-
-
-  </help>
-</tool>
-
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 picard_wrapper.py
--- a/picard_wrapper.py	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,808 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-"""
-Originally written by Kelly Vincent
-pretty output and additional picard wrappers by Ross Lazarus for rgenetics
-Runs all available wrapped Picard tools.
-usage: picard_wrapper.py [options]
-code Ross wrote licensed under the LGPL
-see http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
-"""
-
-import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil, time, logging
-
-galhtmlprefix = """<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
-<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
-<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
-<head>
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
-<meta name="generator" content="Bluefish 2.2.3" />
-<title></title>
-<link rel="stylesheet" href="/static/style/base.css" type="text/css" />
-</head>
-<body>
-<div class="document">
-"""
-galhtmlattr = """Galaxy tool %s run at %s</b><br/>"""
-galhtmlpostfix = """</div></body></html>\n"""
-
-
-def stop_err( msg ):
-    sys.stderr.write( '%s\n' % msg )
-    sys.exit()
-    
-
-def timenow():
-    """return current time as a string
-"""
-    return time.strftime('%d/%m/%Y %H:%M:%S', time.localtime(time.time()))
-
-
-class PicardBase():
-    """
-simple base class with some utilities for Picard
-adapted and merged with Kelly Vincent's code april 2011 Ross
-lots of changes...
-"""
-    
-    def __init__(self, opts=None,arg0=None):
-        """ common stuff needed at init for a picard tool
-"""
-        assert opts <> None, 'PicardBase needs opts at init'
-        self.opts = opts
-        if self.opts.outdir == None:
-             self.opts.outdir = os.getcwd() # fixmate has no html file eg so use temp dir
-        assert self.opts.outdir <> None,'## PicardBase needs a temp directory if no output directory passed in'
-        self.picname = self.baseName(opts.jar)
-        if self.picname.startswith('picard'):
-            self.picname = opts.picard_cmd # special case for some tools like replaceheader?
-        self.progname = self.baseName(arg0)
-        self.version = '0.002'
-        self.delme = [] # list of files to destroy
-        self.title = opts.title
-        self.inputfile = opts.input
-        try:
-            os.makedirs(opts.outdir)
-        except:
-            pass
-        try:
-            os.makedirs(opts.tmpdir)
-        except:
-            pass
-        self.log_filename = os.path.join(self.opts.outdir,'%s.log' % self.picname)
-        self.metricsOut = os.path.join(opts.outdir,'%s.metrics.txt' % self.picname)
-        self.setLogging(logfname=self.log_filename)
- 
-    def baseName(self,name=None):
-        return os.path.splitext(os.path.basename(name))[0]
-
-    def setLogging(self,logfname="picard_wrapper.log"):
-        """setup a logger
-"""
-        logging.basicConfig(level=logging.INFO,
-                    filename=logfname,
-                    filemode='a')
-
-
-    def readLarge(self,fname=None):
-        """ read a potentially huge file.
-"""
-        try:
-            # get stderr, allowing for case where it's very large
-            tmp = open( fname, 'rb' )
-            s = ''
-            buffsize = 1048576
-            try:
-                while True:
-                    more = tmp.read( buffsize )
-                    if len(more) > 0:
-                        s += more
-                    else:
-                        break
-            except OverflowError:
-                pass
-            tmp.close()
-        except Exception, e:
-            stop_err( 'Read Large Exception : %s' % str( e ) )
-        return s
-    
-    def runCL(self,cl=None,output_dir=None):
-        """ construct and run a command line
-we have galaxy's temp path as opt.temp_dir so don't really need isolation
-sometimes stdout is needed as the output - ugly hacks to deal with potentially vast artifacts
-"""
-        assert cl <> None, 'PicardBase runCL needs a command line as cl'
-        if output_dir == None:
-            output_dir = self.opts.outdir
-        if type(cl) == type([]):
-            cl = ' '.join(cl)
-        fd,templog = tempfile.mkstemp(dir=output_dir,suffix='rgtempRun.txt')
-        tlf = open(templog,'wb')
-        fd,temperr = tempfile.mkstemp(dir=output_dir,suffix='rgtempErr.txt')
-        tef = open(temperr,'wb')
-        process = subprocess.Popen(cl, shell=True, stderr=tef, stdout=tlf, cwd=output_dir)
-        rval = process.wait()
-        tlf.close()
-        tef.close()
-        stderrs = self.readLarge(temperr)
-        stdouts = self.readLarge(templog)
-        if rval > 0:
-            s = '## executing %s returned status %d and stderr: \n%s\n' % (cl,rval,stderrs)
-            stdouts = '%s\n%s' % (stdouts,stderrs)
-        else:
-            s = '## executing %s returned status %d and nothing on stderr\n' % (cl,rval)
-        logging.info(s)
-        os.unlink(templog) # always
-        os.unlink(temperr) # always
-        return s, stdouts, rval # sometimes s is an output
-    
-    def runPic(self, jar, cl):
-        """
-cl should be everything after the jar file name in the command
-"""
-        runme = ['java -Xmx%s' % self.opts.maxjheap]
-        runme.append(" -Djava.io.tmpdir='%s' " % self.opts.tmpdir)
-        runme.append('-jar %s' % jar)
-        runme += cl
-
-        print runme,self.opts.outdir
-        
-        s,stdouts,rval = self.runCL(cl=runme, output_dir=self.opts.outdir)
-        return stdouts,rval
-
-    def samToBam(self,infile=None,outdir=None):
-        """
-use samtools view to convert sam to bam
-"""
-        fd,tempbam = tempfile.mkstemp(dir=outdir,suffix='rgutilsTemp.bam')
-        cl = ['samtools view -h -b -S -o ',tempbam,infile]
-        tlog,stdouts,rval = self.runCL(cl,outdir)
-        return tlog,tempbam,rval
-
-    def sortSam(self, infile=None,outfile=None,outdir=None):
-        """
-"""
-        print '## sortSam got infile=%s,outfile=%s,outdir=%s' % (infile,outfile,outdir)
-        cl = ['samtools sort',infile,outfile]
-        tlog,stdouts,rval = self.runCL(cl,outdir)
-        return tlog
-
-    def cleanup(self):
-        for fname in self.delme:
-            try:
-                os.unlink(fname)
-            except:
-                pass
-                    
-    def prettyPicout(self,transpose,maxrows):
-        """organize picard outpouts into a report html page
-"""
-        res = []
-        try:
-            r = open(self.metricsOut,'r').readlines()
-        except:
-            r = []
-        if len(r) > 0:
-            res.append('<b>Picard on line resources</b><ul>\n')
-            res.append('<li><a href="http://picard.sourceforge.net/index.shtml">Click here for Picard Documentation</a></li>\n')
-            res.append('<li><a href="http://picard.sourceforge.net/picard-metric-definitions.shtml">Click here for Picard Metrics definitions</a></li></ul><hr/>\n')
-            if transpose:
-                res.append('<b>Picard output (transposed to make it easier to see)</b><hr/>\n')
-            else:
-                res.append('<b>Picard output</b><hr/>\n')
-            res.append('<table cellpadding="3" >\n')
-            dat = []
-            heads = []
-            lastr = len(r) - 1
-            # special case for estimate library complexity hist
-            thist = False
-            for i,row in enumerate(r):
-                if row.strip() > '':
-                    srow = row.split('\t')
-                    if row.startswith('#'):
-                        heads.append(row.strip()) # want strings
-                    else:
-                        dat.append(srow) # want lists
-                    if row.startswith('## HISTOGRAM'):
-                        thist = True
-            if len(heads) > 0:
-                hres = ['<tr class="d%d"><td colspan="2">%s</td></tr>' % (i % 2,x) for i,x in enumerate(heads)]
-                res += hres
-                heads = []
-            if len(dat) > 0:
-                if transpose and not thist:
-                    tdat = map(None,*dat) # transpose an arbitrary list of lists
-                    tdat = ['<tr class="d%d"><td>%s</td><td>%s&nbsp;</td></tr>\n' % ((i+len(heads)) % 2,x[0],x[1]) for i,x in enumerate(tdat)]
-                else:
-                    tdat = ['\t'.join(x).strip() for x in dat] # back to strings :(
-                    tdat = ['<tr class="d%d"><td colspan="2">%s</td></tr>\n' % ((i+len(heads)) % 2,x) for i,x in enumerate(tdat)]
-                res += tdat
-                dat = []
-            res.append('</table>\n')
-        return res
-
-    def fixPicardOutputs(self,transpose,maxloglines):
-        """
-picard produces long hard to read tab header files
-make them available but present them transposed for readability
-"""
-        logging.shutdown()
-        self.cleanup() # remove temp files stored in delme
-        rstyle="""<style type="text/css">
-tr.d0 td {background-color: oldlace; color: black;}
-tr.d1 td {background-color: aliceblue; color: black;}
-</style>"""
-        res = [rstyle,]
-        res.append(galhtmlprefix % self.progname)
-        res.append(galhtmlattr % (self.picname,timenow()))
-        flist = [x for x in os.listdir(self.opts.outdir) if not x.startswith('.')]
-        pdflist = [x for x in flist if os.path.splitext(x)[-1].lower() == '.pdf']
-        if len(pdflist) > 0: # assumes all pdfs come with thumbnail .jpgs
-            for p in pdflist:
-                pbase = os.path.splitext(p)[0] # removes .pdf
-                imghref = '%s.jpg' % pbase
-                mimghref = '%s-0.jpg' % pbase # multiple pages pdf -> multiple thumbnails without asking!
-                if mimghref in flist:
-                    imghref=mimghref # only one for thumbnail...it's a multi page pdf
-                res.append('<table cellpadding="10"><tr><td>\n')
-                res.append('<a href="%s"><img src="%s" title="Click image preview for a print quality PDF version" hspace="10" align="middle"></a>\n' % (p,imghref))
-                res.append('</tr></td></table>\n')
-        if len(flist) > 0:
-            res.append('<b>The following output files were created (click the filename to view/download a copy):</b><hr/>')
-            res.append('<table>\n')
-            for i,f in enumerate(flist):
-                fn = os.path.split(f)[-1]
-                res.append('<tr><td><a href="%s">%s</a></td></tr>\n' % (fn,fn))
-            res.append('</table><p/>\n')
-        pres = self.prettyPicout(transpose,maxloglines)
-        if len(pres) > 0:
-            res += pres
-        l = open(self.log_filename,'r').readlines()
-        llen = len(l)
-        if llen > 0:
-            res.append('<b>Picard Tool Run Log</b><hr/>\n')
-            rlog = ['<pre>',]
-            if llen > maxloglines:
-                n = min(50,int(maxloglines/2))
-                rlog += l[:n]
-                rlog.append('------------ ## %d rows deleted ## --------------\n' % (llen-maxloglines))
-                rlog += l[-n:]
-            else:
-                rlog += l
-            rlog.append('</pre>')
-            if llen > maxloglines:
-                rlog.append('\n<b>## WARNING - %d log lines truncated - <a href="%s">%s</a> contains entire output</b>' % (llen - maxloglines,self.log_filename,self.log_filename))
-            res += rlog
-        else:
-            res.append("### Odd, Picard left no log file %s - must have really barfed badly?\n" % self.log_filename)
-        res.append('<hr/>The freely available <a href="http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml">Picard software</a> \n')
-        res.append( 'generated all outputs reported here running as a <a href="http://getgalaxy.org">Galaxy</a> tool')
-        res.append(galhtmlpostfix)
-        outf = open(self.opts.htmlout,'w')
-        outf.write(''.join(res))
-        outf.write('\n')
-        outf.close()
-
-    def makePicInterval(self,inbed=None,outf=None):
-        """
-picard wants bait and target files to have the same header length as the incoming bam/sam
-a meaningful (ie accurate) representation will fail because of this - so this hack
-it would be far better to be able to supply the original bed untouched
-Additional checking added Ross Lazarus Dec 2011 to deal with two 'bug' reports on the list
-"""
-        assert inbed <> None
-        bed = open(inbed,'r').readlines()
-        sbed = [x.split('\t') for x in bed] # lengths MUST be 5
-        lens = [len(x) for x in sbed]
-        strands = [x[3] for x in sbed if not x[3] in ['+','-']]
-        maxl = max(lens)
-        minl = min(lens)
-        e = []
-        if maxl <> minl:
-            e.append("## Input error: Inconsistent field count in %s - please read the documentation on bait/target format requirements, fix and try again" % inbed)
-        if maxl <> 5:
-            e.append("## Input error: %d fields found in %s, 5 required - please read the warning and documentation on bait/target format requirements, fix and try again" % (maxl,inbed))
-        if len(strands) > 0:
-            e.append("## Input error: Fourth column in %s is not the required strand (+ or -) - please read the warning and documentation on bait/target format requirements, fix and try again" % (inbed))
-        if len(e) > 0: # write to stderr and quit
-            print >> sys.stderr, '\n'.join(e)
-            sys.exit(1)
-        thead = os.path.join(self.opts.outdir,'tempSamHead.txt')
-        if self.opts.datatype == 'sam':
-            cl = ['samtools view -H -S',self.opts.input,'>',thead]
-        else:
-            cl = ['samtools view -H',self.opts.input,'>',thead]
-        self.runCL(cl=cl,output_dir=self.opts.outdir)
-        head = open(thead,'r').readlines()
-        s = '## got %d rows of header\n' % (len(head))
-        logging.info(s)
-        o = open(outf,'w')
-        o.write(''.join(head))
-        o.write(''.join(bed))
-        o.close()
-        return outf
-
-    def cleanSam(self, insam=None, newsam=None, picardErrors=[],outformat=None):
-        """
-interesting problem - if paired, must remove mate pair of errors too or we have a new set of errors after cleaning - missing mate pairs!
-Do the work of removing all the error sequences
-pysam is cool
-infile = pysam.Samfile( "-", "r" )
-outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )
-for s in infile: outfile.write(s)
-
-errors from ValidateSameFile.jar look like
-WARNING: Record 32, Read name SRR006041.1202260, NM tag (nucleotide differences) is missing
-ERROR: Record 33, Read name SRR006041.1042721, Empty sequence dictionary.
-ERROR: Record 33, Read name SRR006041.1042721, RG ID on SAMRecord not found in header: SRR006041
-
-"""
-        assert os.path.isfile(insam), 'rgPicardValidate cleansam needs an input sam file - cannot find %s' % insam
-        assert newsam <> None, 'rgPicardValidate cleansam needs an output new sam file path'
-        removeNames = [x.split(',')[1].replace(' Read name ','') for x in picardErrors if len(x.split(',')) > 2]
-        remDict = dict(zip(removeNames,range(len(removeNames))))
-        infile = pysam.Samfile(insam,'rb')
-        info = 'found %d error sequences in picardErrors, %d unique' % (len(removeNames),len(remDict))
-        if len(removeNames) > 0:
-            outfile = pysam.Samfile(newsam,'wb',template=infile) # template must be an open file
-            i = 0
-            j = 0
-            for row in infile:
-                dropme = remDict.get(row.qname,None) # keep if None
-                if not dropme:
-                    outfile.write(row)
-                    j += 1
-                else: # discard
-                    i += 1
-            info = '%s\n%s' % (info, 'Discarded %d lines writing %d to %s from %s' % (i,j,newsam,insam))
-            outfile.close()
-            infile.close()
-        else: # we really want a nullop or a simple pointer copy
-            infile.close()
-            if newsam:
-                shutil.copy(insam,newsam)
-        logging.info(info)
-                
-
-
-def __main__():
-    doFix = False # tools returning htmlfile don't need this
-    doTranspose = True # default
-    maxloglines = 100 # default
-    #Parse Command Line
-    op = optparse.OptionParser()
-    # All tools
-    op.add_option('-i', '--input', dest='input', help='Input SAM or BAM file' )
-    op.add_option('-e', '--inputext', default=None)
-    op.add_option('-o', '--output', default=None)
-    op.add_option('-n', '--title', default="Pick a Picard Tool")
-    op.add_option('-t', '--htmlout', default=None)
-    op.add_option('-d', '--outdir', default=None)
-    op.add_option('-x', '--maxjheap', default='3000m')
-    op.add_option('-b', '--bisulphite', default='false')
-    op.add_option('-s', '--sortorder', default='query')
-    op.add_option('','--tmpdir', default='/tmp')
-    op.add_option('-j','--jar',default='')
-    op.add_option('','--picard-cmd',default=None)
-    # Many tools
-    op.add_option( '', '--output-format', dest='output_format', help='Output format' )
-    op.add_option( '', '--bai-file', dest='bai_file', help='The path to the index file for the input bam file' )
-    op.add_option( '', '--ref', dest='ref', help='Built-in reference with fasta and dict file', default=None )
-    # CreateSequenceDictionary
-    op.add_option( '', '--ref-file', dest='ref_file', help='Fasta to use as reference', default=None )
-    op.add_option( '', '--species-name', dest='species_name', help='Species name to use in creating dict file from fasta file' )
-    op.add_option( '', '--build-name', dest='build_name', help='Name of genome assembly to use in creating dict file from fasta file' )
-    op.add_option( '', '--trunc-names', dest='trunc_names', help='Truncate sequence names at first whitespace from fasta file' )
-    # MarkDuplicates
-    op.add_option( '', '--remdups', default='true', help='Remove duplicates from output file' )
-    op.add_option( '', '--optdupdist', default="100", help='Maximum pixels between two identical sequences in order to consider them optical duplicates.' )
-    # CollectInsertSizeMetrics
-    op.add_option('', '--taillimit', default="0")
-    op.add_option('', '--histwidth', default="0")
-    op.add_option('', '--minpct', default="0.01")
-    op.add_option('', '--malevel', default='')
-    op.add_option('', '--deviations', default="0.0")
-    # CollectAlignmentSummaryMetrics
-    op.add_option('', '--maxinsert', default="20")
-    op.add_option('', '--adaptors', default='')
-    # FixMateInformation and validate
-    # CollectGcBiasMetrics
-    op.add_option('', '--windowsize', default='100')
-    op.add_option('', '--mingenomefrac', default='0.00001')
-    # AddOrReplaceReadGroups
-    op.add_option( '', '--rg-opts', dest='rg_opts', help='Specify extra (optional) arguments with full, otherwise preSet' )
-    op.add_option( '', '--rg-lb', dest='rg_library', help='Read Group Library' )
-    op.add_option( '', '--rg-pl', dest='rg_platform', help='Read Group platform (e.g. illumina, solid)' )
-    op.add_option( '', '--rg-pu', dest='rg_plat_unit', help='Read Group platform unit (eg. run barcode) ' )
-    op.add_option( '', '--rg-sm', dest='rg_sample', help='Read Group sample name' )
-    op.add_option( '', '--rg-id', dest='rg_id', help='Read Group ID' )
-    op.add_option( '', '--rg-cn', dest='rg_seq_center', help='Read Group sequencing center name' )
-    op.add_option( '', '--rg-ds', dest='rg_desc', help='Read Group description' )
-    # ReorderSam
-    op.add_option( '', '--allow-inc-dict-concord', dest='allow_inc_dict_concord', help='Allow incomplete dict concordance' )
-    op.add_option( '', '--allow-contig-len-discord', dest='allow_contig_len_discord', help='Allow contig length discordance' )
-    # ReplaceSamHeader
-    op.add_option( '', '--header-file', dest='header_file', help='sam or bam file from which header will be read' )
-
-    op.add_option('','--assumesorted', default='true')
-    op.add_option('','--readregex', default="[a-zA-Z0-9]+:[0-9]:([0-9]+):([0-9]+):([0-9]+).*")
-    #estimatelibrarycomplexity
-    op.add_option('','--minid', default="5")
-    op.add_option('','--maxdiff', default="0.03")
-    op.add_option('','--minmeanq', default="20")
-    #hsmetrics
-    op.add_option('','--baitbed', default=None)
-    op.add_option('','--targetbed', default=None)
-    #validate
-    op.add_option('','--ignoreflags', action='append', type="string")
-    op.add_option('','--maxerrors', default=None)
-    op.add_option('','--datatype', default=None)
-    op.add_option('','--bamout', default=None)
-    op.add_option('','--samout', default=None)
-
-    opts, args = op.parse_args()
-    opts.sortme = opts.assumesorted == 'false'
-    assert opts.input <> None
-    # need to add
-    # instance that does all the work
-    pic = PicardBase(opts,sys.argv[0])
-
-    tmp_dir = opts.outdir
-    haveTempout = False # we use this where sam output is an option
-    rval = 0
-    stdouts = 'Not run yet'
-    # set ref and dict files to use (create if necessary)
-    ref_file_name = opts.ref
-    if opts.ref_file <> None:
-        csd = 'CreateSequenceDictionary'
-        realjarpath = os.path.split(opts.jar)[0]
-        jarpath = os.path.join(realjarpath,'%s.jar' % csd) # for refseq
-        tmp_ref_fd, tmp_ref_name = tempfile.mkstemp( dir=opts.tmpdir , prefix = pic.picname)
-        ref_file_name = '%s.fasta' % tmp_ref_name
-        # build dict
-        dict_file_name = '%s.dict' % tmp_ref_name
-        os.symlink( opts.ref_file, ref_file_name )
-        cl = ['REFERENCE=%s' % ref_file_name]
-        cl.append('OUTPUT=%s' % dict_file_name)
-        cl.append('URI=%s' % os.path.basename( opts.ref_file ))
-        cl.append('TRUNCATE_NAMES_AT_WHITESPACE=%s' % opts.trunc_names)
-        if opts.species_name:
-            cl.append('SPECIES=%s' % opts.species_name)
-        if opts.build_name:
-            cl.append('GENOME_ASSEMBLY=%s' % opts.build_name)
-        pic.delme.append(dict_file_name)
-        pic.delme.append(ref_file_name)
-        pic.delme.append(tmp_ref_name)
-        stdouts,rval = pic.runPic(jarpath, cl)
-        # run relevant command(s)
-
-    # define temporary output
-    # if output is sam, it must have that extension, otherwise bam will be produced
-    # specify sam or bam file with extension
-    if opts.output_format == 'sam':
-        suff = '.sam'
-    else:
-        suff = ''
-    tmp_fd, tempout = tempfile.mkstemp( dir=opts.tmpdir, suffix=suff )
-
-    cl = ['VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT',]
-
-    if pic.picname == 'AddOrReplaceReadGroups':
-        # sort order to match Galaxy's default
-        cl.append('SORT_ORDER=coordinate')
-        # input
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        # outputs
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        # required read groups
-        cl.append('RGLB="%s"' % opts.rg_library)
-        cl.append('RGPL="%s"' % opts.rg_platform)
-        cl.append('RGPU="%s"' % opts.rg_plat_unit)
-        cl.append('RGSM="%s"' % opts.rg_sample)
-        if opts.rg_id:
-            cl.append('RGID="%s"' % opts.rg_id)
-        # optional read groups
-        if opts.rg_seq_center:
-            cl.append('RGCN="%s"' % opts.rg_seq_center)
-        if opts.rg_desc:
-            cl.append('RGDS="%s"' % opts.rg_desc)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'BamIndexStats':
-        tmp_fd, tmp_name = tempfile.mkstemp( dir=tmp_dir )
-        tmp_bam_name = '%s.bam' % tmp_name
-        tmp_bai_name = '%s.bai' % tmp_bam_name
-        os.symlink( opts.input, tmp_bam_name )
-        os.symlink( opts.bai_file, tmp_bai_name )
-        cl.append('INPUT=%s' % ( tmp_bam_name ))
-        pic.delme.append(tmp_bam_name)
-        pic.delme.append(tmp_bai_name)
-        pic.delme.append(tmp_name)
-        stdouts,rval = pic.runPic( opts.jar, cl )
-        f = open(pic.metricsOut,'a')
-        f.write(stdouts) # got this on stdout from runCl
-        f.write('\n')
-        f.close()
-        doTranspose = False # but not transposed
-
-    elif pic.picname == 'EstimateLibraryComplexity':
-        cl.append('I=%s' % opts.input)
-        cl.append('O=%s' % pic.metricsOut)
-        if float(opts.minid) > 0:
-            cl.append('MIN_IDENTICAL_BASES=%s' % opts.minid)
-        if float(opts.maxdiff) > 0.0:
-            cl.append('MAX_DIFF_RATE=%s' % opts.maxdiff)
-        if float(opts.minmeanq) > 0:
-            cl.append('MIN_MEAN_QUALITY=%s' % opts.minmeanq)
-        if opts.readregex > '':
-            cl.append('READ_NAME_REGEX="%s"' % opts.readregex)
-        if float(opts.optdupdist) > 0:
-            cl.append('OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=%s' % opts.optdupdist)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-
-    elif pic.picname == 'CollectAlignmentSummaryMetrics':
-        # Why do we do this fakefasta thing?
-        # Because we need NO fai to be available or picard barfs unless it matches the input data.
-        # why? Dunno Seems to work without complaining if the .bai file is AWOL....
-        fakefasta = os.path.join(opts.outdir,'%s_fake.fasta' % os.path.basename(ref_file_name))
-        try:
-            os.symlink(ref_file_name,fakefasta)
-        except:
-            s = '## unable to symlink %s to %s - different devices? Will shutil.copy'
-            info = s
-            shutil.copy(ref_file_name,fakefasta)
-        pic.delme.append(fakefasta)
-        cl.append('ASSUME_SORTED=true')
-        adaptlist = opts.adaptors.split(',')
-        adaptorseqs = ['ADAPTER_SEQUENCE=%s' % x for x in adaptlist]
-        cl += adaptorseqs
-        cl.append('IS_BISULFITE_SEQUENCED=%s' % opts.bisulphite)
-        cl.append('MAX_INSERT_SIZE=%s' % opts.maxinsert)
-        cl.append('OUTPUT=%s' % pic.metricsOut)
-        cl.append('R=%s' % fakefasta)
-        cl.append('TMP_DIR=%s' % opts.tmpdir)
-        if not opts.assumesorted.lower() == 'true': # we need to sort input
-            sortedfile = '%s.sorted' % os.path.basename(opts.input)
-            if opts.datatype == 'sam': # need to work with a bam
-                tlog,tempbam,trval = pic.samToBam(opts.input,opts.outdir)
-                pic.delme.append(tempbam)
-                try:
-                    tlog = pic.sortSam(tempbam,sortedfile,opts.outdir)
-                except:
-                    print '## exception on sorting sam file %s' % opts.input
-            else: # is already bam
-                try:
-                    tlog = pic.sortSam(opts.input,sortedfile,opts.outdir)
-                except : # bug - [bam_sort_core] not being ignored - TODO fixme
-                    print '## exception %s on sorting bam file %s' % (sys.exc_info()[0],opts.input)
-            cl.append('INPUT=%s.bam' % os.path.abspath(os.path.join(opts.outdir,sortedfile)))
-            pic.delme.append(os.path.join(opts.outdir,sortedfile))
-        else:
-            cl.append('INPUT=%s' % os.path.abspath(opts.input))
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-       
-        
-    elif pic.picname == 'CollectGcBiasMetrics':
-        assert os.path.isfile(ref_file_name),'PicardGC needs a reference sequence - cannot read %s' % ref_file_name
-        # sigh. Why do we do this fakefasta thing? Because we need NO fai to be available or picard barfs unless it has the same length as the input data.
-        # why? Dunno
-        fakefasta = os.path.join(opts.outdir,'%s_fake.fasta' % os.path.basename(ref_file_name))
-        try:
-            os.symlink(ref_file_name,fakefasta)
-        except:
-            s = '## unable to symlink %s to %s - different devices? May need to replace with shutil.copy'
-            info = s
-            shutil.copy(ref_file_name,fakefasta)
-        pic.delme.append(fakefasta)
-        x = 'rgPicardGCBiasMetrics'
-        pdfname = '%s.pdf' % x
-        jpgname = '%s.jpg' % x
-        tempout = os.path.join(opts.outdir,'rgPicardGCBiasMetrics.out')
-        temppdf = os.path.join(opts.outdir,pdfname)
-        cl.append('R=%s' % fakefasta)
-        cl.append('WINDOW_SIZE=%s' % opts.windowsize)
-        cl.append('MINIMUM_GENOME_FRACTION=%s' % opts.mingenomefrac)
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        cl.append('TMP_DIR=%s' % opts.tmpdir)
-        cl.append('CHART_OUTPUT=%s' % temppdf)
-        cl.append('SUMMARY_OUTPUT=%s' % pic.metricsOut)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        if os.path.isfile(temppdf):
-            cl2 = ['convert','-resize x400',temppdf,os.path.join(opts.outdir,jpgname)] # make the jpg for fixPicardOutputs to find
-            s,stdouts,rval = pic.runCL(cl=cl2,output_dir=opts.outdir)
-        else:
-            s='### runGC: Unable to find pdf %s - please check the log for the causal problem\n' % temppdf
-        lf = open(pic.log_filename,'a')
-        lf.write(s)
-        lf.write('\n')
-        lf.close()
-        
-    elif pic.picname == 'CollectInsertSizeMetrics':
-        """ <command interpreter="python">
-picard_wrapper.py -i "$input_file" -n "$out_prefix" --tmpdir "${__new_file_path__}" --deviations "$deviations"
---histwidth "$histWidth" --minpct "$minPct" --malevel "$malevel"
--j "${GALAXY_DATA_INDEX_DIR}/shared/jars/picard/CollectInsertSizeMetrics.jar" -d "$html_file.files_path" -t "$html_file"
-</command>
-"""
-        isPDF = 'InsertSizeHist.pdf'
-        pdfpath = os.path.join(opts.outdir,isPDF)
-        histpdf = 'InsertSizeHist.pdf'
-        cl.append('I=%s' % opts.input)
-        cl.append('O=%s' % pic.metricsOut)
-        cl.append('HISTOGRAM_FILE=%s' % histpdf)
-        #if opts.taillimit <> '0': # this was deprecated although still mentioned in the docs at 1.56
-        # cl.append('TAIL_LIMIT=%s' % opts.taillimit)
-        if opts.histwidth <> '0':
-            cl.append('HISTOGRAM_WIDTH=%s' % opts.histwidth)
-        if float( opts.minpct) > 0.0:
-            cl.append('MINIMUM_PCT=%s' % opts.minpct)
-        if float(opts.deviations) > 0.0:
-            cl.append('DEVIATIONS=%s' % opts.deviations)
-        if opts.malevel:
-            malists = opts.malevel.split(',')
-            malist = ['METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=%s' % x for x in malists]
-            cl += malist
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        if os.path.exists(pdfpath): # automake thumbnail - will be added to html
-            cl2 = ['mogrify', '-format jpg -resize x400 %s' % pdfpath]
-            pic.runCL(cl=cl2,output_dir=opts.outdir)
-        else:
-            s = 'Unable to find expected pdf file %s<br/>\n' % pdfpath
-            s += 'This <b>always happens if single ended data was provided</b> to this tool,\n'
-            s += 'so please double check that your input data really is paired-end NGS data.<br/>\n'
-            s += 'If your input was paired data this may be a bug worth reporting to the galaxy-bugs list\n<br/>'
-            logging.info(s)
-        if len(stdouts) > 0:
-           logging.info(stdouts)
-        
-    elif pic.picname == 'MarkDuplicates':
-        # assume sorted even if header says otherwise
-        cl.append('ASSUME_SORTED=%s' % (opts.assumesorted))
-        # input
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        # outputs
-        cl.append('OUTPUT=%s' % opts.output)
-        cl.append('METRICS_FILE=%s' % pic.metricsOut )
-        # remove or mark duplicates
-        cl.append('REMOVE_DUPLICATES=%s' % opts.remdups)
-        # the regular expression to be used to parse reads in incoming SAM file
-        cl.append('READ_NAME_REGEX="%s"' % opts.readregex)
-        # maximum offset between two duplicate clusters
-        cl.append('OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE=%s' % opts.optdupdist)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-
-    elif pic.picname == 'FixMateInformation':
-        cl.append('I=%s' % opts.input)
-        cl.append('O=%s' % tempout)
-        cl.append('SORT_ORDER=%s' % opts.sortorder)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar,cl)
-        haveTempout = True
-        
-    elif pic.picname == 'ReorderSam':
-        # input
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        # output
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        # reference
-        cl.append('REFERENCE=%s' % ref_file_name)
-        # incomplete dict concordance
-        if opts.allow_inc_dict_concord == 'true':
-            cl.append('ALLOW_INCOMPLETE_DICT_CONCORDANCE=true')
-        # contig length discordance
-        if opts.allow_contig_len_discord == 'true':
-            cl.append('ALLOW_CONTIG_LENGTH_DISCORDANCE=true')
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'ReplaceSamHeader':
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        cl.append('HEADER=%s' % opts.header_file)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'CalculateHsMetrics':
-        maxloglines = 100
-        baitfname = os.path.join(opts.outdir,'rgPicardHsMetrics.bait')
-        targetfname = os.path.join(opts.outdir,'rgPicardHsMetrics.target')
-        baitf = pic.makePicInterval(opts.baitbed,baitfname)
-        if opts.targetbed == opts.baitbed: # same file sometimes
-            targetf = baitf
-        else:
-            targetf = pic.makePicInterval(opts.targetbed,targetfname)
-        cl.append('BAIT_INTERVALS=%s' % baitf)
-        cl.append('TARGET_INTERVALS=%s' % targetf)
-        cl.append('INPUT=%s' % os.path.abspath(opts.input))
-        cl.append('OUTPUT=%s' % pic.metricsOut)
-        cl.append('TMP_DIR=%s' % opts.tmpdir)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar,cl)
-           
-    elif pic.picname == 'ValidateSamFile':
-        import pysam
-        doTranspose = False
-        sortedfile = os.path.join(opts.outdir,'rgValidate.sorted')
-        stf = open(pic.log_filename,'w')
-        tlog = None
-        if opts.datatype == 'sam': # need to work with a bam
-            tlog,tempbam,rval = pic.samToBam(opts.input,opts.outdir)
-            try:
-                tlog = pic.sortSam(tempbam,sortedfile,opts.outdir)
-            except:
-                print '## exception on sorting sam file %s' % opts.input
-        else: # is already bam
-            try:
-                tlog = pic.sortSam(opts.input,sortedfile,opts.outdir)
-            except: # bug - [bam_sort_core] not being ignored - TODO fixme
-                print '## exception on sorting bam file %s' % opts.input
-        if tlog:
-            print '##tlog=',tlog
-            stf.write(tlog)
-            stf.write('\n')
-        sortedfile = '%s.bam' % sortedfile # samtools does that
-        cl.append('O=%s' % pic.metricsOut)
-        cl.append('TMP_DIR=%s' % opts.tmpdir)
-        cl.append('I=%s' % sortedfile)
-        opts.maxerrors = '99999999'
-        cl.append('MAX_OUTPUT=%s' % opts.maxerrors)
-        if opts.ignoreflags[0] <> 'None': # picard error values to ignore
-            igs = ['IGNORE=%s' % x for x in opts.ignoreflags if x <> 'None']
-            cl.append(' '.join(igs))
-        if opts.bisulphite.lower() <> 'false':
-            cl.append('IS_BISULFITE_SEQUENCED=true')
-        if opts.ref <> None or opts.ref_file <> None:
-            cl.append('R=%s' % ref_file_name)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar,cl)
-        if opts.datatype == 'sam':
-            pic.delme.append(tempbam)
-        newsam = opts.output
-        outformat = 'bam'
-        pe = open(pic.metricsOut,'r').readlines()
-        pic.cleanSam(insam=sortedfile, newsam=newsam, picardErrors=pe,outformat=outformat)
-        pic.delme.append(sortedfile) # not wanted
-        stf.close()
-        pic.cleanup()
-
-####liubo added CleanSam tool####
-    elif pic.picname == 'CleanSam':
-        # input
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        # output
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar, cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'SortSam':
-        cl.append('I=%s' % opts.input)
-        cl.append('O=%s' % tempout)
-        cl.append('SORT_ORDER=%s' % opts.sortorder)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar,cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'BuildBamIndex':
-        cl.append('I=%s' % opts.input)
-        cl.append('O=%s' % tempout)
-        stdouts,rval = pic.runPic(opts.jar,cl)
-        haveTempout = True
-
-    elif pic.picname == 'SamFormatConverter':
-        cl.append('INPUT=%s' % opts.input)
-        cl.append('OUTPUT=%s' % tempout)
-        pic.runPic(opts.jar, cl)
-        haveTempout = True
-
-
-    else:
-        print >> sys.stderr,'picard.py got an unknown tool name - %s' % pic.picname
-        sys.exit(1)
-    if haveTempout:
-        # Some Picard tools produced a potentially intermediate bam file.
-        # Either just move to final location or create sam
-        if os.path.exists(tempout):
-            shutil.move(tempout, os.path.abspath(opts.output))
-    if opts.htmlout <> None or doFix: # return a pretty html page
-        pic.fixPicardOutputs(transpose=doTranspose,maxloglines=maxloglines)
-    if rval <> 0:
-        print >> sys.stderr, '## exit code=%d; stdout=%s' % (rval,stdouts)
-        # signal failure
-if __name__=="__main__": __main__()
\ No newline at end of file
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 test-data/PICARD-ARRG-test1.bam
Binary file test-data/PICARD-ARRG-test1.bam has changed
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 test-data/PICARD-in-noHeader.sam
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/PICARD-in-noHeader.sam	Thu Feb 13 15:57:29 2014 -0500
@@ -0,0 +1,52295 @@
+GA5_00026:7:2:14434:12827#AATTCAC	16	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	14854GEDEDDDEEEEDFGGEBEEBEHEEFBGFCGHDEHHEHHGIBDFEEIIIEHIGIIIGIGIGHHEHIDIHFIBIHIIIIHIIIIIIIIIIIHIIIIIGGDDGGBGGGCGGEGIIIIFIIIIHIIIIIHIIIIIIIIG	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:4:6663:1406#AATTCAC	16	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACACCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	#####DDDEEEEGEEEBDEFC@EB@EEC>EBBHFHHAEIHHEIFIDFHHIIIHEIBFGEEEIEHIIIHGGIIIIHGIHIIIIHIIIIIGIIIIIIHIIHIGGGEGGEGGGDGGGGIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:55T84
+GA5_00026:7:4:4422:16887#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIHIIIHIIIIIHGGFG?DGFGGGHIHHIGIHEIIIIIIHHHHHIFIIHIHHIIIIHHEEIHIHIEFIIHHHBEHFDFHGCCGEGEGGDDEBEEEECBF9==>=	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:6:1924:17852#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIEIIIIIIIIIIIIIIBIIIIHHIIHIIHIHEHBHIIHHIIIHIHEIHGIIIHIIHIHHGFHHHE<BBDDHGHGIHHGH@HHGHIGIGGDCEDDDGCAGEEEF8B@EEECBBCB993992	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:10:3660:3798#AATTCAC	16	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	14848GGGGEDEEFGHDFEFHEIHDEHDDIDIICGGEGHHHIGGIEGHGIIIIEHIIIIIFGEGFIIHIIIIHIIEHHIIIIIIIIIIHIIIIIHGFGGGGGDBGGCGGGCIIFIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:12:9382:18303#AATTCAC	16	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	#####DDDBDDDEBDCBBEBCBEB@BD@BBB@CCBE@BEEE@EBEADEEEIIHEIIGIIHFIEIHIGGIIHIIHIGIHIIIIHIIIIIIIIIIIIIFIIIGGDBGGBGGGCGGFGIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:22:8338:7921#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHIHIIIHIIIIHHIHEH@HIHHIHIIHGHEHHGHHHHHIIHHGHIGIIGGGGHHHGHGGHFGHGGGGHIBIGGCBE@BCECCEGFDD@ABEBBB@B>@?#####	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:25:10002:5053#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATACCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	D@DGEGDGGDBGBGEBGGGGGHHHDGGDDGFD<?FGDDGGHDH@HGBB@BB@E??DBGB:GDGEG0>&;@FEFEBDGBEGG@@AG>GEG9@>CCCDGGGBGGG@GAGDADCA<CAA9ACC####################	XT:A:U	NM:i:1	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:67T72
+GA5_00026:7:33:11824:20959#AATTCAC	16	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCANCNAAGCCCATAAAAATAAA	#####AAA@AAAAAA86685@:@@?AAAAAAA99AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<<<AAAAAAAAAA@@@@B@B@@@@@BB@<?@@@<<;<3#?#??AAA???<???AAAAA	XT:A:U	NM:i:2	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:120C1A17
+GA5_00026:7:37:18070:12888#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IIIIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIHIIIHIIHIGHIGCG:EGFFGGIIHGGGHHHIIIGIIHHHHHHIHHIGHHGHHFHDGHGEHGHGGHGEHDHDFEEDHBCCHGGDEDDDGDDEDDEE######	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:38:14322:1175#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IIIIIIIIIHIIIIIIHIIIIIIIIIIHIIIIEGIIDHEAGIEIFIIGGEFEE@@DBBDDEEFEE;EEBCHEEEEBEEDEEEDGABBBCACEDDEBB5BBDDDED@DDBDDDBDBB<ADB@<4@::@#############	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
+GA5_00026:7:38:12063:16417#AATTCAC	0	chrM	8361	37	140M	*	0	0	AGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCATAATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTACCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAA	IHIIIIIIIIIIIHIIIIGHIIIIIIIGHIHIHIIIFIHIIHGIIIHHGIHEHDFIGHGGIIHGHEHHGIIIGHHHHHHGGIGGEHGCGHHHGGHGGGHEGDEIGECDGBGEBEEEAAGEEDDDDADDEDBEEB>857;6	XT:A:U	NM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:140
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+>chr2
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+both_reads_present_only_first_aligns	165	*	0	0	*	chr7	1	0	NCGCGGCATCNCGATTTCTTTCCGCAGCTAACCTCCCGACAGATCGGCAGCGCGTCGTGTAGGTTATTATGGTACATCTTGTCGTGCGGCNAGAGCATACA	&/15445666651/566666553+2/14/&/555512+3/)-'/-&-'*+))*''13+3)'//++''/'))/3+&*5++)&'2+&+/*&-&&*)&-./1'1	RG:Z:0
+read_2_too_many_gaps	83	chr7	1	255	101M	=	302	201	CAACAGAAGCNGGNATCTGTGTTTGTGTTTCGGATTTCCTGCTGAANNGNTTNTCGNNTCNNNNNNNNATCCCGATTTCNTTCCGCAGCTNACCTCCCAAN	)'.*.+2,))&&'&*/)-&*-)&.-)&)&),/-&&..)./.,.).*&&,&.&&-)&&&0*&&&&&&&&/32/,01460&&/6/*0*/2/283//36868/&	RG:Z:0
+read_2_too_many_gaps	163	chr7	302	255	10M1D10M5I76M	=	1	-201	NCGCGGCATCNCGATTTCTTTCCGCAGCTAACCTCCCGACAGATCGGCAGCGCGTCGTGTAGGTTATTATGGTACATCTTGTCGTGCGGCNAGAGCATACA	&/15445666651/566666553+2/14/&/555512+3/)-'/-&-'*+))*''13+3)'//++''/'))/3+&*5++)&'2+&+/*&-&&*)&-./1'1	RG:Z:0
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 test-data/picard_output_alignment_summary_metrics.html
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/picard_output_alignment_summary_metrics.html	Thu Feb 13 15:57:29 2014 -0500
@@ -0,0 +1,59 @@
+<style type="text/css">
+        tr.d0 td {background-color: oldlace; color: black;}
+        tr.d1 td {background-color: aliceblue; color: black;}
+        </style><?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
+<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
+<head>
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
+<meta name="generator" content="Galaxy picard_wrapper tool output - see http://getgalaxy.org/" />
+<title></title>
+<link rel="stylesheet" href="/static/style/base.css" type="text/css" />
+</head>
+<body>
+<div class="document">
+Galaxy tool CollectAlignmentSummaryMetrics run at 11/11/2011 08:07:10</b><br/><b>The following output files were created (click the filename to view/download a copy):</b><hr/><table>
+<tr><td><a href="CollectAlignmentSummaryMetrics.log">CollectAlignmentSummaryMetrics.log</a></td></tr>
+<tr><td><a href="CollectAlignmentSummaryMetrics.metrics.txt">CollectAlignmentSummaryMetrics.metrics.txt</a></td></tr>
+</table><p/>
+<b>Picard on line resources</b><ul>
+<li><a href="http://picard.sourceforge.net/index.shtml">Click here for Picard Documentation</a></li>
+<li><a href="http://picard.sourceforge.net/picard-metric-definitions.shtml">Click here for Picard Metrics definitions</a></li></ul><hr/>
+<b>Picard output (transposed to make it easier to see)</b><hr/>
+<table cellpadding="3" >
+<tr class="d0"><td colspan="2">## net.sf.picard.metrics.StringHeader</td></tr><tr class="d1"><td colspan="2"># net.sf.picard.analysis.CollectAlignmentSummaryMetrics MAX_INSERT_SIZE=100000 ADAPTER_SEQUENCE=[AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT, AGATCGGAAGAGCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG, AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT, AGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG, AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT, AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACNNNNNNNNATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG, IS_BISULFITE_SEQUENCED=false] INPUT=/data/tmp/tmpLLcl1w/database/files/000/dataset_2.dat OUTPUT=/data/home/rlazarus/galaxy/database/job_working_directory/3/dataset_3_files/CollectAlignmentSummaryMetrics.metrics.txt REFERENCE_SEQUENCE=/data/home/rlazarus/galaxy/database/job_working_directory/3/dataset_3_files/CollectAlignmentSummaryMetricsfq2hit.fasta_fake.fasta ASSUME_SORTED=true TMP_DIR=[/tmp] VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT    METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] IS_BISULFITE_SEQUENCED=false STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false</td></tr><tr class="d0"><td colspan="2">## net.sf.picard.metrics.StringHeader</td></tr><tr class="d1"><td colspan="2"># Started on: Fri Nov 11 08:07:10 EST 2011</td></tr><tr class="d0"><td colspan="2">## METRICS CLASS	net.sf.picard.analysis.AlignmentSummaryMetrics</td></tr><tr class="d0"><td>CATEGORY</td><td>FIRST_OF_PAIR&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>TOTAL_READS</td><td>4&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_READS</td><td>4&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PCT_PF_READS</td><td>1&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_NOISE_READS</td><td>0&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PF_READS_ALIGNED</td><td>4&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PCT_PF_READS_ALIGNED</td><td>1&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PF_ALIGNED_BASES</td><td>404&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_HQ_ALIGNED_READS</td><td>4&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PF_HQ_ALIGNED_BASES</td><td>404&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_HQ_ALIGNED_Q20_BASES</td><td>28&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PF_HQ_MEDIAN_MISMATCHES</td><td>78&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_MISMATCH_RATE</td><td>0.777228&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PF_HQ_ERROR_RATE</td><td>0.777228&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PF_INDEL_RATE</td><td>0&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>MEAN_READ_LENGTH</td><td>101&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>READS_ALIGNED_IN_PAIRS</td><td>3&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PCT_READS_ALIGNED_IN_PAIRS</td><td>0.75&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>BAD_CYCLES</td><td>63&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>STRAND_BALANCE</td><td>0.25&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>PCT_CHIMERAS</td><td>0&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>PCT_ADAPTER</td><td>0&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>SAMPLE</td><td>&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d1"><td>LIBRARY</td><td>&nbsp;</td></tr>
+<tr class="d0"><td>READ_GROUP
+</td><td>
+&nbsp;</td></tr>
+</table>
+<b>Picard Tool Run Log</b><hr/>
+<pre>INFO:root:## executing java -Xmx4g -jar /data/home/rlazarus/galaxy/tool-data/shared/jars/picard/CreateSequenceDictionary.jar REFERENCE=/tmp/CollectAlignmentSummaryMetricsfq2hit.fasta OUTPUT=/tmp/CollectAlignmentSummaryMetricsfq2hit.dict URI=dataset_1.dat TRUNCATE_NAMES_AT_WHITESPACE=None returned status 0 and nothing on stderr
+
+INFO:root:## executing java -Xmx4g -jar /data/home/rlazarus/galaxy/tool-data/shared/jars/picard/CollectAlignmentSummaryMetrics.jar VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT ASSUME_SORTED=true  ADAPTER_SEQUENCE= IS_BISULFITE_SEQUENCED=false MAX_INSERT_SIZE=100000 OUTPUT=/data/home/rlazarus/galaxy/database/job_working_directory/3/dataset_3_files/CollectAlignmentSummaryMetrics.metrics.txt R=/data/home/rlazarus/galaxy/database/job_working_directory/3/dataset_3_files/CollectAlignmentSummaryMetricsfq2hit.fasta_fake.fasta TMP_DIR=/tmp INPUT=/data/tmp/tmpLLcl1w/database/files/000/dataset_2.dat returned status 0 and nothing on stderr
+
+</pre><hr/>The freely available <a href="http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml">Picard software</a> 
+generated all outputs reported here running as a <a href="http://getgalaxy.org">Galaxy</a> tool</div></body></html>
+
diff -r 30ee72a4ca0c -r d8824d67d464 tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml	Thu Feb 13 15:36:11 2014 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,19 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="picard" version="1.106.0">
-        <install version="1.0">
-            <actions>
-               <action type="download_by_url">http://downloads.sourceforge.net/project/picard/picard-tools/1.106/picard-tools-1.106.zip</action>
-                <action type="move_directory_files">
-                    <source_directory>picard-tools-1.106</source_directory>
-                    <destination_directory>$INSTALL_DIR/jars</destination_directory>
-                </action>
-                <action type="set_environment">
-                    <environment_variable name="JAVA_JAR_PATH" action="set_to">$INSTALL_DIR/jars</environment_variable>
-                </action>
-            </actions>
-        </install>
-        <readme>
-        </readme>
-    </package>
-</tool_dependency>