# HG changeset patch # User devteam # Date 1390498298 18000 # Node ID 394c5601f5db8b73c54f7f5f40edfab9e7e2bbdc Imported from capsule None diff -r 000000000000 -r 394c5601f5db freebayes.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/freebayes.xml Thu Jan 23 12:31:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,125 @@ + + + + freebayes + samtools + + Bayesian genetic variant detector + + ln -s $reference localref.fa && + ln -s $bamfile localbam.bam && + samtools faidx localref.fa 2>&1 || echo "Error running samtools faidx for FreeBayes" >&2 && + samtools sort localbam.bam localbam.bam 2>&1 || echo "Error running samtools sort for FreeBayes" >&2 && + samtools index localbam.bam 2>&1 || echo "Error running samtools index for FreeBayes" >&2 && + freebayes --fasta-reference localref.fa localbam.bam --vcf $output + #if $params.source_select == "full": + $params.showRefRepeats + -T $params.theta + -p $params.ploidy + $params.pooled + $params.mnps + $params.nosnps + -n $params.bestAlleles + $params.allAlleles + $params.duplicateReads + -M $params.refMapQuality + $params.ignoreRefAllele + $params.haploidReference + -m $params.minMapQuality + -q $params.minBaseQuality + $params.noFilters + -x $params.indelExclusionWindow + + -V $params.diffusionPriorScalar + -W $params.postIntegBandwidth + -Y $params.postIntegBanddepth + -F $params.minAltFraction + -C $params.minAltCount + -G $params.minAltTotal + --min-coverage $params.minCoverage + #end if + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +This tool uses Freebayes to call SNPS given a reference sequence and a BAM alignment file. + + diff -r 000000000000 -r 394c5601f5db test-data/freebayes_in.bam Binary file test-data/freebayes_in.bam has changed diff -r 000000000000 -r 394c5601f5db test-data/freebayes_out.vcf --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/freebayes_out.vcf Thu Jan 23 12:31:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,40 @@ +##fileformat=VCFv4.0 +##fileDate=20110225 +##source=freeBayes version 0.4.2 +##reference=localref.fa +##phasing=none +##commandline="freebayes --fasta-reference localref.fa localbam.bam --vcf /galaxy/home/dannon/galaxy-central/database/files/000/dataset_11.dat" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT unknown +178508 900 . 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