Mercurial > repos > cpt_testbed > cpt_removeannotation
changeset 0:82ef29f8981a draft default tip
Uploaded
| author | cpt_testbed |
|---|---|
| date | Fri, 29 Apr 2022 11:42:59 +0000 |
| parents | |
| children | |
| files | cpt-macros.xml macros.xml remove_annotations.py remove_annotations.xml test-data/RemoveAnnote_In.gff3 test-data/RemoveAnnote_Out.gff3 |
| diffstat | 6 files changed, 820 insertions(+), 0 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt-macros.xml Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,115 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <xml name="gff_requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="2.7">python</requirement> + <requirement type="package" version="1.65">biopython</requirement> + <requirement type="package" version="2.12.1">requests</requirement> + <yield/> + </requirements> + <version_command> + <![CDATA[ + cd $__tool_directory__ && git rev-parse HEAD + ]]> + </version_command> + </xml> + <xml name="citation/mijalisrasche"> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex">@unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + </xml> + <xml name="citations"> + <citations> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </citations> + </xml> + <xml name="citations-crr"> + <citations> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Ross}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2020-}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </citations> + </xml> + <xml name="citations-2020"> + <citations> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </citations> + </xml> + <xml name="citations-2020-AJC-solo"> + <citations> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </citations> + </xml> + <xml name="citations-clm"> + <citations> + <citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </citations> + </xml> + <xml name="sl-citations-clm"> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + <yield/> + </xml> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,56 @@ +<?xml version="1.0"?> +<macros> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="3.7">python</requirement> + <requirement type="package" version="1.77">biopython</requirement> + <requirement type="package" version="1.1.3">cpt_gffparser</requirement> + <yield/> + </requirements> + </xml> + <xml name="genome_selector"> + <conditional name="reference_genome"> + <param name="reference_genome_source" type="select" label="Reference Genome"> + <option value="history" selected="True">From History</option> + <option value="cached">Locally Cached</option> + </param> + <when value="cached"> + <param name="fasta_indexes" type="select" label="Source FASTA Sequence"> + <options from_data_table="all_fasta"/> + </param> + </when> + <when value="history"> + <param name="genome_fasta" type="data" format="fasta" label="Source FASTA Sequence"/> + </when> + </conditional> + </xml> + <xml name="gff3_input"> + <param label="GFF3 Annotations" name="gff3_data" type="data" format="gff3"/> + </xml> + <xml name="input/gff3+fasta"> + <expand macro="gff3_input" /> + <expand macro="genome_selector" /> + </xml> + <token name="@INPUT_GFF@"> + "$gff3_data" + </token> + <token name="@INPUT_FASTA@"> +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + </token> + <token name="@GENOME_SELECTOR_PRE@"> +#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history': + ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa; +#end if + </token> + <token name="@GENOME_SELECTOR@"> +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + </token> +</macros>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/remove_annotations.py Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,19 @@ +#!/usr/bin/env python +import sys +import argparse +from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument("gff3", type=argparse.FileType("r"), help="GFF3 annotations") + parser.add_argument("--remark", action="store_true", help="Remove remark features") + parser.add_argument("--region", action="store_true", help="Remove region features") + args = parser.parse_args() + + for rec in gffParse(args.gff3): + rec.annotations = {} + if args.remark: + rec.features = [x for x in rec.features if x.type != "remark"] + if args.region: + rec.features = [x for x in rec.features if x.type != "region"] + gffWrite([rec], sys.stdout)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/remove_annotations.xml Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,48 @@ +<?xml version="1.0"?> +<tool id="edu.tamu.cpt.gff3.remove_annots" name="Remove Annotation Feature" version="19.1.0.1" profile="16.04"> + <description>that's unused in our GFF tools</description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + <import>cpt-macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"/> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ +python $__tool_directory__/remove_annotations.py +$gff3_data +$remark +$region +> $default]]></command> + <inputs> + <expand macro="gff3_input" /> + <param checked="true" label="Remove 'remark' features" name="remark" type="boolean" truevalue="--remark" falsevalue="" /> + <param checked="true" label="Remove 'region' features" name="region" type="boolean" truevalue="--region" falsevalue="" /> + </inputs> + <outputs> + <data format="gff3" name="default"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="gff3_data" value="RemoveAnnote_In.gff3" /> + <param name="remark" value="--remark" /> + <param name="region" value= "--region" /> + <output name="default" file="RemoveAnnote_Out.gff3" /> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +**What it does** + +For an input GFF3, this tool specifically removes the feature entry with remark and/or region type (column 3) as needed for compatibility +with certain tools. These feature typically encompasses the entire length of the sequence upon which the GFF3 is based. + +Example input: + Miro annotation remark 1 167935 . . . gff-version=3;sequence-region=%28%27Miro%27%2C 0%2C 172788%29 + + Miro cpt gene 1231 5436 . . . ID=CDS1; + +Example output: + Miro cpt gene 1231 5436 . . . ID=CDS1; + + + ]]></help> + <expand macro="citations" /> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/RemoveAnnote_In.gff3 Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,292 @@ +##gff-version 3 +##sequence-region Pipo 1 41839 +Pipo annotation remark 1 41839 . . . gff-version=3;sequence-region=%28%27NODE_1_length_42045_cov_96%27%2C 0%2C 41956%29 +Pipo GenBank gene 258 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001;Name=CPT_Pipo_001 +Pipo GenBank mRNA 273 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001.t01;Parent=CPT_Pipo_001 +Pipo GenBank CDS 273 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001.p01;Name=CPT_Pipo_001;Note=detected two transmembrane domains,8782901 HHPR;Parent=CPT_Pipo_001.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 273 566 . + 1 Parent=CPT_Pipo_001.t01 +Pipo GenBank RBS 258 261 . + 1 Name=CPT_Pipo_001;Parent=CPT_Pipo_001 +Pipo GenBank gene 841 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002;Name=CPT_Pipo_002 +Pipo GenBank mRNA 852 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002.t01;Parent=CPT_Pipo_002 +Pipo GenBank CDS 852 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002.p01;Name=CPT_Pipo_002;Note=4.9466e-34 %5BAcinetobacter phage vB_ApiP_P1%5D;Parent=CPT_Pipo_002.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 852 1031 . + 1 Parent=CPT_Pipo_002.t01 +Pipo GenBank RBS 841 844 . + 1 Name=CPT_Pipo_002;Parent=CPT_Pipo_002 +Pipo GenBank gene 1090 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003;Name=CPT_Pipo_003 +Pipo GenBank mRNA 1100 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003.t01;Parent=CPT_Pipo_003 +Pipo GenBank CDS 1100 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003.p01;Name=CPT_Pipo_003;Note=1.1538e-41%5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08%5D;Parent=CPT_Pipo_003.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 1100 1303 . + 1 Parent=CPT_Pipo_003.t01 +Pipo GenBank RBS 1090 1092 . + 1 Name=CPT_Pipo_003;Parent=CPT_Pipo_003 +Pipo GenBank gene 1732 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004;Name=CPT_Pipo_004 +Pipo GenBank mRNA 1744 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004.t01;Parent=CPT_Pipo_004 +Pipo GenBank CDS 1744 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004.p01;Name=CPT_Pipo_004;Note=8.14463e-44 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_46-62_Aci07%5D;Parent=CPT_Pipo_004.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 1744 1992 . + 1 Parent=CPT_Pipo_004.t01 +Pipo GenBank RBS 1732 1736 . + 1 Name=CPT_Pipo_004;Parent=CPT_Pipo_004 +Pipo GenBank gene 2008 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005;Name=CPT_Pipo_005 +Pipo GenBank mRNA 2021 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005.t01;Parent=CPT_Pipo_005 +Pipo GenBank CDS 2021 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005.p01;Name=CPT_Pipo_005;Note=3.57359e-23 phiKMV NP_877442.1;Parent=CPT_Pipo_005.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 2021 2572 . + 1 Parent=CPT_Pipo_005.t01 +Pipo GenBank RBS 2008 2010 . + 1 Name=CPT_Pipo_005;Parent=CPT_Pipo_005 +Pipo GenBank gene 2564 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006;Name=CPT_Pipo_006 +Pipo GenBank mRNA 2574 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006.t01;Parent=CPT_Pipo_006 +Pipo GenBank CDS 2574 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006.p01;Name=CPT_Pipo_006;Note=1.39987e-77 %5BAcinetobacter phage IME200%5D,detected coil fragment;Parent=CPT_Pipo_006.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 2574 2948 . + 1 Parent=CPT_Pipo_006.t01 +Pipo GenBank RBS 2564 2567 . + 1 Name=CPT_Pipo_006;Parent=CPT_Pipo_006 +Pipo GenBank gene 2930 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007;Name=CPT_Pipo_007 +Pipo GenBank mRNA 2939 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007.t01;Parent=CPT_Pipo_007 +Pipo GenBank CDS 2939 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007.p01;Name=CPT_Pipo_007;Parent=CPT_Pipo_007.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 2939 3052 . + 1 Parent=CPT_Pipo_007.t01 +Pipo GenBank RBS 2930 2933 . + 1 Name=CPT_Pipo_007;Parent=CPT_Pipo_007 +Pipo GenBank gene 3027 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008;Name=CPT_Pipo_008 +Pipo GenBank mRNA 3039 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008.t01;Parent=CPT_Pipo_008 +Pipo GenBank CDS 3039 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008.p01;Name=CPT_Pipo_008;Note=2.88488e-44 %5BAcinetobacter phage Fri1%5D;Parent=CPT_Pipo_008.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 3039 3263 . + 1 Parent=CPT_Pipo_008.t01 +Pipo GenBank RBS 3027 3030 . + 1 Name=CPT_Pipo_008;Parent=CPT_Pipo_008 +Pipo GenBank gene 3336 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009;Name=CPT_Pipo_009 +Pipo GenBank mRNA 3348 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009.t01;Parent=CPT_Pipo_009 +Pipo GenBank CDS 3348 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009.p01;Name=CPT_Pipo_009;Note=2.06752e-145 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B1%5D;Parent=CPT_Pipo_009.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 3348 3944 . + 1 Parent=CPT_Pipo_009.t01 +Pipo GenBank RBS 3336 3339 . + 1 Name=CPT_Pipo_009;Parent=CPT_Pipo_009 +Pipo GenBank gene 4047 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010;Name=CPT_Pipo_010 +Pipo GenBank mRNA 4059 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010.t01;Parent=CPT_Pipo_010 +Pipo GenBank CDS 4059 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010.p01;Name=CPT_Pipo_010;Note=putative DNA-binding protein;Parent=CPT_Pipo_010.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 4059 4550 . + 1 Parent=CPT_Pipo_010.t01 +Pipo GenBank RBS 4047 4050 . + 1 Name=CPT_Pipo_010;Parent=CPT_Pipo_010 +Pipo GenBank gene 4635 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011;Name=CPT_Pipo_011 +Pipo GenBank mRNA 4645 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011.t01;Parent=CPT_Pipo_011 +Pipo GenBank CDS 4645 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011.p01;Name=CPT_Pipo_011;Note=3.48784e-16 %5BAcinetobacter phage Abp1%5D;Parent=CPT_Pipo_011.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 4645 4779 . + 1 Parent=CPT_Pipo_011.t01 +Pipo GenBank RBS 4635 4638 . + 1 Name=CPT_Pipo_011;Parent=CPT_Pipo_011 +Pipo GenBank gene 4757 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012;Name=CPT_Pipo_012 +Pipo GenBank mRNA 4772 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012.t01;Parent=CPT_Pipo_012 +Pipo GenBank CDS 4772 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012.p01;Name=CPT_Pipo_012;Note=1.10076e-24 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_D2%5D,putative membrane protein;Parent=CPT_Pipo_012.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 4772 4930 . + 1 Parent=CPT_Pipo_012.t01 +Pipo GenBank RBS 4757 4760 . + 1 Name=CPT_Pipo_012;Parent=CPT_Pipo_012 +Pipo GenBank gene 4929 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013;Name=CPT_Pipo_013 +Pipo GenBank mRNA 4939 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013.t01;Parent=CPT_Pipo_013 +Pipo GenBank CDS 4939 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013.p01;Name=CPT_Pipo_013;Note=5.08591e-94 %5BAcinetobacter phage vB_ApiP_P2 %5D;Parent=CPT_Pipo_013.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 4939 5337 . + 1 Parent=CPT_Pipo_013.t01 +Pipo GenBank RBS 4929 4932 . + 1 Name=CPT_Pipo_013;Parent=CPT_Pipo_013 +Pipo GenBank gene 5396 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014;Name=CPT_Pipo_014 +Pipo GenBank mRNA 5408 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014.t01;Parent=CPT_Pipo_014 +Pipo GenBank CDS 5408 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014.p01;Name=CPT_Pipo_014;Note=8.66443e-113 Acinetobacter phage phiAB6;Parent=CPT_Pipo_014.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 5408 5887 . + 1 Parent=CPT_Pipo_014.t01 +Pipo GenBank RBS 5396 5400 . + 1 Name=CPT_Pipo_014;Parent=CPT_Pipo_014 +Pipo GenBank gene 5875 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015;Name=CPT_Pipo_015 +Pipo GenBank mRNA 5889 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015.t01;Parent=CPT_Pipo_015 +Pipo GenBank CDS 5889 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015.p01;Name=CPT_Pipo_015;Note=2.41773e-33 Acinetobacter phage vB_AbaP_B1;Parent=CPT_Pipo_015.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 5889 6194 . + 1 Parent=CPT_Pipo_015.t01 +Pipo GenBank RBS 5875 5879 . + 1 Name=CPT_Pipo_015;Parent=CPT_Pipo_015 +Pipo GenBank gene 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016;Name=CPT_Pipo_016 +Pipo GenBank mRNA 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016.t01;Parent=CPT_Pipo_016 +Pipo GenBank CDS 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016.p01;Name=CPT_Pipo_016;Parent=CPT_Pipo_016.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 6221 6340 . + 1 Parent=CPT_Pipo_016.t01 +Pipo GenBank gene 6342 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017;Name=CPT_Pipo_017 +Pipo GenBank mRNA 6351 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017.t01;Parent=CPT_Pipo_017 +Pipo GenBank CDS 6351 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017.p01;Name=CPT_Pipo_017;Note=detected coil fragment,9.9476e-30 Acinetobacter phage vB_AbaP_B5;Parent=CPT_Pipo_017.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 6351 6518 . + 1 Parent=CPT_Pipo_017.t01 +Pipo GenBank RBS 6342 6345 . + 1 Name=CPT_Pipo_017;Parent=CPT_Pipo_017 +Pipo GenBank gene 6492 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018;Name=CPT_Pipo_018 +Pipo GenBank mRNA 6505 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018.t01;Parent=CPT_Pipo_018 +Pipo GenBank CDS 6505 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018.p01;Name=CPT_Pipo_018;Note=4.55802e-26 Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08;Parent=CPT_Pipo_018.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 6505 6696 . + 1 Parent=CPT_Pipo_018.t01 +Pipo GenBank RBS 6492 6495 . + 1 Name=CPT_Pipo_018;Parent=CPT_Pipo_018 +Pipo GenBank gene 6683 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019;Name=CPT_Pipo_019 +Pipo GenBank mRNA 6693 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019.t01;Parent=CPT_Pipo_019 +Pipo GenBank CDS 6693 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019.p01;Name=CPT_Pipo_019;Note=8.95155e-34 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B5%5D;Parent=CPT_Pipo_019.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 6693 6923 . + 1 Parent=CPT_Pipo_019.t01 +Pipo GenBank RBS 6683 6686 . + 1 Name=CPT_Pipo_019;Parent=CPT_Pipo_019 +Pipo GenBank gene 6899 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020;Name=CPT_Pipo_020 +Pipo GenBank mRNA 6913 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020.t01;Parent=CPT_Pipo_020 +Pipo GenBank CDS 6913 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020.p01;Name=CPT_Pipo_020;Note=2.54819e-39 %5BAcinetobacter phage IME200%5D;Parent=CPT_Pipo_020.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 6913 7137 . + 1 Parent=CPT_Pipo_020.t01 +Pipo GenBank RBS 6899 6903 . + 1 Name=CPT_Pipo_020;Parent=CPT_Pipo_020 +Pipo GenBank gene 7150 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021;Name=CPT_Pipo_021 +Pipo GenBank mRNA 7160 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021.t01;Parent=CPT_Pipo_021 +Pipo GenBank CDS 7160 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021.p01;Name=CPT_Pipo_021;Note=IPR003615 potential putative HNH endonuclease,%5B1.0895e-17 Blast to T7 NP_041994.1%5Dand %5B0.00047196 blast to phage K YP_009041447.1%5D;Parent=CPT_Pipo_021.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 7160 7609 . + 1 Parent=CPT_Pipo_021.t01 +Pipo GenBank RBS 7150 7154 . + 1 Name=CPT_Pipo_021;Parent=CPT_Pipo_021 +Pipo GenBank gene 7672 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022;Name=CPT_Pipo_022 +Pipo GenBank mRNA 7687 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022.t01;Parent=CPT_Pipo_022 +Pipo GenBank CDS 7687 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022.p01;Name=CPT_Pipo_022;Note=NP_877453.1 potential putative DNA-like primase,1.71113e-21;Parent=CPT_Pipo_022.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 7687 8394 . + 1 Parent=CPT_Pipo_022.t01 +Pipo GenBank RBS 7672 7674 . + 1 Name=CPT_Pipo_022;Parent=CPT_Pipo_022 +Pipo GenBank gene 8383 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023;Name=CPT_Pipo_023 +Pipo GenBank mRNA 8394 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023.t01;Parent=CPT_Pipo_023 +Pipo GenBank CDS 8394 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023.p01;Name=CPT_Pipo_023;Note=3.11975e-49 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08 %5D;Parent=CPT_Pipo_023.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 8394 8705 . + 1 Parent=CPT_Pipo_023.t01 +Pipo GenBank RBS 8383 8386 . + 1 Name=CPT_Pipo_023;Parent=CPT_Pipo_023 +Pipo GenBank gene 8778 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024;Name=CPT_Pipo_024 +Pipo GenBank mRNA 8788 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024.t01;Parent=CPT_Pipo_024 +Pipo GenBank CDS 8788 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024.p01;Name=CPT_Pipo_024;Note=3.12672e-62,NP_877454.1 %5BphiKMVp15%5D;Parent=CPT_Pipo_024.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 8788 10086 . + 1 Parent=CPT_Pipo_024.t01 +Pipo GenBank RBS 8778 8781 . + 1 Name=CPT_Pipo_024;Parent=CPT_Pipo_024 +Pipo GenBank gene 10079 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025;Name=CPT_Pipo_025 +Pipo GenBank mRNA 10089 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025.t01;Parent=CPT_Pipo_025 +Pipo GenBank CDS 10089 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025.p01;Name=CPT_Pipo_025;Parent=CPT_Pipo_025.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 10089 10826 . + 1 Parent=CPT_Pipo_025.t01 +Pipo GenBank RBS 10079 10081 . + 1 Name=CPT_Pipo_025;Parent=CPT_Pipo_025 +Pipo GenBank gene 10809 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026;Name=CPT_Pipo_026 +Pipo GenBank mRNA 10823 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026.t01;Parent=CPT_Pipo_026 +Pipo GenBank CDS 10823 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026.p01;Name=CPT_Pipo_026;Note=2.84662e-63 NP_853585.1 PMID: 15028677,IPR012310;Parent=CPT_Pipo_026.t01;product=DNA ligase +Pipo GenBank exon 10823 11794 . + 1 Parent=CPT_Pipo_026.t01 +Pipo GenBank RBS 10809 10813 . + 1 Name=CPT_Pipo_026;Parent=CPT_Pipo_026 +Pipo GenBank gene 11755 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027;Name=CPT_Pipo_027 +Pipo GenBank mRNA 11766 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027.t01;Parent=CPT_Pipo_027 +Pipo GenBank CDS 11766 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027.p01;Name=CPT_Pipo_027;Note=YP_009288649.1;Parent=CPT_Pipo_027.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 11766 11870 . + 1 Parent=CPT_Pipo_027.t01 +Pipo GenBank RBS 11755 11757 . + 1 Name=CPT_Pipo_027;Parent=CPT_Pipo_027 +Pipo GenBank gene 11927 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028;Name=CPT_Pipo_028 +Pipo GenBank mRNA 11940 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028.t01;Parent=CPT_Pipo_028 +Pipo GenBank CDS 11940 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028.p01;Name=CPT_Pipo_028;Note=blastp 6e-09 %5BAcinetobacter phage ABPK48-2%5D;Parent=CPT_Pipo_028.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 11940 12041 . + 1 Parent=CPT_Pipo_028.t01 +Pipo GenBank RBS 11927 11931 . + 1 Name=CPT_Pipo_028;Parent=CPT_Pipo_028 +Pipo GenBank gene 12045 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029;Name=CPT_Pipo_029 +Pipo GenBank mRNA 12054 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029.t01;Parent=CPT_Pipo_029 +Pipo GenBank CDS 12054 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029.p01;Name=CPT_Pipo_029;Note=0.000330846 %5BphageK_gp041%5D YP_009041447.1,IPR003615;Parent=CPT_Pipo_029.t01;product=putative HNH endonuclease +Pipo GenBank exon 12054 12500 . + 1 Parent=CPT_Pipo_029.t01 +Pipo GenBank RBS 12045 12048 . + 1 Name=CPT_Pipo_029;Parent=CPT_Pipo_029 +Pipo GenBank gene 12485 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030;Name=CPT_Pipo_030 +Pipo GenBank mRNA 12497 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030.t01;Parent=CPT_Pipo_030 +Pipo GenBank CDS 12497 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030.p01;Name=CPT_Pipo_030;Note=IPR001098,score%3D0 %5BphiKMVp19%5D;Parent=CPT_Pipo_030.t01;product=putative DNA directed DNA polymerase +Pipo GenBank exon 12497 14815 . + 1 Parent=CPT_Pipo_030.t01 +Pipo GenBank RBS 12485 12488 . + 1 Name=CPT_Pipo_030;Parent=CPT_Pipo_030 +Pipo GenBank gene 14794 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031;Name=CPT_Pipo_031 +Pipo GenBank mRNA 14805 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031.t01;Parent=CPT_Pipo_031 +Pipo GenBank CDS 14805 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031.p01;Name=CPT_Pipo_031;Note=1.07353e-42 %5BAcinetobacter phage Fri1%5D;Parent=CPT_Pipo_031.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 14805 15038 . + 1 Parent=CPT_Pipo_031.t01 +Pipo GenBank RBS 14794 14796 . + 1 Name=CPT_Pipo_031;Parent=CPT_Pipo_031 +Pipo GenBank gene 15023 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032;Name=CPT_Pipo_032 +Pipo GenBank mRNA 15035 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032.t01;Parent=CPT_Pipo_032 +Pipo GenBank CDS 15035 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032.p01;Name=CPT_Pipo_032;Note=1.95456e-38 %5BphiKMVp21%5D,contains membrane domain in the extracellular region.;Parent=CPT_Pipo_032.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 15035 15925 . + 1 Parent=CPT_Pipo_032.t01 +Pipo GenBank RBS 15023 15027 . + 1 Name=CPT_Pipo_032;Parent=CPT_Pipo_032 +Pipo GenBank gene 15972 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033;Name=CPT_Pipo_033 +Pipo GenBank mRNA 15982 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033.t01;Parent=CPT_Pipo_033 +Pipo GenBank CDS 15982 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033.p01;Name=CPT_Pipo_033;Note=3.59438e-20 %5BAcinetobacter phage Abp1%5D,PubMed: 24153188,hhpred ID: 9162599 HHPR,potential ATPase-dependent domain;Parent=CPT_Pipo_033.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 15982 16101 . + 1 Parent=CPT_Pipo_033.t01 +Pipo GenBank RBS 15972 15976 . + 1 Name=CPT_Pipo_033;Parent=CPT_Pipo_033 +Pipo GenBank gene 16123 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034;Name=CPT_Pipo_034 +Pipo GenBank mRNA 16134 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034.t01;Parent=CPT_Pipo_034 +Pipo GenBank CDS 16134 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034.p01;Name=CPT_Pipo_034;Note=1.21811e-55 %5BphiKMVp22 protein%5D;Parent=CPT_Pipo_034.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 16134 17087 . + 1 Parent=CPT_Pipo_034.t01 +Pipo GenBank RBS 16123 16126 . + 1 Name=CPT_Pipo_034;Parent=CPT_Pipo_034 +Pipo GenBank gene 17064 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035;Name=CPT_Pipo_035 +Pipo GenBank mRNA 17077 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035.t01;Parent=CPT_Pipo_035 +Pipo GenBank CDS 17077 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035.p01;Name=CPT_Pipo_035;Note=1.49572e-124 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08%5D,hhpred ID: 9993830 HHPR hits: 3H38_A%2C 1MIW_A%2C 3AQL_B,potential putative tRNA nucleotidyl transferase-related protein;Parent=CPT_Pipo_035.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 17077 17646 . + 1 Parent=CPT_Pipo_035.t01 +Pipo GenBank RBS 17064 17067 . + 1 Name=CPT_Pipo_035;Parent=CPT_Pipo_035 +Pipo GenBank gene 17630 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036;Name=CPT_Pipo_036 +Pipo GenBank mRNA 17643 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036.t01;Parent=CPT_Pipo_036 +Pipo GenBank CDS 17643 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036.p01;Name=CPT_Pipo_036;Note=6.07803e-35,NP_877462.1%5BPseudomonas phage phiKMV%5D,IPR004211;Parent=CPT_Pipo_036.t01;product=putative DNA endonuclease VII +Pipo GenBank exon 17643 18083 . + 1 Parent=CPT_Pipo_036.t01 +Pipo GenBank RBS 17630 17632 . + 1 Name=CPT_Pipo_036;Parent=CPT_Pipo_036 +Pipo GenBank gene 18074 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037;Name=CPT_Pipo_037 +Pipo GenBank mRNA 18087 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037.t01;Parent=CPT_Pipo_037 +Pipo GenBank CDS 18087 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037.p01;Name=CPT_Pipo_037;Note=InterPro:IPR004843,Metallo-dependent phosphatase-like;Parent=CPT_Pipo_037.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 18087 19022 . + 1 Parent=CPT_Pipo_037.t01 +Pipo GenBank RBS 18074 18077 . + 1 Name=CPT_Pipo_037;Parent=CPT_Pipo_037 +Pipo GenBank gene 19007 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038;Name=CPT_Pipo_038 +Pipo GenBank mRNA 19022 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038.t01;Parent=CPT_Pipo_038 +Pipo GenBank CDS 19022 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038.p01;Name=CPT_Pipo_038;Note=2.64031e-7,NP_944963.1,InterPro:IPR027417;Parent=CPT_Pipo_038.t01;product=deoxynucleotide monophosphate kinase +Pipo GenBank exon 19022 19672 . + 1 Parent=CPT_Pipo_038.t01 +Pipo GenBank RBS 19007 19011 . + 1 Name=CPT_Pipo_038;Parent=CPT_Pipo_038 +Pipo GenBank gene 19671 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039;Name=CPT_Pipo_039 +Pipo GenBank mRNA 19681 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039.t01;Parent=CPT_Pipo_039 +Pipo GenBank CDS 19681 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039.p01;Name=CPT_Pipo_039;Note=3.40462e-76 NP_041960.1,IPR002092,T7-like RNA polymerase;Parent=CPT_Pipo_039.t01;product=RNA polymerase +Pipo GenBank exon 19681 22098 . + 1 Parent=CPT_Pipo_039.t01 +Pipo GenBank RBS 19671 19675 . + 1 Name=CPT_Pipo_039;Parent=CPT_Pipo_039 +Pipo GenBank gene 22190 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040;Name=CPT_Pipo_040 +Pipo GenBank mRNA 22202 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040.t01;Parent=CPT_Pipo_040 +Pipo GenBank CDS 22202 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040.p01;Name=CPT_Pipo_040;Note=1.62918e-40 %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_AS11%5D;Parent=CPT_Pipo_040.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 22202 22399 . + 1 Parent=CPT_Pipo_040.t01 +Pipo GenBank RBS 22190 22194 . + 1 Name=CPT_Pipo_040;Parent=CPT_Pipo_040 +Pipo GenBank gene 22383 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041;Name=CPT_Pipo_041 +Pipo GenBank mRNA 22396 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041.t01;Parent=CPT_Pipo_041 +Pipo GenBank CDS 22396 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041.p01;Name=CPT_Pipo_041;Note=6.15327e-54 blast to %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08%5D;Parent=CPT_Pipo_041.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 22396 22647 . + 1 Parent=CPT_Pipo_041.t01 +Pipo GenBank RBS 22383 22387 . + 1 Name=CPT_Pipo_041;Parent=CPT_Pipo_041 +Pipo GenBank gene 22646 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042;Name=CPT_Pipo_042 +Pipo GenBank mRNA 22656 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042.t01;Parent=CPT_Pipo_042 +Pipo GenBank CDS 22656 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042.p01;Name=CPT_Pipo_042;Note=InterPro:IPR020991,2.31306e-51 NP_041995.1%5Bbacteriophage T7%5D;Parent=CPT_Pipo_042.t01;product=head-tail connector protein +Pipo GenBank exon 22656 24212 . + 1 Parent=CPT_Pipo_042.t01 +Pipo GenBank RBS 22646 22650 . + 1 Name=CPT_Pipo_042;Parent=CPT_Pipo_042 +Pipo GenBank gene 24211 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043;Name=CPT_Pipo_043 +Pipo GenBank mRNA 24221 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043.t01;Parent=CPT_Pipo_043 +Pipo GenBank CDS 24221 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043.p01;Name=CPT_Pipo_043;Note=score%3D0 blast to %5BAcinetobacter phage vB_AbaP_B3%5D;Parent=CPT_Pipo_043.t01;product=putative scaffolding protein +Pipo GenBank exon 24221 25081 . + 1 Parent=CPT_Pipo_043.t01 +Pipo GenBank RBS 24211 24215 . + 1 Name=CPT_Pipo_043;Parent=CPT_Pipo_043 +Pipo GenBank gene 25083 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044;Name=CPT_Pipo_044 +Pipo GenBank mRNA 25097 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044.t01;Parent=CPT_Pipo_044 +Pipo GenBank CDS 25097 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044.p01;Name=CPT_Pipo_044;Note=1.92669e-49 NP_877471.1 %5BphiKMV%5D PMID: 16436440,Q7Y2D3;Parent=CPT_Pipo_044.t01;product=major capsid protein +Pipo GenBank exon 25097 26128 . + 1 Parent=CPT_Pipo_044.t01 +Pipo GenBank RBS 25083 25087 . + 1 Name=CPT_Pipo_044;Parent=CPT_Pipo_044 +Pipo GenBank gene 26170 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045;Name=CPT_Pipo_045 +Pipo GenBank mRNA 26184 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045.t01;Parent=CPT_Pipo_045 +Pipo GenBank CDS 26184 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045.p01;Name=CPT_Pipo_045;Note=detected coil segment,PMID: 20816983,hhpred ID: 1724640 HHPR pdb: 2XDJ;Parent=CPT_Pipo_045.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 26184 26369 . + 1 Parent=CPT_Pipo_045.t01 +Pipo GenBank RBS 26170 26174 . + 1 Name=CPT_Pipo_045;Parent=CPT_Pipo_045 +Pipo GenBank gene 26371 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046;Name=CPT_Pipo_046 +Pipo GenBank mRNA 26381 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046.t01;Parent=CPT_Pipo_046 +Pipo GenBank CDS 26381 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046.p01;Name=CPT_Pipo_046;Note=potential tail needle. hhpred ID number: 3392758 HHPR pdb hit: 4ZXQ,PMID: 26574546;Parent=CPT_Pipo_046.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 26381 26674 . + 1 Parent=CPT_Pipo_046.t01 +Pipo GenBank RBS 26371 26375 . + 1 Name=CPT_Pipo_046;Parent=CPT_Pipo_046 +Pipo GenBank gene 26730 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047;Name=CPT_Pipo_047 +Pipo GenBank mRNA 26746 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047.t01;Parent=CPT_Pipo_047 +Pipo GenBank CDS 26746 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047.p01;Name=CPT_Pipo_047;Note=InterPro:IPR033767 tail tubular protein gp11,1.20181e-16 NP_877472.1;Parent=CPT_Pipo_047.t01;product=tail tubular protein A +Pipo GenBank exon 26746 27372 . + 1 Parent=CPT_Pipo_047.t01 +Pipo GenBank RBS 26730 26733 . + 1 Name=CPT_Pipo_047;Parent=CPT_Pipo_047 +Pipo GenBank gene 27371 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048;Name=CPT_Pipo_048 +Pipo GenBank mRNA 27381 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048.t01;Parent=CPT_Pipo_048 +Pipo GenBank CDS 27381 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048.p01;Name=CPT_Pipo_048;Note=7.22201e-87 phiKMV;Parent=CPT_Pipo_048.t01;product=tail tubular protein B +Pipo GenBank exon 27381 29672 . + 1 Parent=CPT_Pipo_048.t01 +Pipo GenBank RBS 27371 27375 . + 1 Name=CPT_Pipo_048;Parent=CPT_Pipo_048 +Pipo GenBank gene 29659 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049;Name=CPT_Pipo_049 +Pipo GenBank mRNA 29672 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049.t01;Parent=CPT_Pipo_049 +Pipo GenBank CDS 29672 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049.p01;Name=CPT_Pipo_049;Note=7.47139e-159 %5BAcinetobacter phage IME200%5D;Parent=CPT_Pipo_049.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 29672 30343 . + 1 Parent=CPT_Pipo_049.t01 +Pipo GenBank RBS 29659 29662 . + 1 Name=CPT_Pipo_049;Parent=CPT_Pipo_049 +Pipo GenBank gene 30347 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050;Name=CPT_Pipo_050 +Pipo GenBank mRNA 30356 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050.t01;Parent=CPT_Pipo_050 +Pipo GenBank CDS 30356 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050.p01;Name=CPT_Pipo_050;Note=1.5824e-89 %5BAcinetobacter phage AB3%5D;Parent=CPT_Pipo_050.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 30356 33241 . + 1 Parent=CPT_Pipo_050.t01 +Pipo GenBank RBS 30347 30351 . + 1 Name=CPT_Pipo_050;Parent=CPT_Pipo_050 +Pipo GenBank gene 33240 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051;Name=CPT_Pipo_051 +Pipo GenBank mRNA 33251 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051.t01;Parent=CPT_Pipo_051 +Pipo GenBank CDS 33251 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051.p01;Name=CPT_Pipo_051;Note=putative membrane protein,blast to phiKMV with score %3D7.0935e-9;Parent=CPT_Pipo_051.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 33251 36349 . + 1 Parent=CPT_Pipo_051.t01 +Pipo GenBank RBS 33240 33245 . + 1 Name=CPT_Pipo_051;Parent=CPT_Pipo_051 +Pipo GenBank gene 36341 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052;Name=CPT_Pipo_052 +Pipo GenBank mRNA 36356 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052.t01;Parent=CPT_Pipo_052 +Pipo GenBank CDS 36356 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052.p01;Name=CPT_Pipo_052;Note=potential tail fiber/tail spike,5924656 HHPR hit 5JS4_C%3B 6EU4_C%3B 5W5P %28To be published by Leiman%29,PMID: 28209973;Parent=CPT_Pipo_052.t01;product=tailspike protein +Pipo GenBank exon 36356 38392 . + 1 Parent=CPT_Pipo_052.t01 +Pipo GenBank RBS 36341 36344 . + 1 Name=CPT_Pipo_052;Parent=CPT_Pipo_052 +Pipo GenBank gene 38392 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053;Name=CPT_Pipo_053 +Pipo GenBank mRNA 38402 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053.t01;Parent=CPT_Pipo_053 +Pipo GenBank CDS 38402 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053.p01;Name=CPT_Pipo_053;Note=7.76278e-74,IPR006481,detected three transmembrane domains;Parent=CPT_Pipo_053.t01;product=holin +Pipo GenBank exon 38402 38737 . + 1 Parent=CPT_Pipo_053.t01 +Pipo GenBank RBS 38392 38396 . + 1 Name=CPT_Pipo_053;Parent=CPT_Pipo_053 +Pipo GenBank gene 38715 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054;Name=CPT_Pipo_054 +Pipo GenBank mRNA 38724 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054.t01;Parent=CPT_Pipo_054 +Pipo GenBank CDS 38724 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054.p01;Name=CPT_Pipo_054;Note=IPR023346 1.63e-19,Random endo-hydrolysis of N-acetyl-beta-D-glucosaminide %281-%3E4%29-beta-linkages in chitin and chitodextrins.;Parent=CPT_Pipo_054.t01;product=endolysin +Pipo GenBank exon 38724 39281 . + 1 Parent=CPT_Pipo_054.t01 +Pipo GenBank RBS 38715 38718 . + 1 Name=CPT_Pipo_054;Parent=CPT_Pipo_054 +Pipo GenBank gene 39280 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055;Name=CPT_Pipo_055 +Pipo GenBank mRNA 39290 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055.t01;Parent=CPT_Pipo_055 +Pipo GenBank CDS 39290 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055.p01;Name=CPT_Pipo_055;Note=1.10536e-8 %5BphiKMV%5D;Parent=CPT_Pipo_055.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 39290 39598 . + 1 Parent=CPT_Pipo_055.t01 +Pipo GenBank RBS 39280 39284 . + 1 Name=CPT_Pipo_055;Parent=CPT_Pipo_055 +Pipo GenBank gene 39598 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056;Name=CPT_Pipo_056 +Pipo GenBank mRNA 39608 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056.t01;Parent=CPT_Pipo_056 +Pipo GenBank CDS 39608 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056.p01;Name=CPT_Pipo_056;Note=4.73143e-112,probably DNA maturase B phiKMV;Parent=CPT_Pipo_056.t01;product=large terminase subunit +Pipo GenBank exon 39608 41545 . + 1 Parent=CPT_Pipo_056.t01 +Pipo GenBank RBS 39598 39602 . + 1 Name=CPT_Pipo_056;Parent=CPT_Pipo_056 +Pipo GenBank gene 41528 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057;Name=CPT_Pipo_057 +Pipo GenBank mRNA 41542 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057.t01;Parent=CPT_Pipo_057 +Pipo GenBank CDS 41542 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057.p01;Name=CPT_Pipo_057;Note=1.21677e-21 Acinetobacter phage vB_AbaP_B3;Parent=CPT_Pipo_057.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 41542 41676 . + 1 Parent=CPT_Pipo_057.t01 +Pipo GenBank RBS 41528 41533 . + 1 Name=CPT_Pipo_057;Parent=CPT_Pipo_057 +Pipo GenBank gene 41624 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058;Name=CPT_Pipo_058 +Pipo GenBank mRNA 41636 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058.t01;Parent=CPT_Pipo_058 +Pipo GenBank CDS 41636 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058.p01;Name=CPT_Pipo_058;Note=1.12427e-36,Acinetobacter phage vB_AbaP_B5;Parent=CPT_Pipo_058.t01;product=hypothetical protein +Pipo GenBank exon 41636 41839 . + 1 Parent=CPT_Pipo_058.t01 +Pipo GenBank RBS 41624 41628 . + 1 Name=CPT_Pipo_058;Parent=CPT_Pipo_058
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/RemoveAnnote_Out.gff3 Fri Apr 29 11:42:59 2022 +0000 @@ -0,0 +1,290 @@ +##gff-version 3 +Pipo GenBank gene 258 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001;Name=CPT_Pipo_001; +Pipo GenBank mRNA 273 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001.t01;Parent=CPT_Pipo_001; +Pipo GenBank CDS 273 566 . + 1 ID=CPT_Pipo_001.p01;Name=CPT_Pipo_001;Note=detected two transmembrane domains,8782901 HHPR;Parent=CPT_Pipo_001.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 273 566 . + 1 Parent=CPT_Pipo_001.t01; +Pipo GenBank RBS 258 261 . + 1 Name=CPT_Pipo_001;Parent=CPT_Pipo_001; +Pipo GenBank gene 841 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002;Name=CPT_Pipo_002; +Pipo GenBank mRNA 852 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002.t01;Parent=CPT_Pipo_002; +Pipo GenBank CDS 852 1031 . + 1 ID=CPT_Pipo_002.p01;Name=CPT_Pipo_002;Note=4.9466e-34 [Acinetobacter phage vB_ApiP_P1];Parent=CPT_Pipo_002.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 852 1031 . + 1 Parent=CPT_Pipo_002.t01; +Pipo GenBank RBS 841 844 . + 1 Name=CPT_Pipo_002;Parent=CPT_Pipo_002; +Pipo GenBank gene 1090 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003;Name=CPT_Pipo_003; +Pipo GenBank mRNA 1100 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003.t01;Parent=CPT_Pipo_003; +Pipo GenBank CDS 1100 1303 . + 1 ID=CPT_Pipo_003.p01;Name=CPT_Pipo_003;Note=1.1538e-41[Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08];Parent=CPT_Pipo_003.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 1100 1303 . + 1 Parent=CPT_Pipo_003.t01; +Pipo GenBank RBS 1090 1092 . + 1 Name=CPT_Pipo_003;Parent=CPT_Pipo_003; +Pipo GenBank gene 1732 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004;Name=CPT_Pipo_004; +Pipo GenBank mRNA 1744 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004.t01;Parent=CPT_Pipo_004; +Pipo GenBank CDS 1744 1992 . + 1 ID=CPT_Pipo_004.p01;Name=CPT_Pipo_004;Note=8.14463e-44 [Acinetobacter phage vB_AbaP_46-62_Aci07];Parent=CPT_Pipo_004.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 1744 1992 . + 1 Parent=CPT_Pipo_004.t01; +Pipo GenBank RBS 1732 1736 . + 1 Name=CPT_Pipo_004;Parent=CPT_Pipo_004; +Pipo GenBank gene 2008 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005;Name=CPT_Pipo_005; +Pipo GenBank mRNA 2021 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005.t01;Parent=CPT_Pipo_005; +Pipo GenBank CDS 2021 2572 . + 1 ID=CPT_Pipo_005.p01;Name=CPT_Pipo_005;Note=3.57359e-23 phiKMV NP_877442.1;Parent=CPT_Pipo_005.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 2021 2572 . + 1 Parent=CPT_Pipo_005.t01; +Pipo GenBank RBS 2008 2010 . + 1 Name=CPT_Pipo_005;Parent=CPT_Pipo_005; +Pipo GenBank gene 2564 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006;Name=CPT_Pipo_006; +Pipo GenBank mRNA 2574 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006.t01;Parent=CPT_Pipo_006; +Pipo GenBank CDS 2574 2948 . + 1 ID=CPT_Pipo_006.p01;Name=CPT_Pipo_006;Note=1.39987e-77 [Acinetobacter phage IME200],detected coil fragment;Parent=CPT_Pipo_006.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 2574 2948 . + 1 Parent=CPT_Pipo_006.t01; +Pipo GenBank RBS 2564 2567 . + 1 Name=CPT_Pipo_006;Parent=CPT_Pipo_006; +Pipo GenBank gene 2930 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007;Name=CPT_Pipo_007; +Pipo GenBank mRNA 2939 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007.t01;Parent=CPT_Pipo_007; +Pipo GenBank CDS 2939 3052 . + 1 ID=CPT_Pipo_007.p01;Name=CPT_Pipo_007;Parent=CPT_Pipo_007.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 2939 3052 . + 1 Parent=CPT_Pipo_007.t01; +Pipo GenBank RBS 2930 2933 . + 1 Name=CPT_Pipo_007;Parent=CPT_Pipo_007; +Pipo GenBank gene 3027 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008;Name=CPT_Pipo_008; +Pipo GenBank mRNA 3039 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008.t01;Parent=CPT_Pipo_008; +Pipo GenBank CDS 3039 3263 . + 1 ID=CPT_Pipo_008.p01;Name=CPT_Pipo_008;Note=2.88488e-44 [Acinetobacter phage Fri1];Parent=CPT_Pipo_008.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 3039 3263 . + 1 Parent=CPT_Pipo_008.t01; +Pipo GenBank RBS 3027 3030 . + 1 Name=CPT_Pipo_008;Parent=CPT_Pipo_008; +Pipo GenBank gene 3336 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009;Name=CPT_Pipo_009; +Pipo GenBank mRNA 3348 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009.t01;Parent=CPT_Pipo_009; +Pipo GenBank CDS 3348 3944 . + 1 ID=CPT_Pipo_009.p01;Name=CPT_Pipo_009;Note=2.06752e-145 [Acinetobacter phage vB_AbaP_B1];Parent=CPT_Pipo_009.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 3348 3944 . + 1 Parent=CPT_Pipo_009.t01; +Pipo GenBank RBS 3336 3339 . + 1 Name=CPT_Pipo_009;Parent=CPT_Pipo_009; +Pipo GenBank gene 4047 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010;Name=CPT_Pipo_010; +Pipo GenBank mRNA 4059 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010.t01;Parent=CPT_Pipo_010; +Pipo GenBank CDS 4059 4550 . + 1 ID=CPT_Pipo_010.p01;Name=CPT_Pipo_010;Note=putative DNA-binding protein;Parent=CPT_Pipo_010.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 4059 4550 . + 1 Parent=CPT_Pipo_010.t01; +Pipo GenBank RBS 4047 4050 . + 1 Name=CPT_Pipo_010;Parent=CPT_Pipo_010; +Pipo GenBank gene 4635 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011;Name=CPT_Pipo_011; +Pipo GenBank mRNA 4645 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011.t01;Parent=CPT_Pipo_011; +Pipo GenBank CDS 4645 4779 . + 1 ID=CPT_Pipo_011.p01;Name=CPT_Pipo_011;Note=3.48784e-16 [Acinetobacter phage Abp1];Parent=CPT_Pipo_011.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 4645 4779 . + 1 Parent=CPT_Pipo_011.t01; +Pipo GenBank RBS 4635 4638 . + 1 Name=CPT_Pipo_011;Parent=CPT_Pipo_011; +Pipo GenBank gene 4757 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012;Name=CPT_Pipo_012; +Pipo GenBank mRNA 4772 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012.t01;Parent=CPT_Pipo_012; +Pipo GenBank CDS 4772 4930 . + 1 ID=CPT_Pipo_012.p01;Name=CPT_Pipo_012;Note=1.10076e-24 [Acinetobacter phage vB_AbaP_D2],putative membrane protein;Parent=CPT_Pipo_012.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 4772 4930 . + 1 Parent=CPT_Pipo_012.t01; +Pipo GenBank RBS 4757 4760 . + 1 Name=CPT_Pipo_012;Parent=CPT_Pipo_012; +Pipo GenBank gene 4929 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013;Name=CPT_Pipo_013; +Pipo GenBank mRNA 4939 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013.t01;Parent=CPT_Pipo_013; +Pipo GenBank CDS 4939 5337 . + 1 ID=CPT_Pipo_013.p01;Name=CPT_Pipo_013;Note=5.08591e-94 [Acinetobacter phage vB_ApiP_P2 ];Parent=CPT_Pipo_013.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 4939 5337 . + 1 Parent=CPT_Pipo_013.t01; +Pipo GenBank RBS 4929 4932 . + 1 Name=CPT_Pipo_013;Parent=CPT_Pipo_013; +Pipo GenBank gene 5396 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014;Name=CPT_Pipo_014; +Pipo GenBank mRNA 5408 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014.t01;Parent=CPT_Pipo_014; +Pipo GenBank CDS 5408 5887 . + 1 ID=CPT_Pipo_014.p01;Name=CPT_Pipo_014;Note=8.66443e-113 Acinetobacter phage phiAB6;Parent=CPT_Pipo_014.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 5408 5887 . + 1 Parent=CPT_Pipo_014.t01; +Pipo GenBank RBS 5396 5400 . + 1 Name=CPT_Pipo_014;Parent=CPT_Pipo_014; +Pipo GenBank gene 5875 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015;Name=CPT_Pipo_015; +Pipo GenBank mRNA 5889 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015.t01;Parent=CPT_Pipo_015; +Pipo GenBank CDS 5889 6194 . + 1 ID=CPT_Pipo_015.p01;Name=CPT_Pipo_015;Note=2.41773e-33 Acinetobacter phage vB_AbaP_B1;Parent=CPT_Pipo_015.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 5889 6194 . + 1 Parent=CPT_Pipo_015.t01; +Pipo GenBank RBS 5875 5879 . + 1 Name=CPT_Pipo_015;Parent=CPT_Pipo_015; +Pipo GenBank gene 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016;Name=CPT_Pipo_016; +Pipo GenBank mRNA 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016.t01;Parent=CPT_Pipo_016; +Pipo GenBank CDS 6221 6340 . + 1 ID=CPT_Pipo_016.p01;Name=CPT_Pipo_016;Parent=CPT_Pipo_016.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 6221 6340 . + 1 Parent=CPT_Pipo_016.t01; +Pipo GenBank gene 6342 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017;Name=CPT_Pipo_017; +Pipo GenBank mRNA 6351 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017.t01;Parent=CPT_Pipo_017; +Pipo GenBank CDS 6351 6518 . + 1 ID=CPT_Pipo_017.p01;Name=CPT_Pipo_017;Note=detected coil fragment,9.9476e-30 Acinetobacter phage vB_AbaP_B5;Parent=CPT_Pipo_017.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 6351 6518 . + 1 Parent=CPT_Pipo_017.t01; +Pipo GenBank RBS 6342 6345 . + 1 Name=CPT_Pipo_017;Parent=CPT_Pipo_017; +Pipo GenBank gene 6492 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018;Name=CPT_Pipo_018; +Pipo GenBank mRNA 6505 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018.t01;Parent=CPT_Pipo_018; +Pipo GenBank CDS 6505 6696 . + 1 ID=CPT_Pipo_018.p01;Name=CPT_Pipo_018;Note=4.55802e-26 Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08;Parent=CPT_Pipo_018.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 6505 6696 . + 1 Parent=CPT_Pipo_018.t01; +Pipo GenBank RBS 6492 6495 . + 1 Name=CPT_Pipo_018;Parent=CPT_Pipo_018; +Pipo GenBank gene 6683 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019;Name=CPT_Pipo_019; +Pipo GenBank mRNA 6693 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019.t01;Parent=CPT_Pipo_019; +Pipo GenBank CDS 6693 6923 . + 1 ID=CPT_Pipo_019.p01;Name=CPT_Pipo_019;Note=8.95155e-34 [Acinetobacter phage vB_AbaP_B5];Parent=CPT_Pipo_019.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 6693 6923 . + 1 Parent=CPT_Pipo_019.t01; +Pipo GenBank RBS 6683 6686 . + 1 Name=CPT_Pipo_019;Parent=CPT_Pipo_019; +Pipo GenBank gene 6899 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020;Name=CPT_Pipo_020; +Pipo GenBank mRNA 6913 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020.t01;Parent=CPT_Pipo_020; +Pipo GenBank CDS 6913 7137 . + 1 ID=CPT_Pipo_020.p01;Name=CPT_Pipo_020;Note=2.54819e-39 [Acinetobacter phage IME200];Parent=CPT_Pipo_020.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 6913 7137 . + 1 Parent=CPT_Pipo_020.t01; +Pipo GenBank RBS 6899 6903 . + 1 Name=CPT_Pipo_020;Parent=CPT_Pipo_020; +Pipo GenBank gene 7150 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021;Name=CPT_Pipo_021; +Pipo GenBank mRNA 7160 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021.t01;Parent=CPT_Pipo_021; +Pipo GenBank CDS 7160 7609 . + 1 ID=CPT_Pipo_021.p01;Name=CPT_Pipo_021;Note=IPR003615 potential putative HNH endonuclease,[1.0895e-17 Blast to T7 NP_041994.1]and [0.00047196 blast to phage K YP_009041447.1];Parent=CPT_Pipo_021.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 7160 7609 . + 1 Parent=CPT_Pipo_021.t01; +Pipo GenBank RBS 7150 7154 . + 1 Name=CPT_Pipo_021;Parent=CPT_Pipo_021; +Pipo GenBank gene 7672 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022;Name=CPT_Pipo_022; +Pipo GenBank mRNA 7687 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022.t01;Parent=CPT_Pipo_022; +Pipo GenBank CDS 7687 8394 . + 1 ID=CPT_Pipo_022.p01;Name=CPT_Pipo_022;Note=NP_877453.1 potential putative DNA-like primase,1.71113e-21;Parent=CPT_Pipo_022.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 7687 8394 . + 1 Parent=CPT_Pipo_022.t01; +Pipo GenBank RBS 7672 7674 . + 1 Name=CPT_Pipo_022;Parent=CPT_Pipo_022; +Pipo GenBank gene 8383 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023;Name=CPT_Pipo_023; +Pipo GenBank mRNA 8394 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023.t01;Parent=CPT_Pipo_023; +Pipo GenBank CDS 8394 8705 . + 1 ID=CPT_Pipo_023.p01;Name=CPT_Pipo_023;Note=3.11975e-49 [Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08 ];Parent=CPT_Pipo_023.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 8394 8705 . + 1 Parent=CPT_Pipo_023.t01; +Pipo GenBank RBS 8383 8386 . + 1 Name=CPT_Pipo_023;Parent=CPT_Pipo_023; +Pipo GenBank gene 8778 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024;Name=CPT_Pipo_024; +Pipo GenBank mRNA 8788 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024.t01;Parent=CPT_Pipo_024; +Pipo GenBank CDS 8788 10086 . + 1 ID=CPT_Pipo_024.p01;Name=CPT_Pipo_024;Note=3.12672e-62,NP_877454.1 [phiKMVp15];Parent=CPT_Pipo_024.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 8788 10086 . + 1 Parent=CPT_Pipo_024.t01; +Pipo GenBank RBS 8778 8781 . + 1 Name=CPT_Pipo_024;Parent=CPT_Pipo_024; +Pipo GenBank gene 10079 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025;Name=CPT_Pipo_025; +Pipo GenBank mRNA 10089 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025.t01;Parent=CPT_Pipo_025; +Pipo GenBank CDS 10089 10826 . + 1 ID=CPT_Pipo_025.p01;Name=CPT_Pipo_025;Parent=CPT_Pipo_025.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 10089 10826 . + 1 Parent=CPT_Pipo_025.t01; +Pipo GenBank RBS 10079 10081 . + 1 Name=CPT_Pipo_025;Parent=CPT_Pipo_025; +Pipo GenBank gene 10809 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026;Name=CPT_Pipo_026; +Pipo GenBank mRNA 10823 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026.t01;Parent=CPT_Pipo_026; +Pipo GenBank CDS 10823 11794 . + 1 ID=CPT_Pipo_026.p01;Name=CPT_Pipo_026;Note=2.84662e-63 NP_853585.1 PMID: 15028677,IPR012310;Parent=CPT_Pipo_026.t01;product=DNA ligase; +Pipo GenBank exon 10823 11794 . + 1 Parent=CPT_Pipo_026.t01; +Pipo GenBank RBS 10809 10813 . + 1 Name=CPT_Pipo_026;Parent=CPT_Pipo_026; +Pipo GenBank gene 11755 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027;Name=CPT_Pipo_027; +Pipo GenBank mRNA 11766 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027.t01;Parent=CPT_Pipo_027; +Pipo GenBank CDS 11766 11870 . + 1 ID=CPT_Pipo_027.p01;Name=CPT_Pipo_027;Note=YP_009288649.1;Parent=CPT_Pipo_027.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 11766 11870 . + 1 Parent=CPT_Pipo_027.t01; +Pipo GenBank RBS 11755 11757 . + 1 Name=CPT_Pipo_027;Parent=CPT_Pipo_027; +Pipo GenBank gene 11927 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028;Name=CPT_Pipo_028; +Pipo GenBank mRNA 11940 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028.t01;Parent=CPT_Pipo_028; +Pipo GenBank CDS 11940 12041 . + 1 ID=CPT_Pipo_028.p01;Name=CPT_Pipo_028;Note=blastp 6e-09 [Acinetobacter phage ABPK48-2];Parent=CPT_Pipo_028.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 11940 12041 . + 1 Parent=CPT_Pipo_028.t01; +Pipo GenBank RBS 11927 11931 . + 1 Name=CPT_Pipo_028;Parent=CPT_Pipo_028; +Pipo GenBank gene 12045 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029;Name=CPT_Pipo_029; +Pipo GenBank mRNA 12054 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029.t01;Parent=CPT_Pipo_029; +Pipo GenBank CDS 12054 12500 . + 1 ID=CPT_Pipo_029.p01;Name=CPT_Pipo_029;Note=0.000330846 [phageK_gp041] YP_009041447.1,IPR003615;Parent=CPT_Pipo_029.t01;product=putative HNH endonuclease; +Pipo GenBank exon 12054 12500 . + 1 Parent=CPT_Pipo_029.t01; +Pipo GenBank RBS 12045 12048 . + 1 Name=CPT_Pipo_029;Parent=CPT_Pipo_029; +Pipo GenBank gene 12485 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030;Name=CPT_Pipo_030; +Pipo GenBank mRNA 12497 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030.t01;Parent=CPT_Pipo_030; +Pipo GenBank CDS 12497 14815 . + 1 ID=CPT_Pipo_030.p01;Name=CPT_Pipo_030;Note=IPR001098,score%3D0 [phiKMVp19];Parent=CPT_Pipo_030.t01;product=putative DNA directed DNA polymerase; +Pipo GenBank exon 12497 14815 . + 1 Parent=CPT_Pipo_030.t01; +Pipo GenBank RBS 12485 12488 . + 1 Name=CPT_Pipo_030;Parent=CPT_Pipo_030; +Pipo GenBank gene 14794 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031;Name=CPT_Pipo_031; +Pipo GenBank mRNA 14805 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031.t01;Parent=CPT_Pipo_031; +Pipo GenBank CDS 14805 15038 . + 1 ID=CPT_Pipo_031.p01;Name=CPT_Pipo_031;Note=1.07353e-42 [Acinetobacter phage Fri1];Parent=CPT_Pipo_031.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 14805 15038 . + 1 Parent=CPT_Pipo_031.t01; +Pipo GenBank RBS 14794 14796 . + 1 Name=CPT_Pipo_031;Parent=CPT_Pipo_031; +Pipo GenBank gene 15023 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032;Name=CPT_Pipo_032; +Pipo GenBank mRNA 15035 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032.t01;Parent=CPT_Pipo_032; +Pipo GenBank CDS 15035 15925 . + 1 ID=CPT_Pipo_032.p01;Name=CPT_Pipo_032;Note=1.95456e-38 [phiKMVp21],contains membrane domain in the extracellular region.;Parent=CPT_Pipo_032.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 15035 15925 . + 1 Parent=CPT_Pipo_032.t01; +Pipo GenBank RBS 15023 15027 . + 1 Name=CPT_Pipo_032;Parent=CPT_Pipo_032; +Pipo GenBank gene 15972 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033;Name=CPT_Pipo_033; +Pipo GenBank mRNA 15982 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033.t01;Parent=CPT_Pipo_033; +Pipo GenBank CDS 15982 16101 . + 1 ID=CPT_Pipo_033.p01;Name=CPT_Pipo_033;Note=3.59438e-20 [Acinetobacter phage Abp1],PubMed: 24153188,hhpred ID: 9162599 HHPR,potential ATPase-dependent domain;Parent=CPT_Pipo_033.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 15982 16101 . + 1 Parent=CPT_Pipo_033.t01; +Pipo GenBank RBS 15972 15976 . + 1 Name=CPT_Pipo_033;Parent=CPT_Pipo_033; +Pipo GenBank gene 16123 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034;Name=CPT_Pipo_034; +Pipo GenBank mRNA 16134 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034.t01;Parent=CPT_Pipo_034; +Pipo GenBank CDS 16134 17087 . + 1 ID=CPT_Pipo_034.p01;Name=CPT_Pipo_034;Note=1.21811e-55 [phiKMVp22 protein];Parent=CPT_Pipo_034.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 16134 17087 . + 1 Parent=CPT_Pipo_034.t01; +Pipo GenBank RBS 16123 16126 . + 1 Name=CPT_Pipo_034;Parent=CPT_Pipo_034; +Pipo GenBank gene 17064 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035;Name=CPT_Pipo_035; +Pipo GenBank mRNA 17077 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035.t01;Parent=CPT_Pipo_035; +Pipo GenBank CDS 17077 17646 . + 1 ID=CPT_Pipo_035.p01;Name=CPT_Pipo_035;Note=1.49572e-124 [Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08],hhpred ID: 9993830 HHPR hits: 3H38_A%2C 1MIW_A%2C 3AQL_B,potential putative tRNA nucleotidyl transferase-related protein;Parent=CPT_Pipo_035.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 17077 17646 . + 1 Parent=CPT_Pipo_035.t01; +Pipo GenBank RBS 17064 17067 . + 1 Name=CPT_Pipo_035;Parent=CPT_Pipo_035; +Pipo GenBank gene 17630 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036;Name=CPT_Pipo_036; +Pipo GenBank mRNA 17643 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036.t01;Parent=CPT_Pipo_036; +Pipo GenBank CDS 17643 18083 . + 1 ID=CPT_Pipo_036.p01;Name=CPT_Pipo_036;Note=6.07803e-35,NP_877462.1[Pseudomonas phage phiKMV],IPR004211;Parent=CPT_Pipo_036.t01;product=putative DNA endonuclease VII; +Pipo GenBank exon 17643 18083 . + 1 Parent=CPT_Pipo_036.t01; +Pipo GenBank RBS 17630 17632 . + 1 Name=CPT_Pipo_036;Parent=CPT_Pipo_036; +Pipo GenBank gene 18074 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037;Name=CPT_Pipo_037; +Pipo GenBank mRNA 18087 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037.t01;Parent=CPT_Pipo_037; +Pipo GenBank CDS 18087 19022 . + 1 ID=CPT_Pipo_037.p01;Name=CPT_Pipo_037;Note=InterPro:IPR004843,Metallo-dependent phosphatase-like;Parent=CPT_Pipo_037.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 18087 19022 . + 1 Parent=CPT_Pipo_037.t01; +Pipo GenBank RBS 18074 18077 . + 1 Name=CPT_Pipo_037;Parent=CPT_Pipo_037; +Pipo GenBank gene 19007 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038;Name=CPT_Pipo_038; +Pipo GenBank mRNA 19022 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038.t01;Parent=CPT_Pipo_038; +Pipo GenBank CDS 19022 19672 . + 1 ID=CPT_Pipo_038.p01;Name=CPT_Pipo_038;Note=2.64031e-7,NP_944963.1,InterPro:IPR027417;Parent=CPT_Pipo_038.t01;product=deoxynucleotide monophosphate kinase; +Pipo GenBank exon 19022 19672 . + 1 Parent=CPT_Pipo_038.t01; +Pipo GenBank RBS 19007 19011 . + 1 Name=CPT_Pipo_038;Parent=CPT_Pipo_038; +Pipo GenBank gene 19671 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039;Name=CPT_Pipo_039; +Pipo GenBank mRNA 19681 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039.t01;Parent=CPT_Pipo_039; +Pipo GenBank CDS 19681 22098 . + 1 ID=CPT_Pipo_039.p01;Name=CPT_Pipo_039;Note=3.40462e-76 NP_041960.1,IPR002092,T7-like RNA polymerase;Parent=CPT_Pipo_039.t01;product=RNA polymerase; +Pipo GenBank exon 19681 22098 . + 1 Parent=CPT_Pipo_039.t01; +Pipo GenBank RBS 19671 19675 . + 1 Name=CPT_Pipo_039;Parent=CPT_Pipo_039; +Pipo GenBank gene 22190 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040;Name=CPT_Pipo_040; +Pipo GenBank mRNA 22202 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040.t01;Parent=CPT_Pipo_040; +Pipo GenBank CDS 22202 22399 . + 1 ID=CPT_Pipo_040.p01;Name=CPT_Pipo_040;Note=1.62918e-40 [Acinetobacter phage vB_AbaP_AS11];Parent=CPT_Pipo_040.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 22202 22399 . + 1 Parent=CPT_Pipo_040.t01; +Pipo GenBank RBS 22190 22194 . + 1 Name=CPT_Pipo_040;Parent=CPT_Pipo_040; +Pipo GenBank gene 22383 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041;Name=CPT_Pipo_041; +Pipo GenBank mRNA 22396 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041.t01;Parent=CPT_Pipo_041; +Pipo GenBank CDS 22396 22647 . + 1 ID=CPT_Pipo_041.p01;Name=CPT_Pipo_041;Note=6.15327e-54 blast to [Acinetobacter phage vB_AbaP_B09_Aci08];Parent=CPT_Pipo_041.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 22396 22647 . + 1 Parent=CPT_Pipo_041.t01; +Pipo GenBank RBS 22383 22387 . + 1 Name=CPT_Pipo_041;Parent=CPT_Pipo_041; +Pipo GenBank gene 22646 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042;Name=CPT_Pipo_042; +Pipo GenBank mRNA 22656 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042.t01;Parent=CPT_Pipo_042; +Pipo GenBank CDS 22656 24212 . + 1 ID=CPT_Pipo_042.p01;Name=CPT_Pipo_042;Note=InterPro:IPR020991,2.31306e-51 NP_041995.1[bacteriophage T7];Parent=CPT_Pipo_042.t01;product=head-tail connector protein; +Pipo GenBank exon 22656 24212 . + 1 Parent=CPT_Pipo_042.t01; +Pipo GenBank RBS 22646 22650 . + 1 Name=CPT_Pipo_042;Parent=CPT_Pipo_042; +Pipo GenBank gene 24211 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043;Name=CPT_Pipo_043; +Pipo GenBank mRNA 24221 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043.t01;Parent=CPT_Pipo_043; +Pipo GenBank CDS 24221 25081 . + 1 ID=CPT_Pipo_043.p01;Name=CPT_Pipo_043;Note=score%3D0 blast to [Acinetobacter phage vB_AbaP_B3];Parent=CPT_Pipo_043.t01;product=putative scaffolding protein; +Pipo GenBank exon 24221 25081 . + 1 Parent=CPT_Pipo_043.t01; +Pipo GenBank RBS 24211 24215 . + 1 Name=CPT_Pipo_043;Parent=CPT_Pipo_043; +Pipo GenBank gene 25083 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044;Name=CPT_Pipo_044; +Pipo GenBank mRNA 25097 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044.t01;Parent=CPT_Pipo_044; +Pipo GenBank CDS 25097 26128 . + 1 ID=CPT_Pipo_044.p01;Name=CPT_Pipo_044;Note=1.92669e-49 NP_877471.1 [phiKMV] PMID: 16436440,Q7Y2D3;Parent=CPT_Pipo_044.t01;product=major capsid protein; +Pipo GenBank exon 25097 26128 . + 1 Parent=CPT_Pipo_044.t01; +Pipo GenBank RBS 25083 25087 . + 1 Name=CPT_Pipo_044;Parent=CPT_Pipo_044; +Pipo GenBank gene 26170 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045;Name=CPT_Pipo_045; +Pipo GenBank mRNA 26184 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045.t01;Parent=CPT_Pipo_045; +Pipo GenBank CDS 26184 26369 . + 1 ID=CPT_Pipo_045.p01;Name=CPT_Pipo_045;Note=detected coil segment,PMID: 20816983,hhpred ID: 1724640 HHPR pdb: 2XDJ;Parent=CPT_Pipo_045.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 26184 26369 . + 1 Parent=CPT_Pipo_045.t01; +Pipo GenBank RBS 26170 26174 . + 1 Name=CPT_Pipo_045;Parent=CPT_Pipo_045; +Pipo GenBank gene 26371 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046;Name=CPT_Pipo_046; +Pipo GenBank mRNA 26381 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046.t01;Parent=CPT_Pipo_046; +Pipo GenBank CDS 26381 26674 . + 1 ID=CPT_Pipo_046.p01;Name=CPT_Pipo_046;Note=potential tail needle. hhpred ID number: 3392758 HHPR pdb hit: 4ZXQ,PMID: 26574546;Parent=CPT_Pipo_046.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 26381 26674 . + 1 Parent=CPT_Pipo_046.t01; +Pipo GenBank RBS 26371 26375 . + 1 Name=CPT_Pipo_046;Parent=CPT_Pipo_046; +Pipo GenBank gene 26730 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047;Name=CPT_Pipo_047; +Pipo GenBank mRNA 26746 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047.t01;Parent=CPT_Pipo_047; +Pipo GenBank CDS 26746 27372 . + 1 ID=CPT_Pipo_047.p01;Name=CPT_Pipo_047;Note=InterPro:IPR033767 tail tubular protein gp11,1.20181e-16 NP_877472.1;Parent=CPT_Pipo_047.t01;product=tail tubular protein A; +Pipo GenBank exon 26746 27372 . + 1 Parent=CPT_Pipo_047.t01; +Pipo GenBank RBS 26730 26733 . + 1 Name=CPT_Pipo_047;Parent=CPT_Pipo_047; +Pipo GenBank gene 27371 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048;Name=CPT_Pipo_048; +Pipo GenBank mRNA 27381 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048.t01;Parent=CPT_Pipo_048; +Pipo GenBank CDS 27381 29672 . + 1 ID=CPT_Pipo_048.p01;Name=CPT_Pipo_048;Note=7.22201e-87 phiKMV;Parent=CPT_Pipo_048.t01;product=tail tubular protein B; +Pipo GenBank exon 27381 29672 . + 1 Parent=CPT_Pipo_048.t01; +Pipo GenBank RBS 27371 27375 . + 1 Name=CPT_Pipo_048;Parent=CPT_Pipo_048; +Pipo GenBank gene 29659 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049;Name=CPT_Pipo_049; +Pipo GenBank mRNA 29672 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049.t01;Parent=CPT_Pipo_049; +Pipo GenBank CDS 29672 30343 . + 1 ID=CPT_Pipo_049.p01;Name=CPT_Pipo_049;Note=7.47139e-159 [Acinetobacter phage IME200];Parent=CPT_Pipo_049.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 29672 30343 . + 1 Parent=CPT_Pipo_049.t01; +Pipo GenBank RBS 29659 29662 . + 1 Name=CPT_Pipo_049;Parent=CPT_Pipo_049; +Pipo GenBank gene 30347 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050;Name=CPT_Pipo_050; +Pipo GenBank mRNA 30356 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050.t01;Parent=CPT_Pipo_050; +Pipo GenBank CDS 30356 33241 . + 1 ID=CPT_Pipo_050.p01;Name=CPT_Pipo_050;Note=1.5824e-89 [Acinetobacter phage AB3];Parent=CPT_Pipo_050.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 30356 33241 . + 1 Parent=CPT_Pipo_050.t01; +Pipo GenBank RBS 30347 30351 . + 1 Name=CPT_Pipo_050;Parent=CPT_Pipo_050; +Pipo GenBank gene 33240 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051;Name=CPT_Pipo_051; +Pipo GenBank mRNA 33251 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051.t01;Parent=CPT_Pipo_051; +Pipo GenBank CDS 33251 36349 . + 1 ID=CPT_Pipo_051.p01;Name=CPT_Pipo_051;Note=putative membrane protein,blast to phiKMV with score %3D7.0935e-9;Parent=CPT_Pipo_051.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 33251 36349 . + 1 Parent=CPT_Pipo_051.t01; +Pipo GenBank RBS 33240 33245 . + 1 Name=CPT_Pipo_051;Parent=CPT_Pipo_051; +Pipo GenBank gene 36341 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052;Name=CPT_Pipo_052; +Pipo GenBank mRNA 36356 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052.t01;Parent=CPT_Pipo_052; +Pipo GenBank CDS 36356 38392 . + 1 ID=CPT_Pipo_052.p01;Name=CPT_Pipo_052;Note=potential tail fiber/tail spike,5924656 HHPR hit 5JS4_C%3B 6EU4_C%3B 5W5P (To be published by Leiman),PMID: 28209973;Parent=CPT_Pipo_052.t01;product=tailspike protein; +Pipo GenBank exon 36356 38392 . + 1 Parent=CPT_Pipo_052.t01; +Pipo GenBank RBS 36341 36344 . + 1 Name=CPT_Pipo_052;Parent=CPT_Pipo_052; +Pipo GenBank gene 38392 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053;Name=CPT_Pipo_053; +Pipo GenBank mRNA 38402 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053.t01;Parent=CPT_Pipo_053; +Pipo GenBank CDS 38402 38737 . + 1 ID=CPT_Pipo_053.p01;Name=CPT_Pipo_053;Note=7.76278e-74,IPR006481,detected three transmembrane domains;Parent=CPT_Pipo_053.t01;product=holin; +Pipo GenBank exon 38402 38737 . + 1 Parent=CPT_Pipo_053.t01; +Pipo GenBank RBS 38392 38396 . + 1 Name=CPT_Pipo_053;Parent=CPT_Pipo_053; +Pipo GenBank gene 38715 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054;Name=CPT_Pipo_054; +Pipo GenBank mRNA 38724 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054.t01;Parent=CPT_Pipo_054; +Pipo GenBank CDS 38724 39281 . + 1 ID=CPT_Pipo_054.p01;Name=CPT_Pipo_054;Note=IPR023346 1.63e-19,Random endo-hydrolysis of N-acetyl-beta-D-glucosaminide (1->4)-beta-linkages in chitin and chitodextrins.;Parent=CPT_Pipo_054.t01;product=endolysin; +Pipo GenBank exon 38724 39281 . + 1 Parent=CPT_Pipo_054.t01; +Pipo GenBank RBS 38715 38718 . + 1 Name=CPT_Pipo_054;Parent=CPT_Pipo_054; +Pipo GenBank gene 39280 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055;Name=CPT_Pipo_055; +Pipo GenBank mRNA 39290 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055.t01;Parent=CPT_Pipo_055; +Pipo GenBank CDS 39290 39598 . + 1 ID=CPT_Pipo_055.p01;Name=CPT_Pipo_055;Note=1.10536e-8 [phiKMV];Parent=CPT_Pipo_055.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 39290 39598 . + 1 Parent=CPT_Pipo_055.t01; +Pipo GenBank RBS 39280 39284 . + 1 Name=CPT_Pipo_055;Parent=CPT_Pipo_055; +Pipo GenBank gene 39598 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056;Name=CPT_Pipo_056; +Pipo GenBank mRNA 39608 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056.t01;Parent=CPT_Pipo_056; +Pipo GenBank CDS 39608 41545 . + 1 ID=CPT_Pipo_056.p01;Name=CPT_Pipo_056;Note=4.73143e-112,probably DNA maturase B phiKMV;Parent=CPT_Pipo_056.t01;product=large terminase subunit; +Pipo GenBank exon 39608 41545 . + 1 Parent=CPT_Pipo_056.t01; +Pipo GenBank RBS 39598 39602 . + 1 Name=CPT_Pipo_056;Parent=CPT_Pipo_056; +Pipo GenBank gene 41528 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057;Name=CPT_Pipo_057; +Pipo GenBank mRNA 41542 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057.t01;Parent=CPT_Pipo_057; +Pipo GenBank CDS 41542 41676 . + 1 ID=CPT_Pipo_057.p01;Name=CPT_Pipo_057;Note=1.21677e-21 Acinetobacter phage vB_AbaP_B3;Parent=CPT_Pipo_057.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 41542 41676 . + 1 Parent=CPT_Pipo_057.t01; +Pipo GenBank RBS 41528 41533 . + 1 Name=CPT_Pipo_057;Parent=CPT_Pipo_057; +Pipo GenBank gene 41624 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058;Name=CPT_Pipo_058; +Pipo GenBank mRNA 41636 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058.t01;Parent=CPT_Pipo_058; +Pipo GenBank CDS 41636 41839 . + 1 ID=CPT_Pipo_058.p01;Name=CPT_Pipo_058;Note=1.12427e-36,Acinetobacter phage vB_AbaP_B5;Parent=CPT_Pipo_058.t01;product=hypothetical protein; +Pipo GenBank exon 41636 41839 . + 1 Parent=CPT_Pipo_058.t01; +Pipo GenBank RBS 41624 41628 . + 1 Name=CPT_Pipo_058;Parent=CPT_Pipo_058;