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# Date 1651232109 0
# Node ID 9a54a11387b5be34fac5dfb1b1f5368715707695

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diff -r 000000000000 -r 9a54a11387b5 cpt-macros.xml
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+	<xml name="gff_requirements">
+		<requirements>
+			<requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
+			<requirement type="package" version="1.65">biopython</requirement>
+			<requirement type="package" version="2.12.1">requests</requirement>
+			<yield/>
+		</requirements>
+		<version_command>
+		<![CDATA[
+			cd $__tool_directory__ && git rev-parse HEAD
+		]]>
+		</version_command>
+	</xml>
+	<xml name="citation/mijalisrasche">
+		<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+		<citation type="bibtex">@unpublished{galaxyTools,
+		author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+		title = {CPT Galaxy Tools},
+		year = {2013-2017},
+		note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+		}
+		</citation>
+	</xml>
+	<xml name="citations">
+		<citations>
+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+			<citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2013-2017},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+			</citation> 
+		<yield/>
+		</citations>
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+    	<xml name="citations-crr">
+		<citations>
+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+			<citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Ross},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2020-},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+			</citation>
+		<yield/>
+		</citations>
+	</xml>
+        <xml name="citations-2020">
+		<citations>
+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+			<citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {E. Mijalis, H. Rasche},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2013-2017},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+			</citation>
+                        <citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {A. Criscione},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2019-2021},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+                        </citation>
+                        <yield/>
+		</citations>
+	</xml>
+        <xml name="citations-2020-AJC-solo">
+		<citations>
+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+                        <citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {A. Criscione},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2019-2021},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+                        </citation>
+                        <yield/>
+		</citations>
+	</xml>
+        <xml name="citations-clm">
+		<citations>
+			<citation type="doi">10.1371/journal.pcbi.1008214</citation>
+			<citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Maughmer},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2017-2020},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+			</citation>
+                        <yield/>
+		</citations>
+	</xml>
+        <xml name="sl-citations-clm">
+			<citation type="bibtex">
+			@unpublished{galaxyTools,
+				author = {C. Maughmer},
+				title = {CPT Galaxy Tools},
+				year = {2017-2020},
+				note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/}
+			}
+			</citation>
+                        <yield/>
+	</xml>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 9a54a11387b5 macros.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Apr 29 11:35:09 2022 +0000
@@ -0,0 +1,56 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<macros>
+	<xml name="requirements">
+		<requirements>
+			<requirement type="package" version="3.7">python</requirement>
+			<requirement type="package" version="1.77">biopython</requirement>
+			<requirement type="package" version="1.1.3">cpt_gffparser</requirement>  
+			<yield/>
+		</requirements>
+	</xml>
+	<xml name="genome_selector">
+		<conditional name="reference_genome">
+			<param name="reference_genome_source" type="select" label="Reference Genome">
+				<option value="history" selected="True">From History</option>
+				<option value="cached">Locally Cached</option>
+			</param>
+			<when value="cached">
+				<param name="fasta_indexes" type="select" label="Source FASTA Sequence">
+					<options from_data_table="all_fasta"/>
+				</param>
+			</when>
+			<when value="history">
+				<param name="genome_fasta" type="data" format="fasta" label="Source FASTA Sequence"/>
+			</when>
+		</conditional>
+	</xml>
+	<xml name="gff3_input">
+		<param label="GFF3 Annotations" name="gff3_data" type="data" format="gff3"/>
+	</xml>
+	<xml name="input/gff3+fasta">
+		<expand macro="gff3_input" />
+		<expand macro="genome_selector" />
+	</xml>
+	<token name="@INPUT_GFF@">
+	"$gff3_data"
+	</token>
+	<token name="@INPUT_FASTA@">
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+		"${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+		genomeref.fa
+#end if
+	</token>
+	<token name="@GENOME_SELECTOR_PRE@">
+#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history':
+		ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa;
+#end if
+	</token>
+	<token name="@GENOME_SELECTOR@">
+#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached':
+		"${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}"
+#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history':
+		genomeref.fa
+#end if
+	</token>
+</macros>
diff -r 000000000000 -r 9a54a11387b5 metagene.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/metagene.xml	Fri Apr 29 11:35:09 2022 +0000
@@ -0,0 +1,23 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="cpt.external.metagene" name="MetaGeneAnnotator" version="22.0.0">
+  <description>MetaGeneAnnotator is a gene-finding program for prokaryote and phage.</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="1.0">metagene_annotator</requirement>
+  </requirements>
+  <command>mga $fasta -s > $output
+</command>
+  <inputs>
+    <param format="fasta" name="fasta" help="Input Fasta file" optional="False" label="fasta" type="data"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output" format="tabular"/>
+  </outputs>
+  <help>
+</help>
+  <tests>
+                <test>
+			<param name="fasta" value="MGA_In.fasta" />
+			<output name="output" value="MGA_Out.tabular" />
+		</test>
+  </tests>
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 9a54a11387b5 test-data/MGA_In.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/MGA_In.fasta	Fri Apr 29 11:35:09 2022 +0000
@@ -0,0 +1,2936 @@
+>Miro
+TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT
+TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG
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+GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT
+CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG
+TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC
+ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC
+CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA
+ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT
+ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC
+TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG
+CCCTTCGTATACAACCGTAATGAACGATTCAGATCCGATCATACGCGGTACAGTGTCTGA
+TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT
+AACGCGCCCAATGGTTCGGGCGCTTACGTTGAACTGTTGGGCCAGTGCTGTTTTACTTGC
+CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT
+TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA
+CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA
+AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT
+GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA
+TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA
+TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT
+TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA
+GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC
+CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA
+CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT
+AAGCGGCTATATTCATCAATACCATACAACCGAACACCTGGGGCTTTATCCAGTGATAAA
+AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA
+TAACGATATACGGTCGGGGTTTTTGGGCGCGGTTCTGAATTTTTCGGTGCATATAGCGCT
+TTTGATTTTTCGCGATCTGCATCATAGATCTCTTTTTCTTTTGTCATTTCACTGGTACGG
+AGATACACAATTTCCGATTCATCAAAATGACCTTTCCGAACGATATCATTAACAATCTCA
+CGCTTTGAATCACTATCGTAATATGCAACAAAGCTAACACGGCTTAGGTTATGCATTTTA
+GCATACCCGACGATATACGGTTTAACCGTGTTGGTATCCACTTTTAACAGAATGAGTTTC
+TTCTGTTTCCACGGATAATAAATGCGTGTGATGTCCTGGCGTTTGGTTGTTTCTGGCTTA
+TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT
+TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG
+CTATGGATCCAGCCAATAGAATCACCATTGATGCGAAAATTAGCATCTTTACCAACAAAG
+TTTTGTACCATTGAAGGCAGAGAATGGAACCACGTCAGTTTATCACGCACGGTTTGTAAC
+TTATCGAATTCTGATTTAACTCGATTGAAATATACCCGGCTGATTTGTTTCAGACGTTCT
+TTAACAATCCCTACTGTCATTTTATCCATACTCAACTCTTCGCGAGAAGGCATGAAATCA
+AGTTCACCGATCGGGAAGTCAATAATATACGTATACTGGCTTTCTGTATAGCAATAGAAC
+ATCGAGGTATCATACAAATCTTTATCCAGAGGATAAATGATGTTACCCATGCGAGCATAT
+ACACCGCTAGTGTATGCTGATTTATGACGGATCACCCCGCTATCGTTGGTTGCTTCTTTC
+GGCTGATAGTTGATTTTGAGAATAGAAGCACCAACAAAGTTAGGACGAATATCAGTAAAT
+GATTCGTATACCCTTGCTGCTTCGTTTTCCCATTCTTTGATATCTTCAACCTTAACCGGA
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+GGTTCCCCATCATCCATATAGATTGTGTAACCGCATTTGATACCGTCTTTTACGGATTCC
+ACCGTGAAAGCATCGGAATAGCAAAGCGGAGATTTGCAACCCAGACCCATAGAACCGATC
+AGGTCGTTTGAATCATTTTTAGTTGATTCGAAGTAAACGGTAAACGCATCACTAACGAAA
+TCAGGAGACATACCGATCCCGTAGTCACGAATAACAAAACGAGGATCAACAGCAGTTGGC
+AACTGGACATCAAACGGGTTCTGATTTCCCGCTTCTTTGTGTCCATCAATCGCATTACAA
+GACAGTTCGCGAATGATTGCGCGGATCTTGTATTTGTATACTGTCGAAGAAAGGATCTTA
+TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA
+ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC
+ATTAAAAATAACTTGGTCACAAGAGTACTTCGTTGGCTTTTTGTTCAGACCATATTCTAC
+TACTTCACAATAGGTGTCAAGGAATTTTACCAATTTTTCTTCCTCGACCTGCTGTTTCTT
+CATATCAAGGATACCCCACACGATAGCCCCGATAATGACAGAAAAGAACGCACAAAATCC
+GAATATGGTCAGATATTTTCCCAACTTAGGCGCATTATAACGTGTCATACCTTACCCCTC
+TTTGCGAATGTATGCAAGTTCTTCATGGGTTACTGGACGGATATACAGACGGCCTTTTGT
+ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC
+GTTGTAAAACTTCTTATCAGCTTTAGCCTGATAGACTTCACGGCCTTGATAATCTTTCAT
+GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT
+ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC
+ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC
+GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA
+ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA
+ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT
+CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT
+TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC
+TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG
+TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT
+TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA
+AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT
+GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA
+TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT
+TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC
+AGGATCTTTTCACGGGTTAACCCATTAGCATACTCTCGCTTGAGCGTTACTTCATACCGA
+AAATCTTCTTTCGATAGATCCTTGTAGCTAACGATAACGCCTTTTTCTTCCAGCTTGTCA
+AGGATTGCAATGTATTTCACACGGTCATATTTCACTGGGATCTCAGTGATCACCAATTTG
+GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG
+TAAGGATATTTCAGATCCAGTGTGAAATCTTTATCATTCAGATATGCAATACACCCGTTA
+ACAACTGATTTAGGATCATGAGGCGGAATGTTTGTTGCATATGCTTTTGCAATCCCGCTA
+AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC
+GGATCTTCATGAACTGGCGTTAAATCACCATCCATATAAATTGCTTTGAATATTGGCGAT
+AGTTTACACTTGATGTAACGAGGTGCGCCAGGTTTCTTAACCAAACGGGAACCAAAGAAC
+CCATCACGGTCGAATAACGGAATGTTATTGCACCAGTGCGCCGCCATAAGGGATAACGCT
+TCTTCTACAGAGGTTTCCCCGTGGTGATACCCATACATAGCAACACCGCCAGCGATAGAA
+GCTACTTTCTGAAATCCCGTTCCGCCCTGCATAGCAGAGTGAATAAAGAAACGGTGAACG
+GGTTTAAACCCGTCTACCAGGTGCGGGATCGCACGTGAATAAATCGTGTAAAGGGCAAAC
+GTTAGCCCTTCCACCTGTACAACATCTTTAATACTTCTTTCCATTAGTCAACCTTAGAAA
+ATTTGTGTTTTCCATTAACCCAATCTTTACGCGGATCAGATTCGTCGCCGAAGCATAGTT
+CTAACACTTCTTTGTATTCGTCGTCAAGTACAATGACATCATACTTCAACTGATCACCCA
+GAACACGGTCGTAATCTTCTTTGCGTAAAGAACCCAGCCCCTTGATATATCGTACATCTT
+TTGCTTTATCGCGGAACGGTGCAAACTCATCAAGAGAATAGAACCATTTTTCCTCGCGCC
+CAACTTTAGCGATAACGATCGGGGTTCGAATATATCGGATCCGTTTCTCAGTGAACAAAG
+AAGGCCAACGGCTAAAGAATGCAAGCAACAGAGTTAAAATGTCACCACCGTCAACGTCAG
+CATCGACCATGATGCCGATATTATCATAAGTCATTCCGGAAGTATCACCAGGATGAATAT
+TGAGGATAGCCATTAGCTCAAACAGTTCTTTGTTTTTGATAATGTCTGTAAAACTCATAC
+CCCATGTATTCAGAGGCTTACCACGTAGCGGGAAAGCGCCTTGTGTTTCTTCGTTACGGC
+ATTCGATGAACTGACCAACAGCGGAATCACCTTCTGTCAGAAACAATGTTGTTTCTACCC
+CTGGAGTATCGATACCGGAAGCCGGAACGTGTTTAGCAATCTTTGCCTTTTTCGCTTTCT
+TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA
+TGATCGGAGTAATGATTTCTGGAGTATCCATAATCATTTTTGCGATCTTTTTGTAATTCA
+AATTCGCATGATTGTTAAACTCACCTGCTGTATTTGCCAATCGCTCTTTTGTTTGGCTAT
+CGAATGCAGGTGCATTAAAGTTATGCAGGAATACCACAAGAGTTAAGCATTCTTTTACAC
+GTGCTTTCGGGATCTCGATACTATGCTTTTTCTTGATCATCGGTTCAAGTTCAGAATAGA
+TACCATCGATCATACACTCAACATGAACACCGCCATTTTTCGTATCCAGACCGTTAACAA
+AGGATTTCTGTTTAAACCCGTCCTCAGTGCTCGCCAGAATGAAGCTGAGGCGATTATTTG
+TCTGGACAATGGTTTTATCCCCATACATGGAAGCGTACAGCGGGAAGCGATTAGAGAGCG
+TTTCGCCGTTATATGTGAATTTCACGGACGGGAAAGCAACGGCAAGGGCCATTAAGCGAT
+CCTTAATCACTTCTTTGGTTTCTTCATCGATACCAGTTACACCAAACATAGAGAAGTCTG
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+AAATCGAGCTATAACAGTTTGTCAGGAAAGAACCAACACCATTCATACCCATCGTTACGC
+GGTTTTTATCATCGAAGTTAGAACCCGATTTTGCCATAGTCCATGCCGCAACTGGTTTAG
+GAACTATTTTCCCATCTGGGGTTTTTACATCATCCTGGGGAATACCGCGCCCGTTATCAG
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+CCACGTACTCAACCTTGCGATATTGGCCCATTATGAAACGTTCATGCGCTTCTTTGTTAA
+CCGATCCGACGTACATATTTGGACGCAACCGAATATGATCGCGATCGCTCATACAAAATG
+ATTCGTCAACCTTTGCGCCTTTTTTGGCTGGTTGTGGTTTCTGTTCTGGTTCATCATCTG
+CCAGAAGAAAATCTAAACTCATATTCACCTCTTTGTTTAATCACTGACATTATATAGGGT
+TCTATGAAAAAGAAAACCCCTTTCGGGGTTTACTTGTTATAAGGGAAACCATCACGAACC
+ATTTGAGGTTTATCAACCGTTCGTTTTGCTTCGCCTCCGCAATCACAATCTTTCGGTGCA
+TCACGGGTAGCAATGCTTGCCATTTTTGGAAATTCTTTATTACACTTGGTGCATTTATAG
+GTATAGGTAGGCATTAATAAATCTCTTTTAAACTCAACATCTTAACTAAACGGGCTTTGT
+CTATGTCAAAAACACATTGACGTGCGCCCGGATACAACTTTTCAACTTCGTATACCATGC
+AGACGAAACCAACATTGTGCATGTACTCGCGTTCATATGCATTGAACCAACGAGAAAGGC
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+CAAGGTTGCGCATCAATCGATTATCGTCATCCGGCGCTGGATGTCGGTGATCATCCATAT
+CAATATAGATATCAGGATTCATACAGAATTGATCAAGCCATTCAGCGGTATCCATCGACA
+AATAACGATTGACATATGGGCCACTTTTTGTTTGCCATTTTTCTGTACAATCATTCCAGA
+AAGAACAAGAAAATTCCACACGATATACGAACATGATATAATCCTCACAAGTAAACTCAA
+GGTTTACAAGTACGATACCACTTATCTAATTTTTCTGCAAGCATTTCGTTGATAATTTTT
+GCAATTTCGTACCGTCCGTGAGTAGTACCCAGTTCCAGGTAAATCACATCAAGTGCGCAC
+ACAATCGCATCAATACTTTCTTCAACGATATTACCGCCGCGTTGAGGTTGAATGAGGCAT
+TCGCTGATCTCACCAACTTCCGCTGATAGGTGATGAACCACATCACTCTTCGTGCGTTTC
+TTCACTTTATGAGCGATTTCAAAAAACTTATCAAGTACGATCGCCGTTTCTTCTCGCGTT
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+GCGTTCAGCCATTAGATCTTCTCCCATGTATACCGAAGTAGTTTCTTCGTTGTAATGGGT
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