# HG changeset patch # User cpt_testbed # Date 1651231507 0 # Node ID 55414aa8c226bec58cedb12ebf61ffa3eb7c0ddc Uploaded diff -r 000000000000 -r 55414aa8c226 cpt-macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt-macros.xml Fri Apr 29 11:25:07 2022 +0000 @@ -0,0 +1,115 @@ + + + + + python + biopython + requests + + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Ross}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2020-}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {E. Mijalis, H. Rasche}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2013-2017}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {A. Criscione}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2019-2021}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + 10.1371/journal.pcbi.1008214 + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + + + + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Maughmer}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2017-2020}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + + + + diff -r 000000000000 -r 55414aa8c226 cpt_convert_glimmer_to_gff3.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py Fri Apr 29 11:25:07 2022 +0000 @@ -0,0 +1,91 @@ +#!/usr/bin/env python +import sys +import argparse +from CPT_GFFParser import gffParse, gffWrite, gffSeqFeature +from Bio import SeqIO +from Bio.SeqFeature import SeqFeature +from Bio.SeqFeature import FeatureLocation +import logging + +logging.basicConfig(level=logging.INFO) + + +def glimmer3_to_gff3(glimmer, genome): + seq_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome, "fasta")) + + current_record = None + for line in glimmer: + if line.startswith(">"): + chromId = line.strip().replace(">", "") + if chromId in seq_dict: + if current_record is not None: + yield current_record + current_record = seq_dict[chromId] + else: + raise Exception( + "Found results for sequence %s which was not in fasta file sequences (%s)" + % (chromId, ", ".join(seq_dict.keys())) + ) + + if not line.startswith(">"): + (gene_id, gstart, gend, phase, score) = line.strip().split() + gstart = int(gstart) + gend = int(gend) + + if "+" in phase: + strand = 1 + start = gstart + end = gend + else: + strand = -1 + start = gend + end = gstart + + # Correct for gff3 + start -= 1 + + if start > end: + #gene found on boundary (ex [4000, 200]) from glimmer assuming circular genome + #-------------start<=======|sequence end|========>end------ + if strand > 0: + end = len(current_record) + else: + start = 0 + gene_id+="_truncated" + + cds_feat = gffSeqFeature( + FeatureLocation(start, end), + type="CDS", + strand=strand, + id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + qualifiers={ + "source": "Glimmer3", + "ID": "%s.cds_%s" % (current_record.id, gene_id), + }, + source="Glimmer3" + ) + + gene = gffSeqFeature( + FeatureLocation(start, end), + type="gene", + strand=strand, + id="%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + qualifiers={ + "source": "Glimmer3", + "ID": "%s.%s" % (current_record.id, gene_id), + }, + source="Glimmer3" + ) + gene.sub_features = [cds_feat] + current_record.features.append(gene) + yield current_record + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Convert Glimmer to GFF3") + parser.add_argument("glimmer", type=argparse.FileType("r"), help="Glimmer3 Output") + parser.add_argument("genome", type=argparse.FileType("r"), help="Fasta Genome") + args = parser.parse_args() + + for result in glimmer3_to_gff3(**vars(args)): + gffWrite([result], sys.stdout) diff -r 000000000000 -r 55414aa8c226 cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cpt_convert_glimmer_to_gff3.xml Fri Apr 29 11:25:07 2022 +0000 @@ -0,0 +1,41 @@ + + + convert formats + + cpt-macros.xml + macros.xml + + + +@GENOME_SELECTOR_PRE@ + +python $__tool_directory__/cpt_convert_glimmer_to_gff3.py +$glimmer +@GENOME_SELECTOR@ +> $data + + + + + + + + + + + + + + + + + + + **What it does** + + Converts an input Glimmer3 table to the GFF3 format. If the Glimmer3 output indicates a gene wrapping + around over the sequence boundary (as if circular) then it will only convert the upstream fragment and + label it as "_truncated" in the resulting GFF. + + + diff -r 000000000000 -r 55414aa8c226 macros.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Fri Apr 29 11:25:07 2022 +0000 @@ -0,0 +1,56 @@ + + + + + python + biopython + cpt_gffparser + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + "$gff3_data" + + +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + + +#if $reference_genome.reference_genome_source == 'history': + ln -s $reference_genome.genome_fasta genomeref.fa; +#end if + + +#if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'cached': + "${reference_genome.fasta_indexes.fields.path}" +#else if str($reference_genome.reference_genome_source) == 'history': + genomeref.fa +#end if + + diff -r 000000000000 -r 55414aa8c226 test-data/ConvGlim_In.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/ConvGlim_In.fasta Fri Apr 29 11:25:07 2022 +0000 @@ -0,0 +1,2936 @@ +>Miro +TTAGTAATGGCTAAAACCATATGTAACATCAATCATGACTTTATAACGGCATACACGCAT +TTTTGCGTTATTGTAATCCACTGGGATCGCTACCACGTCAGCAGGATCCACCTTTACCTG +AATGACTCTACCAACACCGCCCCCGTAGTGTGGAAGGTATGATTTAGCCGCAACGTGTAG +GCCAGTAGAACAGGTGCGCGTTTTATCTTCGTCTACCATGTTTCGAGGCATGGAGACAGT +CACACCAGGACTATTATCAAATTTGCCAGTAGCGAGATCTTTATAGTTATCGCGCACACG +TTTCCAGGCAAGGAAACAACCATCATCGGTCAGTTCAATGTCATTATGTACAAGGAACCC +ATAAAGCTGGTATACAGCATCGCGTGAAGGGTTTCGCATCAACCGTTCAAAGAAGTTCAC +CAGATGTTCATACGGACGATCGTTATACATTTCGCGAATGATTCGTTGAGTGATATCAGA +ATCAAACACTACATCTTTATATAGAAGCTGATGACCAATGATTTTAATGTTGCCTTTGCT +ATAGGTTCGGATCGCTTCTTGAGTATCCAAACAAGTTACAGCACCTTTGACATCACCAGC +TTTCAGCATTTCATGCGCTTTCTTAAAGTTCGGATGTGTTTCACCCGCCATGAAAACGCG +CCCTTCGTATACAACCGTAATGAACGATTCAGATCCGATCATACGCGGTACAGTGTCTGA +TACTTTAGGCTTTTGTTTTACATCCCTTTTCTTAGGGAATTCCGCTAACTTGCGGTTGAT +AACGCGCCCAATGGTTCGGGCGCTTACGTTGAACTGTTGGGCCAGTGCTGTTTTACTTGC +CCCCGTCAACCATCCATTATAGATAGCTTTCTGTTGTACTTCGTCGAGAATTTTGACCAT +TATTTCCACCGTATTAATTTCTTAAACTCACTGAGATTCTTTTCGTTGTTGTAAATCGGA +CGAATTGAATAAGAATCGCTATGTTCAACAAGTGAAGCCAGTAACGGGTTTAGTGATTTA +AAGATTTCCCATGCCTGATCAACACGTTTTTTCATATTGCTGCGTTTAACGCGCATTGAT +GCTACGGACTCACGCAGAATCGGACAACGCACCCTGGAAAGATTTTTACCATCTTTCTCA +TACCCTTCCAGACACACTATACGTTCGAGGGTATCAACAATCTTATACAGTTTTTCATTA +TATCGGTTTTTCACAATCCGATCAAGCGATACACCGAAACGGCTATGCAATGCGTCTGTT +TCTGTTGAGTGATCCTTCCCAATCCATCCAGGCAAGCAATTATCTTTCAATGCCTTTTCA +GATTTAACATACTGCTTGCACAGCATATCATCAAAGCATACCAGATTTGAATCCGGGATC +CACTTCCAGAGGCTGTTACGTATAGCAAACACAACAGGGATCCCAGTATGGCGCATGATA +CGCGATAAAGTAGATTCTTTCATTGCTGAATCCATAGACAACCCGGAATTTTCACCATCT +AAGCGGCTATATTCATCAATACCATACAACCGAACACCTGGGGCTTTATCCAGTGATAAA +AACTCTGATTTTGTCATAAACAGAGAAGTTTTTGCCAGATTGCCGTTACTATCCAACTCA +TAACGATATACGGTCGGGGTTTTTGGGCGCGGTTCTGAATTTTTCGGTGCATATAGCGCT +TTTGATTTTTCGCGATCTGCATCATAGATCTCTTTTTCTTTTGTCATTTCACTGGTACGG +AGATACACAATTTCCGATTCATCAAAATGACCTTTCCGAACGATATCATTAACAATCTCA +CGCTTTGAATCACTATCGTAATATGCAACAAAGCTAACACGGCTTAGGTTATGCATTTTA +GCATACCCGACGATATACGGTTTAACCGTGTTGGTATCCACTTTTAACAGAATGAGTTTC +TTCTGTTTCCACGGATAATAAATGCGTGTGATGTCCTGGCGTTTGGTTGTTTCTGGCTTA +TACTTGCTCCAGCGGCCTCCGCTACCAGTTACCTGATACCATGCATCTTTACCGTCGTAT +TCGTTCGCCCAATACCCAGCAACATAATCATCATTATATTTGTTTGGTTTGACTAGTTCG +CTATGGATCCAGCCAATAGAATCACCATTGATGCGAAAATTAGCATCTTTACCAACAAAG +TTTTGTACCATTGAAGGCAGAGAATGGAACCACGTCAGTTTATCACGCACGGTTTGTAAC +TTATCGAATTCTGATTTAACTCGATTGAAATATACCCGGCTGATTTGTTTCAGACGTTCT +TTAACAATCCCTACTGTCATTTTATCCATACTCAACTCTTCGCGAGAAGGCATGAAATCA +AGTTCACCGATCGGGAAGTCAATAATATACGTATACTGGCTTTCTGTATAGCAATAGAAC +ATCGAGGTATCATACAAATCTTTATCCAGAGGATAAATGATGTTACCCATGCGAGCATAT +ACACCGCTAGTGTATGCTGATTTATGACGGATCACCCCGCTATCGTTGGTTGCTTCTTTC +GGCTGATAGTTGATTTTGAGAATAGAAGCACCAACAAAGTTAGGACGAATATCAGTAAAT +GATTCGTATACCCTTGCTGCTTCGTTTTCCCATTCTTTGATATCTTCAACCTTAACCGGA +ACAGTGATAGTAACCCCGTTAGGTTCATCGCTTTCAATCTCATACAGAGGATCGCAGAAA +GGTTCCCCATCATCCATATAGATTGTGTAACCGCATTTGATACCGTCTTTTACGGATTCC +ACCGTGAAAGCATCGGAATAGCAAAGCGGAGATTTGCAACCCAGACCCATAGAACCGATC +AGGTCGTTTGAATCATTTTTAGTTGATTCGAAGTAAACGGTAAACGCATCACTAACGAAA +TCAGGAGACATACCGATCCCGTAGTCACGAATAACAAAACGAGGATCAACAGCAGTTGGC +AACTGGACATCAAACGGGTTCTGATTTCCCGCTTCTTTGTGTCCATCAATCGCATTACAA +GACAGTTCGCGAATGATTGCGCGGATCTTGTATTTGTATACTGTCGAAGAAAGGATCTTA +TACGCTTTCTTGTTTGCGCGTAGAGATAGTTTGTTTCGTCCCTTGCTGGTATCTGTACCA +ACACGGTAGATGGTTTGCGGTGTATCTTCGCGTAATTTCATTGTTTATTTCTCACTTAAC +ATTAAAAATAACTTGGTCACAAGAGTACTTCGTTGGCTTTTTGTTCAGACCATATTCTAC +TACTTCACAATAGGTGTCAAGGAATTTTACCAATTTTTCTTCCTCGACCTGCTGTTTCTT +CATATCAAGGATACCCCACACGATAGCCCCGATAATGACAGAAAAGAACGCACAAAATCC +GAATATGGTCAGATATTTTCCCAACTTAGGCGCATTATAACGTGTCATACCTTACCCCTC +TTTGCGAATGTATGCAAGTTCTTCATGGGTTACTGGACGGATATACAGACGGCCTTTTGT +ATATGCCTTGCGCCCGCTGATCCAAATGTTTTTCATATCCTTAACACCGTTCATCACATC +GTTGTAAAACTTCTTATCAGCTTTAGCCTGATAGACTTCACGGCCTTGATAATCTTTCAT +GAACAAACAATAAAGGATCTCATTCTTATCAACTAGATTAGCATCCTTTGTAGTTGTTTT +ACTTGGTGAAGGTTTCGCACCCAGGCGCAAGGCCATAGCTTGCCACACTTTACCATGTTC +ATAACCGCGCCCGACAAGAGCATGAGCGATTTCGTGTAAAAGAGTGTCTAAAATATCCTC +GTAGATATCTTCCGCAACATGACGACCAGACAGTTCGATCAGTTTTTTGGTATAACTGCA +ACGGCCCAGAGTTTTTGTAATGCGTCCATTGATCCGGAATGTCCAACCATTACTGATCAA +ACCGTGTTTTTCCATCATGGTACGCGCCCAGTGGGTTACTTCCATTGCACTACGAGTTTT +CAACATTTTAGAATCTCCTTTGCTTGGTACAAAACCAATATAGCAAAAAGCCCCCTGCAT +TGCAAGAGGCTTTGTAATTATTTCAACTTCTTAGAAAGTTCTTTTAAATCATTGAGATAC +TCAATTTTAGGGGTTGTTTCTTCCCAGTATTTCAATTGTTTGCGCAATTCTTCGGCTTCG +TCTTCCAGCTTTTTTCTTTCGTCCGTGGTTAGATGGTAGATGTTCATAGCCACTAACATT +TCGGCATGATTCTCGCAACCTATCCACGTAGACACAAATTTAACCGCTTCGCTGCGACTA +AGGCCACGCAGAGAATCAGGAGATTCTACCATTTGAGCAATAAACGCAACCTTTGCCAGT +GCTTTATCTAACGCTTCCTTAGTTTCCTGGATACGCTTATTGATGCGCTGTTGATATACA +TTCATACGGATATCAACAAAATCCTTTAGAAGCGTTTCAGGGCGTTCGTATGAGTATAGT +TTACCCTCAAAGATAACGTTAATGTTTGGGTTTGAGTTTTCAATCAAACCGAAATCTTTC +AGGATCTTTTCACGGGTTAACCCATTAGCATACTCTCGCTTGAGCGTTACTTCATACCGA +AAATCTTCTTTCGATAGATCCTTGTAGCTAACGATAACGCCTTTTTCTTCCAGCTTGTCA +AGGATTGCAATGTATTTCACACGGTCATATTTCACTGGGATCTCAGTGATCACCAATTTG +GTTTTACCTTGCAATTCATAGGTGCCGTAAATCGTACCGTCTGTGATTTCACCTTTAAAG +TAAGGATATTTCAGATCCAGTGTGAAATCTTTATCATTCAGATATGCAATACACCCGTTA +ACAACTGATTTAGGATCATGAGGCGGAATGTTTGTTGCATATGCTTTTGCAATCCCGCTA +AACCCGTTAACCAGTACCATCGGAATGATCGGGAGATAGTACGCTGGCGGTACATGTTCC +GGATCTTCATGAACTGGCGTTAAATCACCATCCATATAAATTGCTTTGAATATTGGCGAT +AGTTTACACTTGATGTAACGAGGTGCGCCAGGTTTCTTAACCAAACGGGAACCAAAGAAC +CCATCACGGTCGAATAACGGAATGTTATTGCACCAGTGCGCCGCCATAAGGGATAACGCT +TCTTCTACAGAGGTTTCCCCGTGGTGATACCCATACATAGCAACACCGCCAGCGATAGAA +GCTACTTTCTGAAATCCCGTTCCGCCCTGCATAGCAGAGTGAATAAAGAAACGGTGAACG +GGTTTAAACCCGTCTACCAGGTGCGGGATCGCACGTGAATAAATCGTGTAAAGGGCAAAC +GTTAGCCCTTCCACCTGTACAACATCTTTAATACTTCTTTCCATTAGTCAACCTTAGAAA +ATTTGTGTTTTCCATTAACCCAATCTTTACGCGGATCAGATTCGTCGCCGAAGCATAGTT +CTAACACTTCTTTGTATTCGTCGTCAAGTACAATGACATCATACTTCAACTGATCACCCA +GAACACGGTCGTAATCTTCTTTGCGTAAAGAACCCAGCCCCTTGATATATCGTACATCTT +TTGCTTTATCGCGGAACGGTGCAAACTCATCAAGAGAATAGAACCATTTTTCCTCGCGCC +CAACTTTAGCGATAACGATCGGGGTTCGAATATATCGGATCCGTTTCTCAGTGAACAAAG +AAGGCCAACGGCTAAAGAATGCAAGCAACAGAGTTAAAATGTCACCACCGTCAACGTCAG +CATCGACCATGATGCCGATATTATCATAAGTCATTCCGGAAGTATCACCAGGATGAATAT +TGAGGATAGCCATTAGCTCAAACAGTTCTTTGTTTTTGATAATGTCTGTAAAACTCATAC +CCCATGTATTCAGAGGCTTACCACGTAGCGGGAAAGCGCCTTGTGTTTCTTCGTTACGGC +ATTCGATGAACTGACCAACAGCGGAATCACCTTCTGTCAGAAACAATGTTGTTTCTACCC +CTGGAGTATCGATACCGGAAGCCGGAACGTGTTTAGCAATCTTTGCCTTTTTCGCTTTCT +TTTTCGCTTTGGTGATCGCGGCGGCTTCTGCTGCTTGTTTACGAATCAATGCGGATTCAA +TGATCGGAGTAATGATTTCTGGAGTATCCATAATCATTTTTGCGATCTTTTTGTAATTCA +AATTCGCATGATTGTTAAACTCACCTGCTGTATTTGCCAATCGCTCTTTTGTTTGGCTAT +CGAATGCAGGTGCATTAAAGTTATGCAGGAATACCACAAGAGTTAAGCATTCTTTTACAC +GTGCTTTCGGGATCTCGATACTATGCTTTTTCTTGATCATCGGTTCAAGTTCAGAATAGA +TACCATCGATCATACACTCAACATGAACACCGCCATTTTTCGTATCCAGACCGTTAACAA +AGGATTTCTGTTTAAACCCGTCCTCAGTGCTCGCCAGAATGAAGCTGAGGCGATTATTTG +TCTGGACAATGGTTTTATCCCCATACATGGAAGCGTACAGCGGGAAGCGATTAGAGAGCG 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+GCTACAAAATCGAACTCTTTCCCGTATCCAGCCGATATACTGTGATACGTGAGTAGGCCA +AATGCAGAAACATAGAGATCATTTTCTTTATACAGATTCATTTACAATACCTTTATGGTA +GCCAAAAATATAACAATCAATTGAAGGACGTTCACCAGGGAAGTGAATGCATTGCATGAT +GCGTTCAGCCATTAGATCTTCTCCCATGTATACCGAAGTAGTTTCTTCGTTGTAATGGGT +ATCATACGACGTTTTAAGCGTCATGCCCGGAAGCCCTGCAATGTGCATGAATTTAGAATT +GGTGCAAGGTTTTCCTACTTCACCGTTGATCATTAACACTGCATTAGTTTTACGTGCTTT +TCTCATTTGAATTTCACCCCGATTTGCGATACGTTCCATTCTTTTACGTCATCAACAATA +TCATAATGGTTGATGTATGGTAAAGCAATTTTTAAATTACTCGCGTCTTGAATGTTGCGT +AAGAAACGAGTAGGAGAAAGAAGACACAACCGCTCGGATCCGTTGTTTCCTTTAGCGGCA +AATGATAGGGTTTCTCCCCCGTCAATCTTCATATCAACAGAAATCGTTTTGAATTCTGGT +GCGTATGACGTGATTTTGCCGTTGTCTCTCGGTGTACTATAGAAACATACACTTTGTGGG +ACATTATAACGGTCTGTTTCAATGTACATGTAATCGCCGTCAGTCATTCCCCACACGGTG +TAGAGGGATCCGGTATAGTCACCAAAGGAATTTTTAAAATCTTCCTTCGTGGTGTATCCC +AGAGAGCGCAATTGCATAAGCTGGCTATGCTGTTCGATTGCATCGGCTTTTTGTTGTTCC +TGTACTTGCGCATCAACCGTTTCTTGCCAGGAATTATACGCATAGTAACCCACAACAGCG +ATTACAGCCATAACCCCTACAGCTTTCCAGATTTTAGAGTCTTCGTTTTTGTTACTCATG 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