output: main.o Fasta.o FastaRecord.o Alignment.o Sam.o
	g++ -std=c++11 main.o Fasta.o FastaRecord.o Alignment.o Sam.o -o snp
main.o: main.cpp
	g++ -c -std=c++11 main.cpp
Fasta.o: Fasta.cpp
	g++ -c -std=c++11 Fasta.cpp
FastaRecord.o: FastaRecord.cpp
	g++ -c -std=c++11 FastaRecord.cpp
Alignment.o: Alignment.cpp
	g++ -c -std=c++11 Alignment.cpp
Sam.o: Sam.cpp
	g++ -c -std=c++11 Sam.cpp
clean:
	rm *.o snp
