# HG changeset patch # User charles_s_test # Date 1508451411 14400 # Node ID 6895de35a263f91a3ee5e0d20037f59380c27697 planemo upload commit 844a891e4eaf732830043204ac636907eefb011d-dirty diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 LICENSE --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/LICENSE Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,339 @@ +GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + Version 2, June 1991 + + Copyright (C) 1989, 1991 Free Software Foundation, Inc., + 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA + Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies + of this license document, but changing it is not allowed. + + Preamble + + The licenses for most software are designed to take away your +freedom to share and change it. By contrast, the GNU General Public +License is intended to guarantee your freedom to share and change free +software--to make sure the software is free for all its users. This +General Public License applies to most of the Free Software +Foundation's software and to any other program whose authors commit to +using it. (Some other Free Software Foundation software is covered by +the GNU Lesser General Public License instead.) You can apply it to +your programs, too. + + When we speak of free software, we are referring to freedom, not +price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you +have the freedom to distribute copies of free software (and charge for +this service if you wish), that you receive source code or can get it +if you want it, that you can change the software or use pieces of it +in new free programs; and that you know you can do these things. + + To protect your rights, we need to make restrictions that forbid +anyone to deny you these rights or to ask you to surrender the rights. +These restrictions translate to certain responsibilities for you if you +distribute copies of the software, or if you modify it. + + For example, if you distribute copies of such a program, whether +gratis or for a fee, you must give the recipients all the rights that +you have. You must make sure that they, too, receive or can get the +source code. And you must show them these terms so they know their +rights. + + We protect your rights with two steps: (1) copyright the software, and +(2) offer you this license which gives you legal permission to copy, +distribute and/or modify the software. + + Also, for each author's protection and ours, we want to make certain +that everyone understands that there is no warranty for this free +software. If the software is modified by someone else and passed on, we +want its recipients to know that what they have is not the original, so +that any problems introduced by others will not reflect on the original +authors' reputations. + + Finally, any free program is threatened constantly by software +patents. We wish to avoid the danger that redistributors of a free +program will individually obtain patent licenses, in effect making the +program proprietary. To prevent this, we have made it clear that any +patent must be licensed for everyone's free use or not licensed at all. + + The precise terms and conditions for copying, distribution and +modification follow. + + GNU GENERAL PUBLIC LICENSE + TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION + + 0. This License applies to any program or other work which contains +a notice placed by the copyright holder saying it may be distributed +under the terms of this General Public License. The "Program", below, +refers to any such program or work, and a "work based on the Program" +means either the Program or any derivative work under copyright law: +that is to say, a work containing the Program or a portion of it, +either verbatim or with modifications and/or translated into another +language. (Hereinafter, translation is included without limitation in +the term "modification".) Each licensee is addressed as "you". + +Activities other than copying, distribution and modification are not +covered by this License; they are outside its scope. The act of +running the Program is not restricted, and the output from the Program +is covered only if its contents constitute a work based on the +Program (independent of having been made by running the Program). +Whether that is true depends on what the Program does. + + 1. You may copy and distribute verbatim copies of the Program's +source code as you receive it, in any medium, provided that you +conspicuously and appropriately publish on each copy an appropriate +copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact all the +notices that refer to this License and to the absence of any warranty; +and give any other recipients of the Program a copy of this License +along with the Program. + +You may charge a fee for the physical act of transferring a copy, and +you may at your option offer warranty protection in exchange for a fee. + + 2. You may modify your copy or copies of the Program or any portion +of it, thus forming a work based on the Program, and copy and +distribute such modifications or work under the terms of Section 1 +above, provided that you also meet all of these conditions: + + a) You must cause the modified files to carry prominent notices + stating that you changed the files and the date of any change. + + b) You must cause any work that you distribute or publish, that in + whole or in part contains or is derived from the Program or any + part thereof, to be licensed as a whole at no charge to all third + parties under the terms of this License. + + c) If the modified program normally reads commands interactively + when run, you must cause it, when started running for such + interactive use in the most ordinary way, to print or display an + announcement including an appropriate copyright notice and a + notice that there is no warranty (or else, saying that you provide + a warranty) and that users may redistribute the program under + these conditions, and telling the user how to view a copy of this + License. (Exception: if the Program itself is interactive but + does not normally print such an announcement, your work based on + the Program is not required to print an announcement.) + +These requirements apply to the modified work as a whole. If +identifiable sections of that work are not derived from the Program, +and can be reasonably considered independent and separate works in +themselves, then this License, and its terms, do not apply to those +sections when you distribute them as separate works. But when you +distribute the same sections as part of a whole which is a work based +on the Program, the distribution of the whole must be on the terms of +this License, whose permissions for other licensees extend to the +entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote it. + +Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest +your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to +exercise the right to control the distribution of derivative or +collective works based on the Program. + +In addition, mere aggregation of another work not based on the Program +with the Program (or with a work based on the Program) on a volume of +a storage or distribution medium does not bring the other work under +the scope of this License. + + 3. You may copy and distribute the Program (or a work based on it, +under Section 2) in object code or executable form under the terms of +Sections 1 and 2 above provided that you also do one of the following: + + a) Accompany it with the complete corresponding machine-readable + source code, which must be distributed under the terms of Sections + 1 and 2 above on a medium customarily used for software interchange; or, + + b) Accompany it with a written offer, valid for at least three + years, to give any third party, for a charge no more than your + cost of physically performing source distribution, a complete + machine-readable copy of the corresponding source code, to be + distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a medium + customarily used for software interchange; or, + + c) Accompany it with the information you received as to the offer + to distribute corresponding source code. (This alternative is + allowed only for noncommercial distribution and only if you + received the program in object code or executable form with such + an offer, in accord with Subsection b above.) + +The source code for a work means the preferred form of the work for +making modifications to it. For an executable work, complete source +code means all the source code for all modules it contains, plus any +associated interface definition files, plus the scripts used to +control compilation and installation of the executable. However, as a +special exception, the source code distributed need not include +anything that is normally distributed (in either source or binary +form) with the major components (compiler, kernel, and so on) of the +operating system on which the executable runs, unless that component +itself accompanies the executable. + +If distribution of executable or object code is made by offering +access to copy from a designated place, then offering equivalent +access to copy the source code from the same place counts as +distribution of the source code, even though third parties are not +compelled to copy the source along with the object code. + + 4. You may not copy, modify, sublicense, or distribute the Program +except as expressly provided under this License. Any attempt +otherwise to copy, modify, sublicense or distribute the Program is +void, and will automatically terminate your rights under this License. +However, parties who have received copies, or rights, from you under +this License will not have their licenses terminated so long as such +parties remain in full compliance. + + 5. You are not required to accept this License, since you have not +signed it. However, nothing else grants you permission to modify or +distribute the Program or its derivative works. These actions are +prohibited by law if you do not accept this License. Therefore, by +modifying or distributing the Program (or any work based on the +Program), you indicate your acceptance of this License to do so, and +all its terms and conditions for copying, distributing or modifying +the Program or works based on it. + + 6. Each time you redistribute the Program (or any work based on the +Program), the recipient automatically receives a license from the +original licensor to copy, distribute or modify the Program subject to +these terms and conditions. You may not impose any further +restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein. +You are not responsible for enforcing compliance by third parties to +this License. + + 7. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent +infringement or for any other reason (not limited to patent issues), +conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or +otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not +excuse you from the conditions of this License. If you cannot +distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this +License and any other pertinent obligations, then as a consequence you +may not distribute the Program at all. For example, if a patent +license would not permit royalty-free redistribution of the Program by +all those who receive copies directly or indirectly through you, then +the only way you could satisfy both it and this License would be to +refrain entirely from distribution of the Program. + +If any portion of this section is held invalid or unenforceable under +any particular circumstance, the balance of the section is intended to +apply and the section as a whole is intended to apply in other +circumstances. + +It is not the purpose of this section to induce you to infringe any +patents or other property right claims or to contest validity of any +such claims; this section has the sole purpose of protecting the +integrity of the free software distribution system, which is +implemented by public license practices. Many people have made +generous contributions to the wide range of software distributed +through that system in reliance on consistent application of that +system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing +to distribute software through any other system and a licensee cannot +impose that choice. + +This section is intended to make thoroughly clear what is believed to +be a consequence of the rest of this License. + + 8. If the distribution and/or use of the Program is restricted in +certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the +original copyright holder who places the Program under this License +may add an explicit geographical distribution limitation excluding +those countries, so that distribution is permitted only in or among +countries not thus excluded. In such case, this License incorporates +the limitation as if written in the body of this License. + + 9. The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions +of the General Public License from time to time. Such new versions will +be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to +address new problems or concerns. + +Each version is given a distinguishing version number. If the Program +specifies a version number of this License which applies to it and "any +later version", you have the option of following the terms and conditions +either of that version or of any later version published by the Free +Software Foundation. If the Program does not specify a version number of +this License, you may choose any version ever published by the Free Software +Foundation. + + 10. If you wish to incorporate parts of the Program into other free +programs whose distribution conditions are different, write to the author +to ask for permission. For software which is copyrighted by the Free +Software Foundation, write to the Free Software Foundation; we sometimes +make exceptions for this. Our decision will be guided by the two goals +of preserving the free status of all derivatives of our free software and +of promoting the sharing and reuse of software generally. + + NO WARRANTY + + 11. BECAUSE THE PROGRAM IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO WARRANTY +FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN +OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES +PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED +OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF +MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS +TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM IS WITH YOU. SHOULD THE +PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, +REPAIR OR CORRECTION. + + 12. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING +WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY AND/OR +REDISTRIBUTE THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, +INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING +OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED +TO LOSS OF DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY +YOU OR THIRD PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER +PROGRAMS), EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE +POSSIBILITY OF SUCH DAMAGES. + + END OF TERMS AND CONDITIONS + + How to Apply These Terms to Your New Programs + + If you develop a new program, and you want it to be of the greatest +possible use to the public, the best way to achieve this is to make it +free software which everyone can redistribute and change under these terms. + + To do so, attach the following notices to the program. It is safest +to attach them to the start of each source file to most effectively +convey the exclusion of warranty; and each file should have at least +the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found. + + {description} + Copyright (C) {year} {fullname} + + This program is free software; you can redistribute it and/or modify + it under the terms of the GNU General Public License as published by + the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or + (at your option) any later version. + + This program is distributed in the hope that it will be useful, + but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of + MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the + GNU General Public License for more details. + + You should have received a copy of the GNU General Public License along + with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., + 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA. + +Also add information on how to contact you by electronic and paper mail. + +If the program is interactive, make it output a short notice like this +when it starts in an interactive mode: + + Gnomovision version 69, Copyright (C) year name of author + Gnomovision comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'. + This is free software, and you are welcome to redistribute it + under certain conditions; type `show c' for details. + +The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate +parts of the General Public License. Of course, the commands you use may +be called something other than `show w' and `show c'; they could even be +mouse-clicks or menu items--whatever suits your program. + +You should also get your employer (if you work as a programmer) or your +school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if +necessary. Here is a sample; alter the names: + + Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the program + `Gnomovision' (which makes passes at compilers) written by James Hacker. + + {signature of Ty Coon}, 1 April 1989 + Ty Coon, President of Vice + +This General Public License does not permit incorporating your program into +proprietary programs. If your program is a subroutine library, you may +consider it more useful to permit linking proprietary applications with the +library. If this is what you want to do, use the GNU Lesser General +Public License instead of this License. diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 README.md --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/README.md Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,54 @@ + +# GalaxySeqSero +#This Project has been modified by the CFSAN FDA office to work in Galaxy it also has a batch functionality as well add by the Galaxy rapper code. + +All below dependencies are the same for Seqsero. + Add this project to the galaxy tools directory and then added to tool_conf.xml + +Adding custom tools to Galaxy + +https://galaxyproject.org/admin/tools/add-tool-tutorial/ + + +# SeqSero 1.1 +Salmonella serotyping from genome sequencing data + + +# Introduction +SeqSero is a pipeline for Salmonella serotype determination from raw sequencing reads or genome assemblies. A web app is available at www.denglab.info/SeqSero + +# Dependencies +SeqSero depends on: + +1. Python 2.7 and [Biopython 1.65](http://biopython.org/wiki/Download); + +2. [Burrows-Wheeler Aligner](http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/); + +3. [Samtools](http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/); + +4. [NCBI BLAST](https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download); + +5. [SRA Toolkit](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software); + +6. [isPcr](http://hgwdev.cse.ucsc.edu/~kent/exe/linux/) written by Jim Kent. + +# Executing the code + Usage: SeqSero.py + + -m (input data type, '1' for interleaved paired-end reads , '2' for separated paired-end reads, '3' for single reads, '4' for genome assembly) + + -i (/path/to/input/file) + + -b (algorithms for bwa mapping; 'mem' for mem, 'sam' for samse/sampe; default=sam; optional) + +# Output +Upon executing the command, a directory named 'SeqSero_result_' will be created. Your result will be stored in 'Seqsero_result.txt' in that directory + +# Citation +Zhang S, Yin Y, Jones MB, Zhang Z, Deatherage Kaiser BL, Dinsmore BA, Fitzgerald C, Fields PI, Deng X. +Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data. +**J Clin Microbiol.** 2015 May;53(5):1685-92.[PMID:25762776](http://jcm.asm.org/content/early/2015/03/05/JCM.00323-15) +======= +# GalaxySeqSero +GalaxySeqSero +>>>>>>> 99716906dbfd51e33c03185441d7af761d5f74b2 diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 SeqSero.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/SeqSero.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,60 @@ +#!/usr/bin/env python + +############################################################################ +# Copyright (c) 2014-2015 University of Georgia +# All Rights Reserved +############################################################################ + +import argparse,os,sys,time,random + +def main(): + parser = argparse.ArgumentParser(usage='SeqSero.py -m -i [-b ]\n\nDevelopper: Shaokang Zhang (zskzsk@uga.edu) and Xiangyu Deng (xdeng@uga.edu)\n\nContact email:seqsero@gmail.com') + parser.add_argument("-m", choices=['1','2','3', '4'],help=": '1'(pair-end reads, interleaved),'2'(pair-end reads, seperated),'3'(single-end reads), '4'(assembly)") + parser.add_argument("-i", nargs="+", help=": path/to/input_data") + parser.add_argument("-b",choices=['sam','mem'],default="sam",help=": 'sam'(bwa samse/sampe), 'mem'(bwa mem), default=sam") + args=parser.parse_args() + dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))) + if len(sys.argv)==1: + os.system(dirpath+"/SeqSero.py -h") + else: + request_id = time.strftime("%m_%d_%Y_%H_%M_%S", time.localtime()) + request_id += str(random.randint(1, 10000000)) + make_dir="SeqSero_result_"+request_id + os.system("mkdir "+make_dir) + os.system("cp -rf "+dirpath+"/database "+make_dir) + mode_choice=args.m + mapping_mode=args.b + dataset=args.i + if mode_choice=="1": + print dataset[0] + os.system("cp "+dataset[0]+" "+make_dir) + os.chdir(make_dir) + os.system("python2.7 "+dirpath+"/libs/run_auto_All_for_web_multi_revise.py "+dataset[0].split("/")[-1]+" "+mapping_mode+" 1") + print "\n\n\nResult:\n" + os.system("cat Seqsero_result.txt") + os.system("rm "+dataset[0].split("/")[-1]) + elif mode_choice=="2": + os.system("cp "+dataset[0]+" "+make_dir) + os.system("cp "+dataset[1]+" "+make_dir) + fnameA=dataset[0].split("/")[-1] + fnameB=dataset[1].split("/")[-1] + os.chdir(make_dir) + print "check fastq id and make them in accordance with each other...please wait..." + os.system("python2.7 "+dirpath+"/libs/run_auto_All_for_web_multi_revise.py "+fnameA+" "+mapping_mode+" "+fnameB+" 2") + print "\n\n\nResult:\n" + os.system("cat Seqsero_result.txt") + elif mode_choice=="3": + os.system("cp "+dataset[0]+" "+make_dir) + os.chdir(make_dir) + os.system("python2.7 "+dirpath+"/libs/run_auto_All_for_web_multi_revise.py "+dataset[0].split("/")[-1]+" "+mapping_mode+" 3") + print "\n\n\nResult:\n" + os.system("cat Seqsero_result.txt") + elif mode_choice=="4": + os.system("cp "+dataset[0]+" "+make_dir) + os.chdir(make_dir) + os.system("python2.7 "+dirpath+"/libs/run_auto_All_for_assemblies.py "+dataset[0].split("/")[-1]) + print "\n\n\nResult:\n" + os.system("cat Seqsero_result.txt") + +if __name__ == '__main__': + main() diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 Seqsero_result.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/Seqsero_result.html Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,35 @@ + + + +SeqSero Results + + + +

+ + + + + + + + + + + + + + + + + +
Input FilesO antigen predictionH1 antigen prediction(fliC)H2 antigen prediction(fljB)Predicted antigenic profilePredicted serotype(s)
dataset_15_sra_data9.fastq O-16d1,716:d:1,7Gaminara
+ +

+dataset_15_sra_data9.fastq
+The serotype(s) is/are the only serotype(s) with the indicated antigenic profile currently recognized in the Kauffmann White Scheme. New serotypes can emerge and the possibility exists that this antigenic profile may emerge in a different subspecies. Identification of strains to the subspecies level should accompany serotype determination; the same antigenic profile in different subspecies is considered different serotypes. +/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp/dataset_15_sra_data9.fastq +

+ + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 Seqsero_result.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/Seqsero_result.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +Input_Files O_antigen_prediction H1_antigen_prediction(fliC) H2_antigen_prediction(fljB) Predicted_antigenic_profile Predicted_serotype(s) +dataset_15_sra_data9.fastq O-16 d 1,7 16:d:1,7 Gaminara + +dataset_15_sra_data9.fastq +The serotype(s) is/are the only serotype(s) with the indicated antigenic profile currently recognized in the Kauffmann White Scheme. New serotypes can emerge and the possibility exists that this antigenic profile may emerge in a different subspecies. Identification of strains to the subspecies level should accompany serotype determination; the same antigenic profile in different subspecies is considered different serotypes. +/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp/dataset_15_sra_data9.fastq diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 User_manual.pdf Binary file User_manual.pdf has changed diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/FliC_Family_b,d,j_special_genes.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/FliC_Family_b,d,j_special_genes.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,72 @@ +>fliC_b_ParatyphiBstr_AOXH01000168 +GATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACTTTAAGTGTACAGGATGCCTATACGCCAAAAGGTACCGCTGTTACCAGAGATGTTACCACCTATAAAAATGGTGGTACTACTCTTACAGCACCTAACGCAGCAGCAATTGATACCGCTTTAGGTACGACTGGTGCGGCGGGTACTGCGGCTGTGAAATTTAAAGACGGTAACTACTTCGTTGAGGTGACCGGTACAACTAAAGATGGTCTGTATGAAGCGACAGTTGATGCAGCTGGCGCGGTGACAATGACCGCAAATAAAGCAACAGTAACTGGGGCTAGTACAGTTACTGAAAACCAAATTGTAGACGCTGTTACACCGACGCCAGTTGATACAGTCGCAGCAGCTACTGCATTGACCAATGCAGGTGTGACAGGTGCGACAGGTAATACCAGCTTGGTTAAAATGTCATTTGAAGATAAAAATGGCAAAGTTACTGATGCGGGTTACGCGCTTAAAGTTGGAAATGATTATTATGCCGCTGATTACGATGAAAAAACTGGTGAGATAAAAGCTAAAACTGTAAATTATACTGACGCTACTGGTGCGACAAAAACCGGTGCTGTGAAATTTGGCGGTGCGAATGGTAAAACTGAAGTTGTGACCACCGTTGATGGTAATACTTATCAGGCTAGTGATGTAAAAGGGCATAATTTCCAGAGTGGTGGCGCTTTAAGCGAGGCTGTAACCACTAAAACTGAAAACCCGCTGGCTAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAAGTTGATGCGCTGCGTTCTGACC +>fliC_b_Salmonella.enterica_Paratyphi.B_AY353359 +GATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACTTTAAGTGTACAGGATGCCTATACGCCAAAAGGTACCGCTGTTACCAGAGATGTTACCACCTATAAAAATGGTGGTACTACTCTTACAGCACCTAACGCAGCAGCAATTGATACCGCTTTAGGTACGACTGGTGCGGCGGGTACTGCGGCTGTGAAATTTAAAGACGGTAACTACTTCGTTGAGGTGACCGGTACAACTAAAGATGGTCTGTATGAAGCGACAGTTGATGCAGCTGGCGCGGTGACAATGACCGCAAATAAAGCAACAGTAACTGGGGCTAGTACAGTTACTGAAAACCAAATTGTAGACGCTGTTACACCGACGCCAGTTGATACAGTCGCAGCAGCTACTGCATTGACCAATGCAGGTGTGACAGGTGCGACAGGTAATACCAGCTTGGTTAAAATGTCATTTGAAGATAAAAATGGCAAAGTTACTGATGCGGGTTACGCGCTTAAAGTTGGAAATGATTATTATGCCGCTGATTACGATGAAAAAACTGGTGAGATAAAAGCTAAAACTGTAAATTATACTGACGCTACTGGTGCGACAAAAACCGGTGCTGTGAAATTTGGCGGTGCGAATGGTAAAACTGAAGTTGTGACCACCGTTGATGGTAATACTTATCAGGCTAGTGATGTAAAAGGGCATAATTTCCAGAGTGGTGGCGCTTTAAGCGAGGCTGTAACCACTAAAACTGAAAACCCGCTGGCTAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAAGTTGATGCGCTGCGTTCTGACT +>fliC_b_Salmonella.enterica_Paratyphi.B_AY353358 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/FliC_Family_l,v_special_genes.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ +>fliC_l,v_Salmonella.enterica_Brandenburg_AY353444 +AATACCACTGGTCTTAATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAACGGTACTGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTCGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTAGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGACAACCACG +>fliC_l,v_Salmonella.enterica_Give_AY353443 +AATACCACTGGTCTTAATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAACGGTACTGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTCGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTAGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGACAACCACG +>fliC_l,z13_Salmonella.enterica_Westerstede_AY353450 +AGTACCACTGGTCTTGATGATGCAGCTCTTAAAACGGGTGTTGGTGGTGCAACAAGCGGTACCGCTGCAATTAAGGATGGTAAAGTCTTCTTTGATGCAACTGATAATAAATATTTTATTGAAGTTGAAGGTTTAACCGCTGGCGACGCTACTAAAAATGGTGTTTATGAAGTTAGTGTTGCAGATGATGGCACTGTTACAATGCCGGCAACCACG +>fliC_l,z13_Salmonella.enterica_Kenya_AY353449 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\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/FljB_z6_whole.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/FljB_z6_whole.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +>fljB_z6_Salmonella.enterica_Weltevreden_AY353353 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+MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANGTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKEISSKTLGLDKLNVQDAYTPKETAVTVDKTTYKNGTDTITAQSNTDIQTAIGGGATGVTGADIKFKDGQYYLDVKGGASAGVYKATYDETTKKVNIDTTDKTPLATAEATAIRGTATITHNQIAEVTKEGVDTTTVAAQLAAAGVTGADKDNTSLVKLSFEDKNGKVIDGGYALKMGDDFYAATYDEKTGTITAKTTTYTDGAGVAQTGAVKFGGANGKSEVVTATDGKTYLASDLDKHNFRTGGELKEVNTDKTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>e,h__Salmonella.enterica__Saintpaul__AY353377__e 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+MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVSATAAMDPKSFTDGTKNLTAPDATAIKAALGNPAATGDSLSATLSFKDGKYYATVAGYTNAADTSKNGKYEVNVDSATGAVTFNAAPTKATVTGDTTVTKVQVNAPVAVSTDVKKALEDGGVSNADATAAKLVKMSYTDKNGKSIDGGYALEAGGKYYAATYDEGTGKITANVTTYTDSTGVTKTAANQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAQPELAEAAAKTTENPLAKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>f,g__Salmonella.enterica__Derby__AY353380__g,m 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+>j__Salmonella.enterica__Typhi.var.j+__AY353434__b,d,j +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANGTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKEISSKTLGLDKLNVQDAYTPKETAVTVDKTTYKNGTDPITAQSNTDIQTAIGGGATGVTGADKDNTSLVKLSFEDKNGKVIDGGYAVKMGDDFYAATYDEKTGAITAKTTTYTDGTGVAQTGAVKFGGANGKSEVVTATDGKTYLASDLDKHNFRTGGELKEVNTDKTENPLQKIDAALAQVDTLRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>k__Salmonella.enterica__IIIb.42:k:e,n,x,z15__AY353436__k,z 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+>z36,z38__Salmonella.enterica__IV.1,53:z36,z38:-__AY353485__z36,z38 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSDSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVKEGTKLTADFAVKVADFDDKATTGKLTANLELKQDKSGNYFAYDKTASKYYDATVDTATGKIEFTSGAGKETTKDTSKLTDVTSLSKEVTIDSGLTDDKSLVKYKGDDGKEQYAVQTLDNKGNATYKTAVIARDGKVTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z36,z38__Salmonella.enterica__IV.43:z36,z38:-__AY353486__z36,z38 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSDSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVKEGTKLTADFAVKVADFDDKATTGKLTANLELKQDKSGNYFAYDKTASKYYDATVDTATGKIEFTSGAGKETTKDTSKLTDVTSLSKEVTIDSGLTDDKSLVKYKGDDGKEQYAVQTLDNKGNATYKTAVIARDGKVTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z38__Salmonella.enterica__Fresno__AY353487__z36,z38 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSDSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVKEGTKLTADFAVKDADFDDKSTGTKVTANLELKQDKSGNYFAYDKTASKYYDATVDTATGKIEFTSGTGKETTKDTSKLTDVTSLSKEVTIDSGLTDDKSLVKYKGDDGKEQYAVQTLDNKGNATYKTAVIARDGKVTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z38__Salmonella.enterica__Lille__AY353488__z36,z38 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSDSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVKEGTKLTADFAVKDADFDDKSTGTKVTANLELKQDKSGNYFAYDKTASKYYDATVDTATGKIEFTSGTGKETTKDTSKLTDVTSLSKEVTIDSGLTDDKSLVKYKGDNGKEQYAVQTLDNKGNATYKTAVIARDGKVTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z39__Salmonella.enterica__Grancanaria__AY353489__other.z39 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVNSEVVTDGSGGKALNISGLDDAAIKTAVGGTPTGTGEIKDNKVYHNSTDGKYYVEVAGYTSGENGFYEVEANPTDGTVTFATGATKITAKPAGVEEVTTVQSKPVALSADVKTQLTNSGVSTADADKGQLVTMSYTDKNGKTIDGGFGVKVGDDIYAATKNKDGSFSINTTKYTDKDGNTQTALNKLGGVDGKTEVVSIEGKTYTAAKAKDHDFKAQPELAEAATTTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z39__Salmonella.enterica__Grancanaria__AY353490__other.z39 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVNSEVVTDGSGGKALNISGLDDAAIKTAVGGTPTGTGEIKDNKVYHNSTDGKYYVEVAGYTSGENGFYEVEANPTDGTVTFATGATKITAKPAGVEEVTTVQSKPVALSADVKTQLTNSGVSTADADKGQLVTMSYTDKNGKTIDGGFGVKVGDDIYAATKNKDGSFSINTTKYTDKDGNTQTALNKLGGVDGKTEVVSIEGKTYTAAKAKDHDFKAQPELAEAATTTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z39__Salmonella.enterica__IIIb.6,7:z39:1,2__AY353491__other.z39 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDNEVVTDGSGGKALNISGLDDATIKTAVGGTPTGTGVIKDNKVYHNSTDGKYYVEVAGYTSGENGFYEVDANPTDGTVTFAAGATKITAKPAGVEEVTTVQSKPVALSADVKTQLTNNGVSTADADKGQLVTMSYTDKNGKTIDGGLGVKVGADIYAATKNKDGSISINTTKYTDKDGNTQTALNKLGGVDGKTEVVTIDSKTYAAAKAKDHNFKADPDLALVATDTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IV.1,40:z4,z23:-__AY353492__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTGAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDATATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__Ajiobo__AY353493__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVDLAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__Ekotedo__AY353494__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKTTGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDVTATAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTAAAGTPSAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IIIa.43:z4,z23:-__AY353495__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTGAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDATATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IIIa.40:z4,z23:-__AY353496__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGAAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQSVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IIIa.44:z4,z23:-__AY353497__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKTTGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTTTGAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__Gera__AY353498__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVDLAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IV.38:z4,z23:-__AY353499__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTGAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDATATAGTPPAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23,z32__Salmonella.enterica__IIIa.13,23:z4,z23,z32:-__AY353500__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFKDAKTGGPAADKLSLTQDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGAAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQSVLSLLR* +>z4,z23,z32__Salmonella.enterica__IIIa.56:z4,z23,z32:-__AY353501__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFKDAKTGGPAADKLSLTQDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTPGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGAAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQSVLSLLR* +>z4,z23,z32__Salmonella.enterica__IIIa.44:z4,z23,z32:-__AY353502__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIVNRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFKDAKTGGPAADKLSLTQDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGAAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQSVLSLLR* +>z4,z24__Salmonella.enterica__Romanby__AY353503__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTTGGPAADKLSLVKDDKGNYLVKDVTVTATPKYYAATVDNSTGEISFDSAKEVTLAGGAPAPSTVDTLSREVKFDGANLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTTVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z24__Salmonella.enterica__II.1,9,12,46,27:z4,z24:1,5__AY353504__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDVAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTTGGPAADKLSLIKDDKGNYLVKDVTVTATPKYYAATVDNSTGEISFDSAKEVTLAGGAPAPSTVDTLSREVKFDGANLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTTVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z24__Salmonella.enterica__IIIa.53:z4,z24:-__AY353505__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTTGGPAADKLSLVKDDKGNYLVKDVTVTATPKYYAATVDNSTGEISFDSAKEVTLAGGASTPSAVDTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z32__Salmonella.enterica__IV.44:z4z32:-__AY353506__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTTGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDVTATAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTATAGSPSAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z32__Salmonella.enterica__Tallahassee__AY353507__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTTGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDVTATAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTATAGAPSAVTTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNATFKSVTFAADGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z32__Salmonella.enterica__IIIa.63:z4,z32:-__AY353508__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRLTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIKEADFKDAKTGGPAADKLSLTQDDKGNYFVKDDTAAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z32__Salmonella.enterica__IIIa.41:z4,z32:-__AY353509__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFKDAKTGGPAADKLSLTQDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGAAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQSVLSLLR* +>z41__Salmonella.enterica__Ottawa__AY353510__k,z +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTATLDLDVTDLDTNALKTATGISAGNPAVKDDKVYYDSANNNYYVEVEGFTDNTKDGFYKVQVGDDGKVSMATTTNKETATPPGIVEVSKTHDEKALKASAEVKAALIAGDIDTADADAAEMVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDNYYAATQKKDGSFSVNTTSYTDKDGNTKSALNQLGGADGKTEVVSIDGKTYNASKAAGHNFKAQPDLAEAATATTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z41__Salmonella.enterica__Maska__AY353511__k,z +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTATLDLDVTDLDTNALKTATGISAGNPAVKDDKVYYDSANNNYYVEVEGFTDNTKDGFYKVQVGDDGKVSMATTTNKETATPPGIVEVSKTHDEKALKASAEVKAALMAGNIDTADADAAEMVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDNYYAATQKKDGSFSVNTTSYTDKDGNTKSALNQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAEGHNFKAQPELAEAATATTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z44__Salmonella.enterica__Bulovka__AY353512__k,z +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDSLNVQKAYDVQATVENSVKLDTSALTADAIKGGVTGATTAGALKDGKVYSNGTDYYVEVSFADAADSGKNGFLKVDVNTTTGAVTVPAAANTVAAKPAGVSEVTEVQGLNTPSSAVQDQLTAAGVSAADAAKSEVVKMSYTDKNGKTIDGGFGIKVGDDIYAATKNKDGSISINATEYTDKDGNTKTALNQLGGVDGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAQPELAEAAAKTTENPLQKIDAALAQVDALRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSEARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z44__Salmonella.enterica__Quinhon__AY353513__k,z 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+MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANSTNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVSGQTQFNGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDLKQINSQTLGLDTLNVQKAYDVDSKAVTVAANLDITDLNKDAALKAGTGATTGTAAIKDDKVYYDSASKNYYVEVTGLTTPDDGKNGFYKVNVADDGKVSMAAGTAMEAGKPAGAVEVTKTQEEKNPLPLSADLKTSLKSGGVTDPEIAAAQVVKMSYTDKNGKTIDGGYAVKVGDDYYAATQKKDGSFSINTTSYTAADGTSKTALNQLGGADGKTEVVSIGGKTYNASKAEGHNFKAQPDLAEAAATTTENPLQKIDAALAQVDTLRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLTSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z69__Salmonella.enterica__Pietersburg__AY353520__k,z 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+MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSSLSSAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQATNGTNSDSDLKSIQDEIQQRLEEIDRVSNQTQFNGVKVLSQDNQMKIQVGANDGESITIDLQKIDVKSLGLDGFNVNGPKEATVGDLKSSFKNVTGYDTYAAGADKYRVDINSGAVVTDAAAPDKVYVNAANGQLTTDDAQNNTAVDLFKTTKSTAGTDDAKAIANVIKGGKEGDTFDYKGVSFTIDTKAGNDGNGTVSTTINGEKVTLTVADIGGGGSVNDATLQSSRNVYTSVVNGQFTFDDKTKNESAKLSDLEANNAVKGESKITVNGAEYTANATGDKITLAGKTMFIDKTASGVSTLINEDAAAAKKSTANPLAAIDSALSKVDAVRSSLGAIQNRFDSAITNLGNTVNNLSSARSRIEDADYATEVSNMSKAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>k__Salmonella.enterica__IIIb.50:k:z__AY353538__k,z 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+>z4,z23__Salmonella.enterica__IIIa.18:z4,z23:-__AY353546__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* +>z4,z23__Salmonella.enterica__IIIa.41:z4,z23:-__AY353547__z4,z23 +MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDDAAGQAIANRFTSNIKGLSQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELSVQAANGSNSGSDLKSIQDEIDQRLNEINRVAEQTDFNGKKVLSQDGQLTIQVGANDGETITIDLQKIDKTELGLDKLDVTKGIATTVSSGASVVGDVKIAAADFDNAKATGGPAADKLSLTKDDKGNYFVKDDTAAAKYYAATVDTTTGKISFDSDKDVTASAGTPTAVSTLSREVKFDGADLKADQSLVKYKDDKGKDLYAIQTLDKDGNASFKSVTFSSDGKTTEGTAVALAANVDPLAKIDDALKTVDAFRSQLGAVQNRFESAITNLGNTVNNLSSARSRIEDSDYATEVSNMSRAQILQQAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR* 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\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/ParaA_rfb.fasta.amb --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/ParaA_rfb.fasta.amb Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +27467 1 0 diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/ParaA_rfb.fasta.ann --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/ParaA_rfb.fasta.ann Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,3 @@ +27467 1 11 +0 O-2_Paratyphi A_rfb_56126533_extracted_from_genome_(minor genetic variant of O9) +0 27467 0 diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/ParaA_rfb.fasta.bwt Binary file database/ParaA_rfb.fasta.bwt has changed diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/ParaA_rfb.fasta.pac Binary file database/ParaA_rfb.fasta.pac has changed diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/ParaA_rfb.fasta.sa Binary file database/ParaA_rfb.fasta.sa has changed diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/SeqSero_result_04_10_2017_21_55_507377853/Seqsero_result.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/SeqSero_result_04_10_2017_21_55_507377853/Seqsero_result.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +Input files: dataset_9_SRR1202985.fastq dataset_10_SRR1202985.fastq +O antigen prediction: O-- +H1 antigen prediction(fliC): - +H2 antigen prediction(fljB): - +Predicted antigenic profile: -:-:- +Predicted serotype(s): N/A (The predicted antigenic profile does not exist in the White-Kauffmann-Le Minor scheme) + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/SeqSero_result_04_10_2017_21_55_507377853/data_log.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/SeqSero_result_04_10_2017_21_55_507377853/data_log.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +check fastq id and make them in accordance with each other...please wait... +Final_Otype_list: +[] +$$$Genome: dataset_9_SRR1202985.fastq +$$$No Otype, due to no hit +Final_filC_list: +[] +Final_fliC_number_together: 0 +Final_fljB_list: +[] +Final_fljB_number_together: 0 +$$Genome: dataset_9_SRR1202985.fastq +$$$No fliC, due to no hit +$$$No fljB, due to no hit diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/Seqsero_result.txt diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/Typhimurium_LT2_gnd_galF.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/Typhimurium_LT2_gnd_galF.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +>Typhimurium_LT2_gnd 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+>Typhimurium_LT2_galF.fasta +TTATTCATGCAAAAGCTGCTCTATGCTCTTACGGAACTTGGCTCCTTCTTTCAGGTTGCGCAGCCCGTACTTCACAAATGCCTGCATGTAGCCCATTTTTTTACCGCAGTCATAGCTGTCACCCGTCATTAGCATCGCGTCAACCGACTGTTTTTTCGCCAGTTCAGCAATGGCATCGGTGAGCTGGATGCGGCCCCAGGCGCCCGGTTCGGTTCTTTCCAGTTCCGCCCAGATGTCGGCTGAAAGCACATAACGGCCTACCGCCATCAAATCGGAATCCAGCGTCTGCGGCTGATCCGGTTTTTCGATAAACTCCACAATCCGGCTGACTTTGCCTTCATTATCCAGAGGTTCTTTCGTCTGGATAACGGAATACTCCGATAAATCACCTTTCATGCGCTTCGCCAGCACCTGGCTGCGACCCGTTTCATTGAAACGCGCCACCATCGCCGCAAGGTTATAGCGCAGCGGATCGGCGGTAGCATCATCGATAATAATATCCGGGAGTACCACAATGAAAGGGTTATCGCCCACGACCGGACGCGCGCACAGAATAGAATGCCCCAGCCCTAACGGCTGCGCCTGGCGAACGTTCATAATCGTCACGCCCGGTGGGCAGATAGATTGCACTTCCGCCAAAAGCTGACGCTTAACGCGCTGCTCAAGAAGTGATTCAAGTTCATAAGAGGTGTCGAAGTGGTTCTCAACGGCGTTTTTAGACGCGTGAGTCACCAGCACGATTTCTTTGATCCCTGCAGCCACAATCTCATCGACAATGTACTGAATCATTGGCTTGTCGACGATCGGTAGCATCTCTTTTGGGATTGCCTTGGTGGCAGGCAACATATGCATACCCAAACCCGCTACCGGTATAACTGCTTTCAAATTCATCAT diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/complete_oafA.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/complete_oafA.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +>oafA +ATGATCTACAAGAAATTCAGACTCGATATAAATGGGCTAAGAGCTTTTGCATTGATAAGTGTTGTGCTGTATCACTTCGGTGTACCTTATGTGTCAGGTGGCTTTATAGGTGTAGATGTTTTCTTTGTAATTTCTGGTTTTCTTATGACTGGAATTGTCCTTGAACGCGTAGACCACAAAGGAGTACTTGATTTTTATATTGCAAGATTCCTAAGAATTGTACCAGCTCTGGTATTTGCAATTCTCTTGTTGATGATTTTCGGTTTATTTACACTAAGTACAAATGAATACGAAGCACTTAGCAAGAACGCAATATCGTCTTTACTTTTTTATTCAAATAATTATTACGCAATTCACTCTAGTTATTTCGACTCATCATCAGAGTTCAACTTTTTGCTTCACACCTGGTCACTATCAGTTGAGTGGCAATTTTATATTTTATATCCTTTATTAGTCATTATAGTTAAAAAATTACGGTTTCCTGTTGGACTCTCATTATCTGTAATTTTAGCCATGTCACTTGCAATTACACTTATGCGAGTGACTGGAACCAAAGAAGATATTTTCTATCTTATCCCTACCAGGGCATGGGAAATGCTGGCTGGCGGCCTTGTATACATAGCATCTGTACGTTACAAAATGCCAGAATGGATAAAGCATTGTGAGGTTTATGGGATAGTCCTCATTGTTGTTCGTGTTGTTATACTCGACAGTAATGGTTACTGGCCAAGCTATTCAGCACTCGCTCCCGTGCTGGGTGCTTCGATGGTTATTCTGGCTAACAAACAGAACTCTTTATTCACATCAAACAGAATTGCACAGTGGGTGGGTAAGATTTCTTACTCAGTTTATTTATGGCACTGGCCTGTAATTGTAGCGATGAAACATTATGATATTGAGTTCAGCGCTATAAATATTTTCTTTGGTGTAATTGTGTCTTTTGCGCTTGGGGATATTTCAGACAGAACAATTGAAAACACGCTCAGGAAACGAGTTAAGCTACAATTTAATATTGTATTATTTTCCTCTACTCTGGCTCTATGCTTGTTTGTCATGTTCACAAAAGGTGTTAGTTTTAGATTTTCAGACACCCTAAAGCAAGTCGTTGAGTATCGTATGGACAACTCTCCCTGGAGGCCTGATATTTGCTTCCTCAATCCAGATCAAGATTATTCAGCATTCTCAAAATGTCAGGATAAAATGACTGAAAAGTCTTTTGTTGTATGGGGTGACTCGCATGCCGCACATCTTATGCCAGGGCTGAAATCGGTATTTGGAAATTCACTTAACATTACGCAGAGAACTGCAAGCTTGTGCCCACCAATCATTGGGCTTCAAAAAGATGACAGGCCGTATTGCAAAGACATCAATGATATGGTAGCCAAGGAAATTTCAGACAACAAGCCTACTACGGTATTAATGTCCGCGTTGTGGCCTGTCTATCCTATGCGTGATTATCTGCCTGAGACTATTAAATTCCTGAAGGATAACAAAGTAAAAAACATCATCATTGTTGGCCCGTTCCCGGTTTGGAAGAAAACGATGATTGATACTATTGAGGATATGGGGATTAATTCCGGAAGGACCGTTCCATGGAGCATGACGGATGAAACCCGTAATCTGAGAGATAATGACAAATATCTTAGAGAGCTGGCGAAAGAGCATTCCCTTACTTATATTTCACCACTTGAGACTATGTGTACAGAAAGTTATTGCAAAGCAATAATAGGGAATAGAATTGCTTACCCTATACAATATGACAATGCGCACCTAACACCAGAAGGCTCAGGGTGGTTTATTGAGGAAGTGAGAAAGCAGATTTCAAAATAA 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+ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCACTGGGCACCGCTATTGAGCGTCTGTCTTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAGGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTCACTGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATTTCTATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGTCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTTCTGGCACAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGCGCCAACGACGGTGAAACCATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACTTTAAGTGTACAGGATGCCTATACGCCAAAAGGTACCGCTGTTACCAGAGATGTTACCACCTATAAAAATGGTGGTACTACTCTTACAGCACCTAACGCAGCAGCAATTGATACCGCTTTAGGTACGACTGGTGCGGCGGGTACTGCGGCAGTGAAATTTAAAGACGGTAACTACTTCGTTGAGGTGACCGGTACAGCTAAAGATGGTCTGTATGAAGCGACAGTTGATACAGCTGGCGCGGTGACAATGACCGCAAATAAAGCAACAGTAACTGGGGCTAGCACAGTTACCGAAAACCAAATTGTAGACGCTGTTACACCGACGCCAGTTGATACAGTCGCAGCAGCTACTGCATTGACCAATGCAGGTGTGACAGGTGCGACAGGTAATACCAGCTTGGTTAAAATGTCATTTGAAGATAAAAATGGCAAAGTTACTGATGCGGGTTACGCGCTTAAAGTTGGAAATGATTATTATGCCGCTGATTACGATGAAAAAACTGGTGAGATAAAAGCTAAAACTGTTAATTATACTGACGCTACTGGTGCAGCAAAAACTGGTGCTGTGAAATTTGGTGGTGCGAATGGTAAGACTGAAGTTGTGACCACAGTTGATGGTAATACTTATCAAGCTAGTGATGTTAAAGGACATAATTTCCAGAGTGGCGGCGCTTTAAGCGAGGCTGTAACTACTAAAACTGAAAACCCGCTGGCTAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAGGTTGATGCGCTGCGTTCTGACTTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTCAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAACACCGTAAACAACCTGTCTGAAGCGCGTAGCCGTATCGAAGATTCTGATTATGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCAGGGACTTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA +>fliC_d_Salmonella.enterica_Virginia_AY353372_b,d,j +ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCTCTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTCACCGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACGGTACTAACTCCCAGTCTGACCTTGACTCTATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGTCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAACGACGGTGAAACTATTGATATTGATTTAAAAGAAATTAGCTCTAAAACACTGGGACTTGATAAGCTTAATGTCCAGGATGCCTACACCCCGAAAGAAACTGCTGTAACCGTTGATAAAACTACCTATAAAAATGGTACAGATACTATTACAGCCCAGAGCAATACTGATATCCAAACTGCAATTGGCGGTGGTGCAACGGGGGTTACTGGGGCTGATATCAAATTTAAAGATGGTCAATACTATTTAGATGTTAAAGGCGGTGCTTCTGCTGGTGTTTATAAAGCCACTTATGATGAAACTACAAAGAAAGTTAATATTGATACGACTGATAAAACTCCGTTAGCAACTGCGGAAGCTACAGCTATTCGGGGAACGGCCACTATAACCCACAACCAAATTGCTGAAGTAACAAAAGAGGGTGTTGATACGACCACAGTTGCGGCTCAACTTGCTGCTGCAGGGGTTACTGGTGCCGATAAGGACAATACTAGCCTTGTAAAACTATCGTTTGAGGATAAAAACGGTAAGGTTATTGATGGTGGCTATGCAGTGAAAATGGGCGACGATTTCTATGCCGCTACATATGATGAGAAAACAGGTACAATTACTGCTAAAACAACCACTTATACAGATGGTGCTGGCGTTGCTCAAACTGGAGCTGTGAAATTTGGTGGCGCAAATGGTAAATCTGAAGTTGTTACTGCTACCGATGGTAAAACTTACTTAGCAAGCGACCTTGACAAACATAACTTCAGAACAGGCGGTGAGCTTAAAGAGGTTAATACAGATAAGACTGAAAACCCACTGCAGAAAATTGATGCTGCCTTGGCACAGGTTGATACACTTCGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTCAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAATACCGTAAATAACCTGTCTTCTGCCCGTAGCCGTATCGAAGATTCCGACTACGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCCGGTACCTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA 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+ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCTCTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAATAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCAATTGCTAACCGTTTCACCGCGAACATCAAAGGCCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGCCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGCGCGAACGACGGTGAAACCATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACGCTGAATGTGCAGAAAGCGTATGATGTAGATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCGCGAATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGCTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGCGTCGATGCTGCTGATGCAGCTACGGCAGAAATGGTCAAAATGTCTTATACCGATAAAAACGGTAAGACGATTGATGGTGGTTATGCTGTAAAAGTAGGCGATAGCTACTATGCCGCTACCCAGAAAAAAGACGGTAGTTTCAGTGTTAATACTACTTCTTACACTGATAAAGACGGCAACACTAAATCTGCACTGAACCAACTGGGTGGCGTAGACGGTAAAACCGAAGTTGTTACTATCGACGGTAAAACCTACAATGCCAGCAAAGCTGCTGGTCATGATTTCAAAGCACAGCCAGAGCTGGCTGAAGCAGCCGCTAAAACCACCGAAAACCCGCTGCAGAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAGGTGGATGCGCTGCGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAAAACCGTTTCAACTCCGCTATCACCAACTTGGGCAATACCGTAAACAACCTGTCTGAAGCGCGTAGCCGTATCGAAGATTCCGACTATGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCCGGTACCTCCGTTCTGGCGCAGGCGAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA +>fliC_k_Salmonella.enterica_Blockley_AY353442 +ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCTCTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCGATTGCTAACCGTTTCACCGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCACAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACCAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGCCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGTCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAACGACGGTGAAACTATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACGCTGAATGTGCAGAAAGCGTATGATGTTCAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAAATGTCTTACACGGATAAAAACGGTAAGACGATTGATGGCGGCTTCGGTGTTAAAGTTGGAGACGATATTTATGCTGCAACTAAAAATAAAGATGGATCGATCAGCATTAACGCCACTGAATATACCGATAAAGACGGCAACACAAAAACTGCACTGAACCAACTGGGTGGCGTAGACGGTAAAACCGAAGTTGTTACTATCGACGGTAAAACCTACAATGCCAGCAAAGCTGCTGGTCATGATTTCAAAGCACAGCCAGAGCTGGCGGAAGCGGCTGCTACAACCACTGAAAACCCGCTGCAGAAAATTGATGCTGCTTTGGCGCAGGTGGATGCGCTGCGTTCTGACCTGGGTGCGGTTCAGAACCGTTTCAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAATACCGTAAATAACCTGTCTTCTGCCCGTAGCCGTATCGAAGATTCCGACTACGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATTCTGCAGCAGGCTGGTACTTCCGTTCTGGCGCAGGCGAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA 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\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/fliC_r_whole.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/fliC_r_whole.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +>fliC_r_Salmonella.enterica_Heidelberg_AY353459 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\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/fliC_z58_k_special_sequences.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/fliC_z58_k_special_sequences.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +>fliC_z58_Salmonella.enterica_I.47:z58:-_AY353518 +GAGCGTCTGTCTTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGAC +>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.42:k:e,n,x,z15_AY353436 +GAGCGTCTGTCTTCCGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGAC \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/fljB_e,n,z15_whole.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/fljB_e,n,z15_whole.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +>fljB_e,n,z15_Salmonella.enterica_Braenderup_AY353324 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\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/new_Oserotype.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/new_Oserotype.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,256 @@ +>O-56_GU445925_Salmonella enterica strain G2471_rfb_complete_sequence 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GAAAAAGGCGATATCATTATTGATGGCGGTAACACCTTCTTCCAGGACACAATCCGTCGCAATCGCGAGCTGTCTGCGGAAGGTTTTAACTTTATCGGTACCGA +>O-6,14_AY334017_Sundsvall/Carrau (the author used two strains and get one sequence)_rfb_complete_sequence_(Sundsvall or Carrau?) 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+>O-9,46,27_partial_wzy +ATGTTACCGCATACATTTATGTTCCTGATTTTTAATATAGTATATATGTTACCAGTAGCCTATGTACATTTTTTTGGGTTCTCCCTTGGAGGGGTTGAAGAGATTCTCAACGGTGATCCCAGTATGCTTGCAGATATGATGGTCTTTTACGTCGCTGTCTGGTTCTTTTATCTTGCCGGTTCGGCATTATTAGGATTTGGTATAAAAAATAAAAATATACAATGGATTATAGCATTCGAACTTCCAATTATTGTAAAGATTTTATTCAGTTTAGTTTTATTTTTTATAGTACTATCAAAAGTATTGCTTTATCCTGAAGGGGTTTACTCATCTTATGCCTTTGATTCTGGCGCTATGGCAAGTCGTGTCTGGAATATCTCGATGGGATTATCAGAACTAGGTATAATAATTTTTACATTTTGTTTAGTTACAAAGAATATAAAGTTTGCAGTTGTTACCTTTCTTATAGTCTCATTAAATCTACTACATGGGACTAGAATATTTACATTGATATTACTTTTAATGATCATATTTTATATAATTTTTATTAATAAAAAAATATCAAAGCTGAAATTATTTATTATTTTGAGCCTTTTTTTTGGCGCAATAGTGATATCATTTTTGATAATATTCATTATCCGTTCTAATGTTTCAATTGAAAATATAAATATAGACCTAATTCTAAGTCCAATAGTATATGAGTCTTTATTTAATCAAATATCTTTTATGCGGATGCTGGATTGGCTACATCAAGGGGCAGTTCCGTTTGCACCACAAATGCTTTTTTCTGATTCAGCTATATTTACGTTACCGACTTTTCTTTTTGATGAAAAATCATCTTTAATGTATATAAATAAATTTGGAGAACTTAGCCCTTTAGGTGGGCTTTCCGGTTATGCTAGTGCAGTAATATATTTTTCGTATTATTATTTCCTGTGGTATTTTATTCTCGGTATTACATCAAGCTTATTATTAAGGTTTACATCGAGTGTAAACTTTGTAATATTGTCGAGAGTTAT +>O-9,46_wbaV +ATGAAGGTATCATTTTGTATCCCAACGTATAATCGAGTAAAATTCATTGAAGACCTTCTTGAAAGTATTAATAATCAATCTTCTCACTCCTTAATTGTAGAAGTATGTATTTCAGATAATGCATCAACTGATGGAACTGAAGAGTCAATAAATATCTGGAGAGATAGATTTAATTTTCCAATTTTGTATCAAAGGCATAACGAAAATATTGGGCCAGATAGGAATTATTTATCTGCAGTTAATATGGGGACTGGAGATTATTGTTGGATTTTCGGAAGTGATGATATTCTTACAAAAAATTCCCTTGCATTGATGGAAGATAAATTGGCTGCCGGAAGTGGCATTTATTTATGTGACAGACGAGAATTAGATATTTCAATGACGAAAATATCTAATCCACATCGGCGATGGTTAAATGGTGGCAGTAGATTATTTTCTTTTAGCAATGAAGCTGATTTGATAGAGTACTTTAGTAAATGTAACTCAGTCGGCGGACTTTTTAGCTACTTAAGCTCTATTATAGTGAAAAGGAATAAATGGTCTGACGTCATATTTGACGAGTCATACATTGGTACAGCTTATGCGCATGTATATATTTTATTAAGAATAATTAACAATATGAATTCGACCCTGCAGTACATATCACTGCCACTGGTTGATTGCAGAGGAAATAACGATACATTCGAAAGTAATGGGAAGGCTCGTCGAATAAAAATTGATTTCATCGGTTATTTAAAACTGAGGGAGGATTTTTATAATAACAATACAAAAATATATATCTCATTTGGACGGGTTCTTACAAAAGAGCGTCCTTGGTTTTATACTTCTTTAGCTATGGCATGTTATGGTGATTCCACCGATAGGGCTGAACTTGCATCATTTTATAAGAAGTTGGGATATCCGAAAATAGCCACCAATTTAATATTTCGTCTTAAAGGGCTGGCTAGCTACACTAAAAAAATAAAATTAGCAAAAATGGTAATAAAAAAAATATTTTCATAG +>O-9,46_wzy +ATGAGATGTGCTATGGTATTTTTAGCGTGGTTTATTGCTATTGGGATATATATAATATGTGGTATTTTTTATCTTCAATTTCCTCAATTATCACCACTAGGGGCTCTTGCATATACTGATACAGTGGGCGATGTAATCATTGTCGTATCCACGGGGATAGTGGGAGTTTTTCTCGGCTATTTTGCATTTTCTAAAATCAAGTTAGTAGGAATAAAAGATTTTAATAATTCGTGTTTTATAAATTTTTGTTCAGTATGCTTTATTATTTCAGCGTTTCTAATTTTCGCCTTAGGCGTCGCTGCATATGGTGGTTACATAGCATTTCTACATACGCCTTATATAGCAATCTATGAAGGTAGTGCAGAAAATCAAACCAGAGATATCCTCATATCTTCATCGGGATTGCTTGCTAACTATGCACTATTAACTAGCATTCGTGTCAACTTTAAAGAAATATCAATAACTAATAAAGTTGTCATAGCAGTATCGCTATTAATACTTGTTTCTATATTTATTCAGGGACGAAGAGAAAATTTAATTTTGCTAATATTATGTTTCGTGTCATTCTATATGCTAAATTATAAAATTAATTTTAAACGTATTATCAAAGTAAGCATTATTTGTATAATAATGTTTTTCATTGCTGGATTAGGTTTATATTTGCGTGAAAGCACTTCAACTTCAGGAGGAAGTATTTTTACAGCTATACCTTTTGCCGTGATGTATGAAACACATTTTTCTTTAGCGACTTTGGCTAATGAAGTGAGAACGCATTTATATAATAATTTACCTTATGGGGGAGTATTAGATTTATTTTCTCCCATATTATTTATTATCCCTGCTTTTATATATGGGATTTTTGGTTTAGATAAACAATCTTTGTTCGAGAATAATGAGATGCGTTTTTATGAGGATAAAGGCGGCCAGTTTATATTCACAGAGGCTTTTCATTCACTTGGTTATGTCGGAGTATTCCTGCATGGTTTAATCTTGGGTGTAATGCTAATAGTATTTTATCGTGTAGCCAAGAAAAGCAGGCTCATAATTTATCATTTTCCAATTATTTCCCTCATATTTGTTGCAATGAGAAAAGACCTTACCTATGGTGTTAAATATATTTCTCTTTTGTTCATATTTATGATGATTTTTTATTTCATCTATAAGTTACTCCCACTTAAAAATAATGGTTGA +>sdf-I_AF370707 +GATCTATCCTAATGAAAATAAATGTGTTTTATCTGATGCAAGAGGGGGAGGGAGGAGCTTTAGCCAAAAG +AAAACCGCCGGGAGAGGCGGTTTGATGTGGTTGGTTCGTCACTGATTTTTTAGGCGCTTTTGTGCAGCGA +GCATGTTCTGGAAAGCCTCTTTATATAGCTCATTCTGACCTCTAAGCCGGTCAATGAGTTTTTCTTTCTC +AGATTCAGGGAGTATATCAAAAAGGTTTAGTAAATCAGCCTGTTGTCTGCTCACCATTCGCCAGCCACCA +CCTTCGAAGTTGTCATCGTAAGTACCAGAAGAACGAACGTAGTTCATTAGATC \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/specific_genes.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/specific_genes.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +>sdf_I_AF370707 +GATCTATCCTAATGAAAATAAATGTGTTTTATCTGATGCAAGAGGGGGAGGGAGGAGCTTTAGCCAAAAG +AAAACCGCCGGGAGAGGCGGTTTGATGTGGTTGGTTCGTCACTGATTTTTTAGGCGCTTTTGTGCAGCGA +GCATGTTCTGGAAAGCCTCTTTATATAGCTCATTCTGACCTCTAAGCCGGTCAATGAGTTTTTCTTTCTC +AGATTCAGGGAGTATATCAAAAAGGTTTAGTAAATCAGCCTGTTGTCTGCTCACCATTCGCCAGCCACCA +CCTTCGAAGTTGTCATCGTAAGTACCAGAAGAACGAACGTAGTTCATTAGATC +>fliC_e,h_Salmonella.enterica_Newport_AY353379_e +ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCCCAGTCCGCTCTGGGCACCGCTATCGAGCGTCTGTCTTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGTCAGGCAATTGCTAACCGTTTCACCGCGAACATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGTATCTCCATTGCGCAGACCACTGAAGGCGCGCTGAACGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAACTGGCGGTTCAGTCTGCTAACAGCACTAACTCCCAGTCTGACCTCGACTCCATCCAGGCTGAAATCACCCAGCGCCTGAACGAAATCGACCGTGTATCCGGCCAGACTCAGTTCAACGGCGTGAAAGTCCTGGCGCAGGACAACACCCTGACCATCCAGGTTGGTGCCAACGACGGTGAAACTATCGATATCGATCTGAAGCAGATCAACTCTCAGACCCTGGGTCTGGATACGCTGAATGTGCAGAAAGCGTATGATGTATCAGCAACTGCTGCAATGGATCCGAAATCATTTACTGACGGTACTAAAAATCTTACAGCGCCTGATGCTACTGCTATCAAAGCCGCGTTGGGAAATCCCGCGGCAACAGGCGATTCCTTGTCTGCTACGCTTTCGTTTAAAGATGGTAAGTATTACGCCACTGTTGCAGGGTATACGAATGCTGCCGATACCAGTAAGAATGGTAAATATGAAGTGAATGTTGATAGTGCGACAGGTGCGGTAACTTTCAATGCAGCACCAACTAAAGCCACAGTAACTGGGGATACAACAGTAACCAAAGTACAGGTTAATGCTCCTGTTGCAGTCAGTACTGATGTTAAAAAAGCGCTAGAAGATGGTGGCGTTTCAAATGCGGACGCTACCGCAGCTAAATTAGTAAAAATGTCTTATACCGATAAAAATGGAAAATCTATTGACGGTGGTTATGCGCTTGAAGCCGGTGGCAAGTACTATGCTGCAACCTATGACGAAGGTACAGGTAAAATCACAGCTAATGTAACCACTTATACTGATTCCACGGGAGTCACAAAAACTGCGGCTAACCAACTTGGTGGCGTAGACGGTAAAACCGAAGTTGTTACTATCGACGGTAAAACCTACAATGCTAGTAAAGCCGCTGGTCACGATTTCAAAGCGCAGCCAGAGCTGGCTGAAGCAGCCGCTAAAACCACCGAAAACCCGCTGGCTAAAATTGATGCCGCGCTGGCGCAGGTTGATGCGTTGCGTTCTGACCTGGGTGCGGTACAGAACCGTTTCAACTCCGCTATCACCAACCTGGGCAACACCGTAAACAACTTGTCTGAAGCGCGTAGCCGTATCGAAGATTCCGACTATGCGACCGAAGTCTCCAACATGTCTCGCGCGCAGATCCTGCAGCAGGCCGGTACCTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA +>fliC_f,g_Salmonella.enterica_Derby_AY353380_g,m +ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCTCAGTCCTCACTGAGTTCCGCTATTGAGCGTCTGTCCTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGCCAGGCGATTGCTAACCGTTTCACGTCTAATATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGCATTTCTATTGCGCAGACCACTGAAGGTGCGCTGAATGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAGTTGTCTGTTCAGGCCACTAACGGGACTAACTCTGATTCCGATCTGAAATCTATCCAGGATGAAATTCAGCAACGTCTGGAGGAAATCGATCGCGTTTCTAATCAGACTCAATTTAACGGTGTTAAAGTCCTGTCTCAGGACAACCAGATGAAAATCCAGGTTGGTGCTAACGATGGTGAAACCATTACCATCGATCTGCAAAAAATTGATGTGAAAAGCCTTGGCCTTGATGGGTTCAATGTTAATGGGCCAAAAGAAGCGACAGTGGGTGATCTGAAGTCCAGCTTCAAGAATGTTACGGGTTACGACACCTATGCAGCGGGTGCCGATAAATATCGTGTAGATATTAATTCCGGTGCTGTAGTGACTGATGCAGTAGCACCGAATAAAGTATATGTAAATGCAGCAAACGGTCAGTTAACAACTGACGATGCGGAAAATAACACTGCGGTTGACCTCTTTAAGACCACTAAATCTACTGCTGGTACCGCTGAAGCCAAAGCGATAGCTGGTGCCATTAAGGGTGGTAAGGAAGGAGATACCTTTGATTATAAAGGCGTGACTTTTACTATTGATACAAAAACTGGTAATGACGGTAATGGTAAGGTTTCTACTACCATCAATGGTGAAAAAGTTACGTTAACTGTCGCTGATATTACCGGTGGTGCGGCGAATGTTGATGCTGCTACCTTACAATCAAGCAAAAATGTTTATACATCTGTAGTGAACGGTCAGTTTACTTTTGATGATAAAACCAAAAACGAGAGTGCGAAACTTTCTGATTTGGAAGCAAACAATGCTGTTAAAGGCGAAAGTAAAATTACAGTAAACGGGGCTGAATATACTGCTAACGCCACGGGTGATAAGGTCACCTTAGCAGGCAAAACCATGTTTATTGACAAAACAGCTTCTGGCGTTAGTACATTAATCAATGAAGACGCTGCCGCTGCTAAGAAAAGTACCGCTAACCCACTGGCTTCAATTGATTCTGCATTGTCAAAAGTGGACGCAGTTCGTTCTTCTCTGGGGGCAATTCAAAACCGTTTTGATTCAGCCATTACCAACCTTGGCAATACGGTAACCAATCTGAACTCCGCGCGTAGCCGTATCGAAGATGCTGACTATGCAACGGAAGTTTCTAATATGTCTAAAGCGCAGATTCTGCAGCAGGCTGGTACTTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA +>fliC_g,m_Salmonella.enterica_Enteritidis_AY353386_g,m +ATGGCACAAGTCATTAATACAAACAGCCTGTCGCTGTTGACCCAGAATAACCTGAACAAATCTCAGTCCTCACTGAGTTCCGCTATTGAGCGTCTGTCCTCTGGTCTGCGTATCAACAGCGCGAAAGACGATGCGGCAGGCCAGGCGATTGCTAACCGCTTCACTTCTAATATCAAAGGTCTGACTCAGGCTTCCCGTAACGCTAACGACGGCATTTCTATTGCGCAGACCACTGAAGGTGCGCTGAATGAAATCAACAACAACCTGCAGCGTGTGCGTGAGTTGTCTGTTCAGGCCACTAACGGGACTAACTCTGATTCCGATCTGAAATCTATCCAGGATGAAATTCAGCAACGTCTGGAAGAAATCGATCGCGTTTCTAATCAGACTCAATTTAACGGTGTTAAAGTCCTGTCTCAGGACAACCAGATGAAAATCCAGGTTGGTGCTAACGATGGTGAAACCATTACCATCGATCTGCAAAAAATTGATGTGAAAAGCCTTGGCCTTGATGGGTTCAATGTTAATGGGCCAAAAGAAGCGACAGTGGGTGATCTGAAATCCAGCTTCAAGAATGTTACGGGTTACGACACCTATGCAGCGGGTGCCGATAAATATCGTGTAGATATTAATTCCGGTGCTGTAGTGACTGATGCAGCAGCACCGGATAAAGTATATGTAAATGCAGCAAACGGTCAGTTAACAACTGACGATGCGGAAAATAACACTGCGGTTGATCTCTTTAAGACCACTAAATCTACTGCTGGTACCGCTGAAGCCAAAGCGATAGCTGGTGCCATTAAAGGTGGTAAGGAAGGAGATACCTTTGATTATAAAGGCGTGACTTTTACTATTGATACAAAAACTGGTGATGACGGTAATGGTAAGGTTTCTACTACCATCAATGGTGAAAAAGTTACGTTAACTGTCGCTGATATTGCCACTGGCGCGACGGATGTTAATGCTGCTACCTTACAATCAAGCAAAAATGTTTATACATCTGTAGTGAACGGTCAGTTTACTTTTGATGATAAAACCAAAAACGAGAGTGCGAAACTTTCTGATTTGGAAGCAAACAATGCTGTTAAGGGCGAAAGTAAAATTACAGTAAATGGGGCTGAATATACTGCTAACGCCACGGGTGATAAGATCACCTTAGCTGGCAAAACCATGTTTATTGATAAAACAGCTTCTGGCGTAAGTACATTAATCAATGAAGACGCTGCCGCAGCCAAGAAAAGTACCGCTAACCCACTGGCTTCAATTGATTCTGCATTGTCAAAAGTGGACGCAGTTCGTTCTTCTCTGGGGGCAATTCAAAACCGTTTTGATTCAGCCATTACCAACCTTGGCAATACGGTAACCAATCTGAACTCCGCGCGTAGCCGTATCGAAGATGCTGACTATGCAACGGAAGTTTCTAATATGTCTAAAGCGCAGATTCTGCAGCAGGCTGGTACTTCCGTTCTGGCGCAGGCTAACCAGGTTCCGCAAAACGTCCTCTCTTTACTGCGTTAA + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 database/tyr_of_O2_O9.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/database/tyr_of_O2_O9.fasta Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,4 @@ +> O-2_Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. JX05-19 contig01, whole genome shotgun sequence fliC region (_790377:790985_608bp) +ATGAAGCTTTAATTACCGGTGGATGTGGCTTCCTTGGGAGTAATCTTGCCTCCTTTGCTTTAAGTCAAGGGATTGATTTAATTGTATTCGATAATCTATCACGTAAAGGTGCAACAGATAATTTACATTGGTTATCCTCCTTAGGAAACTTTGAGTTTGTACATGGTGATATTCGCAACAAAAATGATGTTACAAGATTAATAACTAAGTATATGCCTGATAGCTGTTTTCATCTTGCAGGTCAAGTGGCAATGACTACATCTATTGACAATCCTTGTATGGATTTTGAAATTAATGTAGGTGGAACTTTAAATTTACTTGAGGCAGTACGGCAGTATAATTCAAATTGTAATATAATTTATTCATCAACAAATAAAGTATACGGCGATCTTGAGCAATATAAATACAATGAAACAGAAACTAGATACACTTGTGTAGATAAGCCTAATGGATATGATGAGAGCACACAATTAGATTTCCACTCACCATATGGTTGTTCAAAAGGTGCTGCAGACCAATACATGCTTGATTATGCAAGGATTTTTGGTTTGAATACAGTGGTGTTCAGGCATTCATCAATGTATGGTGGGAGACAGTTTGCTACTTAT +>O-9_Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. E00-7866, contig contig00001, whole genome scathotgun sequence fliC region (_1410109:1410718_609bp) +ATGAAGCTTTTAATTACCGGTGGATGTGGCTTCCTTGGGAGTAATCTTGCCTCCTTTGCTTTAAGTCAAGGGATTGATTTAATTGTATTCGATAATCTATCACGTAAAGGTGCAACAGATAATTTACATTGGTTATCCTCCTTAGGAAACTTTGAGTTTGTACATGGTGATATTCGCAACAAAAATGATGTTACAAGATTAATAACTAAGTATATGCCTGATAGCTGTTTTCATCTTGCAGGTCAAGTGGCAATGACTACATCTATTGACAATCCTTGTATGGATTTTGAAATTAATGTAGGTGGAACTTTAAATTTACTTGAGGCAGTACGGCAGTATAATTCAAATTGTAATATAATTTATTCATCAACAAATAAAGTATACGGCGATCTTGAGCAATATAAATACAATGAAACAGAAACTAGATACACTTGTGTAGATAAGCCTAATGGATATGATGAGAGCACACAATTAGATTTCCACTCACCATATGGTTGTTCAAAAGGTGCTGCAGACCAATACATGCTTGATTATGCAAGGATTTTTGGTTTGAATACAGTGGTGTTCAGGCATTCATCAATGTATGGTGGGAGACAGTTTGCTACTTAT diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 env.sh --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/env.sh Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,8 @@ +#!/bin/sh + +if [ -z "$MODULEPATH" ] ; then + . /etc/profile.d/module.sh +fi + +module add biopython +module add samtools diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,454 @@ +#!/usr/bin/env python + +import os +from Bio import SeqIO +import sys +from Initial_functions import Uniq +from Bio.Blast import NCBIXML + +BwaPath="/nfs/sw/apps/bwa/bwa-0.7.15/bwa" +SamTlsPth="/nfs/sw/apps/samtools/samtools-1.3.1/bin/samtools" +Makebltdb="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb" +Blastnpth="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn" + +def BWA_analysis(sra_name,additional_file,database,mapping_mode,file_mode,z): + global fliC_option + global fljB_option + global family_c_list + global family_b_list + global list_c_length + global list_b_length + family_c_list=[] #will catch families on the family test mapping + family_b_list=[] + if file_mode=="1":#interleaved + if sra_name[-3:]=="sra": + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + rev_fq=sra_name.replace(".sra","_2.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + rev_sai=sra_name.replace(".sra","_2.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + for_fq=core_id+"-read1.fastq" + rev_fq=core_id+"-read2.fastq" + for_sai=core_id+"_1.sai" + rev_sai=core_id+"_2.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + elif file_mode=="2":#seperated + forword_seq=sra_name + reverse_seq=additional_file + for_core_id=forword_seq.split(".fastq")[0] + re_core_id=reverse_seq.split(".fastq")[0] + for_fq=for_core_id+".fastq" + rev_fq=re_core_id+".fastq" + for_sai=for_core_id+".sai" + rev_sai=re_core_id+".sai" + sam=for_core_id+".sam" + bam=sam.replace(".sam",".bam") + elif file_mode=="3":#single-end + if sra_name[-3:]=="sra": + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + rev_fq=sra_name.replace(".sra","_2.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + rev_sai=sra_name.replace(".sra","_2.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + for_fq=core_id+".fastq" + rev_fq=core_id+".fastq" + for_sai=core_id+"_1.sai" + rev_sai=core_id+"_2.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + + database=database.split("/")[-1]##########1/27/2015 + os.system(BwaPath+" index database/"+database) + if file_mode!="3": + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai) + os.system(BwaPath+" sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) + else: + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam) + os.system(SamTlsPth+" view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam) + os.system(SamTlsPth+" view -h -o "+sam+" "+bam) + file=open(sam,"r") + handle=file.readlines() + name_list=[] + for line in handle: + if len(line)>300: + name_list.append(line.split("\t")[2]) + a,b=Uniq(name_list) + c=dict(zip(a,b)) + Sero_list_C=[] + Sero_list_B=[] + description=[] #for storage of whole desription to extract the multifasta file for second BWA mapping + fliC={} + fljB={} + for x in c: + if x[:4]=="fliC": + fliC[x]=c[x] + for x in c: + if x[:4]=="fljB": + fljB[x]=c[x] + final_fliC=sorted(fliC.iteritems(), key=lambda d:d[1], reverse = True) #order from frequency high to low, but tuple while not list + final_fljB=sorted(fljB.iteritems(), key=lambda d:d[1], reverse = True) #order from frequency high to low, but tuple while not list + print "Final_filC_list:" + print final_fliC + num_1=0#new inserted + num_2=0#new inserted + if len(final_fliC)>0: #new inserted + for x in final_fliC:#new inserted + num_1=num_1+x[1]#new inserted + print "Final_fliC_number_together: ",num_1#new inserted + print "Final_fljB_list:" + print final_fljB + if len(final_fljB)>0: #new inserted + for x in final_fljB: #new inserted + num_2=num_2+x[1] #new inserted + print "Final_fljB_number_together: ",num_2#new inserted + print "$$Genome:",sra_name + try: + fliC_option=final_fliC[0][0].split("_")[1] + except: + fliC_option="-" + try: + fljB_option=final_fljB[0][0].split("_")[1] + except: + fljB_option="-" + + if z==0: + if len(final_fliC)==0 or num_1<=10: + print "$$$No fliC, due to no hit" + else: + if final_fliC[0][1]<=1 and z==1: + print "$$$No fliC, due to the hit reads number is small." + else: + try: + family=final_fliC[0][0].split("_")[-1] + Sero_list_C.append(family) + description.append(final_fliC[0][0]) + print "$$Most possilble fliC family: ",Sero_list_C[0]," Number: ",final_fliC[0][1] + i=0 + for x in final_fliC: + if x[0].split("_")[-1] not in Sero_list_C: + if i<=x[1]: + i=x[1] + sec_choice=x[0].split("_")[-1] + des=x[0] + number=x[1] + if locals().has_key('sec_choice'): + Sero_list_C.append(sec_choice) + description.append(des) + print "$$Sec possilble fliC family: ",sec_choice," Number: ",number + j=0 + for x in final_fliC: + if x[0].split("_")[-1] not in Sero_list_C: + if j<=x[1]: + j=x[1] + third_choice=x[0].split("_")[-1] + des=x[0] + number=x[1] + if locals().has_key('third_choice'): + Sero_list_C.append(third_choice) + description.append(des) + print "$$Third possilble fliC family: ",third_choice," Number: ",number + except: + print "$$$No fliC, or failure of mapping" + try: + ratio=float(num_2)/float(num_1) + except: + ratio=0 + + if len(final_fljB)==0 or num_2<=5 or ratio<0.15: + print "$$$No fljB, due to no hit" + else: + if final_fljB[0][1]<=1 and z==1: + print "$$$No fljB, due to the hit reads number is small." + else: + try: + family=final_fljB[0][0].split("_")[-1] + Sero_list_B.append(family) + description.append(final_fljB[0][0]) + print "$$Most possilble fljB family: ",Sero_list_B[0]," Number: ",final_fljB[0][1] + i=0 + for x in final_fljB: + if x[0].split("_")[-1] not in Sero_list_B: + if i<=x[1]: + i=x[1] + B_sec_choice=x[0].split("_")[-1] + des=x[0] + number=x[1] + if locals().has_key('B_sec_choice'): + Sero_list_B.append(B_sec_choice) + description.append(des) + print "$$Sec possilble fljB: ",B_sec_choice," Number: ",number + j=0 + for x in final_fljB: + if x[0].split("_")[-1] not in Sero_list_B: + if j<=x[1]: + j=x[1] + B_third_choice=x[0].split("_")[-1] + des=x[0] + number=x[1] + if locals().has_key('B_third_choice'): + Sero_list_B.append(B_third_choice) + description.append(des) + print "$$Third possilble fljB: ",B_third_choice," Number: ",number + except: + print "$$$No fljB, or failure of mapping" + if len(description)==0: #used for the case which fljB and fliC both has no hit, it will directly cease the function + return + handle=SeqIO.parse("database/"+database,"fasta")########1/27/2015 + handle=list(handle) + file1=open("temp"+sra_name+".fasta","w") + for x in handle: + for y in description: + if x.description==y: + title=">"+x.description + seq=str(x.seq) + file1.write(title+"\n") + file1.write(seq+"\n") + file1.close() + data_base2="temp"+sra_name+".fasta" + os.system("mv "+data_base2+" database")######1/27/2015 + z=1 + BWA_analysis(sra_name,additional_file,data_base2,mapping_mode,file_mode,z) #z=1 this time, z is the pointer for the seqeunce of run + return + + if z==1: + list_c_length=len(final_fliC) + list_b_length=len(final_fljB) + family_test(final_fliC,"fliC",type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam) + family_test(final_fljB,"fljB",type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam) + + #os.system("rm "+for_fq)###01/28/2015#$$$$$$$ + #os.system("rm "+rev_fq)###01/28/2015 + #os.system("rm "+for_sai) + #os.system("rm "+rev_sai) + #os.system("rm "+bam) + #os.system("rm "+sam)###01/28/2015 + #os.system("rm temp.txt")###01/28/2015 + #os.system("rm "+sam+".fasta"+"_db.*")###01/28/2015 + #os.system("rm temp"+sra_name+".fasta")###01/28/2015 + +def family_test(fliC_fljB_list,listtype,type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam): + Sero_list_C=[] + Sero_list_B=[] + if listtype=="fliC": + if len(fliC_fljB_list)==0: + print "$$No fliC, due to no hit" #because the only possible situation for len(final_fliC)==0 is above (z=0) len(final_fliC)==0, so there is no need to use "$$$" here + else: + if fliC_fljB_list[0][1]<=1: + print "$$No fliC, due to the hit reads number is small." #similiar with above, no "$$$" + else: + if fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="g,m": + type="fliC" + database="FliC_f_g_s_whole.fasta" + database2="FliC_Family_g_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="l,v": + type="fliC" + database="fliC_l_z13_whole.fasta" + database2="FliC_Family_l,v_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="r,i": + type="fliC" + database="fliC_r_whole.fasta" + database2="FliC_Family_r,i_special_genes_short.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="k,z": + type="fliC" + database="fliC_k,z_whole.fasta" + database2="FliC_Family_k,z_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="b,d,j": + type="fliC" + database="fliC_b_whole.fasta" + database2="FliC_Family_b,d,j_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="z4,z23": + type="fliC" + database="fliC_z4z23_whole.fasta" + database2="fliC_z4,z23_family.fasta" #"FliC_Family_z4z23_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="z36,z38": + type="fliC" + database="fliC_z36,z38_whole.fasta" + database2="FliC_Family_z36z38_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_c_length,mapping_mode) + else: + try: + Sero_list_C.append(fliC_fljB_list[0][0].split("_")[1]) + print "$$$Most possilble fliC: ",Sero_list_C[0]," Number: ",fliC_fljB_list[0][1] + i=0 + for x in fliC_fljB_list: + if x[0].split("_")[1] not in Sero_list_C: + if i<=x[1]: + i=x[1] + sec_choice=x[0].split("_")[1] + number=x[1] + if locals().has_key('sec_choice'): + Sero_list_C.append(sec_choice) + print "$$$Sec possilble fliC: ",sec_choice," Number: ",number + j=0 + for x in fliC_fljB_list: + if x[0].split("_")[1] not in Sero_list_C: + if j<=x[1]: + j=x[1] + third_choice=x[0].split("_")[1] + number=x[1] + if locals().has_key('third_choice'): + Sero_list_C.append(third_choice) + print "$$$Third possilble fliC: ",third_choice," Number: ",number + except: + print "$$$No fliC, or failure of mapping (second run)" + + if listtype=="fljB": + if len(fliC_fljB_list)==0: + print "$$No fljB, due to no hit" #similiar with above, no "$$$" + else: + if fliC_fljB_list[0][1]<=1: + print "$$No fljB, due to the hit reads number is small." #similiar with above, no "$$$" + else: + if fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="1": + type="fljB" + database="FljB_1_2_7_whole.fasta" + database2="FljB_Family_1_special_genes_all.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_b_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="e": + type="fljB" + database="fljB_e,n,z15_whole.fasta" + database2="FljB_Family_e_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_b_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="l,v": + type="fljB" + database="FljB_l,z13,z28_whole.fasta" + database2="FljB_Family_l,v_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_b_length,mapping_mode) + elif fliC_fljB_list[0][0].split("_")[-1]=="k,z": + type="fljB" + database="FljB_z6_whole.fasta" + database2="FljB_Family_k,z_special_genes.fasta" + assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_b_length,mapping_mode) + else: + try: + Sero_list_B.append(fliC_fljB_list[0][0].split("_")[1]) + print "$$$Most possilble fljB: ",Sero_list_B[0]," Number: ",fliC_fljB_list[0][1] + i=0 + for x in fliC_fljB_list: + if x[0].split("_")[1] not in Sero_list_B: + if i<=x[1]: + i=x[1] + B_sec_choice=x[0].split("_")[1] + number=x[1] + if locals().has_key('B_sec_choice'): + Sero_list_B.append(B_sec_choice) + print "$$$Sec possilble fljB: ",B_sec_choice," Number: ",number + j=0 + for x in fliC_fljB_list: + if x[0].split("_")[1] not in Sero_list_B: + if j<=x[1]: + j=x[1] + B_third_choice=x[0].split("_")[1] + number=x[1] + if locals().has_key('B_third_choice'): + Sero_list_B.append(B_third_choice) + print "$$$Third possilble fljB: ",B_third_choice," Number: ",number + except: + print "$$$No fljB, or failure of mapping (second run)" + + +def assembly(type,sra_name,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,database,database2,list_length,mapping_mode): + os.system(BwaPath+" index database/"+database) + if file_mode!="3": + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai) + os.system(BwaPath+" sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) + else: + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam) + + os.system(SamTlsPth+" view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam) + os.system(SamTlsPth+" view -h -o "+sam+" "+bam) + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>=0) {print $10}}'>"+database+sam+"_seq.txt") + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>=0) {print $1}}'>"+database+sam+"_title.txt") + file1=open(database+sam+"_title.txt","r") + file2=open(database+sam+"_seq.txt","r") + file1=file1.readlines() + file2=file2.readlines() + file=open(database+"_"+sam+".fasta","w") + for i in range(len(file1)): + title=">"+file1[i] + seq=file2[i] + if len(seq)>=50 and len(title)>6:#generally, can be adjusted with different situations + file.write(title) + file.write(seq) + file.close() + os.system("mv "+database+"_"+sam+".fasta"+" database")######1/27/2015 + os.system(Makebltdb+' -in database/'+database+"_"+sam+".fasta"+' -out '+sam+".fasta"+'_db '+'-dbtype nucl >temp.txt') #temp.txt is to forbid the blast result interrupt the output of our program###1/27/2015 + os.system(Blastnpth+" -query database/"+database2+" -db "+sam+".fasta"+"_db -out "+database2+"_vs_"+sam+".xml -outfmt 5 >temp.txt")###1/27/2015 + handle=open(database2+"_vs_"+sam+".xml") + handle=NCBIXML.parse(handle) + handle=list(handle) + List=[] + List_score=[] + for i in range(len(handle)): + if len(handle[i].alignments)>0: + List.append(handle[i].query) + score=0 + for j in range(len(handle[i].alignments)): + for z in range(len(handle[i].alignments[j].hsps)): + score+=handle[i].alignments[j].hsps[z].bits + List_score.append(score) + temp=dict(zip(List,List_score)) + Final_list=sorted(temp.iteritems(), key=lambda d:d[1], reverse = True) + family=database2.split("_")[2] + try: + Final_list[0][0].split("_")[1] # or it will always print "$$$Genome...."(next line) + print "$$$Genome:",sra_name + print "$$$Most possilble "+type+": ",Final_list[0][0].split("_")[1]," Score(due_to_special_test, number changed to score): ",Final_list[0][1] + print Final_list + except: + if type=="fliC": + print "$$$There may be no hit for "+type+"_"+family+" family due to the reads not covering core seqeunce, but just based on reads hit number, the most possible one is: ",fliC_option + if type=="fljB": + print "$$$There may be no hit for "+type+"_"+family+" family due to the reads not covering core seqeunce, but just based on reads hit number, the most possible one is: ",fljB_option + os.system("rm "+database2+"_vs_"+sam+".xml")###01/28/2015 + os.system("rm "+database+sam+"_seq.txt")###01/28/2015 + os.system("rm "+database+sam+"_title.txt")###01/28/2015 + os.system("rm temp.txt")###01/28/2015 + os.system("rm "+sam+".fasta"+"_db.*")###01/28/2015 + +z=0 +target=sys.argv[1] #should be sra format +data_base=sys.argv[2] +mapping_mode=sys.argv[3] +if sys.argv[4] not in ("1","2","3"): + additional_file=sys.argv[4] + file_mode=sys.argv[5] +else: + additional_file="" + file_mode=sys.argv[4] +BWA_analysis(target,additional_file,data_base,mapping_mode,file_mode,z) + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/BWA_analysis_O_new_dependent.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/BWA_analysis_O_new_dependent.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,276 @@ +#!/usr/bin/env python +#tyr_of_O2_O9.fasta should be in the same directory, in it, O9 should be first then O2 + +import os +from Bio import SeqIO +import sys +from Initial_functions import Uniq +from Bio.Blast import NCBIXML + +BwaPath="/nfs/sw/apps/bwa/bwa-0.7.15/bwa" +SamTlsPth="/nfs/sw/apps/samtools/samtools-1.3.1/bin/samtools" +Makebltdb="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb" +Blastnpth="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn" + +def BWA_O_analysis(sra_name,additional_file,database,mapping_mode,file_mode): + if file_mode=="1":#interleaved + if sra_name[-3:]=="sra": + os.system("fastq-dump --split-files "+sra_name) + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + rev_fq=sra_name.replace(".sra","_2.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + rev_sai=sra_name.replace(".sra","_2.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + try: + os.system("gunzip "+sra_name) + except: + pass + dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))) + os.system("perl "+dirpath+"/split_interleaved_fastq.pl --input "+core_id+".fastq --output "+core_id.replace(".","_")+".fastq")#######03152016 + ori_size=os.path.getsize(core_id+".fastq")#######03152016 + os.system("mv "+core_id.replace(".","_")+"-read1.fastq"+" "+core_id+"-read1.fastq")#######03152016 + os.system("mv "+core_id.replace(".","_")+"-read2.fastq"+" "+core_id+"-read2.fastq")#######03152016 + for_fq=core_id+"-read1.fastq"#######03152016 + rev_fq=core_id+"-read2.fastq"#######03152016 + if float(os.path.getsize(for_fq))/ori_size<=0.1 or float(os.path.getsize(rev_fq))/ori_size<=0.1:#09092015#12292015#######03152016 + os.system("echo haha")#09092015 + os.system("perl "+dirpath+"/splitPairedEndReads.pl "+core_id+".fastq")#09092015 + os.system("mv "+core_id+".fastq_1 "+for_fq)##09092015 + os.system("mv "+core_id+".fastq_2 "+rev_fq)##09092015 + else:#09092015 + os.system("echo hehe")#09092015 + for_sai=core_id+"_1.sai" + rev_sai=core_id+"_2.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + elif file_mode=="2":#seperated + forword_seq=sra_name + reverse_seq=additional_file + try: + os.system("gunzip "+forword_seq) + except: + pass + try: + os.system("gunzip "+reverse_seq) + except: + pass + for_core_id=forword_seq.split(".fastq")[0] + re_core_id=reverse_seq.split(".fastq")[0] + for_fq=for_core_id+".fastq" + rev_fq=re_core_id+".fastq" + dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))#######03152016 + print "check fastq id and make them in accordance with each other...please wait..." + os.system("python "+dirpath+"/compare_and_change_two_fastq_id.py "+for_fq+" "+rev_fq)#######03152016 + for_sai=for_core_id+".sai" + rev_sai=re_core_id+".sai" + sam=for_core_id+".sam" + bam=sam.replace(".sam",".bam") + elif file_mode=="3":#single-end + if sra_name[-3:]=="sra": + os.system("fastq-dump --split-files "+sra_name)###01/28/2015 + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + try: + os.system("gunzip "+sra_name) + except: + pass + for_fq=core_id+".fastq" + for_sai=core_id+"_1.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + + os.system(BwaPath+" index "+database) + if file_mode!="3": + if mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln "+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" aln "+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai) + os.system(BwaPath+" sampe "+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) + elif mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem "+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + else: + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem "+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln "+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" samse "+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam) + os.system(SamTlsPth+" view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam) + os.system(SamTlsPth+" view -h -o "+sam+" "+bam) + + file=open(sam,"r") + handle=file.readlines() + name_list=[] + for line in handle: + if len(line)>300: + name_list.append(line.split("\t")[2]) + a,b=Uniq(name_list) + c=dict(zip(a,b)) + final_O=sorted(c.iteritems(), key=lambda d:d[1], reverse = True) #order from frequency high to low, but tuple while not list + Sero_list_O=[] + print "Final_Otype_list:" + print final_O + num_1=0#new inserted + O9_wbav=0 + O310_wzx=0 + O946_wzy=0 + if len(final_O)>0: #new inserted + for x in final_O:#new inserted + num_1=num_1+x[1]#new inserted + if "O-9,46_wbaV" in x[0]: + O9_wbaV=x[1] + if "O-3,10_wzx" in x[0]: + O310_wzx=x[1] + if "O-9,46_wzy" in x[0]: + O946_wzy=x[1] + if "O-3,10_not_in_1,3,19" in x[0]: + O310_no_1319=x[1] + if "O-9,46,27_partial_wzy" in x[0]: + O94627=x[1] + O_list=[] + O_choice="" + + + print "$$$Genome:",sra_name + if len(final_O)==0: + print "$$$No Otype, due to no hit" + else: + if final_O[0][1]<8: + print "$$$No Otype, due to the hit reads number is small." + else: + for x in final_O: + if x[1]>5: + O_list.append(x[0]) + qq=1# + for x in final_O:# + if "sdf" in x[0] and x[1]>3:# + qq=0# + print "$$$",x[0],"got a hit, reads:",x[1]# + if qq!=0:# + print "$$$No sdf exists"# + + if "O-9,46_wbaV" in O_list and float(O9_wbaV)/float(num_1) > 0.1: + if "O-9,46_wzy" in O_list and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1: + O_choice="O-9,46" + print "$$$Most possilble Otype: O-9,46" + elif "O-9,46,27_partial_wzy" in O_list and float(O94627)/float(num_1) > 0.1: + O_choice="O-9,46,27" + print "$$$Most possilble Otype: O-9,46,27" + else: + O_choice="O-9" + if file_mode=="3": + rev_fq="" + rev_sai="" + assembly(sra_name,O_choice,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,mapping_mode) + else: + assembly(sra_name,O_choice,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,mapping_mode) + elif ("O-3,10_wzx" in O_list) and ("O-9,46_wzy" in O_list) and float(O310_wzx)/float(num_1) > 0.1 and float(O946_wzy)/float(num_1) > 0.1: + if "O-3,10_not_in_1,3,19" in O_list and float(O310_no_1319)/float(num_1) > 0.1: + O_choice="O-3,10" + print "$$$Most possilble Otype: O-3,10" + else: + O_choice="O-1,3,19" + print "$$$Most possilble Otype: O-1,3,19" + else: + try: + O_choice=final_O[0][0].split("_")[0] + if O_choice=="O-1,3,19": + O_choice=final_O[1][0].split("_")[0] + print "$$$Most possilble Otype: ",O_choice + except: + print "$$$No suitable Otype, or failure of mapping (please check the quality of raw reads)" + + +def assembly(sra_name,potential_choice,for_fq,rev_fq,for_sai,rev_sai,sam,bam,mapping_mode): + database="ParaA_rfb.fasta" + os.system(BwaPath+" index database/"+database)###01/28/2015 + if rev_fq=="":#2015/09/09 + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" samse database/"+database+" "+for_sai+" "+for_fq+" > "+sam) + else: + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai) + os.system(BwaPath+" sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) + os.system(SamTlsPth+" view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam) + os.system(SamTlsPth+" view -h -o "+sam+" "+bam) + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>0) {print $10}}'>"+sam+"_seq.txt") + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>0) {print $1}}'>"+sam+"_title.txt") + file1=open(sam+"_title.txt","r") + file2=open(sam+"_seq.txt","r") + file1=file1.readlines() + file2=file2.readlines() + file=open(sam+".fasta","w") + for i in range(len(file1)): + title=">"+file1[i] + seq=file2[i] + if len(seq)>=50 and len(title)>6:#generally,can be adjusted + file.write(title) + file.write(seq) + file.close() + database2="tyr_of_O2_O9.fasta" + os.system(Makebltdb+' -in database/'+database2+' -out '+database2+'_db '+'-dbtype nucl') + os.system(Blastnpth+" -query "+sam+".fasta"+" -db "+database2+"_db -out "+sam+"_vs_O29.xml -outfmt 5") + handle=open(sam+"_vs_O29.xml") + handle=NCBIXML.parse(handle) + handle=list(handle) + O9_bigger=0 + O2_bigger=0 + for x in handle: + O9_score=0 + O2_score=0 + try: + if 'O-9' in x.alignments[0].hit_def: + O9_score=x.alignments[0].hsps[0].bits + O2_score=x.alignments[1].hsps[0].bits + elif 'O-2' in x.alignments[0].hit_def: + O9_score=x.alignments[1].hsps[0].bits + O2_score=x.alignments[0].hsps[0].bits + if O9_score>O2_score: + O9_bigger+=1 + if O9_scoreO2_bigger: + print "$$$Most possible Otype is O-9" + elif O9_bigger10: + os.system(Makebltdb+' -in '+database_fliC+' -out '+database_fliC+'_db '+'-dbtype prot')###01/28/2015,no need to add fljB address, because input is abs address already + os.system(Blastxpth+' -seg=no -query '+fliC+' -db '+database_fliC+'_db '+'-out '+'FliC_Htype_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + print target + fliC_XML='FliC_Htype_'+target+'.xml' + fliC_handle=open(fliC_XML) + records=NCBIXML.parse(fliC_handle) + fliC_records=list(records) + E_thresh=1e-10 + hspbit=[] + alignmentlist=[] + for record in fliC_records: + for alignment in record.alignments: + hsp_bit_score=0 + startlist=[]#the percentage algorithm don't consider one situation, the new hsp cover old hsp + endlist=[]# + for hsp in alignment.hsps: + start=hsp.query_start# + end=hsp.query_end# + leng=abs(start-end)# + if hsp.expectend:# + temp=start# + start=end# + end=start# + if len(startlist)==0:# + hsp_bit_score=hsp_bit_score+hsp.bits# + startlist.append(start)# + endlist.append(end)# + else:# + for i in range(len(startlist)):# + if startlist[i]score: + First_Choice=Htype + score=scorelist[Htype] + if locals().has_key('First_Choice'): + serotype.append(First_Choice.split("__")[0]) + seroscore.append(score) + secscore=0 + for Htype in scorelist: + + if scorelist[Htype]>secscore and (Htype.split("__")[0] not in serotype): + Sec_Choice=Htype + secscore=scorelist[Htype] + if locals().has_key('Sec_Choice'): + serotype.append(Sec_Choice.split("__")[0]) + seroscore.append(secscore) + thirdscore=0 + for Htype in scorelist: + if scorelist[Htype]>thirdscore and (Htype.split("__")[0] not in serotype): + Third_Choice=Htype + thirdscore=scorelist[Htype] + if locals().has_key('Third_Choice'): + serotype.append(Third_Choice.split("__")[0]) + seroscore.append(thirdscore) + print serotype,seroscore + if score>100: + print '#',target,'$$$ Most possible H_fliC_type: ',First_Choice,'\n' + print '$$$ bit_score:',score,'\n' + if locals().has_key('secscore'): + if secscore>100: + print '#',target,'$$$ Second possible H_fliC_type: ',Sec_Choice,'\n' + print '$$$ Second bit_score:',secscore,'\n' + if locals().has_key('thirdscore'): + if thirdscore>100: + print '#',target,'$$$ Third possible H_fliC_type: ',Third_Choice,'\n' + print '$$$ Third bit_score:',thirdscore,'\n' + else: + print '$$$ No fliC in',target +else: + score=1 + print '$$$ No fliC (no file created) in',target + + + +if os.path.getsize(fljB)>10: + os.system(Makebltdb+' -in '+database_fljB+' -out '+database_fljB+'_db '+'-dbtype prot')###01/28/2015,no need to add fljB address, because input is abs address already + os.system(Blastxpth+' -query '+fljB+' -db '+database_fljB+'_db '+'-out '+'FljB_Htype_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + print target + fljB_XML='FljB_Htype_'+target+'.xml' + fljB_handle=open(fljB_XML) + records=NCBIXML.parse(fljB_handle) + fljB_records=list(records) + E_thresh=1e-10 + hspbit=[] + alignmentlist=[] + for record in fljB_records: + for alignment in record.alignments: + hsp_bit_score=0 + startlist=[]# + endlist=[]# + for hsp in alignment.hsps: + start=hsp.query_start# + end=hsp.query_end# + leng=abs(start-end)# + if hsp.expectend:# + temp=start# + start=end# + end=start# + if len(startlist)==0:# + hsp_bit_score=hsp_bit_score+hsp.bits# + startlist.append(start)# + endlist.append(end)# + else:# + for i in range(len(startlist)):# + if startlist[i]fljB_score: + fljB_First_Choice=Htype + fljB_score=fljB_scorelist[Htype] + if locals().has_key('fljB_First_Choice'): + fljB_serotype.append(fljB_First_Choice.split("__")[0]) + fljB_seroscore.append(fljB_score) + fljB_secscore=0 + for Htype in fljB_scorelist: + if fljB_scorelist[Htype]>fljB_secscore and (Htype.split("__")[0] not in fljB_serotype): + fljB_Sec_Choice=Htype + fljB_secscore=fljB_scorelist[Htype] + if locals().has_key('fljB_Sec_Choice'): + fljB_serotype.append(fljB_Sec_Choice.split("__")[0]) + fljB_seroscore.append(fljB_secscore) + fljB_thirdscore=0 + for Htype in fljB_scorelist: + if fljB_scorelist[Htype]>fljB_thirdscore and (Htype.split("__")[0] not in fljB_serotype): + fljB_Third_Choice=Htype + fljB_thirdscore=fljB_scorelist[Htype] + if locals().has_key('fljB_Third_Choice'): + fljB_serotype.append(fljB_Third_Choice.split("__")[0]) + fljB_seroscore.append(fljB_thirdscore) + + if fljB_score>100: + print '#',target,'$$$ Most possible H_fljB_type: ',fljB_First_Choice,'\n' + print '$$$ Most bit_score:',fljB_score,'\n' + if locals().has_key('fljB_secscore'): + if fljB_secscore>100: + print '#',target,'$$$ Second possible H_fljB_type: ',fljB_Sec_Choice,'\n' + print '$$$ Second bit_score:',fljB_secscore,'\n' + if locals().has_key('fljB_thirdscore'): + if fljB_thirdscore>100: + print '#',target,'$$$ Third possible H_fljB_type: ',fljB_Third_Choice,'\n' + print '$$$ Third bit_score:',fljB_thirdscore,'\n' + else: + print '$$$ No fljB in',target +else: + fljB_score=1 + print '$$$ No fljB (no file created) in',target + + +if score>100 and fljB_score>100: + fliC_sero=dict(zip(serotype,seroscore)) + fljB_sero=dict(zip(fljB_serotype,fljB_seroscore)) + combination=[] + combination_score=[] + for seroname in fliC_sero: + for fljB_seroname in fljB_sero: + for i in range(len(phase1)): + if phase1[i]==seroname and phase2[i]==fljB_seroname: + name=seroname+"_"+fljB_seroname + score=fliC_sero[seroname]+fljB_sero[fljB_seroname] + combination.append(name) + combination_score.append(score) + combinationlist=dict(zip(combination,combination_score)) #we can do the filteration here + final_dict=sorted(combinationlist.iteritems(), key=lambda d:d[1], reverse = True) + print "$$_H:Order:",final_dict +elif score>100 and fljB_score<100: + print "$$_H:No fljB, only fliC, and its order:",First_Choice,Sec_Choice,Third_Choice +elif score<100 and fljB_score>100: + print "$$_H:No fliC, only fljB, and its order:",fljB_First_Choice,fljB_Sec_Choice,fljB_Third_Choice +elif score==1 and fljB_score>100: + print "$$_H:No fliC (file) existed, only fljB, and its order:",fljB_First_Choice,fljB_Sec_Choice,fljB_Third_Choice +elif score==1 and fljB_score<100: + print "$$_H:No fliC (file) existed, and no fljB" +elif score>100 and fljB_score==1: + print "$$_H:No fljB (file) existed, only fliC, and its order:",First_Choice,Sec_Choice,Third_Choice +elif score<100 and fljB_score==1: + print "$$_H:No fljB (file) existed, and no fliC" +else: + print "$$_H:No fliC and fljB" + + +''' +E_thresh=1e-10 +hspbit=[] +alignmentlist=[] +for record in fliC_records: + for alignment in record.alignments: + hsp_bit_score=0 + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expectscore: + First_Choice=Htype + score=scorelist[Htype] +if score>100: + print '#',target,'Most possible H_fliC_type: ',First_Choice,'\n' + print '#bit_score:',score,'\n' +else: + print '#No fliC in',target + + +E_thresh=1e-10 +hspbit=[] +alignmentlist=[] +for record in fljB_records: + for alignment in record.alignments: + hsp_bit_score=0 + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expectfljB_score: + First_Choice=Htype + fljB_score=scorelist[Htype] +if fljB_score>100: + print '#',target,'Most possible H_fljB_type: ',First_Choice,'\n' + print '#bit_score:',fljB_score,'\n' +else: + print '#No fljB in',target +''' + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/Initial_Conditions.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/Initial_Conditions.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,11 @@ +#!/usr/bin/env python + + + +phase2=[u'1,7', u'e,n,x', u'1,6', u'1,7', u'1,6', u'1,6', u'1,6', u'-', u'1,6', u'1,6', u'1,5', u'1,5', u'z55', u'e,n,x,z15', u'z35', u'z', u'z53', u'z53', u'z54', u'-', u'z35', u'1,5,7', u'z', u'z', u'z53', u'z35', u'z35', u'z35', u'e,n,x,z15', u'z35', u'z35', u'z35', u'z53', u'z', u'z35', u'-', u'e,n,x', u'[e,n,x]', u'1,5,7', u'1,[5],7', u'e,n,x', u'1,2', u'e,n,z15', u'z6', u'z6', u'e,n,z15', u'z42', u'1,5', u'e,n,x', u'z39', u'z42', u'z6', u'l,v', u'1,5', u'e,n,x,z15', u'[1,5]', u'z10', u'1,5', u'l,z13,z28', u'1,7', u'e,n,x', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'e,n,z15', u'1,5', u'1,7', u'1,7', u'1,2', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'z6', u'1,6', u'1,5', u'1,6', u'e,n,z15', u'1,5', u'z42', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'z39', u'1,5', u'1,5', u'z6', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'z6', u'1,6', u'z6', u'1,7', u'1,2', u'1,6', u'z39', u'z6', u'1,5,7', u'1,5', u'1,7', u'z6', u'z39', u'1,7', u'-', u'e,n,x', u'e,n,z15', u'z39', u'e,n,x', u'1,2', u'-', u'e,n,z15', u'z6', u'l,z13,z28', u'l,w', u'e,n,x', u'1,5', u'1,6', u'1,5', u'1,5', u'e,n,z15', u'-', u'-', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'1,2', u'z42', u'l,w', u'1,5', u'e,n,x', u'e,n,x', u'1,7', u'1,5', u'1,2', u'1,5', u'1,5', u'z6', u'[z6]', u'1,6', u'e,n,x', u'1,2', u'1,2', u'e,n,x', u'1,6', u'1,5', u'1,7', u'e,n,z15', u'l,w', u'1,5', u'1,5', u'[1,5]', u'l,w', u'z39', u'z52', u'z39', u'e,n,z15', u'z6', u'e,n,z15', u'1,7', u'[1,5]', u'z39', u'1,5', u'1,5', u'1,5', u'e,n,x', u'l,w', u'1,2', u'1,5', u'1,5', u'e,n,z15', u'1,5', u'1,2', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'e,n,x', u'1,7', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'e,n,x', u'e,n,z15', u'-', u'e,n,x', u'1,7', u'e,n,x,z15', u'l,w', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'z6', u'l,w', u'z6', u'e,n,x', u'1,6', u'1,5', u'1,2', u'e,n,z15', u'e,n,x', u'1,5', u'e,n,z15', u'-', u'e,n,z15', u'z42', u'e,n,x', u'e,n,z15', u'1,5', u'l,w', u'z35', u'1,5', u'1,6', u'z35', u'z6', u'l,w', u'[e,n,x]', u'1,7', u'[e,n,x]', u'1,6', u'z39', u'e,n,x', u'1,6', u'e,n,z15', u'1,5', u'1,2,5', u'1,2', u'1,2', u'1,5', u'e,n,x', u'e,n,x,z15', u'1,2', u'z6', u'1,6', u'-', 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u'44', u'8', u'16', u'18', u'7', u'7', u'43', u'47', u'6,14', u'13', u'13', u'42', u'4', u'44', u'9,46', u'3,10', u'13', u'13', u'13', u'16', u'30', u'9', u'40', u'40', u'44', u'48', u'48', u'52', u'57', u'58', u'66', u'40', u'40', u'7', u'7', u'40', u'7', u'41', u'41', u'43', u'41', u'38', u'4', u'4', u'42', u'42', u'42', u'18', u'8', u'28', u'18', u'18', u'18', u'21', u'21', u'21', u'40', u'28', u'39', u'30', u'35', u'35', u'38', u'38', u'43', u'28', u'57', u'43', u'51', u'51', u'7', u'53', u'53', u'50', u'56', u'7', u'7', u'7', u'59', u'62', u'63', u'7', u'54', u'47', u'43', u'44', u'44', u'44', u'44', u'44', u'50', u'45', u'41', u'47', u'47', u'47', u'47', u'48', u'48', u'45', u'16', u'6,14', u'1,3,19', u'11', u'11', u'3,10', u'8', u'11', u'6,14', u'16', u'16', u'16', u'11', u'3,10', u'9,46', u'13', u'8', u'13', u'6,14', u'17', u'8', u'9', u'13', u'8', u'8', u'13', u'53', u'41', u'48', u'56', u'17', u'50', u'44', u'17', u'44', u'1,3,19', u'43', u'41', u'42', u'41', u'11', u'42', u'42', u'43', u'48', u'8', u'8', u'53', u'53', u'9', u'51', u'50', u'50', u'9,46', u'9,46,27', u'7', u'44', u'48', u'48', u'47', u'3,10', u'3,10', u'45', u'45', u'7', u'7', u'9,46', u'16', u'6,14', u'6,14', u'40', u'38', u'40', u'35', u'40', u'35', u'4', u'44', u'30', u'28', u'16', u'18', u'13', u'13', u'21', u'21', u'18', u'16', u'17', u'45', u'63', u'62', u'35', u'18', u'21', u'48', u'16', u'44', u'51', u'48', u'50', u'50', u'8', u'40', u'44', u'43', u'11', u'41', u'40', u'60', u'4', u'40', u'9,46', u'7', u'4', u'8', u'11', u'7', u'9', u'42', u'48', u'66', u'7', u'3,10', u'50', u'57', u'6,14', u'16', u'43', u'9', u'40', u'7', u'16', u'47', u'7', u'52', u'58', u'53', u'53', u'65', u'65', u'65', u'59', u'58', u'61', u'41', u'16', u'61', u'61', u'60', u'61', u'60', u'60', u'60', u'65', u'47', u'48', u'35', u'50', u'47', u'47', u'48', u'47', u'43', u'35', u'35', u'6,14', u'6,14', u'38', u'38', u'47', u'42', u'50', u'35', u'50', u'38', u'47', u'42', u'58', u'30', u'9', u'47', u'16', u'42', u'40', u'7', u'8', u'38', u'48', u'21', u'66', u'3,10', u'18', u'48', u'40', u'66', u'40', u'4',u'7'] + +sero=[u'II 39:-:1,7', u'Abortusequi', u'Leda', u'II 51:-:1,7', u'Cotia', u'II 41:-:1,6', u'II 65:-:1,6', u'Gallinarum', u'II 13,23:-:1,6', u'II 6,7:-:1,6', u'II 11:-:1,5', u'II 6,7:(g),m,[s],t:1,5', u'IIIb 38:(k):z55', u'IIIb 59:(k):e,n,x,z15', u'IIIb 53:(k):z35', u'IIIb 59:(k):z', u'IIIb 60:(k):z53', u'IIIb 18:(k):z53', u'IIIb 18:(k):z54', u'IIIb 38:(k):-', u'IIIb 38:(k):z35', u'IIIb 38:(k):1,5,7', u'IIIb 63:(k):z', u'IIIb 6,7:(k):z', u'IIIb 61:(k):z53', u'IIIb 35:(k):z35', u'IIIb 41:(k):z35', u'IIIb 16:(k):z35', u'IIIb 16:(k):e,n,x,z15', u'IIIb 8:(k):z35', u'IIIb 65:(k):z35', u'IIIb 59:(k):z35', u'IIIb 65:(k):z53', u'IIIb 65:(k):z', u'IIIb 42:(k):z35', u'Berta', u'II 47:[g,t]:e,n,x', u'II 39:[g],m,t:[e,n,x]', u'II [1],40:[z42]:1,(5),7', u'II [1],13,23:[z42]:1,[5],7', u'II 28:a:e,n,x', u'Overvecht', u'Honelis', u'Antonio', u'Dibra', u'Ord', u'II 57:a:z42', u'Uithof', u'Seattle', u'II 3,10:a:z39', u'II [1],9,12:a:z42', u'II 1,9,12,46,27:a:z6', u'II 3,10:a:l,v', u'II 47:a:1,5', u'II 47:a:e,n,x,z15', u'Assen', u'II 45:a:z10', u'Goelzau', u'Epinay', u'Oxford', u'Masembe', u'Umhlatazana', u'II 3,10:a:e,n,x', u'Galil', u'Solna', u'Toowong', u'Bakau', u'Aminatu', u'Meekatharra', u'VI 45:a:e,n,x', u'II 11:a:z6', u'Massilia', u'VI 11:a:1,5', u'Dakar', u'Luciana', u'Brazil', u'II [1],13,23:a:z42', u'Denver', u'Oslo', u'II 39:a:z39', u'Sanjuan', u'II 6,7,[14]:a:1,5', u'Heron', u'Fischerhuette', u'Togba', u'Damman', u'Amunigun', u'II 6,7:a:z6', u'Austin', u'Hannover', u'Umhlali', u'II 48:a:z39', u'II 48:a:z6', u'Hisingen', u'Shikmonah', u'Salinas', u'Greiz', u'II 40:a:z39', u'Nyeko', u'IV 44:a:-', u'Guarapiranga', u'Doulassame', u'II 30:a:z39', u'Tione', u'Windsheim', u'IV 51:a:-', u'Faji', u'II 58:a:z6', u'Marshall', u'Coleypark', u'II 13,22:a:e,n,x', u'Zehlendorf', u'Mim', u'II [1],13,23:a:1,5', u'Chagoua', u'Oran', u'IV 50:a:-', u'Burundi', u'Doba', u'Baildon', u'Detmold', u'II 6,7:a:z42', u'Wyldegreen', u'Miami', u'Lomalinda', u'Kinondoni', u'Saarbruecken', u'Jangwani', u'Graz', u'Berkeley', u'II 43:a:1,5', u'II 43:a:z6', u'Be', u'Os', u'II [1],4,[5],12,[27]:a:e,n,x', u'Bonames', u'Valdosta', u'II [1],9,12:a:e,n,x', u'Curacao', u'Niumi', u'Juba', u'Gwoza', u'Alkmaar', u'Sendai', u'Doncaster', u'Paratyphi A', u'Huettwilen', u'II 6,8:a:z39', u'II 6,8:a:z52', u'II [1],4,12,[27]:a:z39', u'Banjul', u'Nakuru', u'Tinda', u'Nordufer', u'Fulica', u'II 9,12:a:z39', u'Garba', u'VI [1],6,14:a:1,5', u'Niakhar', u'Tiergarten', u'Niarembe', u'Kisangani', u'II 9,12:a:1,5', u'Hessarek', u'Durban', u'Marseille', u'Gallen', u'Leith', u'II 6,8:a:e,n,x', u'Narashino', u'Arechavaleta', u'Brazos', u'Bispebjerg', u'VI [1],6,14,[25]:a:e,n,x', u'II 11:a:e,n,z15', u'Tchad', u'Abony', u'Uppsala', u'II 42:b:e,n,x,z15', u'Bamboye', u'Tomegbe', u'II 9,46:b:e,n,x', u'Linguere', u'Frederiksberg', u'Accra', u'Worb', u'Zadar', u'Cheltenham', u'Montaigu', u'Georgia', u'Lockleaze', u'Ibadan', u'Wagenia', u'Niederoderwitz', u'Ede', u'II 43:b:z42', u'Tambacounda', u'Kande', u'II 4,12:b:1,5', u'Broughton', u'Kolar', u'II 42:b:1,5', u'Canada', u'Kotte', u'Leopoldville', u'Ohio', u'II 6,7:b:[e,n,x]', u'Koumra', u'II [1],4,[5],12,[27]:b:[e,n,x]', u'Orbe', u'II 6,7:b:z39', u'Elbeuf', u'Vaugirard', u'Sedgwick', u'Wa', u'Melaka', u'Hull', u'Kirkee', u'Dahra', u'Mattenhof', u'II 17:b:e,n,x,z15', u'Wandsworth', u'II 17:b:z6', u'Glasgow', u'48:b:-', u'II 48:b:e,n,x,z15', u'II 48:b:z6', u'Shahalam', u'Riogrande', u'Saugus', u'Johannesburg', u'Duval', u'Benguella', u'II 40:b:-', u'Bignona', u'Paratyphi B', u'II 38:b:1,2', u'IV 50:b:-', u'II 50:b:z6', u'Rochdale', u'Rittersbach', u'Sica', u'Vietnam', u'Gnesta', u'VI 41:b:1,7', u'Abidjan', u'Limete', u'Adime', u'II 16:b:z42', u'II 16:b:z39', u'Malstatt', u'Visby', u'Edinburg', u'Brazzaville', u'Vegesack', u'Sangera', u'II 16:b:e,n,x', u'Hvittingfoss', u'II 41:b:1,5', u'Pharr', u'Eboko', u'Tonev', u'Sanga', u'Kuntair', u'Tucson', u'IIIb (6),14:b:e,n,x', u'Schleissheim (Schleissheim is extremely rare)', u'II 3,10:b:e,n,x', u'Atento', u'Leeuwarden', u'Wohlen', u'Korbol', u'VI 11:b:e,n,x', u'Fomeco', u'Erfurt', u'Yaba', u'Neudorf', u'Epicrates', u'Egusitoo', u'Sanktjohann', u'Stourbridge', u'Tripoli', u'Durham', u'II 6,8:b:1,5', u'Nagoya', u'VI 11:b:1,7', u'Maryland', u'Onarimon', u'Shipley', u'Presov', u'Frintrop', u'Kalina', u'Butantan', u'Bata', u'Allerton', u'Huvudsta', u'II 21:b:1,5', u'II [1],9,12:b:e,n,x', u'Konstanz', u'Batonrouge', u'Gatuni', u'Bukuru', u'Heistopdenberg', u'II [1],9,12:b:z6', u'Ghana', u'Tounouma', u'Benfica', u'Minnesota', u'II [1],9,12:b:z39', u'II 56:b:[1,5]', u'Banalia', u'Riverside', u'Chittagong', u'Mana', u'Westminster', u'Wien', u'II 60:b:-', u'Mississippi', u'Ndjamena', u'Wenatchee', u'II 47:b:1,5', u'II 47:b:e,n,x,z15', u'Sya', u'II 47:b:z6', u'Cochise', u'Djelfa', u'Wilmington', u'Oudwijk', u'II 3,10:b:z39', u'Louga', u'Aschersleben', u'Tempe', u'IV 51:b:-', u'Karaya', u'II 58:b:1,5', u'Urbana', u'II [1],13,22:b:z42', u'II 30:b:z6', u'II 42:b:z6', u'Fluntern', u'II [1],13,23:b:[1,5]', u'II 28:b:z6', u'Vaertan', u'Rottnest', u'II 28:b:e,n,x', u'Soumbedioune', u'Langford', u'Bracknell', u'Freefalls', u'Bokanjac', u'Bahati', u'Skansen', u'Flottbek', u'Molesey', u'Ullevi', u'Moero', u'Ashanti', u'II [1],40:c:z39', u'Antwerpen', u'Montreal', u'IIIb 41:c:e,n,x,z15', u'Bida', u'Kampala', u'IIIb 47:c:z35', u'IIIb 47:c:z', u'IIIb 47:c:e,n,x,z15', u'Eastglam', u'Madigan', u'Kassberg', u'Blijdorp', u'Minna', u'Haouaria', u'Luedinghausen', u'Ridge', u'Alabama', u'IIIb 47:c:1,5,7', u'Keurmassar', u'Madiago', u'Elokate', u'Ipeko', u'Deversoir', u'II 41:c:z6', u'Runby', u'Goeteborg', u'Quebec', u'Kodjovi', u'Lonestar', u'Chiredzi', u'Schwabach', u'II 21:c:e,n,x', u'Utah', u'IIIb 21:c:e,n,x,z15', u'Bronx', u'Belfast', u'Alexanderpolder', u'Santiago', u'Belem', u'Yolo', u'Tado', u'II 40:c:z6', u'Wingrove', u'II 53:c:1,5', u'Rhone', u'Brindisi', u'Hermannswerder', u'Eberswalde', u'Halle', u'II 52:c:k', u'Dresden', u'Wedding', u'Techimani', u'II 11:c:e,n,z15', u'Woodinville', u'Namibia', u'Cotonou', u'Kaduna', u'Rawash', u'Victoriaborg', u'II 17:c:z39', u'IIIb 65:c:z53', u'IIIb 65:c:z', u'IIIb 65:c:1,5,7', u'Okefoko', u'Anderlecht', u'Agege', u'Pramiso', u'IIIb 61:c:z35', u'IIIb 61:c:1,5,(7)', u'Ikayi', u'Gaillac', u'Asylanta', u'II 1,9,12,46,27:c:z39', u'IIIb 59:c:e,n,x,z15', u'Legon', u'Abortusovis', u'Altendorf', u'II 58:c:z6', u'Bissau', u'Jericho', u'Hallfold', u'IIIb 57:c:z', u'IIIb 57:c:e,n,x,z15', u'Bury', u'Hydra', u'Gbadago', u'Morningside', u'Gouloumbo', u'Itutaba', u'II 39:c:e,n,x', u'Vancouver', u'Gafsa', u'Paratyphi C', u'Choleraesuis', u'Typhisuis', u'II 30:c:z39', u'Hissar', u'Kidderminster', u'IIIb 48:c:z', u'Sheffield', u'Quiniela', u'Argenteuil', u'Hithergreen', u'Zaire', u'II 51:c:-', u'Birkenhead', u'Yoruba', u'II [1],40:c:e,n,x,z15', u'Shamba', u'Groenekan', u'Sculcoates', u'II 16:d:1,5', u'Usumbura', u'Sherbrooke', u'II 38:d:z39', u'II 38:d:[1,5]', u'Willamette', u'Oldenburg', u'Nieukerk', u'Orleans', u'Wil', u'Gaminara', u'Livingstone', u'II 6,7:d:z42', u'II 3,10:d:e,n,x', u'Driffield', u'Berlin', u'Karlshamn', u'Niamey', u'II 40:d:-', u'Logone', u'Maron', u'Weybridge', u'Stormont', u'Madjorio', u'Gombe', u'Souza', u'Onireke', u'Lekke', u'II 43:d:z42', u'II 43:d:z39', u'II 43:d:e,n,x,z15', u'Shangani', u'Barranquilla', u'Birmingham', u'Plymouth', u'Dembe', u'Midway', u'Florida', u'Lindern', u'Charity', u'Quentin', u'Typhi', u'II 9,12:d:z39', u'Jaffna', u'Finkenwerder', u'Olten', u'Martonos', u'Sontheim', u'Messina', u'Amoutive', u'Hatfield', u'Mundonobo', u'Mocamedes', u'Patience', u'Cullingworth', u'II 42:d:z6', u'Encino', u'Strasbourg', u'Eschberg', u'Nottingham', u'Caen', u'Barmbek', u'II 35:d:1,5', u'Teko', u'Tarshyne', u'Spartel', u'Magwa', u'Madison', u'Woodhull', u'Ndolo', u'II 16:d:e,n,x', u'II 41:d:z6', u'Bangui', u'Zega', u'Ontario', u'Amersfoort', u'Kambole', u'Kivu', u'Isangi', u'Kisii', u'Albuquerque', u'Egusi', u'Niloese', u'II 47:d:z39', u'II 47:d:e,n,x,z15', u'Stellingen', u'II 47:d:1,5', u'Liverpool', u'Tilburg', u'Wanatah', u'II 13,22:d:1,5', u'Ayinde', u'Friedenau', u'Wichita', u'Grumpensis', u'II [1],9,12:d:e,n,x', u'Diguel', u'II 48:d:1,2', u'Telelkebir', u'Putten', u'Ati', u'Gustavia', u'Warmsen', u'Karachi', u'Dugbe', u'Isuge', u'Chandans', u'Findorff', u'Hemingford', u'IV 50:d:-', u'II 13,23:d:e,n,x', u'Stanley', u'Brezany', u'Schwarzengrund', u'Ahmadi', u'II 4,12:d:e,n,x', u'Sarajane', u'Duisburg', u'Mons', u'II 53:d:z42', u'II [1],53:d:z39', u'II 53:d:1,5', u'Eppendorf', u'II 56:d:-', u'Buckeye', u'Umbadah', u'II 48:d:z6', u'II 57:d:1,5', u'Virginia', u'Muenchen', u'II 58:d:z6', u'II 52:d:z39', u'II 52:d:e,n,x,z15', u'Utrecht', u'Yovokome', u'Manhattan', u'Portanigra', u'Dunkwa', u'Sterrenbos', u'Mishmarhaemek', u'Chennai', u'Palamaner', u'Handen', u'II 6,8:d:z6', u'Fischerstrasse', u'Kermel', u'Gokul', u'Bobo', u'Labadi', u'Herston', u'Newlands', u'Kaapstad', u'Korkeasaari', u'Kpeme', u'Gozo', u'Israel', u'Westafrica', u'Eastbourne', u'Chester', u'Eko', u'Redhill', u'Bahrenfeld', u'Nyborg', u'Anatum', u'Muenster', u'Vejle', u'Hayindogo', u'Kottbus', u'Cremieu', u'Fitzroy', u'Meleagridis', u'Vilvoorde', u'Winnipeg', u'Jubilee', u'Sekondi', u'Saintpaul', u'Weston', u'Beaudesert', u'Guerin', u'Waedenswil', u'Derkle', u'Butare', u'Bergedorf', u'Newport', u'Reading', u'Magumeri', u'Larochelle', u'Lomita', u'Norwich', u'Nola', u'Tilene', u'Onderstepoort', u'Lamberhurst', u'Ferruch', u'Atakpame', u'Bardo', u'Tschangu', u'Braenderup', u'Saboya', u'Rechovot', u'Chingola', u'Chartres', u'Vridi', u'Torhout', u'Livulu', u'Astridplein', u'Sao', u'Bournemouth', u'Calabar', u'Gassi', u'Fillmore', u'Tshiongwe', u'Willemstad', u'Meskin', u'Rhydyfelin', u'Moabit', u'Sanktmarx', u'Adamstua', u'Bruebach', u'Mara', u'Kasenyi', u'Thiaroye', u'Sandiego', u'Malakal', u'Rossleben', u'II 50:e,n,x:1,7', u'II 6,7:e,n,x:1,6', u'II 16:e,n,x:1,6', u'II 3,10:e,n,x:1,7', u'II [1],4,12,[27]:e,n,x:1,[5],7', u'II [1],40:e,n,x:1,[5],7', u'II 56:e,n,x:1,7', u'II 16:e,n,x:1,(5),7', u'II [1],13,23:e,n,x:1,[5],7', u'II 4,12:e,n,x:1,2,7', u'II 9,46:e,n,x:1,5,7', u'II [1],44:e,n,x:1,6', u'II 9,12:e,n,x:1,[5],7', u'II 39:e,n,x:1,7', u'II 28:e,n,x:1,7', u'II 9,12:e,n,x:1,6', u'II 42:e,n,x:1,6', u'II 48:e,n,x,z15:z6', u'II [1],40:e,n,x,z15:1,6', u'II 47:e,n,x,z15:1,6', u'II 17:e,n,x,z15:1,6', u'II 43:e,n,x,z15:1,(5),7', u'II 43:e,n,x,z15:1,6', u'II 17:e,n,x,z15:1,[5],7', u'II 28:e,n,z15:z87', u'6,14:e,n,z15:-', u'Kastrup', u'Wernigerode', u'Derby', u'Raus', u'Vleuten', u'Sljeme', u'Good', u'Friedrichsfelde', u'Rissen', u'Alfort', u'Suelldorf', u'Sandow', u'Rideau', u'Tees', u'Adelaide', u'Havana', u'Regent', u'Milwaukee', u'II 6,8:f,g,m,t:[e,n,x]', u'Borreze', u'Agona', u'II [1],4,[5],12:f,g,t:z6', u'Eingedi', u'Afula', u'Bilu', u'Petahtikve', u'Maiduguri', u'II 28:g,(m),[s],t:1,5', u'Riggil', u'II [1],40:g,[m],[s],[t]:e,n,x', u'II 21:g,[m],[s],t:-', u'II [1],40:g,[m],[s],t:[1,5]', u'II 9,46:g,[m],[s],t:[e,n,x]', u'II 16:g,[m],[s],t:[e,n,x]', u'II [1],40:g,[m],[s],t:z42', u'II 16:g,[m],[s],t:[1,5]', u'II [1],4,12,[27]:g,[m],[s],t:e,n,x', u'II 6,7:g,[m],s,t:[z42]', u'II 11:g,[m],s,t:z39', u'II 50:g,[m],s,t:[1,5]', u'II 57:g,[m],s,t:z42', u'II [1],4,12,[27]:g,[m],t:[1,5]', u'Senftenberg', u'II [1],13,23:g,[s],t:z42', u'Okatie', u'Enteritidis', u'Luke', u'Abadina', u'Yardley', u'Warragul', u'Bijlmer', u'Abuja', u'Bron', u'Essen', u'Hillingdon', u'Nitra', u'Suberu', u'Pontypridd', u'Montevideo', u'Korovi', u'Chincol', u'Gamaba', u'Tornow', u'Agbeni', u'II 6,7:g,m,[s],t:e,n,x', u'II [1],9,12:g,m,[s],t:[1,5,7]', u'II [1],13,23:g,m,[s],t:[e,n,x]', u'II 43:g,m,[s],t:[z42]', u'Godesberg', u'Othmarschen', u'Adeoyo', u'Kouka', u'Blegdam', u'Hato', u'Gueuletapee', u'Amsterdam', u'Nikolaifleet', u'Macclesfield', u'IIIb 13,22:g,m,s:z', u'Giessen', u'Ealing', u'Caracas', u'II 30:g,m,s:e,n,x', u'Croft', u'Athens', u'Emek', u'II [1],13,23:g,m,s,t:1,5', u'II 3,{10}{15}:g,m,s,t:[1,5]', u'II [1],9,12:g,m,s,t:e,n,x', u'II 45:g,m,s,t:1,5', u'II 17:g,m,s,t:-', u'II 6,7:g,m,s,t:z39', u'II 45:g,m,s,t:e,n,x', u'II [1],13,23:g,m,s,t:z42', u'II 41:g,m,s,t:z6', u'II 35:g,m,s,t:-', u'II 28:g,m,t:z39', u'II 28:g,m,t:e,n,x', u'II 60:g,m,t:z6', u'Reubeuss', u'II 6,8:g,m,t:1,7', u'II 45:g,m,t:e,n,x,z15', u'California', u'II 4,12:g,m,t:z39', u'Ebrie', u'II [1],13,22:g,m,t:[1,5]', u'II 48:g,m,t:-', u'Sylvania', u'Kiel', u'Dublin', u'Naestved', u'Rostock', u'Moscow', u'Menston', u'Plumaugat', u'Gateshead', u'Missouri', u'Catanzaro', u'Newyork', u'Sternschanze', u'Binningen', u'Anecho', u'II 9,12:g,s,t:e,n,x', u'Alminko', u'Nanergou', u'Cardoner', u'Ona', u'II 51:g,s,t:e,n,x', u'Lowestoft', u'Dessau', u'II 28:g,s,t:e,n,x', u'Splott', u'Kingston', u'Eaubonne', u'Uccle', u'Westhampton', u'II [1],13,22:g,t:[1,5]', u'IIIb [1],44:g,t:1,5', u'II 44:g,t:z42', u'IIIb 43:g,t:-', u'II 30:g,t:-', u'II 38:g,t:-', u'II 41:g,t:-', u'II 43:g,t:[1,5]', u'II 13,22:g,t:z6', u'II [1],13,23:g,t:1,5', u'Saintemarie', u'IV [1],40:g,t:-', u'II 17:g,t:[e,n,x,z15]', u'II 42:g,t:-', u'II 17:g,t:z39', u'II 65:g,t:-', u'Budapest', u'II 3,10:g,t:-', u'II 9,12,46,27:g,t:e,n,x', u'II [1],40:g,t:e,n,x,z15', u'II 57:g,t:-', u'Bloomsbury', u'II 13,23:g,t:e,n,x', u'II 52:g,t:-', u'II 35:g,t:1,5', u'II 35:g,t:z42', u'Agodi', u'II 40:g,t:z39', u'II 6,7:g,t:[e,n,x]', u'IIIa 50:g,z51:-', u'IIIa 51:g,z51:-', u'IV 48:g,z51:-', u'Larose', u'IV 21:g,z51:-', u'IIIa 21:g,z51:-', u'IIIa 63:g,z51:-', u'IIIa 62:g,z51:-', u'IV [1],53:g,z51:-', u'IV 43:g,z51:-', u'IV 11:g,z51:-', u'IV 6,7:g,z51:-', u'IIIa 35:g,z51:-', u'Wayne', u'IIIa 43:g,z51:-', u'Carswell', u'IV 44:g,z51:-', u'IIIa [1],13,23:g,z51:-', u'IIIa 53:g,z51:-', u'IIIa 47:g,z51:-', u'Newmexico', u'IIIa 18:g,z51:-', u'IV 18:g,z51:-', u'IV 45:g,z51:-', u'IV [1],40:g,z51:-', u'IV 50:g,z51:-', u'IIIa 45:g,z51:-', u'Alamo', u'IIIa 41:g,z51:-', u'IV [1],42:g,z51:-', u'IIIa 48:g,z51:-', u'IIIa 42:g,z51:-', u'IIIb 40:g,z51:e,n,x,z15', u'IV 38:g,z51:-', u'IIIa 38:g,z51:-', u'Tennyson', u'IIIa 40:g,z51:-', u'Travis', u'Maricopa', u'II 50:g,z62:e,n,x', u'II [1],9,12:g,z62:[e,n,x]', u'II 43:g,z62:e,n,x', u'II 9,46:g,z62:-', u'II 4,12:g,z62:-', u'Antarctica', u'Rosenberg', u'IIIb 60:i:[z]', u'Volkmarsdorf', u'Ouagadougou', u'Dieuppeul', u'Stratford', u'Chichester', u'IIIb 60:i:[e,n,x,z15]', u'Cotham', u'IIIb 53:i:z', u'Doorn', u'Machaga', u'IIIb 59:i:z35', u'Warnemuende', u'IIIb 65:i:z', u'Falkensee', u'Avonmouth', u'Zuilen', u'IIIb 17:i:z35', u'Ahanou', u'IIIb 50:i:e,n,x,z15', u'Diourbel', u'IIIb 21:i:1,5,7', u'IIIb 21:i:e,n,x,z15', u'IIIb 65:i:e,n,x,z15', u'Wisbech', u'IIIb 61:i:e,n,x,z15', u'Abobo', u'Pisa', u'IIIb 61:i:z53', u'IIIb 61:i:z35', u'Truro', u'Frankfurt', u'IIIb 59:i:z', u'Potto', u'Mathura', u'Agbara', u'Kabete', u'Amina', u'IIIb 58:i:z53', u'IIIb 61:i:z', u'Mjordan', u'Poeseldorf', u'Kuessel', u'Douala', u'IIIb 60:i:[z35]', u'Cuckmere', u'Amounderness', u'IIIb 58:i:e,n,x,z15', u'Bessi', u'IIIb 59:i:e,n,x,z15', u'Morehead', u'Landau', u'IIIb 16:i:z35', u'IIIb 57:i:e,n,x,z15', u'IIIb 57:i:z', u'Soerenga', u'Tibati', u'Magherafelt', u'Takoradi', u'Bergen', u'IIIb 47:i:e,n,x,z15', u'Kaneshie', u'Borromea', u'Middlesbrough', u'Warnow', u'Malmoe', u'IIIb 38:i:z53', u'Aba', u'IIIb 47:i:z35', u'Cyprus', u'Hoboken', u'Taksony', u'Yeerongpilly', u'IIIb 40:i:1,5,7', u'[1],13,22:i:-', u'Idikan', u'Typhimurium', u'Maritzburg', u'Bonariensis', u'Tumodi', u'48:i:-', u'IIIb 48:i:z61', u'Hofit', u'Cumberland', u'Alma', u'Samaru', u'Lindenburg', u'Verona', u'IIIb 48:i:z53', u'Bargny', u'IIIb 48:i:z', u'IIIb 47:i:z', u'II 4,12,27:i:z35', u'Gloucester', u'Tsevie', u'Farsta', u'Agama', u'Lagos', u'Seremban', u'IIIb 47:i:z53', u'Myrria', u'IIIb 48:i:z35', u'Heerlen', u'Veneziana', u'Norton', u'IIIb 35:i:z', u'Kentucky', u'IIIb 50:i:z53', u'Jukestown', u'Lika', u'IIIb 35:i:e,n,x,z15', u'Athinai', u'Brijbhumi', u'Gambia', u'IIIb 35:i:z53', u'Bandia', u'IIIb 35:i:z35', u'Evry', u'Aberdeen', u'IIIb 50:i:1,5,7', u'Kedougou', u'Mampeza', u'Buzu', u'IIIb 38:i:z', u'Lansing', u'Mgulani', u'Stuttgart', u'Mbao', u'Garoli', u'Voulte', u'IIIb 50:i:z', u'Schalkwijk', u'Moussoro', u'Augustenborg', u'Oritamerin', u'Haardt', u'Kallo', u'Schwerin', u'Blockley', u'Charlottenburg', u'IIIb 53:k:z53', u'Surrey', u'II 6,7:k:[z6]', u'IIIb 21:k:z', u'IIIb 21:k:e,n,x,z15', u'IIIb (6),14:k:z53', u'Claibornei', u'Ochsenwerder', u'II 1,6,14:k:z6', u'IIIb (6),14:k:z', u'Goverdhan', u'II 6,14:k:e,n,x', u'II 6,14,[24]:k:1,6', u'Harburg', u'Escanaba', u'II 55:k:z39', u'II 17:k:-', u'Bootle', u'IIIb 60:k:z35', u'Casablanca', u'Verviers', u'Lawra', u'IIIb 61:k:1,5,(7)', u'IIIb 61:k:z35', u'Thetford', u'Ahuza', u'IIIb 43:k:z', u'Cairns', u'Thompson', u'Gwale', u'IIIb 17:k:z', u'Zaria', u'Matadi', u'Warri', u'Bandim', u'Irenea', u'Bethune', u'Oesterbro', u'II 13,23:k:z41', u'Marburg', u'Galiema', u'Dahomey', u'Singapore', u'Baiboukoum', u'Daytona', u'IIIb 58:k:z', u'IIIb 47:k:z53', u'IIIb 47:k:z35', u'Ferlo', u'II 41:k:1,6', u'II 41:k:z6', u'IIIb 47:k:z', u'IIIb 60:k:z', u'IIIb 47:k:e,n,x,z15', u'IIIb 57:k:e,n,x,z15', u'IIIb 47:k:1,5,7', u'IIIb 53:k:z', u'Staoueli', u'Serrekunda', u'II 59:k:z65', u'IIIb 59:k:z53', u'Memphis', u'Haferbreite', u'IIIb 42:k:e,n,x,z15', u'IIIb 42:k:z', u'Lyon', u'Pretoria', u'IIIb 48:k:z53', u'IIIb 11:k:z53', u'IIIb 16:k:z53', u'IIIb 50:k:z35', u'IIIb 50:k:z53', u'Marienthal', u'Kisarawe', u'IIIb 53:k:e,n,x,z15', u'Colobane', u'Amba', u'Abaetetuba', u'Orientalis', u'IIIb 35:k:z53', u'Ank', u'Taunton', u'IIIb 28:k:1,7', u'Ikeja', u'Adamstown', u'IIIb 50:k:e,n,x,z15', u'Guildford', u'IIIb 35:k:e,n,x,z15', u'Hilversum', u'Sharon', u'Mango', u'II 50:k:e,n,x', u'IIIb 50:k:1,5,7', u'Dan', u'IIIb 51:k:z35', u'II 13,22:k:1,5', u'Mannheim', u'Marylebone', u'Cochin', u'Clontarf', u'IIIb 16:k:z', u'Echa', u'IIIb 35:k:z', u'Inverness', u'Njala', u'IIIb 38:k:e,n,x,z15', u'IIIb 50:k:z', u'II 50:k:z6', u'IIIb 38:k:z', u'IIIb 38:k:z53', u'Szentes', u'Maumee', u'Nuatja', u'Ceyco', u'Wimborne', u'Bordeaux', u'IIIb 52:k:e,n,x,z15', u'IIIb 52:k:z35', u'IIIb 52:k:z53', u'Hann', u'II 48:k:z39', u'IIIb 40:k:z', u'Allandale', u'IIIb 40:k:z53', u'II [1],40:k:e,n,x,z15', u'Zanzibar', u'Scarborough', u'Yundum', u'Newrochelle', u'Aqua', u'Angoda', u'Odozi', u'II 30:k:e,n,x,z15', u'Ilala', u'II [1],4,12,27:k:1,6', u'Champaign', u'Newjersey', u'Goulfey', u'II 40:k:z6', u'Massenya', u'IIIb 48:k:1,5,(7)', u'Neumuenster', u'II 48:k:e,n,x,z15', u'IIIb 48:k:e,n,x,z15', u'Dahlem', u'IIIb 48:k:z', u'IIIb 48:k:z35', u'Ljubljana', u'Texas', u'Ramatgan', u'Kunduchi', u'II [1],42:l,[z13],z28:[z6]', u'Stuivenberg', u'Enugu', u'Tyresoe', u'Mkamba', u'IIIb 6,7:l,v:z53', u'Coromandel', u'Burgas', u'Ngor', u'Lovelace', u'IIIb 13,22:l,v:1,5,7', u'Nanga', u'Potsdam', u'Kortrijk', u'Bonn', u'Parkroyal', u'Svedvi', u'Gdansk', u'Borbeck', u'Sinchew', u'Welikade', u'Nchanga', u'Horsham', u'Alpenquai', u'IIIb (6),14:l,v:z', u'IIIb (6),14:l,v:z35', u'Amberg', u'VI 6,14:l,v:z88', u'Concord', u'II 3,10:l,v:z6', u'Ruzizi', u'II 3,10:l,v:e,n,x', u'Give', u'London', u'Sinstorf', u'IIIb (6),14:l,v:z53', u'Stendal', u'IIIb 38:l,v:z', u'IIIb 16:l,v:1,5,7', u'Shanghai', u'Salford', u'IIIb 16:l,v:z', u'Losangeles', u'Boecker', u'IIIb 16:l,v:z53', u'IIIb 6,7:l,v:1,5,7', u'Maracaibo', u'Fann', u'Bullbay', u'IIIb 11:l,v:z', u'Irumu', u'IIIb 11:l,v:z53', u'IIIb 16:l,v:z35', u'Roan', u'Bredeney', u'Kimuenza', u'II [1],4,12,27:l,v:e,n,x', u'Brandenburg', u'Pakistan', u'Litchfield', u'VI 50:l,v:z67', u'Kimberley', u'IIIb 42:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 38:l,v:z35', u'IIIb 38:l,v:[z53]', u'IV 47:l,v:-', u'IIIb 47:l,v:z57', u'IIIb 47:l,v:z53', u'IIIb 47:l,v:z35', u'Alger', u'Ligeo', u'IIIb 50:l,v:z57', u'IIIb 50:l,v:z35', u'IIIb 50:l,v:z', u'IIIb 50:l,v:e,n,x,z15', u'Toronto', u'Geraldton', u'IIIb 35:l,v:z35', u'Fass', u'IIIb 35:l,v:e,n,x,z15', u'Donna', u'IIIb 48:l,v:z', u'IIIb 48:l,v:1,5,(7)', u'Australia', u'Fyris', u'Clackamas', u'Drac', u'India', u'Panama', u'IIIb 47:l,v:z', u'Taylor', u'II 9,12:l,v:z39', u'Goettingen', u'II 9,12:l,v:e,n,x', u'Zaiman', u'IIIb [1],40:l,v:z53', u'Houston', u'IIIb 40:l,v:z', u'Mendoza', u'IIIb 43:l,v:z53', u'IIIb 42:l,v:z53', u'IIIb 42:l,v:z', u'Coogee', u'IIIb 42:l,v:1,5,7', u'II 42:l,v:e,n,x,z15', u'Kapemba', u'Holcomb', u'Azteca', u'IIIb 47:l,v:1,[5],7', u'II 39:l,v:1,5', u'Kokomlemle', u'Oerlikon', u'Loanda', u'Imo', u'Manchester', u'IIIb 47:l,v:e,n,x,z15', u'II 6,8:l,v:e,n,x', u'Edmonton', u'Lund', u'II [1],4,12,27:l,v:z39', u'Millesi', u'Canary', u'II 40:l,v:e,n,x', u'Amherstiana', u'Nashua', u'IIIb 61:l,v:z35', u'IIIb 61:l,v:z', u'IIIb 61:l,v:1,5,7', u'IIIb 60:l,v:z', u'IIIb 59:l,v:z53', u'IIIb 59:l,v:z', u'IIIb 52:l,v:z53', u'Vitkin', u'IIIb 21:l,v:z', u'IIIb 58:l,v:z35', u'IIIb 58:l,v:e,n,x,z15', u'II 56:l,v:z39', u'IIIb 53:l,v:z35', u'IIIb 53:l,v:z', u'IIIb 53:l,v:e,n,x,z15', u'Leoben', u'IIIb 65:l,v:z35', u'Koessen', u'Morotai', u'Michigan', u'Lancaster', u'Carmel', u'IIIb 17:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 65:l,v:e,n,x,z15', u'IIIb 65:l,v:z53', u'Harcourt', u'IIIb 18:l,v:e,n,x,z15', u'Orlando', u'IIIb 18:l,v:z', u'IIIb 18:l,v:z53', u'IIIb 65:l,v:z', u'IIIb 35:l,v:1,5,7', u'IIIb 21:l,v:z57', u'IIIb 17:l,v:z35', u'Dadzie', u'Overschie', u'IIIb 51:l,v:z', u'II 13,23:l,w:e,n,x', u'Ayton', u'Victoria', u'II [1],9,12:l,w:e,n,x', u'Toulon', u'Blancmesnil', u'II 6,8:l,w:z6', u'Keve', u'Gabon', u'Ackwepe', u'Glidji', u'Essingen', u'Lomnava', u'Brooklyn', u'Westeinde', u'Fayed', u'Assinie', u'Epalinges', u'Marsabit', u'Colorado', u'II 6,7:l,w:1,5,7', u'Langeveld', u'II 6,7:l,w:z42', u'II 4,12:l,w:e,n,x', u'II [1],42:l,w:e,n,x', u'II 16:l,w:z6', u'Parakou', u'Overchurch', u'Togo', u'II 50:l,w:e,n,x,z15', u'Fulda', u'Zigong', u'Mono', u'Ramsey', u'IIIb 48:l,w:1,5,7', u'Freiburg', u'Uganda', u'Tours', u'Taiping', u'Miyazaki', u'Itami', u'Kenya', u'Mandera', u'Winterthur', u'Westerstede', u'Sudan', u'Nessziona', u'Napoli', u'Haduna', u'Breukelen', u'Neukoelln', u'II 43:l,z13,z28:1,5', u'Makiso', u'II 58:l,z13,z28:z6', u'Ockenheim', u'Lokstedt', u'Osnabrueck', u'Morocco', u'Strathcona', u'Catalunia', u'Penilla', u'Teshie', u'Battle', u'II 41:l,z13,z28:e,n,x,z15', u'Ablogame', u'Koblenz', u'II 58:l,z13,z28:1,5', u'Nordrhein', u'Kano', u'Kubacha', u'Hiduddify', u'Fallowfield', u'Hoghton', u'Vom', u'Bedford', u'Connecticut', u'II 1,9,12,46,27:l,z13,z28:z39', u'Tiko', u'II 53:l,z28:z39', u'II 51:l,z28:z6', u'II 53:l,z28:z6', u'II 53:l,z28:e,n,x', u'II 50:l,z28:z42', u'II 51:l,z28:z39', u'II 56:l,z28:-', u'Joal', u'II 6,7:l,z28:z6', u'Tomelilla', u'II 11:l,z28:e,n,x', u'Lamin', u'II 13,22:l,z28:1,5', u'Kindia', u'Reinickendorf', u'II [1],4,12:l,z28:[e,n,x]', u'II 6,8:l,z28:e,n,x', u'Malika', u'Moundou', u'II 3,10:l,z28:z39', u'II [1],13,23:l,z28:z42', u'II 13,23:l,z28:z6', u'II 13,23:l,z28:1,5', u'II 3,10:l,z28:1,5', u'II 39:l,z28:e,n,x', u'Kotu', u'II 9,12:l,z28:1,5', u'II 9,12:l,z28:e,n,x', u'York', u'Aflao', u'II [1],40:l,z28:z39', u'Santhiaba', u'II [1],40:l,z28:1,5', u'Bukavu', u'Javiana', u'II 6,7:l,z28:e,n,x', u'II 39:l,z28:z39', u'II 3,10:l,z28:e,n,x', u'II 6,7:l,z28:1,5', u'II 35:l,z28:-', u'II 30:l,z28:z6', u'II 16:l,z28:z42', u'II 28:l,z28:e,n,x', u'Fajara', u'II 28:l,z28:1,5', u'Jambur', u'Granlo', u'II 40:l,z28:e,n,x', u'Haelsingborg', u'II [1],40:m,t:z42', u'II 1,6,14:m,t:1,5', u'II 13,22:m,t:z42', u'II [1],13,23:m,t:z42', u'Kintambo', u'Bassa', u'II [1],44:m,t:z42', u'II [1],13,23:m,t:1,5', u'IV 40:m,t:-', u'Washington', u'II 40:m,t:z39', u'II 40:m,t:e,n,x', u'Newholland', u'II 9,46:m,t:e,n,x', u'II [1],9,12:m,t:z39', u'Leatherhead', u'Sangalkam', u'Muguga', u'Apapa', u'II 50:m,t:z6', u'Yokoe', u'II 6,8:m,t:1,5', u'Pensacola', u'II [1],9,12:m,t:1,5', u'Banana', u'II 11:m,t:e,n,x', u'II [1],13,23:m,t:e,n,x', u'II 45:m,t:1,5', u'II 3,10:m,t:e,n,x', u'Oranienburg', u'Madras', u'Djinten', u'II 6,8:m,t:e,n,x', u'II 6,7:m,t:-', u'Oakey', u'Winston', u'Moers', u'Cannstatt', u'Bama', u'II 17:m,t:-', u'II 42:m,t:[e,n,x,z15]', u'II 35:m,t:-', u'Monschaui', u'II 18:m,t:1,5', u'Langenhorn', u'Mesbit', u'II 21:m,t:-', u'IV 21:m,t:-', u'Kaitaan', u'Rothenburgsort', u'Mpouto', u'II 30:m,t:-', u'II 28:m,t:z39', u'II 6,14:m,t:e,n,x', u'Southbank', u'II 3,10:m,t:1,5', u'Morillons', u'II 16:m,t:[z42]', u'Morbihan', u'Waral', u'Dietrichsdorf', u'Vinohrady', u'II 16:m,t:e,n,x', u'II 28:m,t:[e,n,x]', u'II 9,12:m,t:e,n,x', u'Senegal', u'Rubislaw', u'IIIb 35:r:e,n,x,z15', u'Clanvillian', u'IIIb 42:r:z53', u'Gege', u'IIIb 48:r:z', u'IIIb 48:r:e,n,x,z15', u'Quincy', u'Volta', u'IIIb 42:r:z', u'Grandhaven', u'Brive', u'IIIb 61:r:z35', u'IIIb 58:r:z53', u'IIIb 59:r:z35', u'IIIb 60:r:e,n,x,z15', u'IIIb 60:r:z', u'IIIb 60:r:z35', u'IIIb 60:r:z53', u'IIIb 21:r:z', u'Mountmagnet', u'II 28:r:e,n,z15', u'IIIb 61:r:z', u'Lubumbashi', u'IIIb 61:r:z53', u'Konongo', u'Yalding', u'IIIb 18:r:z', u'Tennenlohe', u'Crossness', u'IIIb 17:r:z', u'Lode', u'IIIb 65:r:z35', u'IIIb 61:r:1,5,7', u'Ivory', u'Shoreditch', u'Sokode', u'IIIb 50:r:1,5,(7)', u'IIIb 50:r:e,n,x,z15', u'IIIb 50:r:z', u'IIIb 50:r:z35', u'IIIb 50:r:z53', u'Fairfield', u'Massakory', u'IIIb 58:r:z', u'IIIb 47:r:e,n,x,z15', u'IIIb 58:r:e,n,x,z15', u'Brunflo', u'Lehrte', u'Bassadji', u'Sipane', u'IIIb 53:r:z', u'IIIb 53:r:z35', u'IIIb 53:r:z68', u'Czernyring', u'Deckstein', u'Kibusi', u'Camberwell', u'Yellowknife', u'IIIb (6),14:r:z', u'Heidelberg', u'Bradford', u'Winneba', u'Remo', u'Goldcoast', u'IIIb 8:r:z', u'44:r:-', u'IIIb 35:r:z', u'Albertbanjul', u'IIIb 47:r:1,5,7', u'IIIb 40:r:z53', u'Southampton', u'Brefet', u'Jamaica', u'IIIb 43:r:e,n,x,z15', u'13,22:r:-', u'Adjame', u'Linton', u'Grampian', u'Papuana', u'IIIb 43:r:z53', u'IIIb 43:r:z', u'Weltevreden', u'Simi', u'Elisabethville', u'Ughelli', u'Bochum', u'Emmastad', u'Infantis', u'Campinense', u'Lome', u'Virchow', u'IIIb 42:r:-', u'II 42:r:-', u'Nigeria', u'IIIb 38:r:e,n,x,z15', u'IIIb 38:r:z', u'IIIb 38:r:1,5,7', u'Lindi', u'Dapango', u'IIIb 47:r:z', u'IIIb 47:r:z53', u'IIIb 35:r:z61', u'IIIb 35:r:z35', u'IIIb 38:r:z35', u'Akanji', u'Hindmarsh', u'Noya', u'Colindale', u'Kofandoka', u'Bsilla', u'Sanktgeorg', u'IIIb 47:r,[i]:z35', u'Bovismorbificans', u'Hidalgo', u'Drogana', u'Brikama', u'Surat', u'Altona', u'Chicago', u'Rovaniemi', u'Fareham', u'Euston', u'Dumfries', u'Seegefeld', u'Africana', u'Banco', u'Lutetia', u'Annedal', u'Istoria', u'Zwickau', u'Cocody', u'Amager', u'Praha', u'Mayday', u'Nantes', u'Irchel', u'Bolton', u'Ohlstedt', u'Orion', u'II [1],9,12:y:z39', u'Powell', u'Benin', u'Hartford', u'Mikawasima', u'Mokola', u'Giza', u'Bulgaria', u'Tananarive', u'II 6,8:y:1,6', u'Alagbon', u'Inchpark', u'Sunnycove', u'Daarle', u'Richmond', u'Lamphun', u'Bareilly', u'Kralingen', u'Benue', u'Sindelfingen', u'II 1,9,12,46,27:y:z39', u'Gatow', u'Oyonnax', u'Stockholm', u'Langensalza', u'Brunei', u'Dougi', u'Perth', u'Baguirmi', u'Nijmegen', u'Teddington', u'Finaghy', u'Ruiru', u'Ibaragi', u'Bietri', u'Coeln', u'Matopeni', u'Saphra', u'Akuafo', u'Harvestehude', u'Selby', u'Avignon', u'Freetown', u'Colombo', u'Trachau', u'Pomona', u'Oskarshamn', u'Nima', u'Ball', u'Steinwerder', u'Kingabwa', u'Farcha', u'Jos', u'Steinplatz', u'Carrau', u'Spalentor', u'Kitenge', u'Telaviv', u'Madelia', u'Fischerkietz', u'Mornington', u'Shomolu', u'II 17:y:-', u'Kamoru', u'Moualine', u'Solt', u'Delan', u'Gatineau', u'Kikoma', u'Herzliya', u'Woumbou', u'Windermere', u'Odienne', u'Cannonhill', u'Blitta', u'Jalisco', u'Lokomo', u'Slade', u'Thies', u'II 18:y:e,n,x,z15', u'Troy', u'Tunis', u'Ordonez', u'Hadejia', u'Yarrabah', u'Tanger', u'Anfo', u'Kinson', u'Krefeld', u'Tendeba', u'Warengo', u'Gori', u'II 17:z:l,w', u'II 47:z:e,n,x,z15', u'Daula', u'II 17:z:1,7', u'Mountpleasant', u'Potengi', u'Arusha', u'Uhlenhorst', u'Brackenridge', u'II 45:z:1,5', u'Yopougon', u'II 6,8:z:1,5', u'II 6,7:z:z42', u'Kuru', u'Kaolack', u'Bolama', u'Mowanjum', u'Marmande', u'Phaliron', u'Kalumburu', u'II 45:z:z39', u'Lawndale', u'Vanier', u'Koenigstuhl', u'Stachus', u'Preston', u'Entebbe', u'II 4,12:z:z39', u'II 9,12:z:z39', u'II [1],9,12:z:z6', u'Aurelianis', u'Ursenbach', u'Kimpese', u'II 42:z:e,n,x,z15', u'Mulhouse', u'Sally', u'II 21:z:-', u'II [1],40:z:1,5', u'Casamance', u'Nowawes', u'II [1],40:z:z6', u'II [1],40:z:z39', u'II 40:z:z42', u'II 41:z:1,5', u'II [1],9,12:z:1,7', u'II 28:z:z39', u'Ogbete', u'Shubra', u'II 9,46:z:z39', u'Bambylor', u'II 9,46:z:e,n,x', u'II 9,46:z:1,5', u'II 28:z:1,5', u'Dingiri', u'Doel', u'II 42:z:1,5', u'Brisbane', u'II 43:z:1,5', u'Hohentwiel', u'Kiambu', u'II [1],4,12,27:z:1,5', u'Loubomo', u'Indiana', u'II 4,12:z:1,7', u'Neftenbach', u'II [1],4,12,27:z:e,n,x', u'II 42:z:z6', u'Melbourne', u'Ezra', u'Chile', u'Oakland', u'II 6,7:z:1,5', u'Tanzania', u'Ivrysurseine', u'II 56:z:z6', u'Bristol', u'Poano', u'Poitiers', u'II [1],13,23:z:1,5', u'II 53:z:z6', u'IIIb 53:z:1,5,(7)', u'II 53:z:1,5', u'IIIb 52:z:z52', u'Homosassa', u'Soahanina', u'Royan', u'II [1],59:z:z6', u'Huddinge', u'Farmsen', u'Tchamba', u'Poona', u'II 47:z:z6', u'Worthington', u'II 3,10:z:z39', u'Landwasser', u'Cayar', u'II 3,10:z:e,n,x', u'Winslow', u'Harleystreet', u'II 3,10:z:1,5', u'Fufu', u'II [1],13,23:z:z42', u'II 13,22:z:-', u'IIIb 13,23:z:1,5', u'Sundsvall', u'Clerkenwell', u'Schoeneberg', u'II 52:z:z39', u'Bouake', u'Kanifing', u'II 16:z:z42', u'II 6,7:z:z6', u'II 6,7:z:z39', u'II 16:z:e,n,x', u'Carno', u'Brevik', u'Lerum', u'Kainji', u'IIIb 48:z:1,5,7', u'II 48:z:1,5', u'Toucra', u'Korlebu', u'II 60:z:e,n,x', u'Hongkong', u'Crewe', u'II 11:z:z39', u'Lechler', u'Treforest', u'Antsalova', u'Nyanza', u'Bruck', u'Maroua', u'Businga', u'IIIb 50:z:z52', u'II 50:z:e,n,x', u'Gerland', u'II 6,7:z:e,n,x', u'Fortlamy', u'Lingwala', u'Kassel', u'II 11:z:e,n,x', u'Jerusalem', u'Redba', u'Omuna', u'II 41:z10:e,n,x,z15', u'II 41:z10:z6', u'Inganda', u'IIIb 65:z10:z', u'IIIb 65:z10:e,n,x,z15', u'Tudu', u'Vellore', u'Fortune', u'Mura', u'Menden', u'Hadar', u'Eschweiler', u'IIIb 61:z10:z35', u'Ngili', u'Albert', u'Mbandaka', u'Ituri', u'Haifa', u'II 41:z10:1,2', u'Leipzig', u'Landala', u'Inpraw', u'Djugu', u'Tokoin', u'Aprad', u'II 56:z10:e,n,x', u'Barry', u'Canton', u'IIIb 53:z10:z35', u'IIIb 53:z10:z', u'Bergues', u'IIIb 50:z10:z53', u'II 50:z10:z6', u'IIIb 50:z10:z', u'Adana', u'Glostrup', u'Llobregat', u'Zerifin', u'IIIb 48:z10:z', u'IIIb 48:z10:e,n,x,z15', u'Isaszeg', u'II 48:z10:1,6', u'VI 48:z10:1,5', u'IIIb 40:z10:z35', u'II 48:z10:[1,5]', u'IIIb 47:z10:z35', u'IIIb 47:z10:z', u'Namoda', u'IIIb 47:z10:1,5,7', u'Guinea', u'Molade', u'IIIb 60:z10:z35', u'IIIb 60:z10:z', u'IIIb 59:z10:z57', u'IIIb 59:z10:z53', u'II 42:z10:1,2', u'II 42:z10:e,n,x,z15', u'IIIb 42:z10:e,n,x,z15', u'IIIb 42:z10:z', u'Loenga', u'II 42:z10:z6', u'IIIb 42:z10:z35', u'IIIb 57:z10:z', u'Wippra', u'Bazenheid', u'Remiremont', u'Chomedey', u'Istanbul', u'IIIb 58:z10:z53', u'II 58:z10:z6', u'IIIb 58:z10:e,n,x,z15', u'II 58:z10:1,6', u'Cleveland', u'Mapo', u'Paris', u'IIIb 60:z10:z53', u'IIIb 42:z10:z67', u'IIIb 28:z10:z', 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u'Treguier', u'Portland', u'Demerara', u'Sapele', u'Hegau', u'Dallgow', u'Yenne', u'Telhashomer', u'Straengnaes', u'Coquilhatville', u'Podiensis', u'Kristianstad', u'Biafra', u'Camberene', u'Enschede', u'Ligna', u'IIIb 35:z10:z35', u'Trotha', u'Nessa', u'IIIa 62:z29:-', u'Everleigh', u'II 44:z29:e,n,x', u'Zinder', u'IV 17:z29:-', u'IIIa 45:z29:-', u'IIIa 59:z29:-', u'IV 44:z29:-', u'II 60:z29:e,n,x', u'II 45:z29:z42', u'II 45:z29:e,n,x', u'II 45:z29:1,5', u'Jodhpur', u'IIIa 17:z29:-', u'Kandla', u'II [1],13,23:z29:e,n,x', u'II 51:z29:e,n,x,z15', u'Jedburgh', u'IIIa 50:z29:-', u'Ivorycoast', u'II 43:z29:z42', u'II 3,10:z29:[e,n,x]', u'IV 48:z29:-', u'IIIa 53:z29:-', u'IIIa 48:z29:-', u'II 48:z29:-', u'II 57:z29:z42', u'Agoueve', u'II 13,22:z29:1,5', u'Mundubbera', u'II [1],13,23:z29:1,5', u'Saloniki', u'II 16:z29:1,5', u'II 16:z29:e,n,x', u'IIIa 47:z29:-', u'Ekpoui', u'II 47:z29:e,n,x,z15', u'II 13,22:z29:e,n,x', u'IIIa 56:z29:-', u'Cubana', u'II 35:z29:e,n,x', u'II 6,8:z29:1,5', u'II 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13,23:z4,z23,[z32]:-', u'IIIa 53:z4,z23,z32:-', u'IIIa 41:z4,z23,z32:-', u'IIIa 48:z4,z23,z32:-', u'IIIa 56:z4,z23,z32:-', u'IIIa 17:z4,z23,z32:-', u'IIIa 50:z4,z23,z32:-', u'IIIa 44:z4,z23,z32:-', u'IIIa 17:z4,z24:-', u'Christiansborg', u'Sambre', u'IV 43:z4,z24:-', u'Ipswich', u'Toricada', u'IIIa 41:z4,z24:-', u'Yehuda', u'IV [1],42:z4,z24:-', u'IIIa 42:z4,z24:-', u'IIIa 43:z4,z24:-', u'IIIb 48:z4,z24:-', u'Albany', u'Duesseldorf', u'IIIa 53:z4,z24:-', u'II 53:z4,z24:-', u'Natal', u'IIIa 51:z4,z24:-', u'IV 50:z4,z24:-', u'IIIa 50:z4,z24:-', u'II 9,46:z4,z24:z39', u'II 1,9,12,46,27:z4,z24:1,5', u'II 6,7:z4,z24:z42', u'IV 44:z4,z24:-', u'IIIa 48:z4,z24:-', u'Djakarta', u'Tamberma', u'Florian', u'II 3,10:z4,z24:-', u'IIIa 45:z4,z24:-', u'Transvaal', u'Somone', u'IV 6,7:z4,z24:-', u'Ngaparou', u'IV 16:z4,z24:-', u'Uzaramo', u'Chichiri', u'II 40:z4,z24:z39', u'Bangkok', u'IIIa 40:z4,z24:-', u'IIIa 35:z4,z24:-', u'IV [1],40:z4,z24:-', u'Westphalia', u'Kalamu', u'IIIa 44:z4,z24:-', 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u'Quinhon', u'Bulovka', u'II 52:z44:1,5,7', u'IIIb 58:z52:z35', u'IIIb 53:z52:z35', u'IIIb 53:z52:z53', u'IIIb 65:z52:z53', u'IIIb 65:z52:z35', u'IIIb 65:z52:z', u'IIIb 59:z52:z53', u'IIIb 58:z52:z', u'IIIb 61:z52:1,5,7', u'IV 41:z52:-', u'IIIb 16:z52:z35', u'IIIb 61:z52:z53', u'IIIb 61:z52:z35', u'IIIb 60:z52:1,5,[7]', u'IIIb 61:z52:z', u'IIIb 60:z52:z', u'IIIb 60:z52:z35', u'IIIb 60:z52:z53', u'IIIb 65:z52:e,n,x,z15', u'IIIb 47:z52:1,5', u'IIIb 48:z52:e,n,x,z15', u'IIIb 35:z52:1,5,7', u'IIIb 50:z52:z53', u'IIIb 47:z52:z35', u'IIIb 47:z52:z', u'IIIb 48:z52:z', u'IIIb 47:z52:1,5,7', u'IIIb 43:z52:z53', u'IIIb 35:z52:z', u'IIIb 35:z52:z35', u'IIIb [1],6,14,[25]:z52:z35', u'IIIb 6,14:z52:e,n,x,z15', u'IIIb 38:z52:z35', u'IIIb 38:z52:z53', u'IIIb 47:z52:e,n,x,z15', u'IIIb 42:z52:z', u'IIIb 50:z52:z35', u'IIIb 35:z52:e,n,x,z15', u'IIIb 50:z52:1,5,7', u'IIIb 38:z53:-', u'IIIb 47:z53:-', u'IIIb 42:z57:1,5', u'II 58:z6:1,6', u'II 30:z6:1,6', u'Franken', u'II 47:z6:1,6', u'II 16:z6:1,6', u'II 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Parse_seros_in_genome_trakr(L): #return the sero names in the sra_result.xlsx, the next step is usually "Uniq" in above + names2=[] + for x in L: + if "serovar" in x: + key_word=x.split("serovar")[1].split("_")[1] #the seronames + if key_word!="str." and key_word!="group": #to eliminate some "serovar_str." and "serovar_group" + if key_word in ["I","II","III","IIIa","IIIb","IV","VI","B"]: #the serovar is behind those letters + if x.split("serovar")[1].split("_")[2]!="str.": + names2.append(x.split("serovar")[1].split("_")[2]) + else: + names2.append(x.split("serovar")[1].split("_")[1]) + return names2 + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/Initial_functions.pyc Binary file libs/Initial_functions.pyc has changed diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/Otype_determine_analysis.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/Otype_determine_analysis.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,781 @@ +#!/usr/bin/env python + +''' +revised at 11/24/2013 +note: +The .py file mainly designed to deal with 5 different situations: 1.the gnd and galF on same contig; 2.the two genes on different contigs; +3.the two genes on different contigs, and gnd gene is splitted by two contigs; 4.the two genes on different contigs, and galF gene is splitted by two contigs; +5.the two genes on different contigs, and the two genes are both splitted by two contigs respectively; + +input: +1) : a fasta file containing galF and gnd sequences +2) : a fasta file containing the genome (may be seperated contigs), mainly as the blast database for to extract rfb region +3) : a fasta file containing rfb regions of 46 different O-serotypes + +output: the region between the galF and gnd in the target(blatdb) sequebce (the rfb region, assuming the rfb region is flanked by the two genes) +synopsis: ./Otype_determine_analysis.py +''' +from __future__ import division +import sys +import os +from Bio.Blast import NCBIXML +from Bio import SeqIO + +Makebltdb="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb" +Blastnpth="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn" + +def test_O29(subdatabase): + first_hspbit=[] + first_alignmentlist=[] + global Choice,Choice_score,O_9_score,O_2_score + O_9_score=0 + O_2_score=0 + os.system(Makebltdb+' -in database/'+subdatabase+' -out '+subdatabase+'_db -dbtype nucl')###01/28/2015 + os.system(Blastnpth+' -query '+target+' -db '+subdatabase+'_db -out '+subdatabase+'_vs_'+target+'.xml '+'-outfmt 5')###01/28/2015 + xml_file=subdatabase+'_vs_'+target+'.xml' + result_handle=open(xml_file) + blast_record=NCBIXML.parse(result_handle) + records=list(blast_record) + if subdatabase=="tyr_of_O2_O9.fasta": + for record in records: #there are many records (i.e. the '>' in query file), so change another method + for alignment in record.alignments: + if 'O-9' in alignment.hit_def: + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expect100: + if O_9_score>O_2_score: + print '$$$ Most possible O_type: O-9','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_9_score,'\n' + else: + print '$$$ Most possible O_type: O-2','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_2_score,'\n' + else: + print "Assumpition wrong, no O2 or O9, return to re-analysis" + if ('O-2_' not in Sec_Choice) and ('O-9_' not in Sec_Choice): + print '$$$ Most possible O_type Choice (no tyr difference):',Sec_Choice + if (('O-2_' in Sec_Choice) or ('O-9_' in Sec_Choice)) and ('O-2_' not in Third_Choice) and ('O-9_' not in Third_Choice): + print '$$$ Most possible O_type Choice (no tyr difference):',Third_Choice + os.system("rm tyr_of_O2_O9.fasta_db.*")###01/28/2015 + os.system("rm "+xml_file)###01/28/2015 + if subdatabase=="oafA_of_O4_O5.fasta": + try: + for record in records: #there are many records (i.e. the '>' in query file), so change another method + for alignment in record.alignments: + if 'O-4_full' in alignment.hit_def: + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expect100: + if O_9_score>O_2_score: + print '$$$O5_none_7_base_deletion','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_9_score,'\n' + else: + print '$$$O5-','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_2_score,'\n' + else: + print '$$$O5_none_7_base_deletion,unsure','\n' + os.system("rm oafA_of_O4_O5.fasta_db.*")###01/28/2015 + os.system("rm "+xml_file)###01/28/2015 + except: + print "No oafA genes" + if subdatabase=="O_3,10_and_1,3,19_spe.fasta": + try: + for record in records: #there are many records (i.e. the '>' in query file), so change another method + for alignment in record.alignments: + if 'O_3,10_not_in_1,3,19' in alignment.hit_def: + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expect200: + if O_9_score>O_2_score: + print '$$$O3,10 more possible','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_9_score,'\n' + else: + if O_2_score>100: + print '$$$O1,3,19 more possible','\n' + print '$$$ longest_bit_score:',O_2_score,'\n' + os.system("rm O_3,10_and_1,3,19_spe.fasta_db.*")###01/28/2015 + os.system("rm "+xml_file)###01/28/2015 + except: + print "No O3,10_and_O1,3,19 spe sequences" + + +def show_result(): + global First_Choice + global Sec_Choice + global Third_Choice + hspbit=[] + alignmentlist=[] + for record in records: + for alignment in record.alignments: + hsp_bit_score=0 + startlist=[] + endlist=[] + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expect=endlist[0]: + startlist.append(start) + endlist.append(end) + hsp_bit_score=hsp_bit_score+hsp.bits + if start>=startlist[0] and end<=endlist[0]: + print hsp_bit_score,'Fully overlapped hsp, ignore',hsp_bit_score + continue + if startendlist[0] and startlist[0]1: + startlist.sort() + endlist.sort() + length=len(startlist) + if end<=startlist[0] or start>=endlist[length-1]: + startlist.append(start) + endlist.append(end) + hsp_bit_score=hsp_bit_score+hsp.bits + if startendlist[length-1] and startlist[length-1]=startlist[i] and end<=endlist[i]) or (start>=startlist[i+1] and end<=endlist[i+1]): + print hsp_bit_score,'Fully overlapped hsp, ignore',hsp_bit_score + continue + if endlist[i]<=startscore: + First_Choice=Otype + score=scorelist[Otype] + + secscore=0 + for Otype in scorelist: + if scorelist[Otype]>secscore and Otype!=First_Choice: + Sec_Choice=Otype + secscore=scorelist[Otype] + + thirdscore=0 + for Otype in scorelist: + if scorelist[Otype]>thirdscore and Otype!=First_Choice and Otype!=Sec_Choice: + Third_Choice=Otype + thirdscore=scorelist[Otype] + + if thirdscore==0: + names=First_Choice+Sec_Choice + else: + names=First_Choice+Sec_Choice+Third_Choice + if secscore==0: + names=First_Choice + else: + names=First_Choice+Sec_Choice + if score==0: + print "$$$ No O_type, due to no hit of rfb" + names="" + if 'O-2_' in names and 'O-9_' in names and ('O-2_' in First_Choice or 'O-9_' in First_Choice): + print '#Contain O2 and O9, so change to special test' + test_O29("tyr_of_O2_O9.fasta") + else: + if score>0: + print '$$$ Most possible O_type: ',First_Choice,'\n' + print '$$$ Most bit_score:',score,'\n' + if "O-4_" in First_Choice:#$$$$$$$ + test_O29("oafA_of_O4_O5.fasta")#$$$$$$$ + if "O-1,3,19" in First_Choice or "O-3,10" in First_Choice: + test_O29("O_3,10_and_1,3,19_spe.fasta")#$$$$$$$ + if secscore>0: + print '$$$ Second possible O_type: ',Sec_Choice,'\n' + print '$$$ Second bit_score:',secscore,'\n' + if thirdscore>0: + print '$$$ Third possible O_type: ',Third_Choice,'\n' + print '$$$ Third bit_score:',thirdscore,'\n' + + + + + + + +queries=sys.argv[1] +target=sys.argv[2] +database=sys.argv[3] +output=target.split('.')[0]+'_out.fa' +print "$$:",target + + +os.system(Makebltdb+' -in '+target+' -out '+target+'_db '+'-dbtype nucl')###01/28/2015 +os.system(Blastnpth+' -query '+queries+' -db '+target+'_db '+'-out '+queries+'_vs_'+target+'.xml '+'-outfmt 5')###01/28/2015, since it's abs address for "run_auto*.py", so no need to change "query" address this time +xml_file=queries+'_vs_'+target+'.xml' +print '\n' +result_handle=open(xml_file) +blast_record=NCBIXML.parse(result_handle) +blast_record=list(blast_record) +target_seq=SeqIO.parse(target,'fasta') +target_seq=list(target_seq) +#os.system("rm "+xml_file)###01/28/2015 +#os.system("rm "+target+'_db.*')###01/28/2015 + +if len(blast_record)==2: + print 'Hits have been got'+'\n' + if len(blast_record[0].alignments)==1 and len(blast_record[1].alignments)==1: + print 'Checking the number of alignments: 2 alignments obtained'+'\n' + if len(blast_record[0].alignments[0].hsps)==1 and len(blast_record[1].alignments[0].hsps)==1: + print 'Checking the number of hsps: each alignment has 1 hsp'+'\n' + if blast_record[0].alignments[0].hit_def==blast_record[1].alignments[0].hit_def: + print 'Checking locations of hits: Both hits are located in '+'"'+str(blast_record[0].alignments[0].hit_def)+'"'+'...'+'\n' + + hit_1_start=blast_record[0].alignments[0].hsps[0].sbjct_start + hit_1_end=blast_record[0].alignments[0].hsps[0].sbjct_end + + hit_2_start=blast_record[1].alignments[0].hsps[0].sbjct_start + hit_2_end=blast_record[1].alignments[0].hsps[0].sbjct_end + + if hit_1_start>hit_1_end: + buffer=hit_1_start + hit_1_start=hit_1_end + hit_1_end=buffer + + if hit_2_start>hit_2_end: + buffer=hit_2_start + hit_2_start=hit_2_end + hit_2_end=buffer + + print 'hit_1_start: '+str(hit_1_start) + print 'hit_1_end: '+str(hit_1_end) + + print 'hit_2_start: '+str(hit_2_start) + print 'hit_2_end: '+str(hit_2_end) + + + if hit_1_endhit_1_end: + buffer=hit_1_start + hit_1_start=hit_1_end + hit_1_end=buffer + + if hit_2_start>hit_2_end: + buffer=hit_2_start + hit_2_start=hit_2_end + hit_2_end=buffer + + outfile=open(output,'w') + for contig in target_seq: + if contig.description==blast_record[0].alignments[0].hit_def: + potentialsequence1=contig.seq[0:hit_1_start-1].tostring() + potentialsequence2=contig.seq[hit_1_end+1:].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+blast_record[0].alignments[0].hit_def+':0 to '+str(hit_1_start-1)+'_total:'+str(len(potentialsequence1))+'bp' + outfile.write(title1) + outfile.write('\n') + outfile.write(potentialsequence1) + outfile.write('\n') + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+blast_record[0].alignments[0].hit_def+':'+str(hit_1_end+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potentialsequence2))+'bp' + outfile.write(title2) + outfile.write('\n') + outfile.write(potentialsequence2) + outfile.write('\n') + elif contig.description==blast_record[1].alignments[0].hit_def: + potentialsequence1=contig.seq[0:hit_2_start-1].tostring() + potentialsequence2=contig.seq[hit_2_end+1:].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+blast_record[1].alignments[0].hit_def+':0 to '+str(hit_2_start-1)+'_total:'+str(len(potentialsequence1))+'bp' + outfile.write(title1) + outfile.write('\n') + outfile.write(potentialsequence1) + outfile.write('\n') + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+blast_record[1].alignments[0].hit_def+':'+str(hit_2_end+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potentialsequence2))+'bp' + outfile.write(title2) + outfile.write('\n') + outfile.write(potentialsequence2) + outfile.write('\n') + + + outfile.close() + + os.system(Makebltdb+' -in '+database+' -out '+database+'_db '+'-dbtype nucl') + os.system(Blastnpth+' -query '+output+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Blast_Otype_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + xml_file='Blast_Otype_'+target+'.xml' + print '\n' + + + filehandle=open(xml_file) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + realrecord1=records[0] + if len(records[1].alignments)>len(records[0].alignments): + realrecord1=records[1] + realrecord2=records[2] + if len(records[3].alignments)>len(records[2].alignments): + realrecord2=records[3] + title='>'+records[0].query.split(':')[0]+'_combined_potential_sequences' + filecontent=SeqIO.parse(output,'fasta') + filecontent=list(filecontent) + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord1.query: + sequence=contig.seq.tostring() + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord2.query: + sequence=sequence+contig.seq.tostring() + + outfile=open('combined_sequence.fasta','w') + outfile.write(title) + outfile.write('\n') + outfile.write(sequence) + outfile.close() + + os.system(Blastnpth+' -query combined_sequence.fasta'+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Combined_seq_blast_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + xml_file='Combined_seq_blast_'+target+'.xml' + print '\n' + + filehandle=open(xml_file) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + E_thresh=1e-10 + + show_result() + + + + else: + print '$$$ No O_type result, please check the number of hsps: some alignment have more than 1 hsp (galF or gnd sequences has one more hits in tested genome), that\'s unusual for for our short sequence gnd and galF, please check your submited sequence'+'\n' + + + elif len(blast_record[0].alignments)>1 and len(blast_record[1].alignments)==1: + print 'The gnd gene is splited on different contigs of your submitted sequence' +'\n' + for record in blast_record: + for alignment in record.alignments: + if len(alignment.hsps)!=1: + print '$$$ No O_type result, please check the number of hsp: some alignment have more than 1 hsp (galF or gnd sequences has one more hits in tested genome), that\'s unusual for our short sequence gnd and galF, please check your submited sequence'+'\n' + break + + print 'Each alignment has one hsps'+'\n' + + + + target_seq=SeqIO.parse(target,'fasta') + target_seq=list(target_seq) + outfile=open(output,'w') + + for alignment in blast_record[0].alignments: + for contig in target_seq: + if contig.description==alignment.hit_def and len(alignment.hsps[0].sbjct)!=len(contig.seq): + hitstart=alignment.hsps[0].sbjct_start + hitend=alignment.hsps[0].sbjct_end + if hitstart>hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + title=title1 + if len(potential1)hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + outfile.write(title1) + outfile.write('\n') + outfile.write(potential1) + outfile.write('\n') + outfile.write(title2) + outfile.write('\n') + outfile.write(potential2) + outfile.write('\n') + + + + outfile.close() + + os.system(Makebltdb+' -in '+database+' -out '+database+'_db '+'-dbtype nucl') + os.system(Blastnpth+' -query '+output+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Blast_Otype_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + print '\n' + xml_file2='Blast_Otype_'+target+'.xml' + filehandle=open(xml_file2) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + print len(records) + realrecord1=records[0] + if len(records[1].alignments)>len(records[0].alignments): + realrecord1=records[1] + realrecord2=records[2] + if len(records[3].alignments)>len(records[2].alignments): + realrecord2=records[3] + title='>'+records[0].query.split(':')[0]+'_combined_potential_sequences' + filecontent=SeqIO.parse(output,'fasta') + filecontent=list(filecontent) + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord1.query: + sequence=contig.seq.tostring() + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord2.query: + sequence=sequence+contig.seq.tostring() + + + outfile=open('combined_sequence.fasta','w') + outfile.write(title) + outfile.write('\n') + outfile.write(sequence) + outfile.close() + + os.system(Blastnpth+' -query combined_sequence.fasta'+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Combined_seq_blast_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + xml_file='Combined_seq_blast_'+target+'.xml' + print '\n' + + + filehandle=open(xml_file) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + E_thresh=1e-10 + show_result() + + + + elif len(blast_record[0].alignments)==1 and len(blast_record[1].alignments)>1: + print 'The galF gene is splited on different contigs of your submitted sequence' +'\n' + for record in blast_record: + for alignment in record.alignments: + if len(alignment.hsps)!=1: + print '$$$ No O_type result, please check the number of hsps: some alignment have more than 1 hsp (galF or gnd sequences has one more hits in tested genome), that\'s unusual for our short sequence gnd and galF, please check your submited sequence'+'\n' + break + + print 'Each alignment has one hsp'+'\n' + outfile=open(output,'w') + + for alignment in blast_record[0].alignments: + for contig in target_seq: + if contig.description==alignment.hit_def: + hitstart=alignment.hsps[0].sbjct_start + hitend=alignment.hsps[0].sbjct_end + if hitstart>hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + outfile.write(title1) + outfile.write('\n') + outfile.write(potential1) + outfile.write('\n') + outfile.write(title2) + outfile.write('\n') + outfile.write(potential2) + outfile.write('\n') + + + for alignment in blast_record[1].alignments: + for contig in target_seq: + if contig.description==alignment.hit_def and len(alignment.hsps[0].sbjct)!=len(contig.seq): + hitstart=alignment.hsps[0].sbjct_start + hitend=alignment.hsps[0].sbjct_end + if hitstart>hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + title=title1 + if len(potential1)len(records[0].alignments): + realrecord1=records[1] + realrecord2=records[2] + if len(records[3].alignments)>len(records[2].alignments): + realrecord2=records[3] + title='>'+records[0].query.split(':')[0]+'_combined_potential_sequences' + filecontent=SeqIO.parse(output,'fasta') + filecontent=list(filecontent) + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord1.query: + sequence=contig.seq.tostring() + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord2.query: + sequence=sequence+contig.seq.tostring() + + + outfile=open('combined_sequence.fasta','w') + outfile.write(title) + outfile.write('\n') + outfile.write(sequence) + outfile.close() + + os.system(Blastnpth+' -query combined_sequence.fasta'+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Combined_seq_blast_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + xml_file='Combined_seq_blast_'+target+'.xml' + print '\n' + + + filehandle=open(xml_file) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + E_thresh=1e-10 + show_result() + + + elif len(blast_record[0].alignments)>1 and len(blast_record[1].alignments)>1: + print 'The gnd and galF gene are both splited on different contigs of your submitted sequence' +'\n' + for record in blast_record: + for alignment in record.alignments: + if len(alignment.hsps)!=1: + print '$$$ No O_type result, please check the number of hsp: some alignment have more than 1 hsp (galF or gnd sequences has one more hits in tested genome), that\'s unusual for our short sequence gnd and galF, please check your submited sequence'+'\n' + break + + print 'Each alignment has one hsps'+'\n' + outfile=open(output,'w') + + for alignment in blast_record[0].alignments: + for contig in target_seq: + if contig.description==alignment.hit_def and len(alignment.hsps[0].sbjct)!=len(contig.seq): + hitstart=alignment.hsps[0].sbjct_start + hitend=alignment.hsps[0].sbjct_end + if hitstart>hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + title=title1 + if len(potential1)hitend: + buffer=hitstart + hitstart=hitend + hitend=buffer + potential1=contig.seq[0:hitstart-1].tostring() + title1='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':0 to '+str(hitstart-1)+'_total:'+str(len(potential1))+'bp' + potential2=contig.seq[hitend+1:].tostring() + title2='>'+target.split('.')[0]+' potential rfb region:'+alignment.hit_def+':'+str(hitend+1)+' to contig end'+'_total:'+str(len(potential2))+'bp' + aim_sequence=potential1 + title=title1 + if len(potential1)len(records[0].alignments): + realrecord1=records[1] + realrecord2=records[2] + if len(records[3].alignments)>len(records[2].alignments): + realrecord2=records[3] + title='>'+records[0].query.split(':')[0]+'_combined_potential_sequences' + filecontent=SeqIO.parse(output,'fasta') + filecontent=list(filecontent) + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord1.query: + sequence=contig.seq.tostring() + + for contig in filecontent: + if contig.description==realrecord2.query: + sequence=sequence+contig.seq.tostring() + + + outfile=open('combined_sequence.fasta','w') + outfile.write(title) + outfile.write('\n') + outfile.write(sequence) + outfile.close() + + os.system(Blastnpth+' -query combined_sequence.fasta'+' -db '+database+'_db '+'-out '+'Combined_seq_blast_'+target+'.xml '+'-outfmt 5') + xml_file='Combined_seq_blast_'+target+'.xml' + print '\n' + + + filehandle=open(xml_file) + records=NCBIXML.parse(filehandle) + records=list(records) + E_thresh=1e-10 + show_result() + + + +else: + print '$$$ $$$ No O_type result, Attention: unusual number of hits, no hits for galF or gnd! Check blast output...'+'\n' + + +os.system('rm '+target+'_db.'+'*') + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/compare_and_change_two_fastq_id.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/compare_and_change_two_fastq_id.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,27 @@ +#!/usr/bin/env python + +import os,sys +file1=sys.argv[1] +file2=sys.argv[2] + + +def compare_and_change_two_fastq_id(file1,file2): + a=os.popen("head "+file1).read().split("\n") + b=os.popen("head "+file2).read().split("\n") + for x in a: + if x.startswith("@"): + a_title=x.split(" ")[0] + for x in b: + if x.startswith("@"): + b_title=x.split(" ")[0] + if a_title==b_title: + pass + else: + print "changing the title of two seperated fastq files..." + print a_title,b_title + os.system("sed "+"-i 's/.1 / /g' "+file1) + print "finished file1" + os.system("sed "+"-i 's/.2 / /g' "+file2) + print "finished file2" + +compare_and_change_two_fastq_id(file1,file2) \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/deletion_compare.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/deletion_compare.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,139 @@ + +import os +from Bio import SeqIO +import sys +from Initial_functions import Uniq +from Bio.Blast import NCBIXML + +BwaPath="/nfs/sw/apps/bwa/bwa-0.7.15/bwa" +SamTlsPth="/nfs/sw/apps/samtools/samtools-1.3.1/bin/samtools" +Makebltdb="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb" +Blastnpth="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn" + +target=sys.argv[1] #should be sra format +test_gene=sys.argv[2] +mapping_mode=sys.argv[3] +if sys.argv[4] not in ("1","2","3"): + additional_file=sys.argv[4] + file_mode=sys.argv[5] +else: + additional_file="" + file_mode=sys.argv[4] + + + + +def Copenhagen(sra_name,additional_file,mapping_mode,file_mode): + if file_mode=="1":#interleaved + if sra_name[-3:]=="sra": + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + rev_fq=sra_name.replace(".sra","_2.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + rev_sai=sra_name.replace(".sra","_2.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + for_fq=core_id+"-read1.fastq" + rev_fq=core_id+"-read2.fastq" + for_sai=core_id+"_1.sai" + rev_sai=core_id+"_2.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + elif file_mode=="2":#seperated + forword_seq=sra_name + reverse_seq=additional_file + for_core_id=forword_seq.split(".fastq")[0] + re_core_id=reverse_seq.split(".fastq")[0] + for_fq=for_core_id+".fastq" + rev_fq=re_core_id+".fastq" + for_sai=for_core_id+".sai" + rev_sai=re_core_id+".sai" + sam=for_core_id+".sam" + bam=sam.replace(".sam",".bam") + elif file_mode=="3":#single-end + if sra_name[-3:]=="sra": + del_fastq=1 + for_fq=sra_name.replace(".sra","_1.fastq") + rev_fq=sra_name.replace(".sra","_2.fastq") + for_sai=sra_name.replace(".sra","_1.sai") + rev_sai=sra_name.replace(".sra","_2.sai") + sam=sra_name.replace(".sra",".sam") + bam=sra_name.replace(".sra",".bam") + else: + del_fastq=0 + core_id=sra_name.split(".fastq")[0] + for_fq=core_id+".fastq" + rev_fq=core_id+".fastq" + for_sai=core_id+"_1.sai" + rev_sai=core_id+"_2.sai" + sam=core_id+".sam" + bam=core_id+".bam" + + database="complete_oafA.fasta" + os.system(BwaPath+" index database/"+database)###01/28/2015 + if mapping_mode=="mem": + os.system(BwaPath+" mem database/"+database+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) #2014/12/23 + elif mapping_mode=="sam": + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+for_fq+" > "+for_sai) + os.system(BwaPath+" aln database/"+database+" "+rev_fq+" > "+rev_sai) + os.system(BwaPath+" sampe database/"+database+" "+for_sai+" "+ rev_sai+" "+for_fq+" "+rev_fq+" > "+sam) + os.system(SamTlsPth+" view -F 4 -Sbh "+sam+" > "+bam) + os.system(SamTlsPth+" view -h -o "+sam+" "+bam) + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>0) {print $10}}'>"+sam+"_seq.txt") + os.system("cat "+sam+"|awk '{if ($5>0) {print $1}}'>"+sam+"_title.txt") + file1=open(sam+"_title.txt","r") + file2=open(sam+"_seq.txt","r") + file1=file1.readlines() + file2=file2.readlines() + file=open(sam+".fasta","w") + for i in range(len(file1)): + title=">"+file1[i] + seq=file2[i] + if len(seq)>40 and (len(title)>5 or ("@" not in title)): + file.write(title) + file.write(seq) + file.close() + database2="oafA_of_O4_O5.fasta" + os.system(Makebltdb+' -in database/'+database2+' -out '+database2+'_db '+'-dbtype nucl') + os.system(Blastnpth+" -query "+sam+".fasta"+" -db "+database2+"_db -out "+sam+"_vs_O45.xml -outfmt 5") + handle=open(sam+"_vs_O45.xml") + handle=NCBIXML.parse(handle) + handle=list(handle) + O9_bigger=0 + O2_bigger=0 + for x in handle: + O9_score=0 + O2_score=0 + try: + if 'O-4_full' in x.alignments[0].hit_def: + O9_score=x.alignments[0].hsps[0].bits + O2_score=x.alignments[1].hsps[0].bits + elif 'O-4_5-' in x.alignments[0].hit_def: + O9_score=x.alignments[1].hsps[0].bits + O2_score=x.alignments[0].hsps[0].bits + if O9_score>O2_score: + O9_bigger+=1 + if O9_scoreO2_bigger: + print "$$$Typhimurium" + elif O9_biggertemp_result_'+str(q)+'O.txt') + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'O.txt>>data_log.txt') + handle=open('temp_result_'+str(q)+'O.txt',"r") + handle=handle.readlines() + for line in handle: + if "$$$ Most" in line and "O_type" in line: + Otype=line.split("O-")[1].split("_")[0].split(" ")[0] + Otype=Otype.replace("\n","").strip() + #print line, + elif "$$$ No" in line: + Otype="-" + if "O-9" in line: + Otype="9" + #print line, + elif "$$$O5-" in line:#$$$ + oafA="-" + elif "$$$O3,10 more possible" in line:#$$$ + O3_10="+" + elif "$$$O1,3,19 more possible" in line: + O1_3_19="+" + if Otype=="1,3,19" or Otype=="3,10":#$$$judge O3,10 before formula forms + if O3_10=="+": + Otype="3,10" + elif O1_3_19=="+": + Otype="1,3,19" + else: + print "No_O3,10_O1,3,19_spe_sequences" + os.system('python '+dirpath+'/H_combination_output_analysis.py '+real_file+' '+database_path+'/H_new_fliC_protein_database.fasta '+database_path+'/H_new_fljB_protein_database.fasta >temp_result_'+str(q)+'H.txt') + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'H.txt>>data_log.txt') + handle2=open('temp_result_'+str(q)+'H.txt',"r") + handle2=handle2.readlines() + suspect="no" #for the first choice doesn't hit core sequence + for line in handle2: + if "$$$ Most" in line and "fliC" in line: + #print line, + fliC=line.split("fliC_type: ")[1].split("_")[0].strip() + if fliC=="g,m,p,s": + fliC="g,m,s" + elif "$$$ No" in line and "fliC" in line: + fliC="-" + #print line, + elif "$$$ Most" in line and "fljB" in line: + #print line, + fljB=line.split("fljB_type: ")[1].split("_")[0].strip() + elif "$$$ No" in line and "fljB" in line: + fljB="-" + #print line, + if Otype=="9" and fliC=="g,m" and fljB=="-": + os.system('python '+dirpath+'/special_gene_test_assemblies.py '+database_path+'/specific_genes.fasta '+real_file+' sdf >temp_result_'+str(q)+'sdf.txt') + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'sdf.txt>>data_log.txt') + handle3=open('temp_result_'+str(q)+'sdf.txt',"r") + sdf="" + for line in handle3: + if "$$$" in line and "got a hit" in line: + #print line, + sdf="+" + if sdf!="+": + sdf="-" + + seronames=[] + for i in range(len(phase1)): + fliC_combine=[] + fljB_combine=[] + if phaseO[i]==Otype: + if phase1[i].count("[")==0: + fliC_combine.append(phase1[i]) + elif phase1[i].count("[")>=1: + c=[] + b=[] + if phase1[i][0]=="[" and phase1[i][-1]=="]" and phase1[i].count("[")==1:#for specific situations like [1,5] + content=phase1[i].replace("[","").replace("]","") + fliC_combine.append(content) + fliC_combine.append("-") + else: + for x in phase1[i].split(","): + if "[" in x: + b.append(x.replace("[","").replace("]","")) + else: + c.append(x) + fliC_combine=Combine(b,c) #Combine will offer every possible combinations of the formula, like f,[g],t: f,t f,g,t + if phase2[i].count("[")==0: + fljB_combine.append(phase2[i]) + elif phase2[i].count("[")>=1: + d=[] + e=[] + if phase2[i][0]=="[" and phase2[i][-1]=="]" and phase2[i].count("[")==1: + content=phase2[i].replace("[","").replace("]","") + fljB_combine.append(content) + fljB_combine.append("-") + else: + for x in phase2[i].split(","): + if "[" in x: + d.append(x.replace("[","").replace("]","")) + else: + e.append(x) + fljB_combine=Combine(d,e) + new_fliC=fliC.split(",") #because some antigen like r,[i] not follow alphabetical order, so use this one to judge and can avoid missings + new_fliC.sort() + new_fliC=",".join(new_fliC) + new_fljB=fljB.split(",") + new_fljB.sort() + new_fljB=",".join(new_fljB) + if (new_fliC in fliC_combine or fliC in fliC_combine) and (new_fljB in fljB_combine or fljB in fljB_combine): + seronames.append(sero[i]) + if len(seronames)==0: + seronames=["N/A (The predicted antigenic profile does not exist in the White-Kauffmann-Le Minor scheme)"] + star="" + star_line="" + if len(seronames)>1: + star="*" + star_line="The predicted serotypes share the same general formula:\t"+Otype+":"+fliC+":"+fljB+"\n"## + #print "$$$The most possible formula is: (by the order O:H1:H2) ",Otype,":",fliC,":",fljB + #print "$$$The possible serotyes are:",seronames + m=0 + for y in seronames: + if y in file1: + #print "$$$ Is the judgement true? Answer:Yes!" #here we use file1, because we want ":", while file2 turned it to "__" + answer="Yes" + m=1 + if m==0: + #print "$$$ Is the judgement true? Answer: Need to check the records and file names" + answer="Not sure" + print "\n","\n" + predict_form=Otype+":"+fliC+":"+fljB + predict_sero=(" or ").join(seronames) + if predict_form=="9:g,m:-":# + predict_form=predict_form+"\nSdf prediction:"+sdf # + if sdf=="-":# + star="*"# + star_line="Additional characterization is necessary to assign a serotype to this strain. Commonly circulating strains of serotype Enteritidis are sdf+, although sdf- strains of serotype Enteritidis are known to exist. Serotype Gallinarum is typically sdf- but should be quite rare. Sdf- strains of serotype Enteritidis and serotype Gallinarum can be differentiated by phenotypic profile or genetic criteria.\n"## + predict_sero="See comments below"# + elif predict_form=="4:i:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Typhimurium"#03252016# + elif predict_form=="4:r:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Heidelberg"#03252016# + elif predict_form=="4:b:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Paratyphi B"#03252016# + elif predict_form=="8:e,h:1,2":#03282016# + predict_sero="Newport"#03282016# + star="*"##03282016# + star_line="Serotype Bardo shares the same antigenic profile with Newport, but Bardo is exceedingly rare."#03282016# + claim="The serotype(s) is/are the only serotype(s) with the indicated antigenic profile currently recognized in the Kauffmann White Scheme. New serotypes can emerge and the possibility exists that this antigenic profile may emerge in a different subspecies. Identification of strains to the subspecies level should accompany serotype determination; the same antigenic profile in different subspecies is considered different serotypes."## + if "N/A" in predict_sero:###added after standalone version, 2015/2/3 + claim=""###added after standalone version, 2015/2/3 + ''' + new_file=open(file2+".txt","w") + new_file.write(file2+"\t"+"O-"+Otype+"\t"+fliC+"\t"+fljB+"\t"+Otype+":"+fliC+":"+fljB+"\t"+(" or ").join(seronames)+"\t"+answer+"\t"+suspect+"\n") + new_file.close() + ''' + if "Typhimurium" in predict_sero and oafA=="-":#$$$$#03252016# + predict_sero=predict_sero.strip()+"(O5-)"#03252016# + star="*"# + star_line="Detected the deletion of O5-." + new_file=open("Seqsero_result.txt","w") + new_file.write("Input files:\t"+file2+"\n"+"O antigen prediction:\t"+"O-"+Otype+"\n"+"H1 antigen prediction(fliC):\t"+fliC+"\n"+"H2 antigen prediction(fljB):\t"+fljB+"\n"+"Predicted antigenic profile:\t"+predict_form+"\n"+"Predicted serotype(s):\t"+predict_sero+star+"\n"+star+star_line+claim+"\n")## + new_file.close() + os.system("rm temp_result_"+str(q)+"*.txt")###01/28/2015 + os.system("rm result.txt")###01/28/2015 + #os.system("rm -rf database")###01/28/2015 + os.system("rm *.fasta *.xml *.fa")###01/28/2015 + + +def main(): + files1=[] + files1.append(file_name) + file_names=[] + fastq_names=[] + for file1 in files1: + if file1[-6:]=='.fasta' or file1[-4:]=='.fna' or file1[-3:]=='.fa' or file1[-4:]=='.fsa': + file_names.append(file1) + if file1[-9:]==".fastq.gz" or file1[-6:]==".fastq": + core_name=file1[:8] + fastq_names.append(core_name) + fastq_names=list(set(fastq_names)) + file_names=file_names+fastq_names + for i in range(0,len(file_names),m): + jobs=[] + txt_names=[] + if len(file_names)>=i+m: + for j in range(m): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i],i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() + else: + t=m+i-len(file_names) + for j in range(m-t): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i],i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() + ''' + for j in xrange(len(jobs)): + jobs[j].join() + txt_names.append(file_names[j+i].replace(' ','_').replace(":","__").replace("[","").replace("]","")+".txt") + print txt_names + for j in xrange(len(txt_names)): + print i,"and",j + print i+j+1 + file=open(txt_names[j],"r") + handle=list(file) + b=handle[0].split("\t") + print b + sheet.write(i+j+1,0,b[0]) + sheet.write(i+j+1,1,b[1]) + sheet.write(i+j+1,2,b[2]) + sheet.write(i+j+1,3,b[3]) + sheet.write(i+j+1,4,b[4]) + sheet.write(i+j+1,5,b[5]) + sheet.write(i+j+1,6,b[6]) + sheet.write(i+j+1,7,b[7]) + + print "End time,",time.time() + file3.save("Seqsero_result2.xls") + ''' + + +if __name__ == '__main__': + main() + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/run_auto_All_for_web_multi_revise.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/run_auto_All_for_web_multi_revise.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,315 @@ +#!/usr/bin/env python + + + +import os +from Bio import SeqIO +import sys +import itertools +from Initial_Conditions import phase1 +from Initial_Conditions import phase2 +from Initial_Conditions import phaseO +from Initial_Conditions import sero +import time +import multiprocessing +import string + +#m=string.atoi(sys.argv[1]) +m=1 #temperorily, m can be set as one, because we just need one core to deal with it +file_name=sys.argv[1] +mapping_mode=sys.argv[2] +if sys.argv[3] not in ("1","2","3"): + additional_file=sys.argv[3] + file_mode=sys.argv[4] +else: + additional_file="" + file_mode=sys.argv[3] +#mode=sys.argv[2] + +def Combine(b,c): + fliC_combinations=[] + fliC_combinations.append(",".join(c)) + temp_combinations=[] + for i in range(len(b)): + for x in itertools.combinations(b,i+1): + temp_combinations.append(",".join(x)) + for x in temp_combinations: + temp=[] + for y in c: + temp.append(y) + temp.append(x) + temp=",".join(temp) + temp=temp.split(",") + temp.sort() + temp=",".join(temp) + fliC_combinations.append(temp) + return fliC_combinations + + +def Test(file1,additional_file,file_mode,mapping_mode,z,q): + fliC="?" + fljB="?" + Otype="?" + file2=file1.replace(' ','_').replace(":","__").replace("[","").replace("]","").replace(".fq",".fastq") + thename=file2#$$$$$$ + try: + os.rename(file1, file2) + real_file=file2 + except: + real_file=file1 + file2=additional_file.replace(' ','_').replace(":","__").replace("[","").replace("]","").replace(".fq",".fastq") + try: + os.rename(additional_file, file2) + additional_file=file2 + except: + pass + #print "###The genome name:",file1 + dirpath = os.path.abspath(os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)))###01/27/2015 + os.system('touch result.txt') + database_path="database"###01/27/2015, because we add one directory to the result directory + if file_mode=="1": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_O_new_dependent.py '+real_file+' '+database_path+'/special_new_O_genes.fasta '+mapping_mode+' 1 >temp_result_'+str(q)+'O.txt')###01/27/2015 + elif file_mode=="2": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_O_new_dependent.py '+real_file+' '+database_path+'/special_new_O_genes.fasta '+mapping_mode+" "+additional_file+' 2 >temp_result_'+str(q)+'O.txt')###01/27/2015 + elif file_mode=="3": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_O_new_dependent.py '+real_file+' '+database_path+'/special_new_O_genes.fasta '+mapping_mode+' 3 >temp_result_'+str(q)+'O.txt')###01/27/2015 + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'O.txt>>data_log.txt')###01/28/2015 + handle=open('temp_result_'+str(q)+'O.txt',"r") + handle=handle.readlines() + sdf=""# + for line in handle: + if "$$$Most" in line: + Otype=line.split("O-")[1].split(" ")[0] + Otype=Otype.replace("\n","").strip() + #print line, + elif "$$$No" in line: + Otype="-" + if "O-9" in line: + Otype="9" + #print line, + if "$$$" in line and "got a hit" in line and "sdf" in line:# + sdf="+"# + if sdf!="+":# + sdf="-"# + if file_mode=="1": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py '+real_file+' '+database_path+'/H_combine_update_9_03_2014_new.fasta '+mapping_mode+' 1 >temp_result_'+str(q)+'H.txt')###01/27/2015 + if file_mode=="2": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py '+real_file+" "+database_path+'/H_combine_update_9_03_2014_new.fasta '+mapping_mode+' '+additional_file+' 2 >temp_result_'+str(q)+'H.txt')###01/27/2015 + if file_mode=="3": + os.system('python '+dirpath+'/BWA_analysis_H_update_new_family_dependent.py '+real_file+' '+database_path+'/H_combine_update_9_03_2014_new.fasta '+mapping_mode+' 3 >temp_result_'+str(q)+'H.txt')###01/27/2015 + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'H.txt>>data_log.txt') + handle2=open('temp_result_'+str(q)+'H.txt',"r") + handle2=handle2.readlines() + suspect="no" #for the first choice doesn't hit core sequence + for line in handle2: + if "$$$Most" in line and "fliC" in line: + #print line, + fliC=line.split(" ")[1].strip() + if fliC=="g,m,p,s": + fliC="g,m,s" + elif "$$$No" in line and "fliC" in line: + fliC="-" + #print line, + elif "$$$Most" in line and "fljB" in line: + #print line, + fljB=line.split(" ")[1].strip() + elif "$$$No" in line and "fljB" in line: + fljB="-" + #print line, + elif "$$$There" in line and "fliC" in line: + fliC=line.split(":")[-1].replace("\n","").strip() + #print line, + suspect="yes" + elif "$$$There" in line and "fljB" in line: + fljB=line.split(":")[-1].replace("\n","").replace(" ","").strip() + #print line, + suspect="yes" + seronames=[] + for i in range(len(phase1)): + fliC_combine=[] + fljB_combine=[] + if phaseO[i]==Otype: + if phase1[i].count("[")==0: + fliC_combine.append(phase1[i]) + elif phase1[i].count("[")>=1: + c=[] + b=[] + if phase1[i][0]=="[" and phase1[i][-1]=="]" and phase1[i].count("[")==1:#for specific situations like [1,5] + content=phase1[i].replace("[","").replace("]","") + fliC_combine.append(content) + fliC_combine.append("-") + else: + for x in phase1[i].split(","): + if "[" in x: + b.append(x.replace("[","").replace("]","")) + else: + c.append(x) + fliC_combine=Combine(b,c) #Combine will offer every possible combinations of the formula, like f,[g],t: f,t f,g,t + if phase2[i].count("[")==0: + fljB_combine.append(phase2[i]) + elif phase2[i].count("[")>=1: + d=[] + e=[] + if phase2[i][0]=="[" and phase2[i][-1]=="]" and phase2[i].count("[")==1: + content=phase2[i].replace("[","").replace("]","") + fljB_combine.append(content) + fljB_combine.append("-") + else: + for x in phase2[i].split(","): + if "[" in x: + d.append(x.replace("[","").replace("]","")) + else: + e.append(x) + fljB_combine=Combine(d,e) + new_fliC=fliC.split(",") #because some antigen like r,[i] not follow alphabetical order, so use this one to judge and can avoid missings + new_fliC.sort() + new_fliC=",".join(new_fliC) + new_fljB=fljB.split(",") + new_fljB.sort() + new_fljB=",".join(new_fljB) + if (new_fliC in fliC_combine or fliC in fliC_combine) and (new_fljB in fljB_combine or fljB in fljB_combine): + seronames.append(sero[i]) + if len(seronames)==0: + seronames=["N/A (The predicted antigenic profile does not exist in the White-Kauffmann-Le Minor scheme)"] + star="" + star_line="" + if len(seronames)>1: + star="*" + star_line="The predicted serotypes share the same general formula:\t"+Otype+":"+fliC+":"+fljB+"\n"## + #print "$$$The most possible formula is: (by the order O:H1:H2) ",Otype,":",fliC,":",fljB + #print "$$$The possible serotyes are:",seronames + m=0 + for y in seronames: + if y in file1: + #print "$$$ Is the judgement true? Answer:Yes!" #here we use file1, because we want ":", while file2 turned it to "__" + answer="Yes" + m=1 + if m==0: + #print "$$$ Is the judgement true? Answer: Need to check the records and file names" + answer="Not sure" + print "\n","\n" + predict_form=Otype+":"+fliC+":"+fljB# + predict_sero=(" or ").join(seronames)# + if predict_form=="9:g,m:-":# + predict_form=predict_form+"\nSdf prediction:"+sdf # + if sdf=="-":# + star="*"# + star_line="Additional characterization is necessary to assign a serotype to this strain. Commonly circulating strains of serotype Enteritidis are sdf+, although sdf- strains of serotype Enteritidis are known to exist. Serotype Gallinarum is typically sdf- but should be quite rare. Sdf- strains of serotype Enteritidis and serotype Gallinarum can be differentiated by phenotypic profile or genetic criteria.\n"#+## + predict_sero="See comments below"# + elif predict_form=="4:i:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Typhimurium"#03252016# + elif predict_form=="4:r:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Heidelberg"#03252016# + elif predict_form=="4:b:-":#03252016# + predict_sero="potential monophasic variant of Paratyphi B"#03252016# + elif predict_form=="8:e,h:1,2":#03282016# + predict_sero="Newport"#03282016# + star="*"##03282016# + star_line="Serotype Bardo shares the same antigenic profile with Newport, but Bardo is exceedingly rare."#03282016# + claim="The serotype(s) is/are the only serotype(s) with the indicated antigenic profile currently recognized in the Kauffmann White Scheme. New serotypes can emerge and the possibility exists that this antigenic profile may emerge in a different subspecies. Identification of strains to the subspecies level should accompany serotype determination; the same antigenic profile in different subspecies is considered different serotypes."## + if "N/A" in predict_sero:###added after standalone version, 2015/2/3 + claim=""###added after standalone version, 2015/2/3 + ''' + new_file=open(file2+".txt","w") + new_file.write(file2+"\t"+"O-"+Otype+"\t"+fliC+"\t"+fljB+"\t"+Otype+":"+fliC+":"+fljB+"\t"+(" or ").join(seronames)+"\t"+answer+"\t"+suspect+"\n") + new_file.close() + ''' + if "Typhimurium" in predict_sero or predict_form=="4:i:-":#03252016# + if file_mode=="1": + os.system('python '+dirpath+'/deletion_compare.py '+real_file+' oafA '+mapping_mode+' 1 >temp_result_'+str(q)+'Typhim.txt')###02/06/2015 + if file_mode=="2": + os.system('python '+dirpath+'/deletion_compare.py '+real_file+' oafA '+mapping_mode+" "+additional_file+' 2 >temp_result_'+str(q)+'Typhim.txt')###02/06/2015 + if file_mode=="3": + os.system('python '+dirpath+'/deletion_compare.py '+real_file+' oafA '+mapping_mode+' 3 >temp_result_'+str(q)+'Typhim.txt')###02/06/2015 + os.system('cat temp_result_'+str(q)+'Typhim.txt>>data_log.txt')###01/28/2015 + handle=open('temp_result_'+str(q)+'Typhim.txt',"r") + handle=handle.readlines() + for line in handle: + if "$$$Typhimurium_O5-" in line: + predict_sero=predict_sero.strip()+"(O5-)"#03252016# + star="*"# + star_line="Detected the deletion of O5-." + new_file=open("Seqsero_result.txt","w") + new_file.write("Input files:\t"+thename+" "+additional_file+"\n"+"O antigen prediction:\t"+"O-"+Otype+"\n"+"H1 antigen prediction(fliC):\t"+fliC+"\n"+"H2 antigen prediction(fljB):\t"+fljB+"\n"+"Predicted antigenic profile:\t"+predict_form+"\n"+"Predicted serotype(s):\t"+predict_sero+star+"\n"+star+star_line+claim+"\n")#+## + new_file.close() + os.system("rm temp_result_"+str(q)+"*.txt")###01/28/2015 + os.system("rm result.txt")###01/28/2015 + os.system("rm -rf database")###01/28/2015 + os.system("rm -f *.fq *.fastq *.sam *.bam *.sai *.sra")###02/07/2015 + #os.system("rm "+for_fq)###01/28/2015 + #os.system("rm "+rev_fq)###01/28/2015 + #os.system("rm "+for_sai) + #os.system("rm "+rev_sai) + #os.system("rm "+bam) + #os.system("rm "+sam)###01/28/2015 + #os.system("rm temp.txt")###01/28/2015 + #os.system("rm "+sam+".fasta"+"_db.*")###01/28/2015 + #os.system("rm temp"+sra_name+".fasta")###01/28/2015 + + +def main(): + file_pair=(file_name,additional_file) + file_names=[] + file_names.append(file_pair) + for i in range(0,len(file_names),m): + jobs=[] + txt_names=[] + if len(file_names)>=i+m: + for j in range(m): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i][0],file_names[j+i][1],file_mode,mapping_mode,i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() + else: + t=m+i-len(file_names) + for j in range(m-t): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i][0],file_names[j+i][1],file_mode,mapping_mode,i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() +''' + files1=[] + files1.append(file_name) + file_names=[] + fastq_names=[] + for file1 in files1: + if file1[-4:]=='.sra': + file_names.append(file1) + if file1[-9:]==".fastq.gz":#need to change + fastq_names.append(file1) + if file1[-6:]==".fastq":#need to change + fastq_names.append(file1) + fastq_names=list(set(fastq_names)) + file_names=file_names+fastq_names + for i in range(0,len(file_names),m): + jobs=[] + txt_names=[] + if len(file_names)>=i+m: + for j in range(m): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i],i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() + else: + t=m+i-len(file_names) + for j in range(m-t): + p = multiprocessing.Process(target=Test,args=(file_names[j+i],i+j+1,i+j,)) + jobs.append(p) + p.start() +''' + +''' + for j in xrange(len(jobs)): + jobs[j].join() + txt_names.append(file_names[j+i].replace(' ','_').replace(":","__").replace("[","").replace("]","")+".txt") + print txt_names + for j in xrange(len(txt_names)): + print i,"and",j + print i+j+1 + file=open(txt_names[j],"r") + handle=list(file) + b=handle[0].split("\t") + print b + + print "End time,",time.time() +''' + +if __name__ == '__main__': + main() diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/special_gene_test_assemblies.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/special_gene_test_assemblies.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,66 @@ +#just an possible use, we can use it to replace H**.py, treat fliC and fljB as the target genes? + +from __future__ import division +import sys +import os +from Bio.Blast import NCBIXML +from Bio import SeqIO + +Makebltdb="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/makeblastdb" +Blastnpth="/nfs/sw/apps/blast/ncbi-blast-2.6.0+/bin/blastn" + +def special_gene(target_fie,database,gene_list): + database=database.split("/")[-1]##########1/27/2015 + os.system(Makebltdb+' -in database/'+database+' -out '+database+'_db -dbtype nucl')##########1/28/2015 + os.system(Blastnpth+' -query '+target_file+' -db '+database+'_db -out '+database+'_vs_'+target_file+'.xml '+'-outfmt 5')##########1/28/2015 + xml_file=database+'_vs_'+target_file+'.xml' + result_handle=open(xml_file) + blast_record=NCBIXML.parse(result_handle) + records=list(blast_record) + E_thresh=1e-10 + for x in gene_list: + handle=SeqIO.parse("database/"+database,"fasta")##########1/28/2015 + length_list=[] + for y in handle: + if x in y.description: + length_x=len(y.seq) + length_list.append(length_x) + aver_len=float(sum(length_list))/len(length_list) + hspbit=[] + alignmentlist=[] + for record in records: + for alignment in record.alignments: + if x in alignment.hit_def: #multi gene database, so... + print x,"got a hit, evaluating the hit quality..." + score=0 + for hsp in alignment.hsps: + if hsp.expectscore: + First_Choice=Htype + score=scorelist[Htype] + if float(score)>=0.1*aver_len: + print "$$$",First_Choice,"got a hit, score:",score + else: + print "$$$No ",x,"exists" + os.system("rm "+database+"_db.*")##########1/28/2015 + os.system("rm "+xml_file)##########1/28/2015 + +database=sys.argv[1] +target_file=sys.argv[2] +gene_list=[] +a=1 +i=3 +while a==1: + try: + gene_list.append(sys.argv[i]) + i+=1 + except: + a=0 +special_gene(target_file,database,gene_list) diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/splitPairedEndReads.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/splitPairedEndReads.pl Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,21 @@ +use strict; +use warnings; +my $file = $ARGV[0]; +open(FILE, "<$file") || die "cannot open $file\n"; +open(OUT1, ">$file\_1") || die "cannot open $file\_1\n"; +open(OUT2, ">$file\_2") || die "cannot open $file\_2\n"; +while(){ + chomp; + print OUT1 "$_\/1\n"; + print OUT2 "$_\/2\n"; + my $newline = ; chomp($newline); + print OUT1 substr($newline, 0, length($newline)/2)."\n"; + print OUT2 substr($newline, length($newline)/2, length($newline)/2)."\n"; + $newline = ; chomp($newline); + print OUT1 "$newline\/1\n"; + print OUT2 "$newline\/2\n"; + $newline = ; chomp($newline); + print OUT1 substr($newline, 0, length($newline)/2)."\n"; + print OUT2 substr($newline, length($newline)/2, length($newline)/2)."\n"; +} +close(FILE); diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 libs/split_interleaved_fastq.pl --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/libs/split_interleaved_fastq.pl Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,317 @@ +#!/usr/bin/perl-w + +use strict; + +use warnings; + +use Getopt::Long; + +use Pod::Usage; + +use File::Basename; + +# Date: 14-05-2010 + +# This program takes a fastq file containing paired-end reads in interleaved format as input and returns two separate files containing read 1 and read 2 in the correct order. + +# Author: Ram Vinay Pandey + + + +# Define the variables + +my $input=""; + +my $output=""; + +my $help=0; + +my $test=0; + +my $verbose=1; + + + +my $usage="perl $0 --input interleaved_fastq_file.fastq --output output.fastq\n"; + + + +GetOptions( + + "input=s" =>\$input, + + "output=s" =>\$output, + + "test" =>\$test, + + "help" =>\$help + +) or pod2usage(-msg=>"Wrong options",-verbose=>1); + + + +pod2usage(-verbose=>2) if $help; + +Test::runTests() if $test; + + + +pod2usage(-msg=>"\n\tProvide an input file!!\n\n\t\t$usage\n\n",-verbose=>1) unless -e $input; + +pod2usage(-msg=>"\n\tProvide an output file!!\n\n\t\t$usage\n\n",-verbose=>1) unless $output; + + + + + +my ( $name, $path, $extension ) = File::Basename::fileparse ( $output, '\..*' ); + +my $output1 = $name."-read1.fastq"; + +my $output2 = $name."-read2.fastq"; + + + +open my $ofh1, ">$output1" or die "Could not open output file"; + +open my $ofh2, ">$output2" or die "Could not open output file"; + + + + + +open (IN, "<$input") or die ("Could not open file $input for reading\n"); + + + +while () { + + chomp; + + s/\r/\n/g; + + # discard blank line + + if (m/^\s*$/g) { + + next; + + } + + else { + + # Reading all lines for read 1 + + if (m/^\s*\@.*1$/) { + + + + print $ofh1 "$_\n"; + + my $ct=0; + + while(my $l = ) { + + + + $ct++; + + chomp $l; + + s/\r/\n/g; + + print $ofh1 "$l\n"; + + + + last if($ct ==3); + + + + } + + + + } + + # Reading all lines for read 2 + + if (m/^\s*\@.*2$/) { + + + + print $ofh2 "$_\n"; + + my $ct=0; + + while(my $l = ) { + + + + $ct++; + + chomp $l; + + s/\r/\n/g; + + print $ofh2 "$l\n"; + + + + last if($ct ==3); + + } + + + + + + } + + + + } + +} + + + +close IN; + +close $ofh1; + +close $ofh2; + + + + + + + +=head1 NAME + + + +split-interleaved-fastq.pl - TThis program takes a fastq file containing paired-end reads in interleaved format as input and returns two separate files containing read 1 and read 2 in the correct order. + + + +=head1 SYNOPSIS + + + + perl split-interleaved-fastq.pl --input interleaved_fastq_file.fastq --output output.fastq + + + +=head1 OPTIONS + + + +=over 4 + + + +=item B<--input> + + + +The input file which contains read1 and read2 in a single file in FASTQ format. Mandatory parameter + + + +=item B<--output> + + + +The output file. Mandatory parameter + + + +=item B<--help> + + + +Display help for this script + + + +=back + + + +=head1 Details + + + +=head2 Input + + + +The paired-end reads in interleaved format; input file looks like following: + + + + @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1 + + TTGTANGATTTCGTCCAGACTTATCTGGAGCATCCGGACGGTCGGGTGAAGCTCAATCCTCAGCTGGTGTTG + + +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1 + + baaa\DVbbbbaaaaa`[`abaaaab`b`]aab]_aaa``Z^`a[SN^QR^`]___aXK[a\T\[UTWWMZV + + @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2 + + TCGACAGCTGCTGCTCCGTATTGAGGTACGGATCGTTCACGATCATATACGCCCTCTCTTTCAAAAACCTCA + + +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2 + + bbbY`[`a\S_Y][XPaUDZ__LLL]TZPWXBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB + + + +=head2 Output + + + +The output looks like as following for reads 1: + + + + @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1 + + TTGTANGATTTCGTCCAGACTTATCTGGAGCATCCGGACGGTCGGGTGAAGCTCAATCCTCAGCTGGTGTTG + + +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/1 + + baaa\DVbbbbaaaaa`[`abaaaab`b`]aab]_aaa``Z^`a[SN^QR^`]___aXK[a\T\[UTWWMZV + + + +The output looks like as following for reads 2: + + + + @fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2 + + TCGACAGCTGCTGCTCCGTATTGAGGTACGGATCGTTCACGATCATATACGCCCTCTCTTTCAAAAACCTCA + + +fc_HWUSI-EAS613R:1:1:4:682#CATA/2 + + bbbY`[`a\S_Y][XPaUDZ__LLL]TZPWXBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB + + + + + +=head1 AUTHORS + + + +Ram vinay pandey + + + +=cut + + \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 logupdate_tool.log diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 primers/seq_primer_fliC.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/primers/seq_primer_fliC.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,5 @@ +seq_primer_fliC GAAATTCAGGTGCCGATACAAGGG CGCTGCCTTGATTGTGT + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 primers/seq_primer_fljB.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/primers/seq_primer_fljB.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,14 @@ +fljB_cornell CCGAATTCATGGCACAAGTAATCAACACTAA CGGGATCCTTAACGTAACACAGACAGCACG + +fljB_CDC1 TGTCGATAACCTGGATGACACAGG GGCATCCAGTGTAGTACCATTATC + +fljB_CDC2 TCGATAACCTGGATGACACAG CATTTACAGCTATACATTCCATAAAGA + +fljB_cornell2 GGCACAAGTAATCAACACTAACA CATTTACAGCCATACATTCCATA + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 psql_test.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/psql_test.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,26 @@ +import psycopg2, os + +os.system('source /nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/.venv/bin/activate') + +connection = psycopg2.connect(database="galaxy", user="galaxy", host="galaxydev.cvkyaz9id4ml.us-east-1.rds.amazonaws.com", password="cF$cl0udh9c", port="5432") +print "monkey made a connection!" + +worker = connection.cursor() +worker.execute('SELECT name FROM library_dataset_dataset_association WHERE dataset_id = 4;') +result = worker.fetchall() +print result, '4' + +worker = connection.cursor() +worker.execute('SELECT name FROM library_dataset_dataset_association WHERE dataset_id = 10;') +result = worker.fetchall() +print result, '10' + +worker = connection.cursor() +worker.execute('SELECT name FROM library_dataset_dataset_association WHERE dataset_id = 11;') +result = worker.fetchall() +print result, '11' + +worker = connection.cursor() +worker.execute('SELECT name FROM library_dataset_dataset_association WHERE dataset_id = 18;') +result = worker.fetchall() +print result, '18' diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 run_seqsero.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/run_seqsero.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,198 @@ +#!/usr/bin/python + +import os, re, sys, time, datetime +import subprocess +from subprocess import Popen, PIPE + +database = '/nfs/sw/apps/galaxy/database/universe.sqlite' +seqsero = '/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/SeqSero.py' +test_out = open("/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/test.txt", 'w') +out_path = '/nfs/sw/apps/galaxy/database/files/000' +test_out2 = open("/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/test2.txt", 'w') + +path2sample = '/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp' + +#test_out2.write(" Test test test"); + +test_out.write("monkey "); +#test_out.write(""); +test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + +fq_list1 = [] +fq_list2 = [] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") +if len(sys.argv) >= 2: + test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + fq_list1 = sys.argv[1] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") + +fastq_files = re.split(",", fq_list1) + +def print_time(): + test_out.write(time.asctime( time.localtime(time.time()))) + +tmp_path = "/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp" +if not os.path.exists(tmp_path): + os.system('mkdir '+tmp_path) + +test_out.write(str(len(fastq_files))+"\n") + +def list_runs(fastq_files): + ''' + Creates dict with runs as keys and list with filenames as values. + ''' +# print "monkey" + run2fastqs = {} + for file in fastq_files: + run = '' + try: + fastq = open(file, 'r') + i = 0 + for line in fastq: + line = line.rstrip("\n") + if i == 0: + run = re.split("\s", line)[0] + run = re.sub('@', '', run) + run = re.sub("\.1", '', run) + else: + break + i += 1 + file1 = re.split('/', file)[-1] + file2 = re.sub('.dat$', '_'+run+'.fastq', file1) + new_path_file = tmp_path+'/'+file2 +# print run, new_path_file + if file2 not in os.listdir(tmp_path): + os.system('cp '+file+' '+new_path_file) + if run in run2fastqs.keys(): + if file not in run2fastqs[run]: + run2fastqs[run].append(new_path_file) + else: + run2fastqs[run] = [new_path_file] + except IOError: + print "Data not found. It is possible for a deleted file to still be listed "\ + "in a Galaxy library. Please confirm that the data still exists on this "\ + "server. You may need to upload it again." + return run2fastqs + +def run_seqsero(run2fastqs): + ''' + Takes files from run2fastqs and runs SeqSero. + ''' + outputs = [] + for run in run2fastqs: + seqsero_cmd = [] + if len(run2fastqs[run]) == 2: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '2', '-i', run2fastqs[run][0], run2fastqs[run][1]] + elif len(run2fastqs[run]) == 1: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '1', '-i', run2fastqs[run][0]] + p = Popen(seqsero_cmd, stdout=PIPE) + output = p.communicate() + outputs.append(output) + return outputs + +def get_serotypes(outputs): + ''' + ''' + fastq2comment = {} + fastq2serotype = {} + for sample in outputs: + fastqs = '' + lines_used = [] + for line in sample: # line is actually the entire seqsero output. + line = str(line) + linel = re.split("\n", line) +# print linel + #lines_used = [] + for element in linel: # element is a line of seqsero output. + element = element.rstrip("\n") + test_out.write(element+"\n") + elementl = re.split("\t", element) + if elementl[0] == 'Input files:': + fastqs = elementl[1] + lines_used.append(element) + if elementl[1] not in fastq2serotype.keys(): + fastq2serotype[fastqs] = ['']*5 + fastq2comment[fastqs] = [] + elif elementl[0] == 'O antigen prediction:': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][0] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'H1 antigen prediction(fliC):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][1] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'H2 antigen prediction(fljB):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][2] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'Predicted antigenic profile:': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][3] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'Predicted serotype(s):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][4] = elementl[1] # add predicted serotype + if element not in lines_used and re.search("\w", fastqs) and len(element) > 7: + fastq2comment[fastqs].append(element) + #print "\n" + return fastq2serotype, fastq2comment + +def print_html(fastq2serotype, fastq2comment): + ''' + Takes dict and prints to html file. + ''' + tab_out = open('Seqsero_result.txt', 'w'); + html_out = open('Seqsero_result.html', 'w') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('SeqSero Results\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('

\n') + html_out.write('\n') + header = 'Input Files\tO antigen prediction\tH1 antigen prediction(fliC)\tH2 antigen prediction(fljB)\tPredicted antigenic profile\tPredicted serotype(s)' + header = re.sub(' ', '_', header) + header_l = ['Input Files', 'O antigen prediction', 'H1 antigen prediction(fliC)', 'H2 antigen prediction(fljB)', 'Predicted antigenic profile', 'Predicted serotype(s)'] + html_out.write('\n') + for element in header_l: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + tab_out.write(header+"\n") + print "\n\n", header + for fastq in fastq2serotype: +# print fastq, fastq2serotype[fastq] + line_to_print = fastq+'\t'+"\t".join(fastq2serotype[fastq]) + tab_out.write(line_to_print+"\n") + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + for antigen in fastq2serotype[fastq]: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + print line_to_print + html_out.write('
'+element+'
'+fastq+''+antigen+'
\n') + print "\n" + for fastq in fastq2comment: + tab_out.write("\n"+fastq+"\n") + html_out.write('\n') + html_out.write('

\n') + html_out.write(''+fastq+"
\n") + for line in fastq2comment[fastq]: + #if len(line) > 7: + html_out.write(''+line+'\n') + tab_out.write(line+"\n") + print line + print "\n" + html_out.write('

\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.close() + +run2fastqs = list_runs(fastq_files) +outputs = run_seqsero(run2fastqs) +fastq2serotype, fastq2comment = get_serotypes(outputs) +print_html(fastq2serotype, fastq2comment) + +print_time() + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 run_seqsero_batch_galaxy.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/run_seqsero_batch_galaxy.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,227 @@ +#!/usr/bin/python + +print 'monkey wonders where he is' + +import os + +# os.system('source /nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/.venv/bin/activate') + +import re, sys, time, datetime +import subprocess, psycopg2, sqlalchemy +from subprocess import Popen, PIPE +from sqlalchemy import * +from datetime import datetime + +print 'monkey found some files', sys.argv +engine = create_engine('postgresql+psycopg2://galaxy:cF$cl0udh9c@galaxyprod.cvkyaz9id4ml.us-east-1.rds.amazonaws.com:5432/galaxy') +print 'monkey says "vroom vroom"' +connection = engine.connect() +print "monkey made a connection!" + +# database = '/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/universe.sqlite' +seqsero = '/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/SeqSero.py' +test_out = open("/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/test.txt", 'w') +out_path = '/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/files/000' +test_out2 = open("/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/test2.txt", 'w') + +path2sample = '/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp' + +test_out.write("monkey "); +test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + +fq_list1 = [] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") +if len(sys.argv) >= 2: + test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + fq_list1 = sys.argv[1:] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") + +fastq_files = re.split(",", fq_list1[0]) # fq_list1[0] is a string with commas between the path/filenames. + +def print_time(): + test_out.write(time.asctime( time.localtime(time.time()))) + +tmp_path = path2sample +if not os.path.exists(tmp_path): + os.system('mkdir '+tmp_path) + +test_out.write(str(len(fastq_files))+"\n") + +def list_runs(fastq_files): + ''' + Creates dict with runs as keys and list with filenames as values. + ''' + run2fastqs = {} + is_fastq = 'yes' + for file in fastq_files: + print 'monkey found', file + run = '' + try: + fastq = open(file, 'r') + i = 0 + for line in fastq: + line = line.rstrip("\n") + if i == 0: + run = re.split("\s", line)[0] + run = re.sub('@', '', run) + run = re.split("\.", run)[0] + if not re.search('^@', line): + is_fastq = 'no' + else: + break + i += 1 + file1 = re.split('/', file)[-1] + dataset_id = re.split('_', file1) + dataset_id = re.sub('.dat', '', dataset_id[-1]) + print dataset_id, type(dataset_id) + result = connection.execute('SELECT name FROM history_dataset_association WHERE dataset_id = '+dataset_id+';') + original_filename = '' + for row in result: + print 'monkey says the original_filename is something like', row[0] + original_filename = row[0] + if re.search('fasta$', original_filename): + if is_fastq == 'yes': + original_filename = re.sub('fasta', 'fastq', original_filename) + else: + print 'The input file is not a fastq file.' + file2 = re.sub('.dat$', '_'+original_filename, file1) + print 'monkey renamed the file', file2 + new_path_file = tmp_path+'/'+file2 + if file2 not in os.listdir(tmp_path): + print file, new_path_file + os.system('cp '+file+' '+new_path_file) + if run in run2fastqs.keys(): + if file not in run2fastqs[run]: + run2fastqs[run].append(new_path_file) + else: + run2fastqs[run] = [new_path_file] + except IOError: + print "Data not found. It is possible for a deleted file to still be listed "\ + "in a Galaxy library. Please confirm that the data still exists on this "\ + "server. You may need to upload it again." + return run2fastqs + +def run_seqsero(run2fastqs): + ''' + Takes files from run2fastqs and runs SeqSero. + ''' + outputs = [] + for run in run2fastqs: + print run, run2fastqs[run] + seqsero_cmd = [] + if len(run2fastqs[run]) == 2: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '2', '-i', run2fastqs[run][0], run2fastqs[run][1]] + elif len(run2fastqs[run]) == 1: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '1', '-i', run2fastqs[run][0]] + print seqsero_cmd + p = Popen(seqsero_cmd, stdout=PIPE) + output = p.communicate() + outputs.append(output) + return outputs + +def get_serotypes(outputs): + ''' + ''' + fastq2comment = {} + fastq2serotype = {} + for sample in outputs: + fastqs = '' + lines_used = [] + for line in sample: # line is actually the entire seqsero output. + line = str(line) + linel = re.split("\n", line) +# print linel + #lines_used = [] + for element in linel: # element is a line of seqsero output. + element = element.rstrip("\n") + test_out.write(element+"\n") + elementl = re.split("\t", element) + if elementl[0] == 'Input files:': + fastqs = elementl[1] + lines_used.append(element) + if elementl[1] not in fastq2serotype.keys(): + fastq2serotype[fastqs] = ['']*5 + fastq2comment[fastqs] = [] + elif elementl[0] == 'O antigen prediction:': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][0] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'H1 antigen prediction(fliC):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][1] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'H2 antigen prediction(fljB):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][2] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'Predicted antigenic profile:': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][3] = elementl[1] # add predicted profile + elif elementl[0] == 'Predicted serotype(s):': + lines_used.append(element) + fastq2serotype[fastqs][4] = elementl[1] # add predicted serotype + if element not in lines_used and re.search("\w", fastqs) and len(element) > 7: + fastq2comment[fastqs].append(element) + #print "\n" + return fastq2serotype, fastq2comment + +def print_html(fastq2serotype, fastq2comment): + ''' + Takes dict and prints to html file. + ''' + tab_out = open('Seqsero_result.txt', 'w'); + html_out = open('Seqsero_result.html', 'w') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('SeqSero Results\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('

\n') + html_out.write('\n') + header = 'Input Files\tO antigen prediction\tH1 antigen prediction(fliC)\tH2 antigen prediction(fljB)\tPredicted antigenic profile\tPredicted serotype(s)' + header = re.sub(' ', '_', header) + header_l = ['Input Files', 'O antigen prediction', 'H1 antigen prediction(fliC)', 'H2 antigen prediction(fljB)', 'Predicted antigenic profile', 'Predicted serotype(s)'] + html_out.write('\n') + for element in header_l: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + tab_out.write(header+"\n") + print "\n\n", header + for fastq in fastq2serotype: +# print fastq, fastq2serotype[fastq] + line_to_print = fastq+'\t'+"\t".join(fastq2serotype[fastq]) + tab_out.write(line_to_print+"\n") + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + for antigen in fastq2serotype[fastq]: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + print line_to_print + html_out.write('
'+element+'
'+fastq+''+antigen+'
\n') + print "\n" + for fastq in fastq2comment: + tab_out.write("\n"+fastq+"\n") + html_out.write('\n') + html_out.write('

\n') + html_out.write(''+fastq+"
\n") + for line in fastq2comment[fastq]: + #if len(line) > 7: + html_out.write(''+line+'\n') + tab_out.write(line+"\n") + print line + print "\n" + html_out.write('

\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.close() + +run2fastqs = list_runs(fastq_files) +#print run2fastqs +outputs = run_seqsero(run2fastqs) +fastq2serotype, fastq2comment = get_serotypes(outputs) +print_html(fastq2serotype, fastq2comment) +print_time() + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 run_seqsero_batch_galaxy_no_comment.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/run_seqsero_batch_galaxy_no_comment.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,198 @@ +#!/usr/bin/python + +import os, re, sys, time, sqlite3, datetime +import subprocess +from subprocess import Popen, PIPE + +database = '/nfs/sw/apps/galaxy/database/universe.sqlite' +seqsero = '/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/SeqSero.py' +test_out = open("/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/test.txt", 'w') +out_path = '/nfs/sw/apps/galaxy/database/files/000' +test_out2 = open("/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/test2.txt", 'w') + +#tab_out = open('/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/Seqsero_result.txt', 'w') +#tab_out.write('super monkey') + +tab_out = open('Seqsero_result.txt', 'w'); +#tab_out.write('super monkey') +#tab_out.close() + +#print 'super monkey' +path2sample = '/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp' + +test_out2.write(" Test test test"); + +test_out.write(" test test "); +test_out.write(""); +test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + +fq_list1 = [] +fq_list2 = [] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") +if len(sys.argv) >= 2: + test_out.write("\t".join(sys.argv)+'\n') + fq_list1 = sys.argv[1] +# fq_list2 = sys.argv[2] + +test_out.write(str(len(sys.argv))+"\n") + +fastq_files = re.split(",", fq_list1)#+re.split(",", fq_list2) + +def print_time(): + test_out.write(time.asctime( time.localtime(time.time()))) + +tmp_path = "/nfs/sw/apps/galaxy/tools/seqsero/fastq_tmp" +if not os.path.exists(tmp_path): + os.system('mkdir '+tmp_path) + +test_out.write(str(len(fastq_files))+"\n") + +def list_runs(fastq_files): + ''' + Creates dict with runs as keys and list with filenames as values. + ''' +# print "monkey" + run2fastqs = {} + for file in fastq_files: + run = '' + try: + fastq = open(file, 'r') + i = 0 + for line in fastq: + line = line.rstrip("\n") + if i == 0: + run = re.split("\s", line)[0] + run = re.sub('@', '', run) + run = re.sub("\.1", '', run) + else: + break + i += 1 + file1 = re.split('/', file)[-1] + file2 = re.sub('.dat$', '_'+run+'.fastq', file1) + new_path_file = tmp_path+'/'+file2 +# print run, new_path_file + if file2 not in os.listdir(tmp_path): + os.system('cp '+file+' '+new_path_file) + if run in run2fastqs.keys(): + if file not in run2fastqs[run]: + run2fastqs[run].append(new_path_file) + else: + run2fastqs[run] = [new_path_file] + except IOError: + print "Data not found. It is possible for a deleted file to still be listed "\ + "in a Galaxy library. Please confirm that the data still exists on this "\ + "server. You may need to upload it again." + return run2fastqs + +def run_seqsero(run2fastqs): + ''' + Takes files from run2fastqs and runs SeqSero. + ''' + outputs = [] + for run in run2fastqs: + seqsero_cmd = [] + if len(run2fastqs[run]) == 2: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '2', '-i', run2fastqs[run][0], run2fastqs[run][1]] + elif len(run2fastqs[run]) == 1: + seqsero_cmd = ['python', seqsero, '-m', '1', '-i', run2fastqs[run][0]] + p = Popen(seqsero_cmd, stdout=PIPE) + output = p.communicate() + outputs.append(output) + return outputs + + +def parse_output(runs_info, out_path): + ''' + retrieve seqsero output into a list of lists. + ''' + for run in runs_info: + running_path = out_path+'/'+run +# print 'monkey go running ', running_path + running_info = open(running_path, 'r') + for line in running_info: + test_out.write(line, "\n") + +def get_serotypes(outputs): + ''' + ''' + fastq2serotype = {} + for sample in outputs: + for line in sample: + line = str(line) + linel = re.split("\n", line) +# print linel + for element in linel: + elementl = re.split("\t", element) + if elementl[0] == 'Input files:': + fastqs = elementl[1] + if elementl[1] not in fastq2serotype.keys(): + fastq2serotype[fastqs] = ['']*5 + elif elementl[0] == 'O antigen prediction:': + predicted_profile = elementl[1] + fastq2serotype[fastqs][0] = elementl[1] # add predicted profile +# print elementl[1] + elif elementl[0] == 'H1 antigen prediction(fliC):': + predicted_profile = elementl[1] + fastq2serotype[fastqs][1] = elementl[1] # add predicted profile +# print elementl[1] + elif elementl[0] == 'H2 antigen prediction(fljB):': + predicted_profile = elementl[1] + fastq2serotype[fastqs][2] = elementl[1] # add predicted profile +# print elementl[1] + elif elementl[0] == 'Predicted antigenic profile:': + predicted_profile = elementl[1] + fastq2serotype[fastqs][3] = elementl[1] # add predicted profile +# print elementl[1] + elif elementl[0] == 'Predicted serotype(s):': + fastq2serotype[fastqs][4] = elementl[1] # add predicted serotype +# print elementl[1] + print "\n" + return fastq2serotype + +def print_html(fastq2serotype): + ''' + Takes dict and prints to html file. + ''' + html_out = open('Seqsero_result.html', 'w') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('SeqSero Results\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('

\n') + html_out.write('\n') + header = 'Input Files\tO antigen prediction\tH1 antigen prediction(fliC)\tH2 antigen prediction(fljB)\tPredicted antigenic profile\tPredicted serotype(s)' + header = re.sub(' ', '_', header) + header_l = ['Input Files', 'O antigen prediction', 'H1 antigen prediction(fliC)', 'H2 antigen prediction(fljB)', 'Predicted antigenic profile', 'Predicted serotype(s)'] + html_out.write('\n') + for element in header_l: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + tab_out.write(header+"\n") + print header + for fastq in fastq2serotype: +# print fastq, fastq2serotype[fastq] + line_to_print = fastq+'\t'+"\t".join(fastq2serotype[fastq]) + tab_out.write(line_to_print+"\n") + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + for antigen in fastq2serotype[fastq]: + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + print line_to_print + html_out.write('
'+element+'
'+fastq+''+antigen+'
\n') + html_out.write('\n') + html_out.write('\n') + html_out.close() + +run2fastqs = list_runs(fastq_files) +outputs = run_seqsero(run2fastqs) +fastq2serotype = get_serotypes(outputs) +print_html(fastq2serotype) + +print_time() + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 seqsero.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqsero.xml Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,41 @@ + + Salmonella Serotype Prediction from Paired-End Reads + + run_seqsero_batch_galaxy.py $input1 + + + + + + + + + + + + This tool predicts Salmonella serotypes from shotgun WGS data. + + Below is the link to the seqsero help + + https://galaxy.ravencloudhpc.com/static/toolpages/seqsero/seqsero.html + + + + + @Article{pmid25762776, + Author="Zhang, S. and Yin, Y. and Jones, M. B. and Zhang, Z. and Deatherage Kaiser, B. L. and Dinsmore, B. A. and Fitzgerald, C. and Fields, P. I. and Deng, X. ", + Title="{{S}almonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data}", + Journal="J. Clin. Microbiol.", + Year="2015", + Volume="53", + Number="5", + Pages="1685--1692", + Month="May" + } + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 seqsero.xml.1 --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqsero.xml.1 Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,43 @@ + + biopython + samtools + Salmonella Serotype Prediction from Paired-End Reads + + run_seqsero_batch_galaxy.py $input1 + + + + + + + + + + + + This tool predicts Salmonella serotypes from shotgun WGS data. + + xlink:type="simple" + xlink:href="/nfs/sw/apps/galaxy/static/toolpages/seqsero/seqsero.html" + xlink:show="SeqSero documentation" + + + + + @Article{pmid25762776, + Author="Zhang, S. and Yin, Y. and Jones, M. B. and Zhang, Z. and Deatherage Kaiser, B. L. and Dinsmore, B. A. and Fitzgerald, C. and Fields, P. I. and Deng, X. ", + Title="{{S}almonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data}", + Journal="J. Clin. Microbiol.", + Year="2015", + Volume="53", + Number="5", + Pages="1685--1692", + Month="May" + } + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 seqsero.xml.2 --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqsero.xml.2 Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,41 @@ + + + + biopython + samtools + Salmonella Serotype Prediction from Paired-End Reads + + run_seqsero_batch_galaxy.py $input1 + + + + + + + + + + + + + .._htmlFile: "/nfs/sw/apps/galaxy/static/toolpages/seqsero/seqsero.html" + + + + @Article{pmid25762776, + Author="Zhang, S. and Yin, Y. and Jones, M. B. and Zhang, Z. and Deatherage Kaiser, B. L. and Dinsmore, B. A. and Fitzgerald, C. and Fields, P. I. and Deng, X. ", + Title="{{S}almonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data}", + Journal="J. Clin. Microbiol.", + Year="2015", + Volume="53", + Number="5", + Pages="1685--1692", + Month="May" + } + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 seqsero.xml.precitation --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/seqsero.xml.precitation Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,45 @@ + + + biopython + samtools + Salmonella Serotype Prediction from Paired-End Reads + + run_seqsero_batch_galaxy.py $input1 + + + + + + + + + + + + This tool predicts Salmonella serotypes from shotgun WGS data. + + + + + @Article{pmid25762776, + Author="Zhang, S. and Yin, Y. and Jones, M. B. and Zhang, Z. and Deatherage Kaiser, B. L. and Dinsmore, B. A. and Fitzgerald, C. and Fields, P. I. and Deng, X. ", + Title="{{S}almonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data}", + Journal="J. Clin. Microbiol.", + Year="2015", + Volume="53", + Number="5", + Pages="1685--1692", + Month="May" + } + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 test.txt --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test.txt Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,24 @@ +monkey /nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/run_seqsero_batch_galaxy.py /nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/files/000/dataset_304.dat,/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/files/000/dataset_303.dat +2 +/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/tools/seqsero/run_seqsero_batch_galaxy.py /nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/files/000/dataset_304.dat,/nfs/sw/apps/galaxy-dev/galaxy/database/files/000/dataset_303.dat +2 +2 + + + +Input files: dataset_304_F1605001-005-2C1.fsa dataset_303_F1605001-005-2C2.fsa +O antigen prediction: O-- +H1 antigen prediction(fliC): - +H2 antigen prediction(fljB): - +Predicted antigenic profile: -:-:- +Predicted serotype(s): N/A (The predicted antigenic profile does not exist in the White-Kauffmann-Le Minor scheme) + +check fastq id and make them in accordance with each other...please wait... + + + +Result: + + +None +Thu Oct 12 17:06:43 2017 \ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 test2.txt diff -r 000000000000 -r 6895de35a263 test_bioblend.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test_bioblend.py Thu Oct 19 18:16:51 2017 -0400 @@ -0,0 +1,49 @@ +#/usr/bin/python + +import sqlite3, re, os +from bioblend import galaxy + +#out = open("/opt/galaxy/tools/seqserobatch/test.txt", 'w') + +def get_bioblend_id(): +# gi = galaxy.GalaxyInstance(url='http://galaxy.fda.gov:8080/', key='ebec9b999774b69d3f3880f0f664f56e') + gi = galaxy.GalaxyInstance(url='https://dev.galaxytrakr.org/') + job = galaxy.jobs.JobsClient(gi) + j = job.get_jobs() + while j[0]['exit_code'] == 'None': + print j[0]['id'], j[0]['exit_code'] + print j[0]['id'], j[0]['exit_code'] + +# dataset_id = galaxy.datasets.DatasetClient(gi) +# output = show_stdout(dataset_id) +# print output +# data = download_dataset(dataset_id, wait_for_completion=True) +# print dataset_id.show_stdout() + #print gi, job + +# print '"'+'tiger'+'"' + return j[0]['id'] + +def get_job_id(bioblend_id): +# print 'supermonkey', bioblend_id + database = '/opt/galaxy/database/universe.sqlite' + conn = sqlite3.connect(database) + select = 'SELECT job.id, job.stdout FROM job WHERE job.stdout LIKE '+"'"+"%"+bioblend_id+"%"+"'"+';' +# print select +# entries = conn.execute('SELECT job.id, job.stdout FROM job WHERE job.stdout LIKE '+"'"+"%"+bioblend_id+"%"+"'"+';') + entries = conn.execute('SELECT job.id, job.stdout FROM job WHERE job.stdout LIKE '+"'"+"%ecbc86ac41da8f7b%"+"'"+';') + print type(entries) + print entries + print select + for entry in entries: + print entry + for line in entry: + line = str(line) + print line +# print entries + +#out.write(j_join) + +bioblend_id = get_bioblend_id() +#print bioblend_id +#get_job_id(bioblend_id)