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changeset 0:47e1dc8b27f8 draft

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Uploaded example2 first
author boris
date Wed, 02 Dec 2015 22:49:57 -0500
parents
children d1421e859b75
files ._example2.xml example2.py example2.xml test-data/.DS_Store test-data/._.DS_Store test-data/._mouse_reference_mtDNA.fasta test-data/adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta test-data/mouse_reference_mtDNA.fasta test-data/mouse_reference_mtDNA.fasta_nt_counts.pdf tool_dependencies.xml
diffstat 10 files changed, 459 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
Binary file ._example2.xml has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example2.py	Wed Dec 02 22:49:57 2015 -0500
@@ -0,0 +1,62 @@
+#! /bin/python
+
+
+import sys
+from os.path import basename
+
+fasta = sys.argv[1]
+linesize = int(sys.argv[2])
+
+if len(sys.argv[1:])>=3:
+    outfastaname = sys.argv[3]
+else:
+    outfastaname = "adjusted_%d_%s" % (linesize,basename(fasta))
+
+
+if len(sys.argv[1:])>=4:
+    outplotname = sys.argv[4]
+else:
+    outplotname = "%s_nt_counts.pdf" % (basename(fasta))
+
+
+#fasta = "/Users/boris/Desktop/mouse/mouse_reference_mtDNA.fasta"
+#linesize = 200
+
+fastaheader  = ">noname"
+fastaseq = ""
+
+with open(fasta) as fa:
+    for line in fa:
+        if line.strip().startswith(">"):
+            fastaheader = line.strip()
+        else:
+            fastaseq+= line.strip() 
+
+
+#outfastaname = "adjusted_%d_%s" % (linesize,basename(fasta))
+outfile = open(outfastaname,"w+")
+
+outfile.write(fastaheader+"\n")
+for i in range(0,len(fastaseq),linesize):
+    outfile.write(fastaseq[i:i+linesize]+'\n')
+outfile.close()
+
+############################################################################
+import matplotlib.pyplot as plt
+import numpy as np
+
+bases=['A','C','G','T','N']
+counts = np.array([fastaseq.upper().count(nt) for nt in bases])
+
+index = np.array(range(len(counts)))
+bar_width = 0.7
+plt.bar(index,counts,bar_width,color=['red','green','orange','blue','grey'])
+
+plt.axis([-1,5,0,max(counts)+1000])
+plt.xlabel('Nucleotide')
+plt.ylabel('Count')
+plt.title('Fasta nucleotide content')
+plt.xticks(index+bar_width/2, bases)
+
+plt.savefig(outplotname,format="pdf")
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example2.xml	Wed Dec 02 22:49:57 2015 -0500
@@ -0,0 +1,73 @@
+<tool id="formatplotfasta" name="Adjust fasta line length and plot content" version="0.0.1" force_history_refresh="True">
+  
+  <description>Change the number of nucleotides per line in the input fasta and plot nt content </description>
+  
+  <requirements>
+      <requirement type="package" version="1.4"> matplotlib </requirement>
+  </requirements>
+
+  <command interpreter="python"> example2.py "${infasta}" $linesize $formatted_fasta $plot </command>
+  
+  <inputs>
+    <param name="infasta" format="fasta" type="data" label="input fasta" help="no help"/>
+    <param name="linesize" type="integer" value="50" label="number of nt per line" help=" be reasonable!"/>
+  </inputs>
+
+  <outputs>
+    <data name="formatted_fasta" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: formatted fasta"/>
+    <data name="plot" format="pdf" label="${tool.name} on ${on_string}: plot"/>
+  </outputs>
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="infasta" value="mouse_reference_mtDNA.fasta"/>
+      <param name="linesize" value="200"/>
+      <output name="formatted_fasta" file="adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta"/>
+      <output name="plot" file="mouse_reference_mtDNA.fasta_nt_counts.pdf"/>
+    </test>
+  </tests>
+
+  <help>
+    
+<![CDATA[
+Short description.
+
+-----
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+Longer description. 
+
+-----
+
+.. class:: warningmark
+
+**Note**
+
+Some warining, if needed:
+
+-----
+
+.. class:: infomark
+
+**Formats**
+
+**FASTA multiple alignment** 
+
+See http://www.bioperl.org/wiki/FASTA_multiple_alignment_format
+
+-----
+
+**Example**
+
+
+-----
+
+**Citation**
+
+(boris-at-bx.psu.edu) ]]>
+
+  </help>
+</tool>
\ No newline at end of file
Binary file test-data/.DS_Store has changed
Binary file test-data/._.DS_Store has changed
Binary file test-data/._mouse_reference_mtDNA.fasta has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta	Wed Dec 02 22:49:57 2015 -0500
@@ -0,0 +1,83 @@
+>gi|34538597|ref|NC_005089.1| Mus musculus mitochondrion, complete genome
+GTTAATGTAGCTTAATAACAAAGCAAAGCACTGAAAATGCTTAGATGGATAATTGTATCCCATAAACACAAAGGTTTGGTCCTGGCCTTATAATTAATTAGAGGTAAAATTACACATGCAAACCTCCATAGACCGGTGTAAAATCCCTTAAACATTTACTTAAAATTTAAGGAGAGGGTATCAAGCACATTAAAATAGCT
+TAAGACACCTTGCCTAGCCACACCCCCACGGGACTCAGCAGTGATAAATATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACCTCTTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATTATCTTCGGCGTAAAACGTGTCAACTATAAATAAATAAATAGAATTAAAATCCAAC
+TTATATGTGAAAATTCATTGTTAGGACCTAAACTCAATAACGAAAGTAATTCTAGTCATTTATAATACACGACAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCATAAACCTAAATAATTAAATTTAACAAAACTATTTGCCAGAGAACTACTAGCCATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTA
+CTTTATATCCATCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGCTCTACCTCACCATCTCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGTATTAAAGTAAGCAAAAGAATCAAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCAATGAAATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTATA
+AAAGAACATTACTATACCCTTTATGAAACTAAAGGACTAAGGAGGATTTAGTAGTAAATTAAGAATAGAGAGCTTAATTGAATTGAGCAATGAAGTACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATTAAATTAAACTTAACATAATTAATTTCTAGACATCCGTTTATGAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCAT
+ACTGGAAAGTGTGCTTGGAATAATCATAGTGTAGCTTAATATTAAAGCATCTGGCCTACACCCAGAAGATTTCATGACCAATGAACACTCTGAACTAATCCTAGCCCTAGCCCTACACAAATATAATTATACTATTATATAAATCAAAACATTTATCCTACTAAAAGTATTGGAGAAAGAAATTCGTACATCTAGGAGCT
+ATAGAACTAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAGACTAATTAAAAGTAAGAACAAGCAAAGATTAAACCTTGTACCTTTTGCATAATGAACTAACTAGAAAACTTCTAACTAAAAGAATTACAGCTAGAAACCCCGAAACCAAACGAGCTACCTAAAAACAATTTTATGAATCAACTCGTCTATGTGGCAAAATAGTGAGAA
+GATTTTTAGGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAGCTTGGTGATAGCTGGTTACCCAAAAAATGAATTTAAGTTCAATTTTAAACTTGCTAAAAAAACAACAAAATCAAAAAGTAAGTTTAGATTATAGCCAAAAGAGGGACAGCTCTTCTGGAACGGAAAAAACCTTTAATAGTGAATAATTAACAAAACAGCTTTTAACCA
+TTGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATAAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACATAAAATTTCAATTAATTCCATAATTTACACCAACTTCCTAAACTTAAAATTGGGTTAATCTATAACTTTATAGATGCAACACTGTTAGTATGAGTAACAAGAATTCCAATTCTCCAGGCATACGCGTATAACAACTCGGATAACCATTGTT
+AGTTAATCAGACTATAGGCAATAATCACACTATAAATAATCCACCTATAACTTCTCTGTTAACCCAACACCGGAATGCCTAAAGGAAAGATCCAAAAAGATAAAAGGAACTCGGCAAACAAGAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATTACAAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTAAAGTTT
+AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAATTAGGGACTAGCATGAACGGCTAAACGAGGGTCCAACTGTCTCTTATCTTTAATCAGTGAAATTGACCTTTCAGTGAAGAGGCTGAAATATAATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAATTATATAACTTATCTATTTAAT
+TTATTAAACCTAATGGCCCAAAAACTATAGTATAAGTTTGAAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAATGATTATAACCTAGACTTACAAGTCAAAGTAAAATCAACATATCTTATTGACCCAGATATATTTTGATCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTTAAGAG
+TTCATATCGACAATTAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCAATGGTGTAGAAGCTATTAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTTACGATTTCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAAATAGAGCCACCTTACAAA
+TAAGCGCTCTCAACTTAATTTATGAATAAAATCTAAATAAAATATATACGTACACCCTCTAACCTAGAGAAGGTTATTAGGGTGGCAGAGCCAGGAAATTGCGTAAGACTTAAAACCTTGTTCCCAGAGGTTCAAATCCTCTCCCTAATAGTGTTCTTTATTAATATCCTAACACTCCTCGTCCCCATTCTAATCGCCAT
+AGCCTTCCTAACATTAGTAGAACGCAAAATCTTAGGGTACATACAACTACGAAAAGGCCCTAACATTGTTGGTCCATACGGCATTTTACAACCATTTGCAGACGCCATAAAATTATTTATAAAAGAACCAATACGCCCTTTAACAACCTCTATATCCTTATTTATTATTGCACCTACCCTATCACTCACACTAGCATTAA
+GTCTATGAGTTCCCCTACCAATACCACACCCATTAATTAATTTAAACCTAGGGATTTTATTTATTTTAGCAACATCTAGCCTATCAGTTTACTCCATTCTATGATCAGGATGAGCCTCAAACTCCAAATACTCACTATTCGGAGCTTTACGAGCCGTAGCCCAAACAATTTCATATGAAGTAACCATAGCTATTATCCTT
+TTATCAGTTCTATTAATAAATGGATCCTACTCTCTACAAACACTTATTACAACCCAAGAACACATATGATTACTTCTGCCAGCCTGACCCATAGCCATAATATGATTTATCTCAACCCTAGCAGAAACAAACCGGGCCCCCTTCGACCTGACAGAAGGAGAATCAGAATTAGTATCAGGGTTTAACGTAGAATACGCAGC
+CGGCCCATTCGCGTTATTCTTTATAGCAGAGTACACTAACATTATTCTAATAAACGCCCTAACAACTATTATCTTCCTAGGACCCCTATACTATATCAATTTACCAGAACTCTACTCAACTAACTTCATAATAGAAGCTCTACTACTATCATCAACATTCCTATGGATCCGAGCATCTTATCCACGCTTCCGTTACGATC
+AACTTATACATCTTCTATGAAAAAACTTTCTACCCCTAACACTAGCATTATGTATGTGACATATTTCTTTACCAATTTTTACAGCGGGAGTACCACCATACATATAGAAATATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATTATAGAGGTTCAAGCCCTCTTATTTCTAGGACAATAGGAATTGAACCTACACTT
+AAGAATTCAAAATTCTCCGTGCTACCTAAACACCTTATCCTAATAGTAAGGTCAGCTAATTAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAACGTTGGTTTAAATCCTTCCCGTACTAATAAATCCTATCACCCTTGCCATCATCTACTTCACAATCTTCTTAGGTCCTGTAATCACAATATCCAGCACCAACCTAATACTAATA
+TGAGTAGGCCTGGAATTCAGCCTACTAGCAATTATCCCCATACTAATCAACAAAAAAAACCCACGATCAACTGAAGCAGCAACAAAATACTTCGTCACACAAGCAACAGCCTCAATAATTATCCTCCTGGCCATCGTACTCAACTATAAACAACTAGGAACATGAATATTTCAACAACAAACAAACGGTCTTATCCTTAA
+CATAACATTAATAGCCCTATCCATAAAACTAGGCCTCGCCCCATTCCACTTCTGATTACCAGAAGTAACTCAAGGGATCCCACTGCACATAGGACTTATTCTTCTTACATGACAAAAAATTGCTCCCCTATCAATTTTAATTCAAATTTACCCGCTACTCAACTCTACTATCATTTTAATACTAGCAATTACTTCTATTT
+TCATAGGGGCATGAGGAGGACTTAACCAAACACAAATACGAAAAATTATAGCCTATTCATCAATTGCCCACATAGGATGAATATTAGCAATTCTTCCTTACAACCCATCCCTCACTCTACTCAACCTCATAATCTATATTATTCTTACAGCCCCTATATTCATAGCACTTATACTAAATAACTCTATAACCATCAACTCA
+ATCTCACTTCTATGAAATAAAACTCCAGCAATACTAACTATAATCTCACTGATATTACTATCCCTAGGAGGCCTTCCACCACTAACAGGATTCTTACCAAAATGAATTATCATCACAGAACTTATAAAAAACAACTGTCTAATTATAGCAACACTCATAGCAATAATAGCTCTACTAAACCTATTCTTTTATACTCGCCT
+AATTTATTCCACTTCACTAACAATATTTCCAACCAACAATAACTCAAAAATAATAACTCACCAAACAAAAACTAAACCCAACCTAATATTTTCCACCCTAGCTATCATAAGCACAATAACCCTACCCCTAGCCCCCCAACTAATTACCTAGAAGTTTAGGATATACTAGTCCGCGAGCCTTCAAAGCCCTAAGAAAACAC
+ACAAGTTTAACTTCTGATAAGGACTGTAAGACTTCATCCTACATCTATTGAATGCAAATCAATTGCTTTAATTAAGCTAAGACCTCAACTAGATTGGCAGGAATTAAACCTACGAAAATTTAGTTAACAGCTAAATACCCTATTACTGGCTTCAATCTACTTCTACCGCCGAAAAAAAAAAATGGCGGTAGAAGTCTTAG
+TAGAGATTTCTCTACACCTTCGAATTTGCAATTCGACATGAATATCACCTTAAGACCTCTGGTAAAAAGAGGATTTAAACCTCTGTGTTTAGATTTACAGTCTAATGCTTACTCAGCCATTTTACCTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTCAACCAATCACAAAGATATCGGAACCCTCTATCTACTATTCGGAGCCT
+GAGCGGGAATAGTGGGTACTGCACTAAGTATTTTAATTCGAGCAGAATTAGGTCAACCAGGTGCACTTTTAGGAGATGACCAAATTTACAATGTTATCGTAACTGCCCATGCTTTTGTTATAATTTTCTTCATAGTAATACCAATAATAATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTTGTCCCACTAATAATCGGAGCCCCAGAT
+ATAGCATTCCCACGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTCCTACCACCATCATTTCTCCTTCTCCTAGCATCATCAATAGTAGAAGCAGGAGCAGGAACAGGATGAACAGTCTACCCACCTCTAGCCGGAAATCTAGCCCATGCAGGAGCATCAGTAGACCTAACAATTTTCTCCCTTCATTTAGCTGGAGTGTCATCTAT
+TTTAGGTGCAATTAATTTTATTACCACTATTATCAACATGAAACCCCCAGCCATAACACAGTATCAAACTCCACTATTTGTCTGATCCGTACTTATTACAGCCGTACTGCTCCTATTATCACTACCAGTGCTAGCCGCAGGCATTACTATACTACTAACAGACCGCAACCTAAACACAACTTTCTTTGATCCCGCTGGAG
+GAGGGGACCCAATTCTCTACCAGCATCTGTTCTGATTCTTTGGGCACCCAGAAGTTTATATTCTTATCCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCACATGTAGTTACTTACTACTCCGGAAAAAAAGAACCTTTCGGCTATATAGGAATAGTATGAGCAATAATGTCTATTGGCTTTCTAGGCTTTATTGTATGAGCCCACCAC
+ATATTCACAGTAGGATTAGATGTAGACACACGAGCTTACTTTACATCAGCCACTATAATTATCGCAATTCCTACCGGTGTCAAAGTATTTAGCTGACTTGCAACCCTACACGGAGGTAATATTAAATGATCTCCAGCTATACTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACAGTTGGTGGTCTAACCGGAATTGTTTT
+ATCCAACTCATCCCTTGACATCGTGCTTCACGATACATACTATGTAGTAGCCCATTTCCACTATGTTCTATCAATGGGAGCAGTGTTTGCTATCATAGCAGGATTTGTTCACTGATTCCCATTATTTTCAGGCTTCACCCTAGATGACACATGAGCAAAAGCCCACTTCGCCATCATATTCGTAGGAGTAAACATAACAT
+TCTTCCCTCAACATTTCCTGGGCCTTTCAGGAATACCACGACGCTACTCAGACTACCCAGATGCTTACACCACATGAAACACTGTCTCTTCTATAGGATCATTTATTTCACTAACAGCTGTTCTCATCATGATCTTTATAATTTGAGAGGCCTTTGCTTCAAAACGAGAAGTAATATCAGTATCGTATGCTTCAACAAAT
+TTAGAATGACTTCATGGCTGCCCTCCACCATATCACACATTCGAGGAACCAACCTATGTAAAAGTAAAATAAGAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTAAAATTGGTTTCAAGCCAATCTCATATCCTATATGTCTTTCTCAATAAGATATTAGTAAAATCAATTACATAACTTTGTCAAAGTTAAATTATAGATCAATAATC
+TATATATCTTATATGGCCTACCCATTCCAACTTGGTCTACAAGACGCCACATCCCCTATTATAGAAGAGCTAATAAATTTCCATGATCACACACTAATAATTGTTTTCCTAATTAGCTCCTTAGTCCTCTATATCATCTCGCTAATATTAACAACAAAACTAACACATACAAGCACAATAGATGCACAAGAAGTTGAAAC
+CATTTGAACTATTCTACCAGCTGTAATCCTTATCATAATTGCTCTCCCCTCTCTACGCATTCTATATATAATAGACGAAATCAACAACCCCGTATTAACCGTTAAAACCATAGGGCACCAATGATACTGAAGCTACGAATATACTGACTATGAAGACCTATGCTTTGATTCATATATAATCCCAACAAACGACCTAAAAC
+CTGGTGAACTACGACTGCTAGAAGTTGATAACCGAGTCGTTCTGCCAATAGAACTTCCAATCCGTATATTAATTTCATCTGAAGACGTCCTCCACTCATGAGCAGTCCCCTCCCTAGGACTTAAAACTGATGCCATCCCAGGCCGACTAAATCAAGCAACAGTAACATCAAACCGACCAGGGTTATTCTATGGCCAATGC
+TCTGAAATTTGTGGATCTAACCATAGCTTTATGCCCATTGTCCTAGAAATGGTTCCACTAAAATATTTCGAAAACTGATCTGCTTCAATAATTTAATTTCACTATGAAGCTAAGAGCGTTAACCTTTTAAGTTAAAGTTAGAGACCTTAAAATCTCCATAGTGATATGCCACAACTAGATACATCAACATGATTTATCAC
+AATTATCTCATCAATAATTACCCTATTTATCTTATTTCAACTAAAAGTCTCATCACAAACATTCCCACTGGCACCTTCACCAAAATCACTAACAACCATAAAAGTAAAAACCCCTTGAGAATTAAAATGAACGAAAATCTATTTGCCTCATTCATTACCCCAACAATAATAGGATTCCCAATCGTTGTAGCCATCATTAT
+ATTTCCTTCAATCCTATTCCCATCCTCAAAACGCCTAATCAACAACCGTCTCCATTCTTTCCAACACTGACTAGTTAAACTTATTATCAAACAAATAATGCTAATCCACACACCAAAAGGACGAACATGAACCCTAATAATTGTTTCCCTAATCATATTTATTGGATCAACAAATCTCCTAGGCCTTTTACCACATACAT
+TTACACCTACTACCCAACTATCCATAAATCTAAGTATAGCCATTCCACTATGAGCTGGAGCCGTAATTACAGGCTTCCGACACAAACTAAAAAGCTCACTTGCCCACTTCCTTCCACAAGGAACTCCAATTTCACTAATTCCAATACTTATTATTATTGAAACAATTAGCCTATTTATTCAACCAATGGCATTAGCAGTC
+CGGCTTACAGCTAACATTACTGCAGGACACTTATTAATACACCTAATCGGAGGAGCTACTCTAGTATTAATAAATATTAGCCCACCAACAGCTACCATTACATTTATTATTTTACTTCTACTCACAATTCTAGAATTTGCAGTAGCATTAATTCAAGCCTACGTATTCACCCTCCTAGTAAGCCTATATCTACATGATAA
+TACATAATGACCCACCAAACTCATGCATATCACATAGTTAATCCAAGTCCATGACCATTAACTGGAGCCTTTTCAGCCCTCCTTCTAACATCAGGTCTAGTAATATGATTTCACTATAATTCAATTACACTATTAACCCTTGGCCTACTCACCAATATCCTCACAATATATCAATGATGACGAGACGTAATTCGTGAAGG
+AACCTACCAAGGCCACCACACTCCTATTGTACAAAAAGGACTACGATATGGTATAATTCTATTCATCGTCTCGGAAGTATTTTTCTTTGCAGGATTCTTCTGAGCGTTCTATCATTCTAGCCTCGTACCAACACATGATCTAGGAGGCTGCTGACCTCCAACAGGAATTTCACCACTTAACCCTCTAGAAGTCCCACTAC
+TTAATACTTCAGTACTTCTAGCATCAGGTGTTTCAATTACATGAGCTCATCATAGCCTTATAGAAGGTAAACGAAACCACATAAATCAAGCCCTACTAATTACCATTATACTAGGACTTTACTTCACCATCCTCCAAGCTTCAGAATACTTTGAAACATCATTCTCCATTTCAGATGGTATCTATGGTTCTACATTCTTC
+ATGGCTACTGGATTCCATGGACTCCATGTAATTATTGGATCAACATTCCTTATTGTTTGCCTACTACGACAACTAAAATTTCACTTCACATCAAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACATTTTGTAGACGTAGTCTGACTTTTCCTATACGTCTCCATTTATTGATGAGGATCTTACTCCCTTAG
+TATAATTAATATAACTGACTTCCAATTAGTAGATTCTGAATAAACCCAGAAGAGAGTAATTAACCTGTACACTGTTATCTTCATTAATATTTTATTATCCCTAACGCTAATTCTAGTTGCATTCTGACTCCCCCAAATAAATCTGTACTCAGAAAAAGCAAATCCATATGAATGCGGATTCGACCCTACAAGCTCTGCAC
+GTCTACCATTCTCAATAAAATTTTTCTTGGTAGCAATTACATTTCTATTATTTGACCTAGAAATTGCTCTTCTACTTCCACTACCATGAGCAATTCAAACAATTAAAACCTCTACTATAATAATTATAGCCTTTATTCTAGTCACAATTCTATCTCTAGGCCTAGCATATGAATGAACACAAAAAGGATTAGAATGAACA
+GAGTAAATGGTAATTAGTTTAAAAAAAATTAATGATTTCGACTCATTAGATTATGATGATGTTCATAATTACCAATATGCCATCTACCTTCTTCAACCTCACCATAGCCTTCTCACTATCACTTCTAGGGACACTTATATTTCGCTCTCACCTAATATCCACATTACTATGCCTGGAAGGCATAGTATTATCCTTATTTA
+TTATAACTTCAGTAACTTCCCTAAACTCCAACTCCATAAGCTCCATACCAATCCCCATCACCATCTTAGTTTTCGCAGCCTGCGAAGCAGCTGTAGGACTAGCCCTACTAGTAAAAGTTTCAAACACGTACGGAACAGATTACGTCCAAAATCTCAACCTACTACAATGCTAAAAATTATTCTTCCCTCACTAATGCTAC
+TACCACTAACCTGACTATCAAGCCCTAAAAAAACCTGAACAAACGTAACCTCATATAGTTTTCTAATTAGTTTAACCAGCCTAACACTTCTATGACAAACCGACGAAAATTATAAAAACTTTTCAAATATATTCTCCTCAGACCCCCTATCCACACCATTAATTATTTTAACAGCCTGATTACTGCCACTAATATTAATA
+GCTAGCCAAAACCACCTAAAAAAAGATAATAACGTACTACAAAAACTCTACATCTCAATACTAATCAGCTTACAAATTCTCCTAATCATAACCTTTTCAGCAACTGAACTAATTATATTTTATATTTTATTTGAAGCAACCTTAATCCCAACACTTATTATTATTACCCGATGAGGGAACCAAACTGAACGCCTAAACGC
+AGGGATTTATTTCCTATTTTATACCCTAATCGGTTCTATTCCACTGCTAATTGCCCTCATCTTAATCCAAAACCATGTAGGAACCCTAAACCTCATAATTTTATCATTCACAACACACACCTTAGACGCTTCATGATCTAACAACTTACTATGGTTGGCATGCATAATAGCATTTCTTATTAAAATACCATTATATGGAG
+TTCACCTATGACTACCAAAAGCCCATGTTGAAGCTCCAATTGCTGGGTCAATAATTCTAGCAGCTATTCTTCTAAAATTAGGTAGTTACGGAATAATTCGCATCTCCATTATTCTAGACCCACTAACAAAATATATAGCATACCCCTTCATCCTTCTCTCCCTATGAGGAATAATTATAACTAGCTCAATCTGCTTACGC
+CAAACAGATTTAAAATCACTAATCGCCTACTCCTCAGTTAGCCACATAGCACTTGTTATTGCATCAATCATAATCCAAACTCCATGAAGCTTCATAGGAGCAACAATACTAATAATCGCACATGGCCTCACATCATCACTCCTATTCTGCCTAGCAAACTCCAACTACGAACGGATCCACAGCCGTACTATAATCATGGC
+CCGAGGACTTCAAATGGTCTTCCCACTTATAGCCACATGATGACTGATAGCAAGTCTAGCTAATCTAGCTCTACCCCCTTCAATCAATCTAATAGGAGAATTATTCATTACCATATCATTATTTTCTTGATCAAACTTTACCATTATTCTTATAGGAATTAACATTATTATTACAGGTATATACTCAATATACATAATTA
+TTACCACCCAACGCGGCAAACTAACCAACCATATAATTAACCTCCAACCCTCACACACACGAGAACTAACACTAATAGCCCTTCACATAATTCCACTTATTCTTCTAACTACCAGTCCAAAACTAATTACAGGCCTGACAATATGTGAATATAGTTTACAAAAAACATTAGACTGTGAATCTGACAACAGGAAATAAACC
+TCCTTATTCACCAAGAAAGATTGCAAGAACTGCTAATTCATGCTTCCATGTTTAAAAACATGGCTTTCTTACTTTTATAGGATAATAGTAATCCATTGGTCTTAGGAACCAAAAACCTTGGTGCAAATCCAAATAAAAGTAATCAATATTTTCACAACCTCAATCTTATTAATCTTCATTCTTCTACTATCCCCAATCCT
+AATTTCAATATCAAACCTAATTAAACACATCAACTTCCCACTGTACACCACCACATCAATCAAATTCTCCTTCATTATTAGCCTCTTACCCCTATTAATATTTTTCCACAATAATATAGAATATATAATTACAACCTGGCACTGAGTCACCATAAATTCAATAGAACTTAAAATAAGCTTCAAAACTGACTTTTTCTCTA
+TCCTGTTTACATCTGTAGCCCTTTTTGTCACATGATCAATTATACAATTCTCTTCATGATATATACACTCAGACCCAAACATCAATCGATTCATTAAATATCTTACACTATTCCTGATTACCATGCTTATCCTCACCTCAGCCAACAACATATTTCAACTTTTCATTGGCTGAGAAGGGGTGGGAATTATATCTTTCCTA
+CTAATTGGATGATGGTACGGACGAACAGACGCAAATACTGCAGCCCTACAAGCAATCCTCTATAACCGCATCGGAGACATCGGATTCATTTTAGCTATAGTTTGATTTTCCCTAAACATAAACTCATGAGAACTTCAACAGATTATATTCTCCAACAACAACGACAATCTAATTCCACTTATAGGCCTATTAATCGCAGC
+TACAGGAAAATCAGCACAATTTGGCCTCCACCCATGACTACCATCAGCAATAGAAGGCCCTACACCAGTTTCAGCACTACTACACTCAAGTACAATAGTAGTTGCAGGAATTTTCCTACTGGTCCGATTCCACCCCCTCACGACTAATAATAACTTTATTTTAACAACTATACTTTGCCTCGGAGCCCTAACCACATTAT
+TTACAGCTATTTGTGCTCTCACCCAAAACGACATCAAAAAAATCATTGCCTTCTCTACATCAAGCCAACTAGGCCTGATAATAGTGACGCTAGGAATAAACCAACCACACCTAGCATTCCTACACATCTGTACCCACGCATTCTTCAAAGCTATACTCTTTATATGCTCTGGCTCAATCATTCATAGCCTGGCAGACGAA
+CAAGACATCCGAAAAATAGGAAACATCACAAAAATCATACCATTCACATCATCATGCCTAGTAATCGGAAGCCTCGCCCTCACAGGAATACCATTCCTAACAGGGTTCTACTCAAAAGACCTAATTATTGAAGCAATTAATACCTGCAACACCAACGCCTGAGCCCTACTAATTACACTAATCGCCACTTCTATAACAGC
+TATGTACAGCATACGAATCATTTACTTCGTAACAATAACAAAACCGCGTTTTCCCCCCCTAATCTCCATTAACGAAAATGACCCAGACCTCATAAACCCAATCAAACGCCTAGCATTCGGAAGCATCTTTGCAGGATTTGTCATCTCATATAATATTCCACCAACCAGCATTCCAGTCCTCACAATACCATGATTTTTAA
+AAACCACAGCCCTAATTATTTCAGTATTAGGATTCCTAATCGCACTAGAACTAAACAACCTAACCATAAAACTATCAATAAATAAAGCAAATCCATATTCATCCTTCTCAACTTTACTGGGGTTTTTCCCATCTATTATTCACCGCATTACACCCATAAAATCTCTCAACCTAAGCCTAAAAACATCCCTAACTCTCCTA
+GACTTGATCTGGTTAGAAAAAACCATCCCAAAATCCACCTCAACTCTTCACACAAACATAACCACTTTAACAACCAACCAAAAAGGCTTAATTAAATTGTACTTTATATCATTCCTAATTAACATCATCTTAATTATTATCTTATACTCAATTAATCTCGAGTAATCTCGATAATAATAAAAATACCCGCAAACAAAGAT
+CACCCAGCTACTACCATCATTCAAGTAGCACAACTATATATTGCCGCTACCCCAATCCCTCCTTCCAACATAACTCCAACATCATCAACCTCATACATCAACCAATCTCCCAAACCATCAAGATTAATTACTCCAACTTCATCATAATAATTAAGCACACAAATTAAAAAAACCTCTATAATCACCCCCAATACTAAAAA
+ACCCAAAATTAATCAGTTAGATCCCCAAGTCTCTGGATATTCCTCAGTAGCTATAGCAGTCGTATATCCAAACACAACCAACATCCCCCCTAAATAAATTAAAAAAACTATTAAACCTAAAAACGATCCACCAAACCCTAAAACCATTAAACAACCAACAAACCCACTAACAATTAAACCTAAACCTCCATAAATAGGTG
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