Mercurial > repos > boris > example1

changeset 0:f062db22587a draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded example_1 try 1
author boris
date Wed, 02 Dec 2015 21:14:04 -0500
parents
children 0ac4b8a6c8a6
files example1/.DS_Store example1/._.DS_Store example1/._example1.xml example1/example1.py example1/example1.xml example1/test-data/.DS_Store example1/test-data/._.DS_Store example1/test-data/._mouse_reference_mtDNA.fasta example1/test-data/adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta example1/test-data/mouse_reference_mtDNA.fasta
diffstat 10 files changed, 449 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
Binary file example1/.DS_Store has changed
Binary file example1/._.DS_Store has changed
Binary file example1/._example1.xml has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example1/example1.py	Wed Dec 02 21:14:04 2015 -0500
@@ -0,0 +1,62 @@
+#! /bin/python
+
+
+import sys
+from os.path import basename
+
+fasta = sys.argv[1]
+linesize = int(sys.argv[2])
+
+if len(sys.argv[1:])>=3:
+    outfastaname = sys.argv[3]
+else:
+    outfastaname = "adjusted_%d_%s" % (linesize,basename(fasta))
+
+
+#if len(sys.argv[1:])>=4:
+#    outplotname = sys.argv[4]
+#else:
+#    outplotname = "%s_nt_counts.pdf" % (basename(fasta))
+
+
+#fasta = "/Users/boris/Desktop/mouse/mouse_reference_mtDNA.fasta"
+#linesize = 200
+
+fastaheader  = ">noname"
+fastaseq = ""
+
+with open(fasta) as fa:
+    for line in fa:
+        if line.strip().startswith(">"):
+            fastaheader = line.strip()
+        else:
+            fastaseq+= line.strip() 
+
+
+#outfastaname = "adjusted_%d_%s" % (linesize,basename(fasta))
+outfile = open(outfastaname,"w+")
+
+outfile.write(fastaheader+"\n")
+for i in range(0,len(fastaseq),linesize):
+    outfile.write(fastaseq[i:i+linesize]+'\n')
+outfile.close()
+
+############################################################################
+#import matplotlib.pyplot as plt
+#import numpy as np
+
+#bases=['A','C','G','T','N']
+#counts = np.array([fastaseq.upper().count(nt) for nt in bases])
+
+#index = np.array(range(len(counts)))
+#bar_width = 0.7
+#plt.bar(index,counts,bar_width,color=['red','green','orange','blue','grey'])
+
+#plt.axis([-1,5,0,max(counts)+1000])
+#plt.xlabel('Nucleotide')
+#plt.ylabel('Count')
+#plt.title('Fasta nucleotide content')
+#plt.xticks(index+bar_width/2, bases)
+
+#plt.savefig(outplotname,format="pdf")
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example1/example1.xml	Wed Dec 02 21:14:04 2015 -0500
@@ -0,0 +1,69 @@
+<tool id="formatfasta" name="Adjust fasta line length" version="0.0.1" force_history_refresh="True">
+  
+  <description>Change the number of nucleotides per line in the input fasta </description>
+  
+  <command interpreter="python"> example1.py "${infasta}" $linesize $formatted_fasta </command>
+  
+  <inputs>
+    <param name="infasta" format="fasta" type="data" label="input fasta" help="no help"/>
+    <param name="linesize" type="integer" value="50" label="number of nt per line" help=" be reasonable!"/>
+  </inputs>
+
+  <outputs>
+    <data name="formatted_fasta" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: formatted fasta"/>
+  </outputs>
+
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="infasta" value="mouse_reference_mtDNA.fasta"/>
+      <param name="linesize" value="200"/>
+      <output name="formatted_fasta" file="adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta"/>
+    </test>
+  </tests>
+
+  <help>
+    
+<![CDATA[
+Short description.
+
+-----
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+Longer description. 
+
+-----
+
+.. class:: warningmark
+
+**Note**
+
+Some warining, if needed:
+
+-----
+
+.. class:: infomark
+
+**Formats**
+
+**FASTA multiple alignment** 
+
+See http://www.bioperl.org/wiki/FASTA_multiple_alignment_format
+
+-----
+
+**Example**
+
+
+
+
+-----
+
+**Citation**
+
+(boris-at-bx.psu.edu) ]]>
+
+  </help>
+</tool>
\ No newline at end of file
Binary file example1/test-data/.DS_Store has changed
Binary file example1/test-data/._.DS_Store has changed
Binary file example1/test-data/._mouse_reference_mtDNA.fasta has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example1/test-data/adjusted_200_mouse_reference_mtDNA.fasta	Wed Dec 02 21:14:04 2015 -0500
@@ -0,0 +1,83 @@
+>gi|34538597|ref|NC_005089.1| Mus musculus mitochondrion, complete genome
+GTTAATGTAGCTTAATAACAAAGCAAAGCACTGAAAATGCTTAGATGGATAATTGTATCCCATAAACACAAAGGTTTGGTCCTGGCCTTATAATTAATTAGAGGTAAAATTACACATGCAAACCTCCATAGACCGGTGTAAAATCCCTTAAACATTTACTTAAAATTTAAGGAGAGGGTATCAAGCACATTAAAATAGCT
+TAAGACACCTTGCCTAGCCACACCCCCACGGGACTCAGCAGTGATAAATATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTTATACCTCTTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATTATCTTCGGCGTAAAACGTGTCAACTATAAATAAATAAATAGAATTAAAATCCAAC
+TTATATGTGAAAATTCATTGTTAGGACCTAAACTCAATAACGAAAGTAATTCTAGTCATTTATAATACACGACAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCATAAACCTAAATAATTAAATTTAACAAAACTATTTGCCAGAGAACTACTAGCCATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTA
+CTTTATATCCATCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGCTCTACCTCACCATCTCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGTATTAAAGTAAGCAAAAGAATCAAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCAATGAAATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTATA
+AAAGAACATTACTATACCCTTTATGAAACTAAAGGACTAAGGAGGATTTAGTAGTAAATTAAGAATAGAGAGCTTAATTGAATTGAGCAATGAAGTACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATTAAATTAAACTTAACATAATTAATTTCTAGACATCCGTTTATGAGAGGAGATAAGTCGTAACAAGGTAAGCAT
+ACTGGAAAGTGTGCTTGGAATAATCATAGTGTAGCTTAATATTAAAGCATCTGGCCTACACCCAGAAGATTTCATGACCAATGAACACTCTGAACTAATCCTAGCCCTAGCCCTACACAAATATAATTATACTATTATATAAATCAAAACATTTATCCTACTAAAAGTATTGGAGAAAGAAATTCGTACATCTAGGAGCT
+ATAGAACTAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAGACTAATTAAAAGTAAGAACAAGCAAAGATTAAACCTTGTACCTTTTGCATAATGAACTAACTAGAAAACTTCTAACTAAAAGAATTACAGCTAGAAACCCCGAAACCAAACGAGCTACCTAAAAACAATTTTATGAATCAACTCGTCTATGTGGCAAAATAGTGAGAA
+GATTTTTAGGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAGCTTGGTGATAGCTGGTTACCCAAAAAATGAATTTAAGTTCAATTTTAAACTTGCTAAAAAAACAACAAAATCAAAAAGTAAGTTTAGATTATAGCCAAAAGAGGGACAGCTCTTCTGGAACGGAAAAAACCTTTAATAGTGAATAATTAACAAAACAGCTTTTAACCA
+TTGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATAAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACATAAAATTTCAATTAATTCCATAATTTACACCAACTTCCTAAACTTAAAATTGGGTTAATCTATAACTTTATAGATGCAACACTGTTAGTATGAGTAACAAGAATTCCAATTCTCCAGGCATACGCGTATAACAACTCGGATAACCATTGTT
+AGTTAATCAGACTATAGGCAATAATCACACTATAAATAATCCACCTATAACTTCTCTGTTAACCCAACACCGGAATGCCTAAAGGAAAGATCCAAAAAGATAAAAGGAACTCGGCAAACAAGAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATTACAAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTAAAGTTT
+AACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAATTAGGGACTAGCATGAACGGCTAAACGAGGGTCCAACTGTCTCTTATCTTTAATCAGTGAAATTGACCTTTCAGTGAAGAGGCTGAAATATAATAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTAAATTATATAACTTATCTATTTAAT
+TTATTAAACCTAATGGCCCAAAAACTATAGTATAAGTTTGAAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAATGATTATAACCTAGACTTACAAGTCAAAGTAAAATCAACATATCTTATTGACCCAGATATATTTTGATCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTTAAGAG
+TTCATATCGACAATTAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCAATGGTGTAGAAGCTATTAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTTACGATTTCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAAATAGAGCCACCTTACAAA
+TAAGCGCTCTCAACTTAATTTATGAATAAAATCTAAATAAAATATATACGTACACCCTCTAACCTAGAGAAGGTTATTAGGGTGGCAGAGCCAGGAAATTGCGTAAGACTTAAAACCTTGTTCCCAGAGGTTCAAATCCTCTCCCTAATAGTGTTCTTTATTAATATCCTAACACTCCTCGTCCCCATTCTAATCGCCAT
+AGCCTTCCTAACATTAGTAGAACGCAAAATCTTAGGGTACATACAACTACGAAAAGGCCCTAACATTGTTGGTCCATACGGCATTTTACAACCATTTGCAGACGCCATAAAATTATTTATAAAAGAACCAATACGCCCTTTAACAACCTCTATATCCTTATTTATTATTGCACCTACCCTATCACTCACACTAGCATTAA
+GTCTATGAGTTCCCCTACCAATACCACACCCATTAATTAATTTAAACCTAGGGATTTTATTTATTTTAGCAACATCTAGCCTATCAGTTTACTCCATTCTATGATCAGGATGAGCCTCAAACTCCAAATACTCACTATTCGGAGCTTTACGAGCCGTAGCCCAAACAATTTCATATGAAGTAACCATAGCTATTATCCTT
+TTATCAGTTCTATTAATAAATGGATCCTACTCTCTACAAACACTTATTACAACCCAAGAACACATATGATTACTTCTGCCAGCCTGACCCATAGCCATAATATGATTTATCTCAACCCTAGCAGAAACAAACCGGGCCCCCTTCGACCTGACAGAAGGAGAATCAGAATTAGTATCAGGGTTTAACGTAGAATACGCAGC
+CGGCCCATTCGCGTTATTCTTTATAGCAGAGTACACTAACATTATTCTAATAAACGCCCTAACAACTATTATCTTCCTAGGACCCCTATACTATATCAATTTACCAGAACTCTACTCAACTAACTTCATAATAGAAGCTCTACTACTATCATCAACATTCCTATGGATCCGAGCATCTTATCCACGCTTCCGTTACGATC
+AACTTATACATCTTCTATGAAAAAACTTTCTACCCCTAACACTAGCATTATGTATGTGACATATTTCTTTACCAATTTTTACAGCGGGAGTACCACCATACATATAGAAATATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATTATAGAGGTTCAAGCCCTCTTATTTCTAGGACAATAGGAATTGAACCTACACTT
+AAGAATTCAAAATTCTCCGTGCTACCTAAACACCTTATCCTAATAGTAAGGTCAGCTAATTAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAACGTTGGTTTAAATCCTTCCCGTACTAATAAATCCTATCACCCTTGCCATCATCTACTTCACAATCTTCTTAGGTCCTGTAATCACAATATCCAGCACCAACCTAATACTAATA
+TGAGTAGGCCTGGAATTCAGCCTACTAGCAATTATCCCCATACTAATCAACAAAAAAAACCCACGATCAACTGAAGCAGCAACAAAATACTTCGTCACACAAGCAACAGCCTCAATAATTATCCTCCTGGCCATCGTACTCAACTATAAACAACTAGGAACATGAATATTTCAACAACAAACAAACGGTCTTATCCTTAA
+CATAACATTAATAGCCCTATCCATAAAACTAGGCCTCGCCCCATTCCACTTCTGATTACCAGAAGTAACTCAAGGGATCCCACTGCACATAGGACTTATTCTTCTTACATGACAAAAAATTGCTCCCCTATCAATTTTAATTCAAATTTACCCGCTACTCAACTCTACTATCATTTTAATACTAGCAATTACTTCTATTT
+TCATAGGGGCATGAGGAGGACTTAACCAAACACAAATACGAAAAATTATAGCCTATTCATCAATTGCCCACATAGGATGAATATTAGCAATTCTTCCTTACAACCCATCCCTCACTCTACTCAACCTCATAATCTATATTATTCTTACAGCCCCTATATTCATAGCACTTATACTAAATAACTCTATAACCATCAACTCA
+ATCTCACTTCTATGAAATAAAACTCCAGCAATACTAACTATAATCTCACTGATATTACTATCCCTAGGAGGCCTTCCACCACTAACAGGATTCTTACCAAAATGAATTATCATCACAGAACTTATAAAAAACAACTGTCTAATTATAGCAACACTCATAGCAATAATAGCTCTACTAAACCTATTCTTTTATACTCGCCT
+AATTTATTCCACTTCACTAACAATATTTCCAACCAACAATAACTCAAAAATAATAACTCACCAAACAAAAACTAAACCCAACCTAATATTTTCCACCCTAGCTATCATAAGCACAATAACCCTACCCCTAGCCCCCCAACTAATTACCTAGAAGTTTAGGATATACTAGTCCGCGAGCCTTCAAAGCCCTAAGAAAACAC
+ACAAGTTTAACTTCTGATAAGGACTGTAAGACTTCATCCTACATCTATTGAATGCAAATCAATTGCTTTAATTAAGCTAAGACCTCAACTAGATTGGCAGGAATTAAACCTACGAAAATTTAGTTAACAGCTAAATACCCTATTACTGGCTTCAATCTACTTCTACCGCCGAAAAAAAAAAATGGCGGTAGAAGTCTTAG
+TAGAGATTTCTCTACACCTTCGAATTTGCAATTCGACATGAATATCACCTTAAGACCTCTGGTAAAAAGAGGATTTAAACCTCTGTGTTTAGATTTACAGTCTAATGCTTACTCAGCCATTTTACCTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTCAACCAATCACAAAGATATCGGAACCCTCTATCTACTATTCGGAGCCT
+GAGCGGGAATAGTGGGTACTGCACTAAGTATTTTAATTCGAGCAGAATTAGGTCAACCAGGTGCACTTTTAGGAGATGACCAAATTTACAATGTTATCGTAACTGCCCATGCTTTTGTTATAATTTTCTTCATAGTAATACCAATAATAATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTTGTCCCACTAATAATCGGAGCCCCAGAT
+ATAGCATTCCCACGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTCCTACCACCATCATTTCTCCTTCTCCTAGCATCATCAATAGTAGAAGCAGGAGCAGGAACAGGATGAACAGTCTACCCACCTCTAGCCGGAAATCTAGCCCATGCAGGAGCATCAGTAGACCTAACAATTTTCTCCCTTCATTTAGCTGGAGTGTCATCTAT
+TTTAGGTGCAATTAATTTTATTACCACTATTATCAACATGAAACCCCCAGCCATAACACAGTATCAAACTCCACTATTTGTCTGATCCGTACTTATTACAGCCGTACTGCTCCTATTATCACTACCAGTGCTAGCCGCAGGCATTACTATACTACTAACAGACCGCAACCTAAACACAACTTTCTTTGATCCCGCTGGAG
+GAGGGGACCCAATTCTCTACCAGCATCTGTTCTGATTCTTTGGGCACCCAGAAGTTTATATTCTTATCCTCCCAGGATTTGGAATTATTTCACATGTAGTTACTTACTACTCCGGAAAAAAAGAACCTTTCGGCTATATAGGAATAGTATGAGCAATAATGTCTATTGGCTTTCTAGGCTTTATTGTATGAGCCCACCAC
+ATATTCACAGTAGGATTAGATGTAGACACACGAGCTTACTTTACATCAGCCACTATAATTATCGCAATTCCTACCGGTGTCAAAGTATTTAGCTGACTTGCAACCCTACACGGAGGTAATATTAAATGATCTCCAGCTATACTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATTTACAGTTGGTGGTCTAACCGGAATTGTTTT
+ATCCAACTCATCCCTTGACATCGTGCTTCACGATACATACTATGTAGTAGCCCATTTCCACTATGTTCTATCAATGGGAGCAGTGTTTGCTATCATAGCAGGATTTGTTCACTGATTCCCATTATTTTCAGGCTTCACCCTAGATGACACATGAGCAAAAGCCCACTTCGCCATCATATTCGTAGGAGTAAACATAACAT
+TCTTCCCTCAACATTTCCTGGGCCTTTCAGGAATACCACGACGCTACTCAGACTACCCAGATGCTTACACCACATGAAACACTGTCTCTTCTATAGGATCATTTATTTCACTAACAGCTGTTCTCATCATGATCTTTATAATTTGAGAGGCCTTTGCTTCAAAACGAGAAGTAATATCAGTATCGTATGCTTCAACAAAT
+TTAGAATGACTTCATGGCTGCCCTCCACCATATCACACATTCGAGGAACCAACCTATGTAAAAGTAAAATAAGAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTAAAATTGGTTTCAAGCCAATCTCATATCCTATATGTCTTTCTCAATAAGATATTAGTAAAATCAATTACATAACTTTGTCAAAGTTAAATTATAGATCAATAATC
+TATATATCTTATATGGCCTACCCATTCCAACTTGGTCTACAAGACGCCACATCCCCTATTATAGAAGAGCTAATAAATTTCCATGATCACACACTAATAATTGTTTTCCTAATTAGCTCCTTAGTCCTCTATATCATCTCGCTAATATTAACAACAAAACTAACACATACAAGCACAATAGATGCACAAGAAGTTGAAAC
+CATTTGAACTATTCTACCAGCTGTAATCCTTATCATAATTGCTCTCCCCTCTCTACGCATTCTATATATAATAGACGAAATCAACAACCCCGTATTAACCGTTAAAACCATAGGGCACCAATGATACTGAAGCTACGAATATACTGACTATGAAGACCTATGCTTTGATTCATATATAATCCCAACAAACGACCTAAAAC
+CTGGTGAACTACGACTGCTAGAAGTTGATAACCGAGTCGTTCTGCCAATAGAACTTCCAATCCGTATATTAATTTCATCTGAAGACGTCCTCCACTCATGAGCAGTCCCCTCCCTAGGACTTAAAACTGATGCCATCCCAGGCCGACTAAATCAAGCAACAGTAACATCAAACCGACCAGGGTTATTCTATGGCCAATGC
+TCTGAAATTTGTGGATCTAACCATAGCTTTATGCCCATTGTCCTAGAAATGGTTCCACTAAAATATTTCGAAAACTGATCTGCTTCAATAATTTAATTTCACTATGAAGCTAAGAGCGTTAACCTTTTAAGTTAAAGTTAGAGACCTTAAAATCTCCATAGTGATATGCCACAACTAGATACATCAACATGATTTATCAC
+AATTATCTCATCAATAATTACCCTATTTATCTTATTTCAACTAAAAGTCTCATCACAAACATTCCCACTGGCACCTTCACCAAAATCACTAACAACCATAAAAGTAAAAACCCCTTGAGAATTAAAATGAACGAAAATCTATTTGCCTCATTCATTACCCCAACAATAATAGGATTCCCAATCGTTGTAGCCATCATTAT
+ATTTCCTTCAATCCTATTCCCATCCTCAAAACGCCTAATCAACAACCGTCTCCATTCTTTCCAACACTGACTAGTTAAACTTATTATCAAACAAATAATGCTAATCCACACACCAAAAGGACGAACATGAACCCTAATAATTGTTTCCCTAATCATATTTATTGGATCAACAAATCTCCTAGGCCTTTTACCACATACAT
+TTACACCTACTACCCAACTATCCATAAATCTAAGTATAGCCATTCCACTATGAGCTGGAGCCGTAATTACAGGCTTCCGACACAAACTAAAAAGCTCACTTGCCCACTTCCTTCCACAAGGAACTCCAATTTCACTAATTCCAATACTTATTATTATTGAAACAATTAGCCTATTTATTCAACCAATGGCATTAGCAGTC
+CGGCTTACAGCTAACATTACTGCAGGACACTTATTAATACACCTAATCGGAGGAGCTACTCTAGTATTAATAAATATTAGCCCACCAACAGCTACCATTACATTTATTATTTTACTTCTACTCACAATTCTAGAATTTGCAGTAGCATTAATTCAAGCCTACGTATTCACCCTCCTAGTAAGCCTATATCTACATGATAA
+TACATAATGACCCACCAAACTCATGCATATCACATAGTTAATCCAAGTCCATGACCATTAACTGGAGCCTTTTCAGCCCTCCTTCTAACATCAGGTCTAGTAATATGATTTCACTATAATTCAATTACACTATTAACCCTTGGCCTACTCACCAATATCCTCACAATATATCAATGATGACGAGACGTAATTCGTGAAGG
+AACCTACCAAGGCCACCACACTCCTATTGTACAAAAAGGACTACGATATGGTATAATTCTATTCATCGTCTCGGAAGTATTTTTCTTTGCAGGATTCTTCTGAGCGTTCTATCATTCTAGCCTCGTACCAACACATGATCTAGGAGGCTGCTGACCTCCAACAGGAATTTCACCACTTAACCCTCTAGAAGTCCCACTAC
+TTAATACTTCAGTACTTCTAGCATCAGGTGTTTCAATTACATGAGCTCATCATAGCCTTATAGAAGGTAAACGAAACCACATAAATCAAGCCCTACTAATTACCATTATACTAGGACTTTACTTCACCATCCTCCAAGCTTCAGAATACTTTGAAACATCATTCTCCATTTCAGATGGTATCTATGGTTCTACATTCTTC
+ATGGCTACTGGATTCCATGGACTCCATGTAATTATTGGATCAACATTCCTTATTGTTTGCCTACTACGACAACTAAAATTTCACTTCACATCAAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACATTTTGTAGACGTAGTCTGACTTTTCCTATACGTCTCCATTTATTGATGAGGATCTTACTCCCTTAG
+TATAATTAATATAACTGACTTCCAATTAGTAGATTCTGAATAAACCCAGAAGAGAGTAATTAACCTGTACACTGTTATCTTCATTAATATTTTATTATCCCTAACGCTAATTCTAGTTGCATTCTGACTCCCCCAAATAAATCTGTACTCAGAAAAAGCAAATCCATATGAATGCGGATTCGACCCTACAAGCTCTGCAC
+GTCTACCATTCTCAATAAAATTTTTCTTGGTAGCAATTACATTTCTATTATTTGACCTAGAAATTGCTCTTCTACTTCCACTACCATGAGCAATTCAAACAATTAAAACCTCTACTATAATAATTATAGCCTTTATTCTAGTCACAATTCTATCTCTAGGCCTAGCATATGAATGAACACAAAAAGGATTAGAATGAACA
+GAGTAAATGGTAATTAGTTTAAAAAAAATTAATGATTTCGACTCATTAGATTATGATGATGTTCATAATTACCAATATGCCATCTACCTTCTTCAACCTCACCATAGCCTTCTCACTATCACTTCTAGGGACACTTATATTTCGCTCTCACCTAATATCCACATTACTATGCCTGGAAGGCATAGTATTATCCTTATTTA
+TTATAACTTCAGTAACTTCCCTAAACTCCAACTCCATAAGCTCCATACCAATCCCCATCACCATCTTAGTTTTCGCAGCCTGCGAAGCAGCTGTAGGACTAGCCCTACTAGTAAAAGTTTCAAACACGTACGGAACAGATTACGTCCAAAATCTCAACCTACTACAATGCTAAAAATTATTCTTCCCTCACTAATGCTAC
+TACCACTAACCTGACTATCAAGCCCTAAAAAAACCTGAACAAACGTAACCTCATATAGTTTTCTAATTAGTTTAACCAGCCTAACACTTCTATGACAAACCGACGAAAATTATAAAAACTTTTCAAATATATTCTCCTCAGACCCCCTATCCACACCATTAATTATTTTAACAGCCTGATTACTGCCACTAATATTAATA
+GCTAGCCAAAACCACCTAAAAAAAGATAATAACGTACTACAAAAACTCTACATCTCAATACTAATCAGCTTACAAATTCTCCTAATCATAACCTTTTCAGCAACTGAACTAATTATATTTTATATTTTATTTGAAGCAACCTTAATCCCAACACTTATTATTATTACCCGATGAGGGAACCAAACTGAACGCCTAAACGC
+AGGGATTTATTTCCTATTTTATACCCTAATCGGTTCTATTCCACTGCTAATTGCCCTCATCTTAATCCAAAACCATGTAGGAACCCTAAACCTCATAATTTTATCATTCACAACACACACCTTAGACGCTTCATGATCTAACAACTTACTATGGTTGGCATGCATAATAGCATTTCTTATTAAAATACCATTATATGGAG
+TTCACCTATGACTACCAAAAGCCCATGTTGAAGCTCCAATTGCTGGGTCAATAATTCTAGCAGCTATTCTTCTAAAATTAGGTAGTTACGGAATAATTCGCATCTCCATTATTCTAGACCCACTAACAAAATATATAGCATACCCCTTCATCCTTCTCTCCCTATGAGGAATAATTATAACTAGCTCAATCTGCTTACGC
+CAAACAGATTTAAAATCACTAATCGCCTACTCCTCAGTTAGCCACATAGCACTTGTTATTGCATCAATCATAATCCAAACTCCATGAAGCTTCATAGGAGCAACAATACTAATAATCGCACATGGCCTCACATCATCACTCCTATTCTGCCTAGCAAACTCCAACTACGAACGGATCCACAGCCGTACTATAATCATGGC
+CCGAGGACTTCAAATGGTCTTCCCACTTATAGCCACATGATGACTGATAGCAAGTCTAGCTAATCTAGCTCTACCCCCTTCAATCAATCTAATAGGAGAATTATTCATTACCATATCATTATTTTCTTGATCAAACTTTACCATTATTCTTATAGGAATTAACATTATTATTACAGGTATATACTCAATATACATAATTA
+TTACCACCCAACGCGGCAAACTAACCAACCATATAATTAACCTCCAACCCTCACACACACGAGAACTAACACTAATAGCCCTTCACATAATTCCACTTATTCTTCTAACTACCAGTCCAAAACTAATTACAGGCCTGACAATATGTGAATATAGTTTACAAAAAACATTAGACTGTGAATCTGACAACAGGAAATAAACC
+TCCTTATTCACCAAGAAAGATTGCAAGAACTGCTAATTCATGCTTCCATGTTTAAAAACATGGCTTTCTTACTTTTATAGGATAATAGTAATCCATTGGTCTTAGGAACCAAAAACCTTGGTGCAAATCCAAATAAAAGTAATCAATATTTTCACAACCTCAATCTTATTAATCTTCATTCTTCTACTATCCCCAATCCT
+AATTTCAATATCAAACCTAATTAAACACATCAACTTCCCACTGTACACCACCACATCAATCAAATTCTCCTTCATTATTAGCCTCTTACCCCTATTAATATTTTTCCACAATAATATAGAATATATAATTACAACCTGGCACTGAGTCACCATAAATTCAATAGAACTTAAAATAAGCTTCAAAACTGACTTTTTCTCTA
+TCCTGTTTACATCTGTAGCCCTTTTTGTCACATGATCAATTATACAATTCTCTTCATGATATATACACTCAGACCCAAACATCAATCGATTCATTAAATATCTTACACTATTCCTGATTACCATGCTTATCCTCACCTCAGCCAACAACATATTTCAACTTTTCATTGGCTGAGAAGGGGTGGGAATTATATCTTTCCTA
+CTAATTGGATGATGGTACGGACGAACAGACGCAAATACTGCAGCCCTACAAGCAATCCTCTATAACCGCATCGGAGACATCGGATTCATTTTAGCTATAGTTTGATTTTCCCTAAACATAAACTCATGAGAACTTCAACAGATTATATTCTCCAACAACAACGACAATCTAATTCCACTTATAGGCCTATTAATCGCAGC
+TACAGGAAAATCAGCACAATTTGGCCTCCACCCATGACTACCATCAGCAATAGAAGGCCCTACACCAGTTTCAGCACTACTACACTCAAGTACAATAGTAGTTGCAGGAATTTTCCTACTGGTCCGATTCCACCCCCTCACGACTAATAATAACTTTATTTTAACAACTATACTTTGCCTCGGAGCCCTAACCACATTAT
+TTACAGCTATTTGTGCTCTCACCCAAAACGACATCAAAAAAATCATTGCCTTCTCTACATCAAGCCAACTAGGCCTGATAATAGTGACGCTAGGAATAAACCAACCACACCTAGCATTCCTACACATCTGTACCCACGCATTCTTCAAAGCTATACTCTTTATATGCTCTGGCTCAATCATTCATAGCCTGGCAGACGAA
+CAAGACATCCGAAAAATAGGAAACATCACAAAAATCATACCATTCACATCATCATGCCTAGTAATCGGAAGCCTCGCCCTCACAGGAATACCATTCCTAACAGGGTTCTACTCAAAAGACCTAATTATTGAAGCAATTAATACCTGCAACACCAACGCCTGAGCCCTACTAATTACACTAATCGCCACTTCTATAACAGC
+TATGTACAGCATACGAATCATTTACTTCGTAACAATAACAAAACCGCGTTTTCCCCCCCTAATCTCCATTAACGAAAATGACCCAGACCTCATAAACCCAATCAAACGCCTAGCATTCGGAAGCATCTTTGCAGGATTTGTCATCTCATATAATATTCCACCAACCAGCATTCCAGTCCTCACAATACCATGATTTTTAA
+AAACCACAGCCCTAATTATTTCAGTATTAGGATTCCTAATCGCACTAGAACTAAACAACCTAACCATAAAACTATCAATAAATAAAGCAAATCCATATTCATCCTTCTCAACTTTACTGGGGTTTTTCCCATCTATTATTCACCGCATTACACCCATAAAATCTCTCAACCTAAGCCTAAAAACATCCCTAACTCTCCTA
+GACTTGATCTGGTTAGAAAAAACCATCCCAAAATCCACCTCAACTCTTCACACAAACATAACCACTTTAACAACCAACCAAAAAGGCTTAATTAAATTGTACTTTATATCATTCCTAATTAACATCATCTTAATTATTATCTTATACTCAATTAATCTCGAGTAATCTCGATAATAATAAAAATACCCGCAAACAAAGAT
+CACCCAGCTACTACCATCATTCAAGTAGCACAACTATATATTGCCGCTACCCCAATCCCTCCTTCCAACATAACTCCAACATCATCAACCTCATACATCAACCAATCTCCCAAACCATCAAGATTAATTACTCCAACTTCATCATAATAATTAAGCACACAAATTAAAAAAACCTCTATAATCACCCCCAATACTAAAAA
+ACCCAAAATTAATCAGTTAGATCCCCAAGTCTCTGGATATTCCTCAGTAGCTATAGCAGTCGTATATCCAAACACAACCAACATCCCCCCTAAATAAATTAAAAAAACTATTAAACCTAAAAACGATCCACCAAACCCTAAAACCATTAAACAACCAACAAACCCACTAACAATTAAACCTAAACCTCCATAAATAGGTG
+AAGGCTTTAATGCTAACCCAAGACAACCAACCAAAAATAATGAACTTAAAACAAAAATATAATTATTCATTATTTCTACACAGCATTCAACTGCGACCAATGACATGAAAAATCATCGTTGTAATTCAACTACAGAAACACCTAATGACAAACATACGAAAAACACACCCATTATTTAAAATTATTAACCACTCATTCAT
+TGACCTACCTGCCCCATCCAACATTTCATCATGATGAAACTTTGGGTCCCTTCTAGGAGTCTGCCTAATAGTCCAAATCATTACAGGTCTTTTCTTAGCCATACACTACACATCAGATACAATAACAGCCTTTTCATCAGTAACACACATTTGTCGAGACGTAAATTACGGGTGACTAATCCGATATATACACGCAAACG
+GAGCCTCAATATTTTTTATTTGCTTATTCCTTCATGTCGGACGAGGCTTATATTATGGATCATATACATTTATAGAAACCTGAAACATTGGAGTACTTCTACTGTTCGCAGTCATAGCCACAGCATTTATAGGCTACGTCCTTCCATGAGGACAAATATCATTCTGAGGTGCCACAGTTATTACAAACCTCCTATCAGCC
+ATCCCATATATTGGAACAACCCTAGTCGAATGAATTTGAGGGGGCTTCTCAGTAGACAAAGCCACCTTGACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTCATCTTACCATTTATTATCGCGGCCCTAGCAATCGTTCACCTCCTCTTCCTCCACGAAACAGGATCAAACAACCCAACAGGATTAAACTCAGATGCAGATAAAATTCC
+ATTTCACCCCTACTATACAATCAAAGATATCCTAGGTATCCTAATCATATTCTTAATTCTCATAACCCTAGTATTATTTTTCCCAGACATACTAGGAGACCCAGACAACTACATACCAGCTAATCCACTAAACACCCCACCCCATATTAAACCCGAATGATATTTCCTATTTGCATACGCCATTCTACGCTCAATCCCCA
+ATAAACTAGGAGGTGTCCTAGCCTTAATCTTATCTATCCTAATTTTAGCCCTAATACCTTTCCTTCATACCTCAAAGCAACGAAGCCTAATATTCCGCCCAATCACACAAATTTTGTACTGAATCCTAGTAGCCAACCTACTTATCTTAACCTGAATTGGGGGCCAACCAGTAGAACACCCATTTATTATCATTGGCCAA
+CTAGCCTCCATCTCATACTTCTCAATCATCTTAATTCTTATACCAATCTCAGGAATTATCGAAGACAAAATACTAAAATTATATCCATGTCTTGATAGTATAAACATTACTCTGGTCTTGTAAACCTGAAATGAAGATCTTCTCTTCTCAAGACATCAAGAAGAAGGAGCTACTCCCCACCACCAGCACCCAAAGCTGGT
+ATTCTAATTAAACTACTTCTTGAGTACATAAATTTACATAGTACAACAGTACATTTATGTATATCGTACATTAAACTATTTTCCCCAAGCATATAAGCTAGTACATTAAATCAATGGTTCAGGTCATAAAATAATCATCAACATAAATCAATATATATACCATGAATATTATCTTAAACACATTAAACTAATGTTATAAG
+GACATATCTGTGTTATCTGACATACACCATACAGTCATAAACTCTTCTCTTCCATATGACTATCCCCTTCCCCATTTGGTCTATTAATCTACCATCCTCCGTGAAACCAACAACCCGCCCACCAATGCCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCATTAAACTTGGGGGTAGCTAAACTGAAACTTTATCAGACATCTGGTTCTTA
+CTTCAGGGCCATCAAATGCGTTATCGCCCATACGTTCCCCTTAAATAAGACATCTCGATGGTATCGGGTCTAATCAGCCCATGACCAACATAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTATCTTTTTATTTTGGCCTACTTTCATCAACATAGCCGTCAAGGCATGAAAGGACAGCACACAGTCTAGACGCACCTACGGTGAAGA
+ATCATTAGTCCGCAAAACCCAATCACCTAAGGCTAATTATTCATGCTTGTTAGACATAAATGCTACTCAATACCAAATTTTAACTCTCCAAACCCCCCACCCCCTCCTCTTAATGCCAAACCCCAAAAACACTAAGAACTTGAAAGACATATAATATTAACTATCAAACCCTATGTCCTGATCAATTCTAGTAGTTCCCA
+AAATATGACTTATATTTTAGTACTTGTAAAAATTTTACAAAATCATGTTCCGTGAACCAAAACTCTAATCATACTCTATTACGCAATAAACATTAACAA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/example1/test-data/mouse_reference_mtDNA.fasta	Wed Dec 02 21:14:04 2015 -0500
@@ -0,0 +1,235 @@
+>gi|34538597|ref|NC_005089.1| Mus musculus mitochondrion, complete genome
+GTTAATGTAGCTTAATAACAAAGCAAAGCACTGAAAATGCTTAGATGGATAATTGTATCCCATAAACACA
+AAGGTTTGGTCCTGGCCTTATAATTAATTAGAGGTAAAATTACACATGCAAACCTCCATAGACCGGTGTA
+AAATCCCTTAAACATTTACTTAAAATTTAAGGAGAGGGTATCAAGCACATTAAAATAGCTTAAGACACCT
+TGCCTAGCCACACCCCCACGGGACTCAGCAGTGATAAATATTAAGCAATAAACGAAAGTTTGACTAAGTT
+ATACCTCTTAGGGTTGGTAAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAACTAATTATCTT
+CGGCGTAAAACGTGTCAACTATAAATAAATAAATAGAATTAAAATCCAACTTATATGTGAAAATTCATTG
+TTAGGACCTAAACTCAATAACGAAAGTAATTCTAGTCATTTATAATACACGACAGCTAAGACCCAAACTG
+GGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCATAAACCTAAATAATTAAATTTAACAAAACTATTTGCCAGAGA
+ACTACTAGCCATAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTACTTTATATCCATCTAGAGGAGCCTGTTCTA
+TAATCGATAAACCCCGCTCTACCTCACCATCTCTTGCTAATTCAGCCTATATACCGCCATCTTCAGCAAA
+CCCTAAAAAGGTATTAAAGTAAGCAAAAGAATCAAACATAAAAACGTTAGGTCAAGGTGTAGCCAATGAA
+ATGGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTATAAAAGAACATTACTATACCCTTTATGAAACTAAAGGACTAA
+GGAGGATTTAGTAGTAAATTAAGAATAGAGAGCTTAATTGAATTGAGCAATGAAGTACGCACACACCGCC
+CGTCACCCTCCTCAAATTAAATTAAACTTAACATAATTAATTTCTAGACATCCGTTTATGAGAGGAGATA
+AGTCGTAACAAGGTAAGCATACTGGAAAGTGTGCTTGGAATAATCATAGTGTAGCTTAATATTAAAGCAT
+CTGGCCTACACCCAGAAGATTTCATGACCAATGAACACTCTGAACTAATCCTAGCCCTAGCCCTACACAA
+ATATAATTATACTATTATATAAATCAAAACATTTATCCTACTAAAAGTATTGGAGAAAGAAATTCGTACA
+TCTAGGAGCTATAGAACTAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAGACTAATTAAAAGTAAGAACAAGCAAAGA
+TTAAACCTTGTACCTTTTGCATAATGAACTAACTAGAAAACTTCTAACTAAAAGAATTACAGCTAGAAAC
+CCCGAAACCAAACGAGCTACCTAAAAACAATTTTATGAATCAACTCGTCTATGTGGCAAAATAGTGAGAA
+GATTTTTAGGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAGCTTGGTGATAGCTGGTTACCCAAAAAATGAATTTAAGT
+TCAATTTTAAACTTGCTAAAAAAACAACAAAATCAAAAAGTAAGTTTAGATTATAGCCAAAAGAGGGACA
+GCTCTTCTGGAACGGAAAAAACCTTTAATAGTGAATAATTAACAAAACAGCTTTTAACCATTGTAGGCCT
+AAAAGCAGCCACCAATAAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACATAAAATTTCAATTAATTCCATAATTTACACC
+AACTTCCTAAACTTAAAATTGGGTTAATCTATAACTTTATAGATGCAACACTGTTAGTATGAGTAACAAG
+AATTCCAATTCTCCAGGCATACGCGTATAACAACTCGGATAACCATTGTTAGTTAATCAGACTATAGGCA
+ATAATCACACTATAAATAATCCACCTATAACTTCTCTGTTAACCCAACACCGGAATGCCTAAAGGAAAGA
+TCCAAAAAGATAAAAGGAACTCGGCAAACAAGAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGCATT
+ACAAGTATTAGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACTAAAGTTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGG
+TAGCATAATCACTTGTTCCTTAATTAGGGACTAGCATGAACGGCTAAACGAGGGTCCAACTGTCTCTTAT
+CTTTAATCAGTGAAATTGACCTTTCAGTGAAGAGGCTGAAATATAATAATAAGACGAGAAGACCCTATGG
+AGCTTAAATTATATAACTTATCTATTTAATTTATTAAACCTAATGGCCCAAAAACTATAGTATAAGTTTG
+AAATTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAATGATTATAACCTAGACTTACAAGTCA
+AAGTAAAATCAACATATCTTATTGACCCAGATATATTTTGATCAACGGACCAAGTTACCCTAGGGATAAC
+AGCGCAATCCTATTTAAGAGTTCATATCGACAATTAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCC
+CAATGGTGTAGAAGCTATTAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACC
+GGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTTACGATTTCTCCCAGTACGAAAGGACAAGAGAAATAGAGCC
+ACCTTACAAATAAGCGCTCTCAACTTAATTTATGAATAAAATCTAAATAAAATATATACGTACACCCTCT
+AACCTAGAGAAGGTTATTAGGGTGGCAGAGCCAGGAAATTGCGTAAGACTTAAAACCTTGTTCCCAGAGG
+TTCAAATCCTCTCCCTAATAGTGTTCTTTATTAATATCCTAACACTCCTCGTCCCCATTCTAATCGCCAT
+AGCCTTCCTAACATTAGTAGAACGCAAAATCTTAGGGTACATACAACTACGAAAAGGCCCTAACATTGTT
+GGTCCATACGGCATTTTACAACCATTTGCAGACGCCATAAAATTATTTATAAAAGAACCAATACGCCCTT
+TAACAACCTCTATATCCTTATTTATTATTGCACCTACCCTATCACTCACACTAGCATTAAGTCTATGAGT
+TCCCCTACCAATACCACACCCATTAATTAATTTAAACCTAGGGATTTTATTTATTTTAGCAACATCTAGC
+CTATCAGTTTACTCCATTCTATGATCAGGATGAGCCTCAAACTCCAAATACTCACTATTCGGAGCTTTAC
+GAGCCGTAGCCCAAACAATTTCATATGAAGTAACCATAGCTATTATCCTTTTATCAGTTCTATTAATAAA
+TGGATCCTACTCTCTACAAACACTTATTACAACCCAAGAACACATATGATTACTTCTGCCAGCCTGACCC
+ATAGCCATAATATGATTTATCTCAACCCTAGCAGAAACAAACCGGGCCCCCTTCGACCTGACAGAAGGAG
+AATCAGAATTAGTATCAGGGTTTAACGTAGAATACGCAGCCGGCCCATTCGCGTTATTCTTTATAGCAGA
+GTACACTAACATTATTCTAATAAACGCCCTAACAACTATTATCTTCCTAGGACCCCTATACTATATCAAT
+TTACCAGAACTCTACTCAACTAACTTCATAATAGAAGCTCTACTACTATCATCAACATTCCTATGGATCC
+GAGCATCTTATCCACGCTTCCGTTACGATCAACTTATACATCTTCTATGAAAAAACTTTCTACCCCTAAC
+ACTAGCATTATGTATGTGACATATTTCTTTACCAATTTTTACAGCGGGAGTACCACCATACATATAGAAA
+TATGTCTGATAAAAGAATTACTTTGATAGAGTAAATTATAGAGGTTCAAGCCCTCTTATTTCTAGGACAA
+TAGGAATTGAACCTACACTTAAGAATTCAAAATTCTCCGTGCTACCTAAACACCTTATCCTAATAGTAAG
+GTCAGCTAATTAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAACGTTGGTTTAAATCCTTCCCGTACTAATAAATC
+CTATCACCCTTGCCATCATCTACTTCACAATCTTCTTAGGTCCTGTAATCACAATATCCAGCACCAACCT
+AATACTAATATGAGTAGGCCTGGAATTCAGCCTACTAGCAATTATCCCCATACTAATCAACAAAAAAAAC
+CCACGATCAACTGAAGCAGCAACAAAATACTTCGTCACACAAGCAACAGCCTCAATAATTATCCTCCTGG
+CCATCGTACTCAACTATAAACAACTAGGAACATGAATATTTCAACAACAAACAAACGGTCTTATCCTTAA
+CATAACATTAATAGCCCTATCCATAAAACTAGGCCTCGCCCCATTCCACTTCTGATTACCAGAAGTAACT
+CAAGGGATCCCACTGCACATAGGACTTATTCTTCTTACATGACAAAAAATTGCTCCCCTATCAATTTTAA
+TTCAAATTTACCCGCTACTCAACTCTACTATCATTTTAATACTAGCAATTACTTCTATTTTCATAGGGGC
+ATGAGGAGGACTTAACCAAACACAAATACGAAAAATTATAGCCTATTCATCAATTGCCCACATAGGATGA
+ATATTAGCAATTCTTCCTTACAACCCATCCCTCACTCTACTCAACCTCATAATCTATATTATTCTTACAG
+CCCCTATATTCATAGCACTTATACTAAATAACTCTATAACCATCAACTCAATCTCACTTCTATGAAATAA
+AACTCCAGCAATACTAACTATAATCTCACTGATATTACTATCCCTAGGAGGCCTTCCACCACTAACAGGA
+TTCTTACCAAAATGAATTATCATCACAGAACTTATAAAAAACAACTGTCTAATTATAGCAACACTCATAG
+CAATAATAGCTCTACTAAACCTATTCTTTTATACTCGCCTAATTTATTCCACTTCACTAACAATATTTCC
+AACCAACAATAACTCAAAAATAATAACTCACCAAACAAAAACTAAACCCAACCTAATATTTTCCACCCTA
+GCTATCATAAGCACAATAACCCTACCCCTAGCCCCCCAACTAATTACCTAGAAGTTTAGGATATACTAGT
+CCGCGAGCCTTCAAAGCCCTAAGAAAACACACAAGTTTAACTTCTGATAAGGACTGTAAGACTTCATCCT
+ACATCTATTGAATGCAAATCAATTGCTTTAATTAAGCTAAGACCTCAACTAGATTGGCAGGAATTAAACC
+TACGAAAATTTAGTTAACAGCTAAATACCCTATTACTGGCTTCAATCTACTTCTACCGCCGAAAAAAAAA
+AATGGCGGTAGAAGTCTTAGTAGAGATTTCTCTACACCTTCGAATTTGCAATTCGACATGAATATCACCT
+TAAGACCTCTGGTAAAAAGAGGATTTAAACCTCTGTGTTTAGATTTACAGTCTAATGCTTACTCAGCCAT
+TTTACCTATGTTCATTAATCGTTGATTATTCTCAACCAATCACAAAGATATCGGAACCCTCTATCTACTA
+TTCGGAGCCTGAGCGGGAATAGTGGGTACTGCACTAAGTATTTTAATTCGAGCAGAATTAGGTCAACCAG
+GTGCACTTTTAGGAGATGACCAAATTTACAATGTTATCGTAACTGCCCATGCTTTTGTTATAATTTTCTT
+CATAGTAATACCAATAATAATTGGAGGCTTTGGAAACTGACTTGTCCCACTAATAATCGGAGCCCCAGAT
+ATAGCATTCCCACGAATAAATAATATAAGTTTTTGACTCCTACCACCATCATTTCTCCTTCTCCTAGCAT
+CATCAATAGTAGAAGCAGGAGCAGGAACAGGATGAACAGTCTACCCACCTCTAGCCGGAAATCTAGCCCA
+TGCAGGAGCATCAGTAGACCTAACAATTTTCTCCCTTCATTTAGCTGGAGTGTCATCTATTTTAGGTGCA
+ATTAATTTTATTACCACTATTATCAACATGAAACCCCCAGCCATAACACAGTATCAAACTCCACTATTTG
+TCTGATCCGTACTTATTACAGCCGTACTGCTCCTATTATCACTACCAGTGCTAGCCGCAGGCATTACTAT
+ACTACTAACAGACCGCAACCTAAACACAACTTTCTTTGATCCCGCTGGAGGAGGGGACCCAATTCTCTAC
+CAGCATCTGTTCTGATTCTTTGGGCACCCAGAAGTTTATATTCTTATCCTCCCAGGATTTGGAATTATTT
+CACATGTAGTTACTTACTACTCCGGAAAAAAAGAACCTTTCGGCTATATAGGAATAGTATGAGCAATAAT
+GTCTATTGGCTTTCTAGGCTTTATTGTATGAGCCCACCACATATTCACAGTAGGATTAGATGTAGACACA
+CGAGCTTACTTTACATCAGCCACTATAATTATCGCAATTCCTACCGGTGTCAAAGTATTTAGCTGACTTG
+CAACCCTACACGGAGGTAATATTAAATGATCTCCAGCTATACTATGAGCCTTAGGCTTTATTTTCTTATT
+TACAGTTGGTGGTCTAACCGGAATTGTTTTATCCAACTCATCCCTTGACATCGTGCTTCACGATACATAC
+TATGTAGTAGCCCATTTCCACTATGTTCTATCAATGGGAGCAGTGTTTGCTATCATAGCAGGATTTGTTC
+ACTGATTCCCATTATTTTCAGGCTTCACCCTAGATGACACATGAGCAAAAGCCCACTTCGCCATCATATT
+CGTAGGAGTAAACATAACATTCTTCCCTCAACATTTCCTGGGCCTTTCAGGAATACCACGACGCTACTCA
+GACTACCCAGATGCTTACACCACATGAAACACTGTCTCTTCTATAGGATCATTTATTTCACTAACAGCTG
+TTCTCATCATGATCTTTATAATTTGAGAGGCCTTTGCTTCAAAACGAGAAGTAATATCAGTATCGTATGC
+TTCAACAAATTTAGAATGACTTCATGGCTGCCCTCCACCATATCACACATTCGAGGAACCAACCTATGTA
+AAAGTAAAATAAGAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTAAAATTGGTTTCAAGCCAATCTCATATCCTATATG
+TCTTTCTCAATAAGATATTAGTAAAATCAATTACATAACTTTGTCAAAGTTAAATTATAGATCAATAATC
+TATATATCTTATATGGCCTACCCATTCCAACTTGGTCTACAAGACGCCACATCCCCTATTATAGAAGAGC
+TAATAAATTTCCATGATCACACACTAATAATTGTTTTCCTAATTAGCTCCTTAGTCCTCTATATCATCTC
+GCTAATATTAACAACAAAACTAACACATACAAGCACAATAGATGCACAAGAAGTTGAAACCATTTGAACT
+ATTCTACCAGCTGTAATCCTTATCATAATTGCTCTCCCCTCTCTACGCATTCTATATATAATAGACGAAA
+TCAACAACCCCGTATTAACCGTTAAAACCATAGGGCACCAATGATACTGAAGCTACGAATATACTGACTA
+TGAAGACCTATGCTTTGATTCATATATAATCCCAACAAACGACCTAAAACCTGGTGAACTACGACTGCTA
+GAAGTTGATAACCGAGTCGTTCTGCCAATAGAACTTCCAATCCGTATATTAATTTCATCTGAAGACGTCC
+TCCACTCATGAGCAGTCCCCTCCCTAGGACTTAAAACTGATGCCATCCCAGGCCGACTAAATCAAGCAAC
+AGTAACATCAAACCGACCAGGGTTATTCTATGGCCAATGCTCTGAAATTTGTGGATCTAACCATAGCTTT
+ATGCCCATTGTCCTAGAAATGGTTCCACTAAAATATTTCGAAAACTGATCTGCTTCAATAATTTAATTTC
+ACTATGAAGCTAAGAGCGTTAACCTTTTAAGTTAAAGTTAGAGACCTTAAAATCTCCATAGTGATATGCC
+ACAACTAGATACATCAACATGATTTATCACAATTATCTCATCAATAATTACCCTATTTATCTTATTTCAA
+CTAAAAGTCTCATCACAAACATTCCCACTGGCACCTTCACCAAAATCACTAACAACCATAAAAGTAAAAA
+CCCCTTGAGAATTAAAATGAACGAAAATCTATTTGCCTCATTCATTACCCCAACAATAATAGGATTCCCA
+ATCGTTGTAGCCATCATTATATTTCCTTCAATCCTATTCCCATCCTCAAAACGCCTAATCAACAACCGTC
+TCCATTCTTTCCAACACTGACTAGTTAAACTTATTATCAAACAAATAATGCTAATCCACACACCAAAAGG
+ACGAACATGAACCCTAATAATTGTTTCCCTAATCATATTTATTGGATCAACAAATCTCCTAGGCCTTTTA
+CCACATACATTTACACCTACTACCCAACTATCCATAAATCTAAGTATAGCCATTCCACTATGAGCTGGAG
+CCGTAATTACAGGCTTCCGACACAAACTAAAAAGCTCACTTGCCCACTTCCTTCCACAAGGAACTCCAAT
+TTCACTAATTCCAATACTTATTATTATTGAAACAATTAGCCTATTTATTCAACCAATGGCATTAGCAGTC
+CGGCTTACAGCTAACATTACTGCAGGACACTTATTAATACACCTAATCGGAGGAGCTACTCTAGTATTAA
+TAAATATTAGCCCACCAACAGCTACCATTACATTTATTATTTTACTTCTACTCACAATTCTAGAATTTGC
+AGTAGCATTAATTCAAGCCTACGTATTCACCCTCCTAGTAAGCCTATATCTACATGATAATACATAATGA
+CCCACCAAACTCATGCATATCACATAGTTAATCCAAGTCCATGACCATTAACTGGAGCCTTTTCAGCCCT
+CCTTCTAACATCAGGTCTAGTAATATGATTTCACTATAATTCAATTACACTATTAACCCTTGGCCTACTC
+ACCAATATCCTCACAATATATCAATGATGACGAGACGTAATTCGTGAAGGAACCTACCAAGGCCACCACA
+CTCCTATTGTACAAAAAGGACTACGATATGGTATAATTCTATTCATCGTCTCGGAAGTATTTTTCTTTGC
+AGGATTCTTCTGAGCGTTCTATCATTCTAGCCTCGTACCAACACATGATCTAGGAGGCTGCTGACCTCCA
+ACAGGAATTTCACCACTTAACCCTCTAGAAGTCCCACTACTTAATACTTCAGTACTTCTAGCATCAGGTG
+TTTCAATTACATGAGCTCATCATAGCCTTATAGAAGGTAAACGAAACCACATAAATCAAGCCCTACTAAT
+TACCATTATACTAGGACTTTACTTCACCATCCTCCAAGCTTCAGAATACTTTGAAACATCATTCTCCATT
+TCAGATGGTATCTATGGTTCTACATTCTTCATGGCTACTGGATTCCATGGACTCCATGTAATTATTGGAT
+CAACATTCCTTATTGTTTGCCTACTACGACAACTAAAATTTCACTTCACATCAAAACATCACTTCGGATT
+TGAAGCCGCAGCATGATACTGACATTTTGTAGACGTAGTCTGACTTTTCCTATACGTCTCCATTTATTGA
+TGAGGATCTTACTCCCTTAGTATAATTAATATAACTGACTTCCAATTAGTAGATTCTGAATAAACCCAGA
+AGAGAGTAATTAACCTGTACACTGTTATCTTCATTAATATTTTATTATCCCTAACGCTAATTCTAGTTGC
+ATTCTGACTCCCCCAAATAAATCTGTACTCAGAAAAAGCAAATCCATATGAATGCGGATTCGACCCTACA
+AGCTCTGCACGTCTACCATTCTCAATAAAATTTTTCTTGGTAGCAATTACATTTCTATTATTTGACCTAG
+AAATTGCTCTTCTACTTCCACTACCATGAGCAATTCAAACAATTAAAACCTCTACTATAATAATTATAGC
+CTTTATTCTAGTCACAATTCTATCTCTAGGCCTAGCATATGAATGAACACAAAAAGGATTAGAATGAACA
+GAGTAAATGGTAATTAGTTTAAAAAAAATTAATGATTTCGACTCATTAGATTATGATGATGTTCATAATT
+ACCAATATGCCATCTACCTTCTTCAACCTCACCATAGCCTTCTCACTATCACTTCTAGGGACACTTATAT
+TTCGCTCTCACCTAATATCCACATTACTATGCCTGGAAGGCATAGTATTATCCTTATTTATTATAACTTC
+AGTAACTTCCCTAAACTCCAACTCCATAAGCTCCATACCAATCCCCATCACCATCTTAGTTTTCGCAGCC
+TGCGAAGCAGCTGTAGGACTAGCCCTACTAGTAAAAGTTTCAAACACGTACGGAACAGATTACGTCCAAA
+ATCTCAACCTACTACAATGCTAAAAATTATTCTTCCCTCACTAATGCTACTACCACTAACCTGACTATCA
+AGCCCTAAAAAAACCTGAACAAACGTAACCTCATATAGTTTTCTAATTAGTTTAACCAGCCTAACACTTC
+TATGACAAACCGACGAAAATTATAAAAACTTTTCAAATATATTCTCCTCAGACCCCCTATCCACACCATT
+AATTATTTTAACAGCCTGATTACTGCCACTAATATTAATAGCTAGCCAAAACCACCTAAAAAAAGATAAT
+AACGTACTACAAAAACTCTACATCTCAATACTAATCAGCTTACAAATTCTCCTAATCATAACCTTTTCAG
+CAACTGAACTAATTATATTTTATATTTTATTTGAAGCAACCTTAATCCCAACACTTATTATTATTACCCG
+ATGAGGGAACCAAACTGAACGCCTAAACGCAGGGATTTATTTCCTATTTTATACCCTAATCGGTTCTATT
+CCACTGCTAATTGCCCTCATCTTAATCCAAAACCATGTAGGAACCCTAAACCTCATAATTTTATCATTCA
+CAACACACACCTTAGACGCTTCATGATCTAACAACTTACTATGGTTGGCATGCATAATAGCATTTCTTAT
+TAAAATACCATTATATGGAGTTCACCTATGACTACCAAAAGCCCATGTTGAAGCTCCAATTGCTGGGTCA
+ATAATTCTAGCAGCTATTCTTCTAAAATTAGGTAGTTACGGAATAATTCGCATCTCCATTATTCTAGACC
+CACTAACAAAATATATAGCATACCCCTTCATCCTTCTCTCCCTATGAGGAATAATTATAACTAGCTCAAT
+CTGCTTACGCCAAACAGATTTAAAATCACTAATCGCCTACTCCTCAGTTAGCCACATAGCACTTGTTATT
+GCATCAATCATAATCCAAACTCCATGAAGCTTCATAGGAGCAACAATACTAATAATCGCACATGGCCTCA
+CATCATCACTCCTATTCTGCCTAGCAAACTCCAACTACGAACGGATCCACAGCCGTACTATAATCATGGC
+CCGAGGACTTCAAATGGTCTTCCCACTTATAGCCACATGATGACTGATAGCAAGTCTAGCTAATCTAGCT
+CTACCCCCTTCAATCAATCTAATAGGAGAATTATTCATTACCATATCATTATTTTCTTGATCAAACTTTA
+CCATTATTCTTATAGGAATTAACATTATTATTACAGGTATATACTCAATATACATAATTATTACCACCCA
+ACGCGGCAAACTAACCAACCATATAATTAACCTCCAACCCTCACACACACGAGAACTAACACTAATAGCC
+CTTCACATAATTCCACTTATTCTTCTAACTACCAGTCCAAAACTAATTACAGGCCTGACAATATGTGAAT
+ATAGTTTACAAAAAACATTAGACTGTGAATCTGACAACAGGAAATAAACCTCCTTATTCACCAAGAAAGA
+TTGCAAGAACTGCTAATTCATGCTTCCATGTTTAAAAACATGGCTTTCTTACTTTTATAGGATAATAGTA
+ATCCATTGGTCTTAGGAACCAAAAACCTTGGTGCAAATCCAAATAAAAGTAATCAATATTTTCACAACCT
+CAATCTTATTAATCTTCATTCTTCTACTATCCCCAATCCTAATTTCAATATCAAACCTAATTAAACACAT
+CAACTTCCCACTGTACACCACCACATCAATCAAATTCTCCTTCATTATTAGCCTCTTACCCCTATTAATA
+TTTTTCCACAATAATATAGAATATATAATTACAACCTGGCACTGAGTCACCATAAATTCAATAGAACTTA
+AAATAAGCTTCAAAACTGACTTTTTCTCTATCCTGTTTACATCTGTAGCCCTTTTTGTCACATGATCAAT
+TATACAATTCTCTTCATGATATATACACTCAGACCCAAACATCAATCGATTCATTAAATATCTTACACTA
+TTCCTGATTACCATGCTTATCCTCACCTCAGCCAACAACATATTTCAACTTTTCATTGGCTGAGAAGGGG
+TGGGAATTATATCTTTCCTACTAATTGGATGATGGTACGGACGAACAGACGCAAATACTGCAGCCCTACA
+AGCAATCCTCTATAACCGCATCGGAGACATCGGATTCATTTTAGCTATAGTTTGATTTTCCCTAAACATA
+AACTCATGAGAACTTCAACAGATTATATTCTCCAACAACAACGACAATCTAATTCCACTTATAGGCCTAT
+TAATCGCAGCTACAGGAAAATCAGCACAATTTGGCCTCCACCCATGACTACCATCAGCAATAGAAGGCCC
+TACACCAGTTTCAGCACTACTACACTCAAGTACAATAGTAGTTGCAGGAATTTTCCTACTGGTCCGATTC
+CACCCCCTCACGACTAATAATAACTTTATTTTAACAACTATACTTTGCCTCGGAGCCCTAACCACATTAT
+TTACAGCTATTTGTGCTCTCACCCAAAACGACATCAAAAAAATCATTGCCTTCTCTACATCAAGCCAACT
+AGGCCTGATAATAGTGACGCTAGGAATAAACCAACCACACCTAGCATTCCTACACATCTGTACCCACGCA
+TTCTTCAAAGCTATACTCTTTATATGCTCTGGCTCAATCATTCATAGCCTGGCAGACGAACAAGACATCC
+GAAAAATAGGAAACATCACAAAAATCATACCATTCACATCATCATGCCTAGTAATCGGAAGCCTCGCCCT
+CACAGGAATACCATTCCTAACAGGGTTCTACTCAAAAGACCTAATTATTGAAGCAATTAATACCTGCAAC
+ACCAACGCCTGAGCCCTACTAATTACACTAATCGCCACTTCTATAACAGCTATGTACAGCATACGAATCA
+TTTACTTCGTAACAATAACAAAACCGCGTTTTCCCCCCCTAATCTCCATTAACGAAAATGACCCAGACCT
+CATAAACCCAATCAAACGCCTAGCATTCGGAAGCATCTTTGCAGGATTTGTCATCTCATATAATATTCCA
+CCAACCAGCATTCCAGTCCTCACAATACCATGATTTTTAAAAACCACAGCCCTAATTATTTCAGTATTAG
+GATTCCTAATCGCACTAGAACTAAACAACCTAACCATAAAACTATCAATAAATAAAGCAAATCCATATTC
+ATCCTTCTCAACTTTACTGGGGTTTTTCCCATCTATTATTCACCGCATTACACCCATAAAATCTCTCAAC
+CTAAGCCTAAAAACATCCCTAACTCTCCTAGACTTGATCTGGTTAGAAAAAACCATCCCAAAATCCACCT
+CAACTCTTCACACAAACATAACCACTTTAACAACCAACCAAAAAGGCTTAATTAAATTGTACTTTATATC
+ATTCCTAATTAACATCATCTTAATTATTATCTTATACTCAATTAATCTCGAGTAATCTCGATAATAATAA
+AAATACCCGCAAACAAAGATCACCCAGCTACTACCATCATTCAAGTAGCACAACTATATATTGCCGCTAC
+CCCAATCCCTCCTTCCAACATAACTCCAACATCATCAACCTCATACATCAACCAATCTCCCAAACCATCA
+AGATTAATTACTCCAACTTCATCATAATAATTAAGCACACAAATTAAAAAAACCTCTATAATCACCCCCA
+ATACTAAAAAACCCAAAATTAATCAGTTAGATCCCCAAGTCTCTGGATATTCCTCAGTAGCTATAGCAGT
+CGTATATCCAAACACAACCAACATCCCCCCTAAATAAATTAAAAAAACTATTAAACCTAAAAACGATCCA
+CCAAACCCTAAAACCATTAAACAACCAACAAACCCACTAACAATTAAACCTAAACCTCCATAAATAGGTG
+AAGGCTTTAATGCTAACCCAAGACAACCAACCAAAAATAATGAACTTAAAACAAAAATATAATTATTCAT
+TATTTCTACACAGCATTCAACTGCGACCAATGACATGAAAAATCATCGTTGTAATTCAACTACAGAAACA
+CCTAATGACAAACATACGAAAAACACACCCATTATTTAAAATTATTAACCACTCATTCATTGACCTACCT
+GCCCCATCCAACATTTCATCATGATGAAACTTTGGGTCCCTTCTAGGAGTCTGCCTAATAGTCCAAATCA
+TTACAGGTCTTTTCTTAGCCATACACTACACATCAGATACAATAACAGCCTTTTCATCAGTAACACACAT
+TTGTCGAGACGTAAATTACGGGTGACTAATCCGATATATACACGCAAACGGAGCCTCAATATTTTTTATT
+TGCTTATTCCTTCATGTCGGACGAGGCTTATATTATGGATCATATACATTTATAGAAACCTGAAACATTG
+GAGTACTTCTACTGTTCGCAGTCATAGCCACAGCATTTATAGGCTACGTCCTTCCATGAGGACAAATATC
+ATTCTGAGGTGCCACAGTTATTACAAACCTCCTATCAGCCATCCCATATATTGGAACAACCCTAGTCGAA
+TGAATTTGAGGGGGCTTCTCAGTAGACAAAGCCACCTTGACCCGATTCTTCGCTTTCCACTTCATCTTAC
+CATTTATTATCGCGGCCCTAGCAATCGTTCACCTCCTCTTCCTCCACGAAACAGGATCAAACAACCCAAC
+AGGATTAAACTCAGATGCAGATAAAATTCCATTTCACCCCTACTATACAATCAAAGATATCCTAGGTATC
+CTAATCATATTCTTAATTCTCATAACCCTAGTATTATTTTTCCCAGACATACTAGGAGACCCAGACAACT
+ACATACCAGCTAATCCACTAAACACCCCACCCCATATTAAACCCGAATGATATTTCCTATTTGCATACGC
+CATTCTACGCTCAATCCCCAATAAACTAGGAGGTGTCCTAGCCTTAATCTTATCTATCCTAATTTTAGCC
+CTAATACCTTTCCTTCATACCTCAAAGCAACGAAGCCTAATATTCCGCCCAATCACACAAATTTTGTACT
+GAATCCTAGTAGCCAACCTACTTATCTTAACCTGAATTGGGGGCCAACCAGTAGAACACCCATTTATTAT
+CATTGGCCAACTAGCCTCCATCTCATACTTCTCAATCATCTTAATTCTTATACCAATCTCAGGAATTATC
+GAAGACAAAATACTAAAATTATATCCATGTCTTGATAGTATAAACATTACTCTGGTCTTGTAAACCTGAA
+ATGAAGATCTTCTCTTCTCAAGACATCAAGAAGAAGGAGCTACTCCCCACCACCAGCACCCAAAGCTGGT
+ATTCTAATTAAACTACTTCTTGAGTACATAAATTTACATAGTACAACAGTACATTTATGTATATCGTACA
+TTAAACTATTTTCCCCAAGCATATAAGCTAGTACATTAAATCAATGGTTCAGGTCATAAAATAATCATCA
+ACATAAATCAATATATATACCATGAATATTATCTTAAACACATTAAACTAATGTTATAAGGACATATCTG
+TGTTATCTGACATACACCATACAGTCATAAACTCTTCTCTTCCATATGACTATCCCCTTCCCCATTTGGT
+CTATTAATCTACCATCCTCCGTGAAACCAACAACCCGCCCACCAATGCCCCTCTTCTCGCTCCGGGCCCA
+TTAAACTTGGGGGTAGCTAAACTGAAACTTTATCAGACATCTGGTTCTTACTTCAGGGCCATCAAATGCG
+TTATCGCCCATACGTTCCCCTTAAATAAGACATCTCGATGGTATCGGGTCTAATCAGCCCATGACCAACA
+TAACTGTGGTGTCATGCATTTGGTATCTTTTTATTTTGGCCTACTTTCATCAACATAGCCGTCAAGGCAT
+GAAAGGACAGCACACAGTCTAGACGCACCTACGGTGAAGAATCATTAGTCCGCAAAACCCAATCACCTAA
+GGCTAATTATTCATGCTTGTTAGACATAAATGCTACTCAATACCAAATTTTAACTCTCCAAACCCCCCAC
+CCCCTCCTCTTAATGCCAAACCCCAAAAACACTAAGAACTTGAAAGACATATAATATTAACTATCAAACC
+CTATGTCCTGATCAATTCTAGTAGTTCCCAAAATATGACTTATATTTTAGTACTTGTAAAAATTTTACAA
+AATCATGTTCCGTGAACCAAAACTCTAATCATACTCTATTACGCAATAAACATTAACAA
+