Input file(s): | '.($data->{filename1} ? &convertIntToString($data->{filename1}) : '-').($data->{filename2} ? ' and '.&convertIntToString($data->{filename2}) : '').' |
Input format(s): | '.($data->{format1} ? uc($data->{format1}) : '-').($data->{format2} ? ' and '.uc($data->{format2}) : '').' |
# Sequences (file 1): | '.&addCommas($data->{numseqs}||'-').' |
Total bases (file 1): | '.&addCommas($data->{numbases}||'-').' |
# Sequences (file 2): | '.&addCommas($data->{numseqs2}||'-').' |
Total bases (file 2): | '.&addCommas($data->{numbases2}||'-').' |
# Pairs: | '.&addCommas($data->{pairs}||'-').($data->{pairs} ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*(2*$data->{pairs})/(($data->{numseqs}||0)+($data->{numseqs2}||0)))).'% of sequences)' : '').' |
# Singletons (file 1): | '.&addCommas($singletons1).($singletons1 ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*$singletons1/$data->{numseqs})).'%)' : '').' |
# Singletons (file 2): | '.&addCommas($singletons2).($singletons2 ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*$singletons2/$data->{numseqs2})).'%)' : '').' |
# Sequences: | '.&addCommas($data->{numseqs}||'-').' |
Total bases: | '.&addCommas($data->{numbases}||'-').' |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats2}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats2}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{min} ? $data->{stats}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{max} ? $data->{stats}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{range} ? $data->{stats}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mode} ? $data->{stats}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{min} ? $data->{stats2}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{max} ? $data->{stats2}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{range} ? $data->{stats2}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{mode} ? $data->{stats2}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats2}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{min} ? $data->{stats}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{max} ? $data->{stats}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{range} ? $data->{stats}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mode} ? $data->{stats}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Sequences with N: | '.($nscount ? &addCommas($nscount).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$nscount).' %)' : 0).' |
Max percentage of Ns per sequence: | '.(exists $data->{stats}->{ns}->{max} ? $data->{stats}->{ns}->{max} : 0).' % |
Sequences with N: | '.($nscount ? &addCommas($nscount).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$nscount).' %)' : 0).' |
Max percentage of Ns per sequence: | '.(exists $data->{stats2}->{ns}->{max} ? $data->{stats2}->{ns}->{max} : 0).' % |
5\'-end | 3\'-end | |
Sequences with tail: | '.($tail5count ? &addCommas($tail5count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$tail5count).' %)' : 0).' | '.($tail3count ? &addCommas($tail3count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$tail3count).' %)' : 0).' |
Maximum tail length: | '.(exists $data->{stats}->{tail5}->{max} ? $data->{stats}->{tail5}->{max} : 0).' | '.(exists $data->{stats}->{tail3}->{max} ? $data->{stats}->{tail3}->{max} : 0).' |
5\'-end | 3\'-end | |
Sequences with tail: | '.($tail5count ? &addCommas($tail5count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$tail5count).' %)' : 0).' | '.($tail3count ? &addCommas($tail3count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$tail3count).' %)' : 0).' |
Maximum tail length: | '.(exists $data->{stats2}->{tail5}->{max} ? $data->{stats2}->{tail5}->{max} : 0).' | '.(exists $data->{stats2}->{tail3}->{max} ? $data->{stats2}->{tail3}->{max} : 0).' |
5\'-end | 3\'-end | |
Probability of tag sequence: | '.(exists $data->{tagprob}->{5} ? $data->{tagprob}->{5}.' %' : '-').' | '.(exists $data->{tagprob}->{3} ? $data->{tagprob}->{3}.' %' : '-').' |
GSMIDs or RLMIDs: | '.(exists $data->{tagmidnum} ? ($data->{tagmidnum} == 0 ? 'none' : ($tagmidseq ? $tagmidseq : $data->{tagmidnum})) : '-').' |
'.&insert_image($FREQCHART_L,undef,undef,1).' | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs}->{5}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs}->{5}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs}->{5}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + #' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '... | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs}->{3}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs}->{3}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs}->{3}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
'; + foreach my $num (1,0,0,0,5,0,0,0,0,10,0,0,0,0,15,0,0,0,0,20,0,20,0,0,0,0,15,0,0,0,0,10,0,0,0,0,5,0,0,0,1) { + $html .= ' | '.($num ? $num : '').' | '; + } + $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position from Sequence Ends |
5\'-end | 3\'-end | |
Probability of tag sequence: | '.(exists $data->{tagprob2}->{5} ? $data->{tagprob2}->{5}.' %' : '-').' | '.(exists $data->{tagprob2}->{3} ? $data->{tagprob2}->{3}.' %' : '-').' |
'.&insert_image($FREQCHART_L,undef,undef,1).' | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs2}->{5}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs2}->{5}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs2}->{5}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + #' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '... | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs2}->{3}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs2}->{3}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs2}->{3}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
'; + foreach my $num (1,0,0,0,5,0,0,0,0,10,0,0,0,0,15,0,0,0,0,20,0,20,0,0,0,0,15,0,0,0,0,10,0,0,0,0,5,0,0,0,1) { + $html .= ' | '.($num ? $num : '').' | '; + } + $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position from Sequence Ends |
# Sequences | Max duplicates | |
Exact duplicates: | '.(exists $dubs{0}->{count} ? &addCommas($dubs{0}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{0}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{0}->{max}||0).' |
Exact duplicates with reverse complements: | '.(exists $dubs{3}->{count} ? &addCommas($dubs{3}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{3}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{3}->{max}||0).' |
5\' duplicates | '.(exists $dubs{1}->{count} ? &addCommas($dubs{1}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{1}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{1}->{max}||0).' |
3\' duplicates | '.(exists $dubs{2}->{count} ? &addCommas($dubs{2}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{2}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{2}->{max}||0).' |
5\'/3\' duplicates with reverse complements | '.(exists $dubs{4}->{count} ? &addCommas($dubs{4}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{4}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{4}->{max}||0).' |
Total: | '.(exists $dubs{all} ? &addCommas($dubs{all}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{all}).' %)' : 0).' | - |
Value | Sequence | |
Minimum DUST score: | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{minval} ? $data->{complvals}->{dust}->{minval} : '-').' | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{minseq} ? $data->{complvals}->{dust}->{minseq} : '').' |
Maximum DUST score: | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{maxval} ? $data->{complvals}->{dust}->{maxval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{maxseq} ? $data->{complvals}->{dust}->{maxseq} : '').' |
Minimum Entropy value: | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{minval} ? $data->{complvals}->{entropy}->{minval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{minseq} ? $data->{complvals}->{entropy}->{minseq} : '').' |
Maximum Entropy value: | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{maxval} ? $data->{complvals}->{entropy}->{maxval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{maxseq} ? $data->{complvals}->{entropy}->{maxseq} : '').' |
'; + foreach my $d (map {join("/",(m/../g ))} sort keys %{$data->{dinucodds}}) { + $html .= ' | '.$d.' | '; + } + $html .= '
Odds ratio | '; + foreach my $d (map {sprintf("%.4f",$data->{dinucodds}->{$_})} sort keys %{$data->{dinucodds}}) { + $html .= ''.$d.' | '; + } + $html .= '
Input file(s): | '.($data->{filename1} ? &convertIntToString($data->{filename1}) : '-').($data->{filename2} ? ' and '.&convertIntToString($data->{filename2}) : '').' |
Input format(s): | '.($data->{format1} ? uc($data->{format1}) : '-').($data->{format2} ? ' and '.uc($data->{format2}) : '').' |
# Sequences (file 1): | '.&addCommas($data->{numseqs}||'-').' |
Total bases (file 1): | '.&addCommas($data->{numbases}||'-').' |
# Sequences (file 2): | '.&addCommas($data->{numseqs2}||'-').' |
Total bases (file 2): | '.&addCommas($data->{numbases2}||'-').' |
# Pairs: | '.&addCommas($data->{pairs}||'-').($data->{pairs} ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*(2*$data->{pairs})/(($data->{numseqs}||0)+($data->{numseqs2}||0)))).'% of sequences)' : '').' |
# Singletons (file 1): | '.&addCommas($singletons1).($singletons1 ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*$singletons1/$data->{numseqs})).'%)' : '').' |
# Singletons (file 2): | '.&addCommas($singletons2).($singletons2 ? ' ('.sprintf("%.2f",(100*$singletons2/$data->{numseqs2})).'%)' : '').' |
# Sequences: | '.&addCommas($data->{numseqs}||'-').' |
Total bases: | '.&addCommas($data->{numbases}||'-').' |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats2}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats2}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats2}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats2}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean sequence length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{length}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{length}->{std}) : '-').' bp |
Minimum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{min} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{min}) : '-').' bp |
Maximum length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{max} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{max}) : '-').' bp |
Length range: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{range} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{range}) : '-').' bp |
Mode length: | '.(exists $data->{stats}->{length}->{mode} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{mode}) : '-').' bp with '.(exists $data->{stats}->{length}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{length}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{min} ? $data->{stats}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{max} ? $data->{stats}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{range} ? $data->{stats}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mode} ? $data->{stats}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats2}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{min} ? $data->{stats2}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{max} ? $data->{stats2}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{range} ? $data->{stats2}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{mode} ? $data->{stats2}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats2}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats2}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Mean GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mean} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{mean}) : '-').' ± '.(exists $data->{stats}->{gc}->{std} ? sprintf("%.2f",$data->{stats}->{gc}->{std}) : '-').' % |
Minimum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{min} ? $data->{stats}->{gc}->{min} : '-').' % |
Maximum GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{max} ? $data->{stats}->{gc}->{max} : '-').' % |
GC content range: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{range} ? $data->{stats}->{gc}->{range} : '-').' % |
Mode GC content: | '.(exists $data->{stats}->{gc}->{mode} ? $data->{stats}->{gc}->{mode} : '-').' % with '.(exists $data->{stats}->{gc}->{modeval} ? &addCommas($data->{stats}->{gc}->{modeval}) : '-').' sequences |
Sequences with N: | '.($nscount ? &addCommas($nscount).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$nscount).' %)' : 0).' |
Max percentage of Ns per sequence: | '.(exists $data->{stats}->{ns}->{max} ? $data->{stats}->{ns}->{max} : 0).' % |
Sequences with N: | '.($nscount ? &addCommas($nscount).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$nscount).' %)' : 0).' |
Max percentage of Ns per sequence: | '.(exists $data->{stats2}->{ns}->{max} ? $data->{stats2}->{ns}->{max} : 0).' % |
5\'-end | 3\'-end | |
Sequences with tail: | '.($tail5count ? &addCommas($tail5count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$tail5count).' %)' : 0).' | '.($tail3count ? &addCommas($tail3count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$tail3count).' %)' : 0).' |
Maximum tail length: | '.(exists $data->{stats}->{tail5}->{max} ? $data->{stats}->{tail5}->{max} : 0).' | '.(exists $data->{stats}->{tail3}->{max} ? $data->{stats}->{tail3}->{max} : 0).' |
5\'-end | 3\'-end | |
Sequences with tail: | '.($tail5count ? &addCommas($tail5count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$tail5count).' %)' : 0).' | '.($tail3count ? &addCommas($tail3count).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs2}*$tail3count).' %)' : 0).' |
Maximum tail length: | '.(exists $data->{stats2}->{tail5}->{max} ? $data->{stats2}->{tail5}->{max} : 0).' | '.(exists $data->{stats2}->{tail3}->{max} ? $data->{stats2}->{tail3}->{max} : 0).' |
5\'-end | 3\'-end | |
Probability of tag sequence: | '.(exists $data->{tagprob}->{5} ? $data->{tagprob}->{5}.' %' : '-').' | '.(exists $data->{tagprob}->{3} ? $data->{tagprob}->{3}.' %' : '-').' |
GSMIDs or RLMIDs: | '.(exists $data->{tagmidnum} ? ($data->{tagmidnum} == 0 ? 'none' : ($tagmidseq ? $tagmidseq : $data->{tagmidnum})) : '-').' |
'.&insert_image($FREQCHART_L,undef,undef,1).' | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs}->{5}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs}->{5}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs}->{5}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + #' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '... | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs}->{3}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs}->{3}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs}->{3}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
'; + foreach my $num (1,0,0,0,5,0,0,0,0,10,0,0,0,0,15,0,0,0,0,20,0,20,0,0,0,0,15,0,0,0,0,10,0,0,0,0,5,0,0,0,1) { + $html .= ' | '.($num ? $num : '').' | '; + } + $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position from Sequence Ends |
5\'-end | 3\'-end | |
Probability of tag sequence: | '.(exists $data->{tagprob2}->{5} ? $data->{tagprob2}->{5}.' %' : '-').' | '.(exists $data->{tagprob2}->{3} ? $data->{tagprob2}->{3}.' %' : '-').' |
'.&insert_image($FREQCHART_L,undef,undef,1).' | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs2}->{5}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs2}->{5}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs2}->{5}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + #' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '... | '; + foreach my $pos (sort {$a <=> $b} keys %{$data->{freqs2}->{3}}) { + $html .= '';
+ foreach my $base (qw(A C G T N)) {
+ if($data->{freqs2}->{3}->{$pos}->{$base}) {
+ $html .= &insert_image($BASE64_BASES->{$base},$data->{freqs2}->{3}->{$pos}->{$base},14,1).' '; + } + } + $html .= &insert_image($MMCHART_B2,6,16,1).' | ';
+ }
+ $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
'; + foreach my $num (1,0,0,0,5,0,0,0,0,10,0,0,0,0,15,0,0,0,0,20,0,20,0,0,0,0,15,0,0,0,0,10,0,0,0,0,5,0,0,0,1) { + $html .= ' | '.($num ? $num : '').' | '; + } + $html .= '||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Position from Sequence Ends |
# Sequences | Max duplicates | |
Exact duplicates: | '.(exists $dubs{0}->{count} ? &addCommas($dubs{0}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{0}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{0}->{max}||0).' |
Exact duplicates with reverse complements: | '.(exists $dubs{3}->{count} ? &addCommas($dubs{3}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{3}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{3}->{max}||0).' |
5\' duplicates | '.(exists $dubs{1}->{count} ? &addCommas($dubs{1}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{1}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{1}->{max}||0).' |
3\' duplicates | '.(exists $dubs{2}->{count} ? &addCommas($dubs{2}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{2}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{2}->{max}||0).' |
5\'/3\' duplicates with reverse complements | '.(exists $dubs{4}->{count} ? &addCommas($dubs{4}->{count}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{4}->{count}).' %)' : 0).' | '.($dubs{4}->{max}||0).' |
Total: | '.(exists $dubs{all} ? &addCommas($dubs{all}).' ('.sprintf("%.2f",100/$data->{numseqs}*$dubs{all}).' %)' : 0).' | - |
Value | Sequence | |
Minimum DUST score: | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{minval} ? $data->{complvals}->{dust}->{minval} : '-').' | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{minseq} ? $data->{complvals}->{dust}->{minseq} : '').' |
Maximum DUST score: | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{maxval} ? $data->{complvals}->{dust}->{maxval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{dust}->{maxseq} ? $data->{complvals}->{dust}->{maxseq} : '').' |
Minimum Entropy value: | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{minval} ? $data->{complvals}->{entropy}->{minval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{minseq} ? $data->{complvals}->{entropy}->{minseq} : '').' |
Maximum Entropy value: | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{maxval} ? $data->{complvals}->{entropy}->{maxval} : '').' | '.(exists $data->{complvals}->{entropy}->{maxseq} ? $data->{complvals}->{entropy}->{maxseq} : '').' |
'; + foreach my $d (map {join("/",(m/../g ))} sort keys %{$data->{dinucodds}}) { + $html .= ' | '.$d.' | '; + } + $html .= '
Odds ratio | '; + foreach my $d (map {sprintf("%.4f",$data->{dinucodds}->{$_})} sort keys %{$data->{dinucodds}}) { + $html .= ''.$d.' | '; + } + $html .= '
Input file(s): | example1.fastq |
Input format(s): | FASTQ |
# Sequences: | 12 |
Total bases: | 1,150 |
Mean sequence length: | 95.83 ± 37.96 bp |
Minimum length: | 50 bp |
Maximum length: | 200 bp |
Length range: | 151 bp |
Mode length: | 100 bp with 8 sequences |
Mean GC content: | 48.17 ± 14.83 % |
Minimum GC content: | 0 % |
Maximum GC content: | 57 % |
GC content range: | 58 % |
Mode GC content: | 50 % with 5 sequences |
Sequences with N: | 2 (16.67 %) |
Max percentage of Ns per sequence: | 10 % |
5'-end | 3'-end | |
Sequences with tail: | 1 (8.33 %) | 1 (8.33 %) |
Maximum tail length: | 50 | 50 |
5'-end | 3'-end | |
Probability of tag sequence: | 33 % | 33 % |
GSMIDs or RLMIDs: | none |
+ |
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+ + + + + |
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+ + + + + + |
+ + + + + + |
1 | 5 | 10 | 15 | 20 | 20 | 15 | 10 | 5 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Position from Sequence Ends |
# Sequences | Max duplicates | |
Exact duplicates: | 4 (33.33 %) | 3 |
Exact duplicates with reverse complements: | 0 | 0 |
5' duplicates | 0 | 0 |
3' duplicates | 0 | 0 |
5'/3' duplicates with reverse complements | 0 | 0 |
Total: | 4 (33.33 %) | - |
Value | Sequence | |
Minimum DUST score: | 2 | NNNNNNNNNNTACACCAGAGGTGTCTCTGTGTGGGGCCTGTGTGCCAAAAGTGAGAGTTG AGAAGAGGCGTGGAGGAGATGACACACCCCGTGTGTTCTC |
Maximum DUST score: | 100 | AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA |
Minimum Entropy value: | 0 | AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA |
Maximum Entropy value: | 81 | NNNNNNNNNNTACACCAGAGGTGTCTCTGTGTGGGGCCTGTGTGCCAAAAGTGAGAGTTG AGAAGAGGCGTGGAGGAGATGACACACCCCGTGTGTTCTC |
AA/TT | AC/GT | AG/CT | AT | CA/TG | CC/GG | CG | GA/TC | GC | TA | |
Odds ratio | 0.3954 | 2.4378 | 0.4858 | 0.3623 | 1.0736 | 0.3006 | 1.9166 | 0.4338 | 0.5829 | 1.8332 |