|
0
|
1 <?xml version="1.0"?>
|
|
|
2 <datatypes>
|
|
|
3 <datatype_files>
|
|
|
4 <datatype_file name="molecules.py"/>
|
|
|
5 </datatype_files>
|
|
|
6 <registration>
|
|
|
7 <!--Cheminformatics Datatypes -->
|
|
|
8 <datatype extension="mol" type="galaxy.datatypes.molecules:MOL" display_in_upload="True">
|
|
|
9 <converter file="mol_to_inchi_converter.xml" target_datatype="inchi"/>
|
|
|
10 <converter file="mol_to_mol2_converter.xml" target_datatype="mol2"/>
|
|
|
11 <converter file="mol_to_smi_converter.xml" target_datatype="smi"/>
|
|
|
12 </datatype>
|
|
|
13 <datatype extension="mol2" type="galaxy.datatypes.molecules:MOL2" display_in_upload="False">
|
|
|
14 <converter file="mol2_to_inchi_converter.xml" target_datatype="inchi"/>
|
|
|
15 <converter file="mol2_to_mol_converter.xml" target_datatype="mol"/>
|
|
|
16 <converter file="mol2_to_smi_converter.xml" target_datatype="smi"/>
|
|
|
17 <converter file="mol2_to_sdf_converter.xml" target_datatype="sdf"/>
|
|
|
18 </datatype>
|
|
|
19 <datatype extension="inchi" type="galaxy.datatypes.molecules:InChI" display_in_upload="True">
|
|
|
20 <converter file="inchi_to_mol_converter.xml" target_datatype="mol"/>
|
|
|
21 <converter file="inchi_to_mol2_converter.xml" target_datatype="mol2"/>
|
|
|
22 <converter file="inchi_to_smi_converter.xml" target_datatype="smi"/>
|
|
|
23 <converter file="inchi_to_sdf_converter.xml" target_datatype="sdf"/>
|
|
|
24 </datatype>
|
|
|
25 <datatype extension="smi" type="galaxy.datatypes.molecules:SMILES" display_in_upload="True">
|
|
|
26 <converter file="smi_to_mol_converter.xml" target_datatype="mol"/>
|
|
|
27 <converter file="smi_to_mol2_converter.xml" target_datatype="mol2"/>
|
|
|
28 <converter file="smi_to_inchi_converter.xml" target_datatype="inchi"/>
|
|
|
29 <converter file="smi_to_sdf_converter.xml" target_datatype="sdf"/>
|
|
|
30 <converter file="smi_to_smi_converter.xml" target_datatype="smi"/>
|
|
|
31 </datatype>
|
|
|
32 <datatype extension="sdf" type="galaxy.datatypes.molecules:SDF" display_in_upload="True">
|
|
|
33 <converter file="sdf_to_inchi_converter.xml" target_datatype="inchi"/>
|
|
|
34 <converter file="sdf_to_smi_converter.xml" target_datatype="smi"/>
|
|
|
35 <converter file="sdf_to_mol2_converter.xml" target_datatype="mol2"/>
|
|
|
36 </datatype>
|
|
|
37 <datatype extension="fps" type="galaxy.datatypes.molecules:FPS" mimetype="text/html" display_in_upload="True" />
|
|
|
38 <datatype extension="obfs" type="galaxy.datatypes.molecules:OBFS" mimetype="text/html" display_in_upload="False" />
|
|
|
39 <datatype extension="phar" type="galaxy.datatypes.molecules:PHAR" display_in_upload="False" />
|
|
|
40 <datatype extension="pdb" type="galaxy.datatypes.molecules:PDB" display_in_upload="True" />
|
|
|
41 </registration>
|
|
|
42 <sniffers>
|
|
|
43 <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:SDF"/>
|
|
|
44 <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:PDB"/>
|
|
|
45 <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:MOL2"/>
|
|
|
46 <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:InChI"/>
|
|
|
47 <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:FPS"/>
|
|
|
48 <!-- TODO: see molecules.py <sniffer type="galaxy.datatypes.molecules:SMILES"/>-->
|
|
|
49 </sniffers>
|
|
|
50 </datatypes>
|
