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[up]
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drwxr-xr-x | 
  find_TADs/
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drwxr-xr-x | 
  Li_chrX30-35_cool.png
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34954 | 
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  Li_et_al_2015.cool
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  Li_et_al_2015.h5
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14215139 | 
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  bedgraph_chrx_2e6_5e6.bg
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  bigwig_chrx_2e6_5e6.bw
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109391 | 
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  compare_matrices_log2ratio.h5
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105480 | 
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  compare_matrices_pearson_ratio.cool
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  covariance_small_50kb.cool
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  covariance_small_50kb.h5
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8812778 | 
-rw-r--r-- | 
  diagnostic_plot.png
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12249 | 
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  distVsCounts.txt
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3988 | 
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  dm3_genes.bed.gz
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-rw-r--r-- | 
  dm3_genes.bed6.gz
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-rw-r--r-- | 
  domains.bed
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33733 | 
-rw-r--r-- | 
  hicAggregateContacts_results1.png
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14354 | 
-rw-r--r-- | 
  hicCorrectMatrix_result1.npz.h5
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51969 | 
-rw-r--r-- | 
  hicCorrelate_heatmap_result1.png
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17235 | 
-rw-r--r-- | 
  hicCorrelate_scatter_result1.png
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5168 | 
-rw-r--r-- | 
  hicFindTADs_TAD_score.tabular
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821275 | 
-rw-r--r-- | 
  hicFindTADs_find_score.bedgraph
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815904 | 
-rw-r--r-- | 
  hicMergeMatrixBins_result1.npz.h5
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115489 | 
-rw-r--r-- | 
  hicPlotDistVsCounts_result1.png
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26097 | 
-rw-r--r-- | 
  hicPlotDistVsCounts_result2.png
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246884 | 
-rw-r--r-- | 
  hicPlotTADs_result1.svg
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517449 | 
-rw-r--r-- | 
  hicSumMatrices_result1.npz.h5
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51968 | 
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  li_32-33mb_interactions.bedgraph
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  li_32mb_interactions.bedgraph
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11446 | 
-rw-r--r-- | 
  li_viewpoint_32-33Mb.png
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126913 | 
-rw-r--r-- | 
  li_viewpoint_32Mb.png
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104683 | 
-rw-r--r-- | 
  master_TADs_plot.png
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275963 | 
-rw-r--r-- | 
  master_matrix_plot.png
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139656 | 
-rw-r--r-- | 
  obs_exp_small_50kb.cool
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155027 | 
-rw-r--r-- | 
  obs_exp_small_50kb.h5
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-rw-r--r-- | 
  pca1.bedgraph
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  pca1.bw
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  pca2.bedgraph
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104642 | 
-rw-r--r-- | 
  pca2.bw
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27934 | 
-rw-r--r-- | 
  pearson_small_50kb.cool
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4821667 | 
-rw-r--r-- | 
  pearson_small_50kb.h5
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8494947 | 
-rw-r--r-- | 
  pearson_small_50kb_transform.cool
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9789836 | 
-rw-r--r-- | 
  raw_qc_report
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786 | 
-rw-r--r-- | 
  small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.png
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750752 | 
-rw-r--r-- | 
  small_matrix_50kb_pearson_pca1_plot.svg
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-rw-r--r-- | 
  small_test_R1_unsorted.bam
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6135374 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_R1_unsorted.sam
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-rw-r--r-- | 
  small_test_R2_unsorted.bam
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6139816 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_R2_unsorted.sam
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202880 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_matrix.h5
 | 
275687 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_matrix_2.h5
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132228 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_matrix_50kb_res.h5
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125850 | 
-rw-r--r-- | 
  small_test_matrix_result_sorted.bam
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28556 | 
-rw-r--r-- | 
  tad_classification.bed
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164265 | 
-rw-r--r-- | 
  tad_score.gz
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1309246 | 
-rw-r--r-- | 
  test_regions.bed
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2558 | 
-rw-r--r-- |