# HG changeset patch # User artbio # Date 1570661274 14400 # Node ID ab910a0adc693da7ab400d210a38e2148e87ddef "planemo upload for repository https://github.com/ARTbio/tools-artbio/tree/master/tools/cherry_pick_fasta commit f527add7e7bace30b8bc67524ff1da1bf920ec29" diff -r 000000000000 -r ab910a0adc69 cherry_pick_fasta.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cherry_pick_fasta.py Wed Oct 09 18:47:54 2019 -0400 @@ -0,0 +1,91 @@ +#!/usr/bin/env python +# -*- coding: utf-8 -*- +""" +Chery pick of fasta sequences satisfying a query string in their header/name +""" + +import argparse + + +def Parser(): + the_parser = argparse.ArgumentParser( + description="Cherry pick fasta sequences") + the_parser.add_argument('--input', action="store", type=str, + help="input fasta file") + the_parser.add_argument('--searchfor', action="store", type=str, + help="with, without, or withlist, withoutlist") + the_parser.add_argument('--query-string', dest="query_string", + action="store", type=str, + help="headers containing the string will be \ + extracted or excluded as well as the \ + corresponding sequence") + the_parser.add_argument('--query-file', dest="query_file", + action="store", type=str, + help="headers containing any of the strings provided in the \ + text file (1 string per line) will be \ + extracted or excluded as well as the \ + corresponding sequence") + + the_parser.add_argument( + '--output', action="store", type=str, help="output fasta file") + args = the_parser.parse_args() + return args + + +def parse_fasta_with(query, FastaListe): + if not isinstance(query, list): + query = [query] + accumulator = [] + for sequence in FastaListe: + for string in query: + if string in sequence: + accumulator.append(sequence) + continue + return accumulator + + +def complement_fasta(fullfasta, subfasta): + return list(set(fullfasta) - set(subfasta)) + + +def getquerylist(file): + querylist = [] + for line in open(file, 'r'): + querylist.append(line.rstrip()) + return querylist + + +def __main__(): + """ main function """ + args = Parser() + searchterm = args.query_string + CrudeFasta = open(args.input, "r").read() + Output = open(args.output, "w") + FastaListe = CrudeFasta.split(">")[1:] + if args.query_string: + if args.searchfor == 'with': + contList = parse_fasta_with(searchterm, FastaListe) + contFasta = ">%s" % ">".join(contList) + Output.write(contFasta) + elif args.searchfor == 'without': + notcontList = complement_fasta(FastaListe, + parse_fasta_with(searchterm, + FastaListe)) + notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList) + Output.write(notcontFasta) + if args.query_file: + searchlist = getquerylist(args.query_file) + if args.searchfor == 'with': + contList = parse_fasta_with(searchlist, FastaListe) + contFasta = ">%s" % ">".join(contList) + Output.write(contFasta) + elif args.searchfor == 'without': + notcontList = complement_fasta(FastaListe, parse_fasta_with( + searchlist, FastaListe)) + notcontFasta = ">%s" % ">".join(notcontList) + Output.write(notcontFasta) + Output.close() + + +if __name__ == "__main__": + __main__() diff -r 000000000000 -r ab910a0adc69 cherry_pick_fasta.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cherry_pick_fasta.xml Wed Oct 09 18:47:54 2019 -0400 @@ -0,0 +1,95 @@ + + with header satisfying a string query + cherry_pick_fasta.py + --input $input + --searchfor '$search.searchfor' + #if $search.options_selector == 'single': + --query-string '$search.query' + #else: + --query-file '$search.query' + #end if + --output $output + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +**What it does** + +This tool retrieves nucleotide/peptide sequences from a fasta file whose headers match +or do not match a given string. + +It is Copyright © 2019 `CNRS and Sorbonne-Université`_ and is released under the `MIT license`_. + +.. _CNRS and Sorbonne-Université: http://www.sorbonne-universite.fr/en +.. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT + + + diff -r 000000000000 -r ab910a0adc69 test-data/input.fa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input.fa Wed Oct 09 18:47:54 2019 -0400 @@ -0,0 +1,5905 @@ +>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122 +TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC +TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA +TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG +CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG +CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG +TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT +GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT +TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC 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