# HG changeset patch
# User anton
# Date 1403625282 14400
# Node ID 1e25a4297ed0d399e86e9c9b283c55891c9b0d6a
# Parent  932378b3f1d9cfc519bd6ab28ffcb6644855cd46
Making tests significantly smaller and changing name of the tool from "leftalign" to "bamleftalign"

diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 bamleftalign.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bamleftalign.xml	Tue Jun 24 11:54:42 2014 -0400
@@ -0,0 +1,75 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="bamleftalign" name="BamLeftAlign" version="0.0.2">
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="freebayes-0.9.14_8a407cf5f4">freebayes</requirement>
+    <requirement type="package" version="0.1.18">samtools</requirement>
+  </requirements>
+  <description> indels in BAM datasets</description>
+  <command>
+    ##set up input files
+    #set $reference_fasta_filename = "localref.fa"
+    #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history":
+        ln -s "${reference_source.ref_file}" "${reference_fasta_filename}" &amp;&amp;
+        samtools faidx "${reference_fasta_filename}" 2&gt;&amp;1 || echo "Error running samtools faidx for leftalign" &gt;&amp;2 &amp;&amp;
+    #else:
+        #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path )
+    #end if
+
+    ##finished setting up inputs
+    
+    ##start leftalign commandline
+    samtools view -bh "${input_bam}" | bamleftalign
+    --fasta-reference "${reference_fasta_filename}"
+    -c
+    --max-iterations "${iterations}"
+    ##outputs
+    > "${output_bam}"
+  </command>
+  <inputs>
+    <conditional name="reference_source">
+      <param name="reference_source_selector" type="select" label="Choose the source for the reference list">
+        <option value="cached">Locally cached</option>
+        <option value="history">History</option>
+      </param>
+      <when value="cached">
+            <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="Select BAM dataset to leftalign">
+              <validator type="unspecified_build" />
+              <validator type="dataset_metadata_in_data_table" table_name="sam_fa_indexes" metadata_name="dbkey" metadata_column="1" message="Sequences are not currently available for the specified build." />
+            </param>
+        <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome">
+          <options from_data_table="sam_fa_indexes">
+            <!--<filter type="data_meta" key="dbkey" ref="input_bam" column="value"/>-->
+          </options>
+          <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input file"/>
+        </param>
+      </when>
+      <when value="history"> <!-- FIX ME!!!! -->
+            <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="BAM dataset to re-align" />
+        <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" />
+      </when>
+    </conditional>
+    <param name="iterations" type="integer" size="3" value="5" label="Maximum number of iterations" help="Iterate the left-realignment no more than this many times" />
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="bam" name="output_bam" label="${tool.name} on ${on_string} (alignments)" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+     <param name="reference_source_selector" value="history" />
+      <param name="ref_file" ftype="fasta" value="leftalign.fa"/>
+      <param name="input_bam" ftype="bam" value="left-align-input.bam"/>
+      <param name="iterations" value="5"/>
+      <output name="output_bam" file="left-align-output.bam" />
+    </test>
+  </tests>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" />
+  </stdio>
+  <help>
+
+When calling indels, it is important to homogenize the positional distribution of insertions and deletions in the input by using left realignment. Left realignment will place all indels in homopolymer and microsatellite repeats at the same position, provided that doing so does not introduce mismatches between the read and reference other than the indel. This method is computationally inexpensive and handles the most common classes of alignment inconsistency.
+
+This is leftalign utility from FreeBayes package developed and maintained by Erik Garrison (https://github.com/ekg/freebayes).
+
+  </help>
+</tool>
diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 leftalign.xml
--- a/leftalign.xml	Fri Apr 04 16:27:54 2014 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,75 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool id="leftalign" name="LeftAlign" version="0.0.1">
-  <requirements>
-    <requirement type="package" version="0.9.6_9608597d12e127c847ae03aa03440ab63992fedf">freebayes</requirement>
-    <requirement type="package" version="0.1.18">samtools</requirement>
-  </requirements>
-  <description> indels in BAM datasets</description>
-  <command>
-    ##set up input files
-    #set $reference_fasta_filename = "localref.fa"
-    #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history":
-        ln -s "${reference_source.ref_file}" "${reference_fasta_filename}" &amp;&amp;
-        samtools faidx "${reference_fasta_filename}" 2&gt;&amp;1 || echo "Error running samtools faidx for leftalign" &gt;&amp;2 &amp;&amp;
-    #else:
-        #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path )
-    #end if
-
-    ##finished setting up inputs
-    
-    ##start leftalign commandline
-    samtools view -bh "${input_bam}" | bamleftalign
-    --fasta-reference "${reference_fasta_filename}"
-    -c
-    --max-iterations "${iterations}"
-    ##outputs
-    > "${output_bam}"
-  </command>
-  <inputs>
-    <conditional name="reference_source">
-      <param name="reference_source_selector" type="select" label="Choose the source for the reference list">
-        <option value="cached">Locally cached</option>
-        <option value="history">History</option>
-      </param>
-      <when value="cached">
-            <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="BAM dataset to re-align">
-              <validator type="unspecified_build" />
-              <validator type="dataset_metadata_in_data_table" table_name="sam_fa_indexes" metadata_name="dbkey" metadata_column="1" message="Sequences are not currently available for the specified build." />
-            </param>
-        <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome">
-          <options from_data_table="sam_fa_indexes">
-            <!--<filter type="data_meta" key="dbkey" ref="input_bam" column="value"/>-->
-          </options>
-          <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input file"/>
-        </param>
-      </when>
-      <when value="history"> <!-- FIX ME!!!! -->
-            <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="BAM dataset to re-align" />
-        <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" />
-      </when>
-    </conditional>
-    <param name="iterations" type="integer" size="3" value="5" label="Maximum number of iterations" help="Iterate the left-realignment no more than this many times" />
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="bam" name="output_bam" label="${tool.name} on ${on_string} (alignments)" />
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-     <param name="reference_source_selector" value="history" />
-      <param name="ref_file" ftype="fasta" value="leftalign.fa"/>
-      <param name="input_bam" ftype="bam" value="left-align-input.bam"/>
-      <param name="iterations" value="5"/>
-      <output name="output_bam" file="left-align-output.bam" />
-    </test>
-  </tests>
-  <stdio>
-    <exit_code range="1:" />
-  </stdio>
-  <help>
-
-This is leftalign utility from FreeBayes package developed and maintained by Erik Garrison (https://github.com/ekg/freebayes).
-
-When calling indels, it is important to homogenize the positional distribution of insertions and deletions in the input by using left realignment. Left realignment will place all indels in homopolymer and microsatellite repeats at the same position, provided that doing so does not introduce mismatches between the read and reference other than the indel. This method is computationally inexpensive and handles the most common classes of alignment inconsistency.
-
-  </help>
-</tool>
diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 test-data/left-align-input.bam
Binary file test-data/left-align-input.bam has changed
diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 test-data/left-align-output.bam
Binary file test-data/left-align-output.bam has changed
diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 test-data/leftalign.fa
--- a/test-data/leftalign.fa	Fri Apr 04 16:27:54 2014 -0400
+++ b/test-data/leftalign.fa	Tue Jun 24 11:54:42 2014 -0400
@@ -1,215 +1,2 @@
->chrM
-AATGAATTGCCTGATGAAAAGGGTCACCTTGATAGGGTGGATTATGCAGCATACTGCATTCATTGACAGG
-TTTTATTGTTTTTTTTTATAAAGACTTTATATTTTATAGAATTAAACTATTTCTAAAAGTATCAAAAACT
-TTTGTGCATCATACACCAAAATATATATATATATACATTTGTATATTAATTTAAAAAGATAAGCTAATTA
-AGCTACTGGGTTCATACCCCATTTATAAAGGTTATAATCCTTTTTTTTTAATTTTTAATAATTCTTCAAA
-AATTTTATTTTTAACAATTATAATTATCGGAACAATAATTACAGTTACATCTAATTCTTGGTTAGGAGCT
-TGAATAGGACTTGAAATTAATTTGTTATCTTTTATCCCCCTGCTAAGAGATAATAATAATTTAACTTCAA
-CTGAAGCATCTTTAAAATATTTTTTAACCCAAGCATTAGCTTCAACTGTTTTATTGTTTTCATCAATTAT
-TTTAATATTAAAAAATAATATAAATATTGAAATTAATGAATCATTTACTTCAATAATTATTATATCTGCT
-CTACTATTAAAAATAGGAGCTGCTCCTTTTCATTTCTGATTTCCTAATATAATAGAAGGTTTAACTTGAA
-TAAATGCATTAATATTAATAACTTGACAAAAAATTGCCCCATTAATATTAATTTCTTATTTAGATATTAA
-AAATTTATTACTTATTAGAGTAATTTTGTCAGTAATTGTAGGAGCAATTGGTGGATTAAATCAAACATCT
-TTACGAAAATTAATAGCATTTTCTTCAATTAACCATTTAGGATGAATATTAATAAGTTTAATAATTAGAG
-AATCTGTATGATTGATTTATTTCACATTTTATTCTTTTTTATCATTTATTTTAACTTTTATATTTAATAT
-TTTTAAATTATTTCATTTAAATCAATTATTTTCTTGATTCATAAATAGAAAAGTTTTAAAATTTACTTTA
-TTTATGAATTTTTTATCTTTAGGTGGATTACCTCCATTTTTAGGATTTTTACCTAAATGATTAGTAATTC
-AAGAATTAACATTTTGTAATCAATATTTTACATTAACAATTATAATAATATCAACATTGATTACATTATT
-TTTTTATTTACGAATTTGTTATTCAGCATTTATGCTAAATTACTATGAAAATAATTGAACAATTAATACT
-CAATTTAATAATATAAAACCAAATTTATACTTAATTTGCACTTTTTTTTCAATTTTTGGATTATTTTTAA
-TTTCTTTATTCTTTTTTATACTTTAAGGCTTTAAGTTAAATAAACTAATAGCCTTCAAAGCTGTAAATAG
-GGGTAATCCTTTAAGCCTTAGTAAATTTTTACTTCTTCAAAATTGCAGTTTGATATCATTATTGACTATA
-AGACTGTTTGATTAAGAAGAATAACTCTTATAAATAAATTTACAATCTATCGCCTAAATTTCAGCCACTT
-AATCGCGACAATGATTATTTTCTACAAATCATAAAGATATTGGAACATTATATTTTATTTTTGGAGCATG
-AGCCGGTATAGTAGGAACATCTTTGAGAATTTTAATTCGAGCTGAATTAGGACATCCAGGAGCTTTAATT
-GGAGATGATCAAATTTATAACGTAATTGTTACAGCTCATGCATTTATTATGATTTTTTTTATAGTAATAC
-CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCTTTAATACTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCC
-TCGGATGAATAATATAAGATTCTGATTATTACCTCCTGCTCTTTCTCTTTTATTAGTAAGAAGAATAGTT
-GAAAATGGAGCTGGTACTGGGTGAACAGTTTACCCACCACTATCATCAGGAATTGCACATGGAGGTGCAT
-CTGTTGATTTAGCAATTTTTTCTCTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTAT
-TACAACTGTGATTAATATACGATCTTCAGGAATTACTCTTGATCGAATACCATTATTTGTGTGATCAGTT
-GTAATTACAGCTTTATTATTATTATTATCTTTACCAGTTTTAGCGGGAGCAATTACTATATTATTAACTG
-ATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTCGACCCTGCTGGAGGTGGAGATCCAATTTTATACCAACACTTATT
-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGAATAATTTCTCATATTATT
-AGTCAAGAATCGGGAAAAAAGGAAACTTTTGGATCTTTAGGAATAATTTATGCTATAATAGCTATTGGAT
-TATTAGGATTTATTGTGTGAGCTCACCATATATTCACAGTAGGTATAGATGTTGATACACGAGCTTACTT
-TACATCTGCAACTATAATTATTGCTGTACCTACAGGAATTAAAATTTTTAGTTGATTAGCAACTCTTCAT
-GGAGCTCAACTTTCTTATTCTCCAGCTATTTTATGAGCATTAGGATTTGTATTTTTATTTACAGTTGGTG
-GATTAACAGGAGTAGTTTTAGCTAATTCATCTGTAGACATTATTTTACATGATACATATTATGTAGTAGC
-TCACTTTCACTATGTTTTATCAATAGGAGCCGTATTTGCAATTATAGCTGGATTCATTCATTGATTCCCG
-TTATTTACTGGTTTAACAATAAATAATAAATTATTAAAAAGTCAATTTATTATTATATTTATCGGAGTAA
-ATTTAACTTTCTTCCCGCAACATTTTTTAGGATTAGCAGGAATACCACGACGATATTCAGATTATCCAGA
-TGCCTATACAACTTGAAACGTAGTATCTACAATTGGTTCTTCAATTTCACTTTTAGGAATTTTATTCTTT
-TTTTATATTATTTGAGAAAGTTTAGTATCACAACGGCAAGTAATTTACCCAATTCAATTATGTTCATCTA
-TTGAATGATATCAAAATACTCCACCCGCTGAACATAGTTATTCTGAATTACCTCTTTTAACTAATTAATT
-TCTAATATGGCAGATTAGTGCAATGGATTTAAGCTCCATATATGAAGTATTTTACTTTTATTAGAAAATT
-AATGTCTACATGAGCTAACTTAGGTTTACAAGATAGAGCCTCTCCATTAATGGAACAATTAATTTTTTTT
-CATGACCACGCGTTATTAATTTTAGTAATAATTACAGTATTAGTTGGATATTTAATATTTATATTATTTT
-TTAATAGTTATGTAAATCGATTTCTTTTACATGGACAATTAATTGAAATAATTTGAACAATTTTACCGGC
-AATTATTCTTTTATTTATTGCTATACCTTCTCTTCGATTATTATATTTACTAGATGAAATCAATGAAACT
-TCAATTACACTAAAAAGAATTGGTCATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTAG
-AATTTGATTCTTATATAATCCCAACAAATGAATTATCAAATGGTGGATTTCGACTACTAGATGTTGATAA
-TCGAATTGTTTTACCTATAAATTCTCAAATTCGAATTTTAGTAACAGCAGCTGATGTTATCCACTCATGA
-ACAGTCCCAGCCTTTGGAGTTAAGGTAGACGGAACACCTGGACGATTAAATCAAACTAATTTTTTTATTA
-ACCGACCTGGTTTATTTTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGGGCTAATCATAGTTTTATACCTATTGT
-AATTGAAAGTGTTCCAGTAAATTATTTTATTAAATGAATTTCTAATAGAGTAAATTCTTCATTAGATGAC
-TGAAAGCAAGTACTGGTCTCTTAAACCATTTTATAGTAAATTAGCAATTACTTCTAATGAAATAATATTA
-TTAATAATAAATTTTCTTTTAAATTATAAAAAATTAGTTAAATTCATAACATTAGTATGTCAAACTAAAA
-TTATTAAATTTTTAATATTTTTTGATTCCACAAATAGCACCAATTAGATGATTACTTTTATTTATTGTAT
-TTTCTATTACATTTATTTTATTTTGTTCAATTAATTATTATTCATTTATACCTTCTTCACCTAAATCTAA
-CGAATTAAAAAATATTAATTTAAATTCAATAAATTGAAAATGATAACAAATTTATTTTCTGTATTCGACC
-CATCAGCAATTTTTAATTTATCATTAAATTGATTAAGAACATTGTTAGGACTTTTAATAATTCAATCAAT
-TTATTGATTAATACCATCTCGATTTAATATTTTTTGAAATTCAATTTTACAAACTTTACACAAAGAATTT
-AAAACATTATTAGGACCTTCAGGTCATAATGGTTCAACATTTATTTTTATTTCATTATTTTCTCTAATTT
-TATTTAATAATTTTATAGGATTATTCCCATATATTTTTACAAGAACAAGTCACTTAACTCTAACTCTTTC
-TTTAGCTTTACCTTTATGATTATGTTTTATACTTTATGGTTGAATTAATCATACACAACATATATTTGCC
-CACTTAGTACCCCAAGGAACACCAGCTGTTTTAATAACATTTATAGTATGTATTGAAACTATTAGAAATG
-TAATTCGACCTGGAACTTTAGCTGTTCGATTAACAGCTAATATAATTGCAGGACACTTATTATTAACTTT
-ATTAGGAAATACTGGTCCTTCTATATCATATTTCTTAGTAACATTTCTATTAATTGCTCAAATTGCTTTA
-TTAGTTCTTGAATCAGCTGTTGCTATAATTCAATCTTATGTATTTGCTGTATTAAGTACTTTATACTCTA
-GAGAAGTAAATTAATTTATAATGTCTACACATTTAAATCACCCATTTCATTTAGTTGATTATAGCCCATG
-ACCTTTAACAGGAGCAATTGGTGCTATAACTACTGTTTCAGGAATAGTAAAATGATTTCATCAATATGAT
-ATTTCTTTATTTTTTTTAGGAAATGTAATTACTATTTTAACCGTTTATCAGTGATTACGAGATGTATCAC
-GAGAAGGAACATATCAAGGATTACATACTTATGCTGTAACTATTGGATTACGATGAGGAATAATTTTGTT
-TATTTTATCAGAAGTATTATTTTTTGTTAGATTTTTTTGAGCTTTTTTCCATAGAAGTCTATCTCCAGCT
-ATCGAAATTGGAGCCTCATGACCTCCTATAGGAATTATTTCTTTTAATCCATTTCAAATTCGTTTATTAA
-ATACAGCAATTTTACTGGCATCAGGAATTACAGTAACTTGAGCTCATCATAGTTTAATAGAAAGAAATCA
-TTCACAAACAACTCAAGGATTATTTTTTACTGTATTATTAGGTATTTATTTTACTATTTTACAAGCATAT
-GAATACATTGAAGCCCCTTTCACAATTGCAGATTCAATTTATGGGTCTACATTTTATATAGCAACAGGAT
-TCCATGGAGTTCACGTTTTAATTGGAACAACTTTTTTACTTGTATGTTTATTGCGTCATTTAAATAATCA
-TTTTTCAAAAAATCACCATTTTGGATTTGAAGCAGCAGCTTGATATTGACATTTTGTTGATGTAGTTTGA
-TTATTTTTATATATCACAATTTACTGATGAGGAGGTTAATTAAATATTAATATCTATATAATATAAAAGT
-ATATTTGACTTCCAATCATAAAGTCTGTTAATAACAGTATAGATAATTTTTTCAATTATTCTAATTGCTT
-CATTAATTTTAACAATTGTTACTATTGTAATATTTTTAGCCTCAATTTTATCAAAAAAAGCTTTAATTGA
-CCGAGAAAAAAGATCACCATTTGAATGTGGATTTGATCCAAAATCATCTTCACGGTTACCTTTTTCTCTT
-CGATTTTTTTTAATTACTATTATTTTGTTAATTTTTGATGTAGAAATTGCTTTAATTTTACCTATAATTA
-TTATTTTAAAATTTTCTAATATTTTCGTCTGAACTTTTACTTCAATTATTTTTATTTTAATTTTATTAAT
-TGGACTTTATCATGAATGAAATCAAGGAATATTAAACTGATCAAATTAATTAGGGTTGTAGTTAATTATA
-ACATTTGATTTGCATTCAAAAAGTATTGATATTCAATCTACCTTAGAATGTGAAGCGATTAATTGCAATT
-AGTTTCGACCAAATCTTAGGTAATTTTACCCTTATTCTTTAATTGAAGCCAAAAAGAGGCTTATCACTGT
-TAATGATACAATTGAGAATTAACTCCAATTAAGGAAGTATGGCGATCAAGTAAAAGCTGCTAACTTTTTT
-CTTTTAATGGTTAAATTCCATTTATACTTCTGTTTATATAGTTTAATTAAAACATTACATTTTCATTGTA
-AAAATAAAATAATTTTTTTATAAATTACTAAAATTAATTCACTATATTCAAAGATAAATTTATCTCCATA
-ACATCTTCAGAGTCATACTCTAAATATAAGCTATTTGAATAAATAAATAATAAAAAATTAAATAAAATTA
-AAATTCAAAACACAAATAATATTAAATAAATTTTTAAGCTATTATTATGTATTAAAAATAAAATTTGAGA
-ATAATTAACTAATTTTTGATATAAATGTTGACCTCCAAAATATTCTGATCACCCCTGATCAAAACTTTTT
-ACAACAATTTGACCATAATTTAAAGGATAAAAAATTATTCCATAAGTTCTAATATAAGGCATAAATCATA
-TAGATCCTAAAAATGTTGAAAAATTATAAAAAATAAAAGATTTATTTAAACTATATAAATTAGTTAAAGA
-AATTAAATAACCTAATAATCCCCCCAAAATACAAACAAATAATGTTAATAATTTTATTGATAAAGGTAAA
-CAAATTATATAAGGATAGGGAAAAATTAATCAATTTAATATTCTACCCCCAATAATTCTTATAATTAATA
-ACCCTATTATACCACGCAATATAATTAATCTTTCATCATTTAATATATTTAAACTACCACAATTTAAATC
-ACCAGTTATTGAATAATAAACTAACTGAAAAGAATAACTAACAGTTAAACCTGTAGAAAAAAAAAATAAG
-AAAAATGAAAATAAATTAATATTACTAATTATGACAATTTCTAAAATTATATCCTTAGAATAAAATCCAG
-CTAAAAAAGGTATACCACATAAGGCTAAATTAGAAACATCAAAACAAGCAGAAGTCAAGGGTATGTGAAT
-TCTTAAGCCTCCTATTAAACGAATATCCTGAGAATTATTTATATTATGAATAATAGCACCTGCACATATA
-AATAATAAAGCTTTAAATAATGCATGAGTTAATAAATTAAATATAGCTAACTTATAAAATCCTATAGAAA
-GAATTCTTATTATTAATCCTAATTGTCTAAGAGTTGATAAAGCAATAATTTTTTTAAATCAAATTCAAAA
-ATTAGCTCCTAAACCAGCTATAAATATAGTTAAACCAGATAATAATAATAATAATTGACCTAATCAAGAA
-GTTCTTAATAAAATATTAAACCGAATTAAAAGATATACCCCAGCTGTAACCAAAGTAGAAGAGTGAACCA
-ACGCAGAAACAGGGGTAGGGGCAGCTATAGCAGCTGGTAATCAAGATGAAAAAGGAATCTGAGCTCTTTT
-AGTTATAGCAGCTAATATAACTAAAAACCCAATTATTAATATTTCATAATCATTTTTTATAACTTCTAAA
-TAAAAAATATAATTTCAACTCCCATAATTTAATATTCAAGCAATAGCTAATAATAAAGCTACATCTCCAA
-TACGATTTGATAATGCTGTCAATATACCGGCATTAAAAGATTTTACATTTTGAAAATAAATAACTAAACA
-ATAAGAAACTAATCCTAAACCATCTCAACCTAATAAAGTTCTAATTAAATTAGGACTAATAATTAATATT
-ATTATTGATAAAACAAATATCAAAACTAATATAATAAATCGATTAATATTCTCATCTCTACTTATATATT
-CTTTTCTGTAAAAGATAACTAAAGAAGCAATTATTAAAACAAAAGATATAAATAATAAACTTATCCAATC
-GAATAATAAAGTTATAACAATTCTCAAAGAATTTAACGAAACTAATTCAAATTCAATAAAATAAACTATA
-TTATTTAATAAAAAATATAAACTTAATAGAAAGCAACTTAATCTAATAGAAATTAAATTTACAAATCTAA
-TTCTACAAATTGATAAATATTTCACGATCTAAAATGAATTATTTTATATCACTAACACCACAAATTAGTA
-TTTTTATTAAACTATTTAAATTTATAATCATAATATACATGAATCTCTTCTTAAAATCAATAAATTTAGA
-GGTAATCAATGTAAAATTATTAATAAATATTCACAAATTTTCCCCCCTTTAAAAGAAAACACACCAGAAA
-ATAATTTTCCGTGTTGACTAAAAGAATATAAGTATAAAGTGTAAGCTGCTCTAAAAAATGATAAAAATGA
-TAATATAATTATAGTTAATCATGATCAAGAAACAATTCTATTTAATAAAGAAATTTCTCCTAATAAATTT
-AATGTAGGAGGAGCTGCTATATTAGCTGAACTTAATAAAAATCATCATAATGTTATAGCTGGTATAAAAT
-TTAATAATCCCTTATTAATTAATAAACTTCGTCTGCCTAACCGTTCATAAGAAACATTTGCTAAACAAAA
-CAGCCCAGAAGAACAAAGTCCATGAGCAATTATTAATGTATATGAACCGCATAAACCTCAATAAGTTATT
-GTTAAAAGACCAGCTAATACAGTTCCTATATGAGCAACTGAAGAATAAGCAATTAAAGCTTTTAAATCAG
-TTTGTCGTAAACAAATCAATCTTACTAAAACACCACCCACTAAACTAATTCTAATTCAAATAAATCTGTA
-TTTTAAATTTATTAATTGAAGAAACGAAATAACCCGCAACAAACCATAACCTCCTAATTTTAATATAATT
-CCAGCCAAAATTATAGAACCTGAAACAGGGGCTTCAACATGAGCTTTTGGCAATCATAGATGAACTAAAA
-ATATAGGTATCTTTACTAAAAAAGCACACAACATACAAAAATATAATAAATCATAATTAAATATATAATT
-ATTTATTAAATAAAAATTTATTGAATTTACTTCATTTATAATATAAAAAATACCGATTAATATAGGTAAA
-GAAACTAATAAAGTATAAAATAATAAATAAACACCAGCTTGTAAACGTTCAGGTTGATAACCTCAACCTA
-AAATTAAAAATAAAGTCGGAATTAAACTTCTTTCAAAAAATAAATAAAATATAAATAAATTTATTCTTCT
-AAATGTTAGAACTAATAATAACAATAATAAAATAACATTTAATAAAAATAAATTTTTATAATTATTATAT
-TTATTAACACTTTCTCTAGCTAATAATATTAAAGAACAAATTCACAAACTTAACAAAATTAATCCATAAG
-AAAGTATATCACTCCCTAAAAAATAAGAAATTTCAGATCAATAATTTATAAAATTATTTATTACTAAAAA
-AATAAATCTAATAAAAAATAACAAAATTTGTACCATCCAGTACATATAATTAATAAAACAAATTGGAGAT
-AAAAATACTAAAAAAAATACTAACTTTAACATTATATAATTCTAAAAGATTGAAAATAATCATTCCCATG
-AGTACGAATTATAGAAACTAAAATTGATAAGCCAAGAGCACCTTCACACACACTAAAAGTTAAAAATATT
-ATTCTAAAATAAATTTCATAACTTAATAAATTTAAATAAATAAATAATATAAAAAATAATATTAAAACAA
-TAAATTCTAGACTTAATAATATAGAAAGTAAATGTTTTCGATTAGAAACAAAACAAAATAGACCAAAAAT
-AAATAAAATTATAGGTAATATTCAATATAAAATTATAATCATTAGTTTTAATAGTTTAATAAAAACATTG
-GTCTTGTAAATCAAAAATAAGATATATTCTTTTAAAACTTCAAGAGAAAAGAAATTTCTTTTTCATTAAT
-CCCCAAAATTAATATTTTAAATAAACTACCTCTTGATATTATACAATTAATTCTATATTCATTAATTTTA
-ACAACTTCAATTATTTTCTTAAATATAATTCATCCTTTAGCTATAGGATTAACTTTATTGATTCAAACAA
-TTTTTATTTGTCTAATTTCAGGACTAATAACAAAAAGTTTCTGATATTCATATATTTTATTTTTAATTTT
-TTTAGGGGGAATATTGGTATTATTTATTTATGTAACATCATTAGCATCTAATGAAATATTTAATTTATCA
-ATCAAATTAACTTTATTTTCAACGTCAATTTTATTTATTTTATTTTTTATAAGATTCTTAATTGATAAAT
-CTTCTATTTCATTTTTTTTAATTAATAATGAAATAGAATCAATTTTTAATTTTAATTCATATTTTTTAGA
-AAATTCTCTATCTTTAAATAAACTATATAATTTCCCAACAAATTTAATTACAATTTTATTAATAAATTAT
-TTATTAATTACATTAATTGTTGTAGTAAAAATTACTAAATTATTTAAAGGACCTCTTCGTGTAATAAATT
-AATTAATGAATAAACCTTTACGAACTTCCCATCCATTATTTAAAATTGCTAATAACGCATTAGTAGATTT
-ACCAGCTCCTATTAATATTTCAAGATGATGAAATTTTGGTTCATTATTGGGATTATGTTTAATTATTCAA
-ATTTTAACAGGATTATTTTTAGCAATACATTATACTGCTGACGTTAATATAGCTTTTTATAGAGTAAATC
-ATATTTGTCGTGATGTAAATTACGGATGATTATTACGAACTTTACTCGCTAACGGAGCATCATTCTTTTT
-TATTTGTATTTATTTACATGTAGGACGAGGAATATATTACGGATCTTATTTATTTACACCTACATGATTA
-GTAGGAGTAATTATTTTATTTTTAGTAATAGGAACAGCTTTTATAGGATATGTTTTACCTTGAGGACAAA
-TATCTTTTTGAGGAGCTACTGTAATTACAAATTTATTATCTGCTGTACCTTACTTAAGTATTGATTTAGT
-ACAATGAGTATGAGGAGGATTCGCTGTTGATAACGCAACTTTAACTCGATTTTTTACTTTTCAATTTATT
-TTACCTTTTATTGTATTAGCAATAACAATAATTCATTTATTATTTTTACACCAAACAGGATCTAATAATC
-CTATTGGTTTAAATTCTAATATTGATAAAATTCCTTTCCACCCTTATTTTACATTTAAGGATATTGTTGG
-TTTCATTGTAATAATCTTTTTATTAATTTCTCTTGTTCTCATTAATCGTAATTTATTAGGAGACCCCGAT
-AATTTCATTCCGGCTAACCCATTAGTTACACCAGCTCATATTCAACGTGAATGATATTTTTTATTTGCTT
-ATGCAATTTTACGTTCAATTCCAAATAAATTAGGTGGAGTAATTGCGTTAGTATTATCAATTGCTATTTT
-AATAATTTTACCTTTTTCTAATCTAAGAAAATTCCGAGGAATTCAATTTTATCCCTTAAATCAAATTTTA
-TTTTGAATTATATTCGTAACAGTAATTTTATTAACTTGAATTGGAGCCCGACCAGTTGAAGAACCTTATG
-TATTATTAGGACAAATTTTAACAGTAATCTATTTTTTATACTATTTAATTAATCCTTTAGTTAGAAAATG
-ATGAGATAATTTATTAAATTAATTAGTTAATGAGCTTGAATAAGCATATGTTTTGAAAACATAAGATAGA
-ATTTAATTTTCTATTAACTTTACTAAATTAAATTCACTATAAAAAAGAAAATAATAAAATTTTAAACCCA
-ATAAAAAATAATAAATAATTTAAAGAAAAAGATAAAAAACATTTTCAAGCTAAATATATTAATTTATCAT
-ACCGAAATCGAGGCAAAGTCCCTCGGGCCCAAATAAAAACAAAAGAAATAAAAGTAAGCTTTACATAAAA
-TAATAAATTAAAAACATCACATGCTAAAAAAATTACACAAAATAATATTCTTATAAATAAAATTTTTGCA
-TATTCAGCTATAAAAATTAAAGCAAACCCACCTCTTCTATATTCTACATTAAACCCTGAAACTAACTCTG
-ATTCACCTTCAGCAAAATCAAAAGGAGTTCGATTTGTCTCAGCTAAAGAAATAGTTAACCAAACTAAAGC
-TATAGGAAATAAAATAATTAGAAATCAAATATAAATTTGGTAATGAAAAAAATATATTATATTATAACTA
-CCAATTAAAAATACAAAAGACAAAAAAATCAATGCTAAACTTACTTCATAAGAAATGGTTTGAGCAACAG
-CTCGTAATCCCCCTAATAAAGCATAATTTGAATTAGAAGACCAACCAGCAATTATTACAGTATAAACTCC
-TAATCTAGTACAACATAAAAAAAATAACCCAACTATGTTAAAAGAATATAATTTAACGAAAAAAGGTATA
-CATATTCAAACAAATAAAGATAAAAATAATGAAAAAATAGGAGAAATATAATATCTTAAATAATTAGACA
-AAAGGGGATAAGTTTGTTCTTTTGTAAATAATTTAATTGCATCACAAAAAGGTTGAGGAATTCCTATTAA
-ACCTACTTTATTTGGACCTTTACGAATTTGAATATATCCTAATACCTTACGTTCTAATAAAGTTAAAAAA
-GCTACACTCACTAATACACAAATAATTAATAATAAACTTCCAATTAATGATAAAATAAATTCTATATAAA
-ACAAGTACTATTTGTAATAAAAATTACATAAATAAATTCTAAATTTATTGCACTAATCTGCCAAAATAGC
-TTTATTTATATTAATAATATTCTTTTTTAAAATATGATTATTCTAATATTTGGTCCTTTCGTACTAAAAT
-ATTATAATTTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTTACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGAATTTA
-AAAGTCGAACAGACTTAAAATTTGAACGGCTACACCCAAAATTATATCTTAATCCAACATCGAGGTCGCA
-ATCTTTTTTATCGATATGAACTCTCCAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAAGTAACTTAATTTTTTAAT
-CATTATTAATGGATCAATTATTCATAAATTAATGTTTTTAAAAATTAAAAGTTTTTTAAATTTTAATATC
-ACCCCAATAAAATATTTTTATTTATTAAAATAAAATTAATCTTAACAATTAAAATAAAAAAAATATAAAG
-ATTTATAGGGTCTTCTCGTCTTTTAAAATTATTTTAGCTTTTTGACTAAAAAATAAAATTCTATAAAAAA
-TTTAAATGAAACAGTTAATATTTCGTCCAACCATTCATTCCAGCCTTCAATTAAAAGACTAATGATTATG
-CTACCTTTGCACAGTCAAAATACTGCGGCCATTTAAAATTTCAGTGGGCAGGTTAGACTTTAAATTTAAT
-TCAAAAAGACATGTTTTTGTTAAACAGGCGAACATTATTTTTGCCGAATTCTTTACTTAAACTTTTCATT
-AAAATTTATTTTAACATAAAAATATACTAATTTTATCATTATTTCTTAATTTTAAAGATTAAAATTAATA
-TTCTAATAAATAATTAAAATATAATAAATAATTTAATTTATAAAATAAATTATAACACATTTTTTAATAA
-TTGCTAATTCTAAGCATATATTTATTAAATTTATTTATTATTTTTAAAAATTTATTTTATAGCTTATCCC
-ATAAAATATTAAAATTATAAATTATTAATTTAAATAAAAAAATTAATAAATTTATAAATTCTGAATTAAA
-TTCATTTCTTAGAAAACTAGATACCATTAAAAACGAATAACATTTCATTTCTAATATAATATTATAAATA
-ATTTTATTACATTAACTTACATATTATATTAACTCTTTTAAAATCGAGAAAAATATATTTATATTTTTTA
-TTTAATAAACGCTGATACACAAGGTACAATAAATTAAATTTTCTTTTAAAATAAAAATTTTTCAAATTAT
-TTCAATTTTCTTTTACAATACTATTAAACTATTATTAAAATTATTTTTTCTTTAAACAATACTAAAACTT
-TAAATTTTATAGTTATTTCTAATATTTAAATTTTAAACAAAAAAAATTAATAAATAAAAATTAATCAATC
-TATATTGATTTGCACAAAAATCTTTTCAATGTAAATGAAATGCTTTACTTAATAAGCTTTAAATTGTCAT
-TCTAGATACACTTTCCAGTACATCTACTATGTTACGACTTATCTTACCTTAATAATAAGAGCGACGGGCG
-ATGTGTACATATTTTAGAGCTAAAATCAAATTATTTATCTTTATAATTTTACTACCAAATCCACCTTCAA
-AAACTTTTTCATAATTTTATCCGTATAAATAATTTTATTGTAACCCATTATTACTTAAATATAAGCTACA
-CCTTGATCTGATATAAATTTTTATTAAAATTATTGAATATTATTATTCTTATAAAATATTCTGATAACGA
-CGGTATATAAACTGATTACAAATTTAAGTAAGGTCCATCGTGGATTATCGATTACAAAACAGGTTCCTCT
-GGATAGACTAAAATACCGCCAAATTTTTTAAGTTTCAAGAACATAACTATTACTACTTTAATATTTATAT
-TTACATTTTAAATAATAGGGTATCTAATCCTAGTTTTTTAAAAAAATTTTTTAGCTTCAATTATTTTTTA
-TAAAAATATTTTGAATATAAAATTTCACTTAATAAATTCAATTTTCTTTTAATTTATAAATTTAACTAAT
-ACTAAAAAATTTATTTGTATTATTAGTGTAACCGCGACTGCTGGCACCAATTTGGTCAATACTCTTTAAT
-ATTGCTATTTCTAAATTTCTTTAATTAATAATACTAATTACTGCGAATAAATAAATTATAAATATTTTTA
-AAATAAATATAAATTCATACAAAAATTTACATATAAATCAAATTAATAATAAATTTTTTTAAGCCAAAAT
-AAAA
+>phiX174
+GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCaGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCgTGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAAtGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGTTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTaCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCAtTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA
diff -r 932378b3f1d9 -r 1e25a4297ed0 tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml	Fri Apr 04 16:27:54 2014 -0400
+++ b/tool_dependencies.xml	Tue Jun 24 11:54:42 2014 -0400
@@ -1,9 +1,9 @@
 <?xml version="1.0"?>
 <tool_dependency>
-    <package name="freebayes" version="0.9.6_9608597d12e127c847ae03aa03440ab63992fedf">
-        <repository changeset_revision="102fc9b0884c" name="package_freebayes_0_9_6_9608597d" owner="devteam" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    <package name="freebayes" version="freebayes-0.9.14_8a407cf5f4">
+        <repository changeset_revision="77a97e5d2658" name="freebayes_0_9_14_8a407cf5f4" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
     <package name="samtools" version="0.1.18">
-        <repository changeset_revision="c0f72bdba484" name="package_samtools_0_1_18" owner="devteam" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+        <repository changeset_revision="171cd8bc208d" name="package_samtools_0_1_18" owner="devteam" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
 </tool_dependency>