# HG changeset patch
# User anton
# Date 1396641439 14400
# Node ID c6a25d78235330a52d8dd9395e5c4233e73d1c2b
Uploaded first version
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 leftalign.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/leftalign.xml Fri Apr 04 15:57:19 2014 -0400
@@ -0,0 +1,75 @@
+
+
+
+ freebayes
+ samtools
+
+ - leftaligner
+
+ ##set up input files
+ #set $reference_fasta_filename = "localref.fa"
+ #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history":
+ ln -s "${reference_source.ref_file}" "${reference_fasta_filename}" &&
+ samtools faidx "${reference_fasta_filename}" 2>&1 || echo "Error running samtools faidx for leftalign" >&2 &&
+ #else:
+ #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path )
+ #end if
+
+ ##finished setting up inputs
+
+ ##start leftalign commandline
+ samtools view -bh "${input_bam}" | bamleftalign
+ --fasta-reference "${reference_fasta_filename}"
+ -c
+ --max-iterations "${iterations}"
+ ##outputs
+ > "${output_bam}"
+
+
+
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+
+
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+
+
+This is leftalign utility from FreeBayes package developed and maintained by Erik Garrison (https://github.com/ekg/freebayes).
+
+When calling indels, it is important to homogenize the positional distribution of insertions and deletions in the input by using left realignment. Left realignment will place all indels in homopolymer and microsatellite repeats at the same position, provided that doing so does not introduce mismatches between the read and reference other than the indel. This method is computationally inexpensive and handles the most common classes of alignment inconsistency.
+
+
+
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 test-data/left-align-input.bam
Binary file test-data/left-align-input.bam has changed
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 test-data/left-align-output.bam
Binary file test-data/left-align-output.bam has changed
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 test-data/leftalign.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/leftalign.fa Fri Apr 04 15:57:19 2014 -0400
@@ -0,0 +1,215 @@
+>chrM
+AATGAATTGCCTGATGAAAAGGGTCACCTTGATAGGGTGGATTATGCAGCATACTGCATTCATTGACAGG
+TTTTATTGTTTTTTTTTATAAAGACTTTATATTTTATAGAATTAAACTATTTCTAAAAGTATCAAAAACT
+TTTGTGCATCATACACCAAAATATATATATATATACATTTGTATATTAATTTAAAAAGATAAGCTAATTA
+AGCTACTGGGTTCATACCCCATTTATAAAGGTTATAATCCTTTTTTTTTAATTTTTAATAATTCTTCAAA
+AATTTTATTTTTAACAATTATAATTATCGGAACAATAATTACAGTTACATCTAATTCTTGGTTAGGAGCT
+TGAATAGGACTTGAAATTAATTTGTTATCTTTTATCCCCCTGCTAAGAGATAATAATAATTTAACTTCAA
+CTGAAGCATCTTTAAAATATTTTTTAACCCAAGCATTAGCTTCAACTGTTTTATTGTTTTCATCAATTAT
+TTTAATATTAAAAAATAATATAAATATTGAAATTAATGAATCATTTACTTCAATAATTATTATATCTGCT
+CTACTATTAAAAATAGGAGCTGCTCCTTTTCATTTCTGATTTCCTAATATAATAGAAGGTTTAACTTGAA
+TAAATGCATTAATATTAATAACTTGACAAAAAATTGCCCCATTAATATTAATTTCTTATTTAGATATTAA
+AAATTTATTACTTATTAGAGTAATTTTGTCAGTAATTGTAGGAGCAATTGGTGGATTAAATCAAACATCT
+TTACGAAAATTAATAGCATTTTCTTCAATTAACCATTTAGGATGAATATTAATAAGTTTAATAATTAGAG
+AATCTGTATGATTGATTTATTTCACATTTTATTCTTTTTTATCATTTATTTTAACTTTTATATTTAATAT
+TTTTAAATTATTTCATTTAAATCAATTATTTTCTTGATTCATAAATAGAAAAGTTTTAAAATTTACTTTA
+TTTATGAATTTTTTATCTTTAGGTGGATTACCTCCATTTTTAGGATTTTTACCTAAATGATTAGTAATTC
+AAGAATTAACATTTTGTAATCAATATTTTACATTAACAATTATAATAATATCAACATTGATTACATTATT
+TTTTTATTTACGAATTTGTTATTCAGCATTTATGCTAAATTACTATGAAAATAATTGAACAATTAATACT
+CAATTTAATAATATAAAACCAAATTTATACTTAATTTGCACTTTTTTTTCAATTTTTGGATTATTTTTAA
+TTTCTTTATTCTTTTTTATACTTTAAGGCTTTAAGTTAAATAAACTAATAGCCTTCAAAGCTGTAAATAG
+GGGTAATCCTTTAAGCCTTAGTAAATTTTTACTTCTTCAAAATTGCAGTTTGATATCATTATTGACTATA
+AGACTGTTTGATTAAGAAGAATAACTCTTATAAATAAATTTACAATCTATCGCCTAAATTTCAGCCACTT
+AATCGCGACAATGATTATTTTCTACAAATCATAAAGATATTGGAACATTATATTTTATTTTTGGAGCATG
+AGCCGGTATAGTAGGAACATCTTTGAGAATTTTAATTCGAGCTGAATTAGGACATCCAGGAGCTTTAATT
+GGAGATGATCAAATTTATAACGTAATTGTTACAGCTCATGCATTTATTATGATTTTTTTTATAGTAATAC
+CTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATTAGTTCCTTTAATACTAGGAGCTCCTGATATAGCTTTTCC
+TCGGATGAATAATATAAGATTCTGATTATTACCTCCTGCTCTTTCTCTTTTATTAGTAAGAAGAATAGTT
+GAAAATGGAGCTGGTACTGGGTGAACAGTTTACCCACCACTATCATCAGGAATTGCACATGGAGGTGCAT
+CTGTTGATTTAGCAATTTTTTCTCTTCATTTAGCTGGAATTTCTTCTATTTTAGGAGCAGTAAATTTTAT
+TACAACTGTGATTAATATACGATCTTCAGGAATTACTCTTGATCGAATACCATTATTTGTGTGATCAGTT
+GTAATTACAGCTTTATTATTATTATTATCTTTACCAGTTTTAGCGGGAGCAATTACTATATTATTAACTG
+ATCGAAATTTAAATACTTCTTTTTTCGACCCTGCTGGAGGTGGAGATCCAATTTTATACCAACACTTATT
+TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCTGGATTTGGAATAATTTCTCATATTATT
+AGTCAAGAATCGGGAAAAAAGGAAACTTTTGGATCTTTAGGAATAATTTATGCTATAATAGCTATTGGAT
+TATTAGGATTTATTGTGTGAGCTCACCATATATTCACAGTAGGTATAGATGTTGATACACGAGCTTACTT
+TACATCTGCAACTATAATTATTGCTGTACCTACAGGAATTAAAATTTTTAGTTGATTAGCAACTCTTCAT
+GGAGCTCAACTTTCTTATTCTCCAGCTATTTTATGAGCATTAGGATTTGTATTTTTATTTACAGTTGGTG
+GATTAACAGGAGTAGTTTTAGCTAATTCATCTGTAGACATTATTTTACATGATACATATTATGTAGTAGC
+TCACTTTCACTATGTTTTATCAATAGGAGCCGTATTTGCAATTATAGCTGGATTCATTCATTGATTCCCG
+TTATTTACTGGTTTAACAATAAATAATAAATTATTAAAAAGTCAATTTATTATTATATTTATCGGAGTAA
+ATTTAACTTTCTTCCCGCAACATTTTTTAGGATTAGCAGGAATACCACGACGATATTCAGATTATCCAGA
+TGCCTATACAACTTGAAACGTAGTATCTACAATTGGTTCTTCAATTTCACTTTTAGGAATTTTATTCTTT
+TTTTATATTATTTGAGAAAGTTTAGTATCACAACGGCAAGTAATTTACCCAATTCAATTATGTTCATCTA
+TTGAATGATATCAAAATACTCCACCCGCTGAACATAGTTATTCTGAATTACCTCTTTTAACTAATTAATT
+TCTAATATGGCAGATTAGTGCAATGGATTTAAGCTCCATATATGAAGTATTTTACTTTTATTAGAAAATT
+AATGTCTACATGAGCTAACTTAGGTTTACAAGATAGAGCCTCTCCATTAATGGAACAATTAATTTTTTTT
+CATGACCACGCGTTATTAATTTTAGTAATAATTACAGTATTAGTTGGATATTTAATATTTATATTATTTT
+TTAATAGTTATGTAAATCGATTTCTTTTACATGGACAATTAATTGAAATAATTTGAACAATTTTACCGGC
+AATTATTCTTTTATTTATTGCTATACCTTCTCTTCGATTATTATATTTACTAGATGAAATCAATGAAACT
+TCAATTACACTAAAAAGAATTGGTCATCAATGATACTGAAGTTATGAATATTCAGATTTTAATAATGTAG
+AATTTGATTCTTATATAATCCCAACAAATGAATTATCAAATGGTGGATTTCGACTACTAGATGTTGATAA
+TCGAATTGTTTTACCTATAAATTCTCAAATTCGAATTTTAGTAACAGCAGCTGATGTTATCCACTCATGA
+ACAGTCCCAGCCTTTGGAGTTAAGGTAGACGGAACACCTGGACGATTAAATCAAACTAATTTTTTTATTA
+ACCGACCTGGTTTATTTTATGGACAATGTTCAGAAATTTGTGGGGCTAATCATAGTTTTATACCTATTGT
+AATTGAAAGTGTTCCAGTAAATTATTTTATTAAATGAATTTCTAATAGAGTAAATTCTTCATTAGATGAC
+TGAAAGCAAGTACTGGTCTCTTAAACCATTTTATAGTAAATTAGCAATTACTTCTAATGAAATAATATTA
+TTAATAATAAATTTTCTTTTAAATTATAAAAAATTAGTTAAATTCATAACATTAGTATGTCAAACTAAAA
+TTATTAAATTTTTAATATTTTTTGATTCCACAAATAGCACCAATTAGATGATTACTTTTATTTATTGTAT
+TTTCTATTACATTTATTTTATTTTGTTCAATTAATTATTATTCATTTATACCTTCTTCACCTAAATCTAA
+CGAATTAAAAAATATTAATTTAAATTCAATAAATTGAAAATGATAACAAATTTATTTTCTGTATTCGACC
+CATCAGCAATTTTTAATTTATCATTAAATTGATTAAGAACATTGTTAGGACTTTTAATAATTCAATCAAT
+TTATTGATTAATACCATCTCGATTTAATATTTTTTGAAATTCAATTTTACAAACTTTACACAAAGAATTT
+AAAACATTATTAGGACCTTCAGGTCATAATGGTTCAACATTTATTTTTATTTCATTATTTTCTCTAATTT
+TATTTAATAATTTTATAGGATTATTCCCATATATTTTTACAAGAACAAGTCACTTAACTCTAACTCTTTC
+TTTAGCTTTACCTTTATGATTATGTTTTATACTTTATGGTTGAATTAATCATACACAACATATATTTGCC
+CACTTAGTACCCCAAGGAACACCAGCTGTTTTAATAACATTTATAGTATGTATTGAAACTATTAGAAATG
+TAATTCGACCTGGAACTTTAGCTGTTCGATTAACAGCTAATATAATTGCAGGACACTTATTATTAACTTT
+ATTAGGAAATACTGGTCCTTCTATATCATATTTCTTAGTAACATTTCTATTAATTGCTCAAATTGCTTTA
+TTAGTTCTTGAATCAGCTGTTGCTATAATTCAATCTTATGTATTTGCTGTATTAAGTACTTTATACTCTA
+GAGAAGTAAATTAATTTATAATGTCTACACATTTAAATCACCCATTTCATTTAGTTGATTATAGCCCATG
+ACCTTTAACAGGAGCAATTGGTGCTATAACTACTGTTTCAGGAATAGTAAAATGATTTCATCAATATGAT
+ATTTCTTTATTTTTTTTAGGAAATGTAATTACTATTTTAACCGTTTATCAGTGATTACGAGATGTATCAC
+GAGAAGGAACATATCAAGGATTACATACTTATGCTGTAACTATTGGATTACGATGAGGAATAATTTTGTT
+TATTTTATCAGAAGTATTATTTTTTGTTAGATTTTTTTGAGCTTTTTTCCATAGAAGTCTATCTCCAGCT
+ATCGAAATTGGAGCCTCATGACCTCCTATAGGAATTATTTCTTTTAATCCATTTCAAATTCGTTTATTAA
+ATACAGCAATTTTACTGGCATCAGGAATTACAGTAACTTGAGCTCATCATAGTTTAATAGAAAGAAATCA
+TTCACAAACAACTCAAGGATTATTTTTTACTGTATTATTAGGTATTTATTTTACTATTTTACAAGCATAT
+GAATACATTGAAGCCCCTTTCACAATTGCAGATTCAATTTATGGGTCTACATTTTATATAGCAACAGGAT
+TCCATGGAGTTCACGTTTTAATTGGAACAACTTTTTTACTTGTATGTTTATTGCGTCATTTAAATAATCA
+TTTTTCAAAAAATCACCATTTTGGATTTGAAGCAGCAGCTTGATATTGACATTTTGTTGATGTAGTTTGA
+TTATTTTTATATATCACAATTTACTGATGAGGAGGTTAATTAAATATTAATATCTATATAATATAAAAGT
+ATATTTGACTTCCAATCATAAAGTCTGTTAATAACAGTATAGATAATTTTTTCAATTATTCTAATTGCTT
+CATTAATTTTAACAATTGTTACTATTGTAATATTTTTAGCCTCAATTTTATCAAAAAAAGCTTTAATTGA
+CCGAGAAAAAAGATCACCATTTGAATGTGGATTTGATCCAAAATCATCTTCACGGTTACCTTTTTCTCTT
+CGATTTTTTTTAATTACTATTATTTTGTTAATTTTTGATGTAGAAATTGCTTTAATTTTACCTATAATTA
+TTATTTTAAAATTTTCTAATATTTTCGTCTGAACTTTTACTTCAATTATTTTTATTTTAATTTTATTAAT
+TGGACTTTATCATGAATGAAATCAAGGAATATTAAACTGATCAAATTAATTAGGGTTGTAGTTAATTATA
+ACATTTGATTTGCATTCAAAAAGTATTGATATTCAATCTACCTTAGAATGTGAAGCGATTAATTGCAATT
+AGTTTCGACCAAATCTTAGGTAATTTTACCCTTATTCTTTAATTGAAGCCAAAAAGAGGCTTATCACTGT
+TAATGATACAATTGAGAATTAACTCCAATTAAGGAAGTATGGCGATCAAGTAAAAGCTGCTAACTTTTTT
+CTTTTAATGGTTAAATTCCATTTATACTTCTGTTTATATAGTTTAATTAAAACATTACATTTTCATTGTA
+AAAATAAAATAATTTTTTTATAAATTACTAAAATTAATTCACTATATTCAAAGATAAATTTATCTCCATA
+ACATCTTCAGAGTCATACTCTAAATATAAGCTATTTGAATAAATAAATAATAAAAAATTAAATAAAATTA
+AAATTCAAAACACAAATAATATTAAATAAATTTTTAAGCTATTATTATGTATTAAAAATAAAATTTGAGA
+ATAATTAACTAATTTTTGATATAAATGTTGACCTCCAAAATATTCTGATCACCCCTGATCAAAACTTTTT
+ACAACAATTTGACCATAATTTAAAGGATAAAAAATTATTCCATAAGTTCTAATATAAGGCATAAATCATA
+TAGATCCTAAAAATGTTGAAAAATTATAAAAAATAAAAGATTTATTTAAACTATATAAATTAGTTAAAGA
+AATTAAATAACCTAATAATCCCCCCAAAATACAAACAAATAATGTTAATAATTTTATTGATAAAGGTAAA
+CAAATTATATAAGGATAGGGAAAAATTAATCAATTTAATATTCTACCCCCAATAATTCTTATAATTAATA
+ACCCTATTATACCACGCAATATAATTAATCTTTCATCATTTAATATATTTAAACTACCACAATTTAAATC
+ACCAGTTATTGAATAATAAACTAACTGAAAAGAATAACTAACAGTTAAACCTGTAGAAAAAAAAAATAAG
+AAAAATGAAAATAAATTAATATTACTAATTATGACAATTTCTAAAATTATATCCTTAGAATAAAATCCAG
+CTAAAAAAGGTATACCACATAAGGCTAAATTAGAAACATCAAAACAAGCAGAAGTCAAGGGTATGTGAAT
+TCTTAAGCCTCCTATTAAACGAATATCCTGAGAATTATTTATATTATGAATAATAGCACCTGCACATATA
+AATAATAAAGCTTTAAATAATGCATGAGTTAATAAATTAAATATAGCTAACTTATAAAATCCTATAGAAA
+GAATTCTTATTATTAATCCTAATTGTCTAAGAGTTGATAAAGCAATAATTTTTTTAAATCAAATTCAAAA
+ATTAGCTCCTAAACCAGCTATAAATATAGTTAAACCAGATAATAATAATAATAATTGACCTAATCAAGAA
+GTTCTTAATAAAATATTAAACCGAATTAAAAGATATACCCCAGCTGTAACCAAAGTAGAAGAGTGAACCA
+ACGCAGAAACAGGGGTAGGGGCAGCTATAGCAGCTGGTAATCAAGATGAAAAAGGAATCTGAGCTCTTTT
+AGTTATAGCAGCTAATATAACTAAAAACCCAATTATTAATATTTCATAATCATTTTTTATAACTTCTAAA
+TAAAAAATATAATTTCAACTCCCATAATTTAATATTCAAGCAATAGCTAATAATAAAGCTACATCTCCAA
+TACGATTTGATAATGCTGTCAATATACCGGCATTAAAAGATTTTACATTTTGAAAATAAATAACTAAACA
+ATAAGAAACTAATCCTAAACCATCTCAACCTAATAAAGTTCTAATTAAATTAGGACTAATAATTAATATT
+ATTATTGATAAAACAAATATCAAAACTAATATAATAAATCGATTAATATTCTCATCTCTACTTATATATT
+CTTTTCTGTAAAAGATAACTAAAGAAGCAATTATTAAAACAAAAGATATAAATAATAAACTTATCCAATC
+GAATAATAAAGTTATAACAATTCTCAAAGAATTTAACGAAACTAATTCAAATTCAATAAAATAAACTATA
+TTATTTAATAAAAAATATAAACTTAATAGAAAGCAACTTAATCTAATAGAAATTAAATTTACAAATCTAA
+TTCTACAAATTGATAAATATTTCACGATCTAAAATGAATTATTTTATATCACTAACACCACAAATTAGTA
+TTTTTATTAAACTATTTAAATTTATAATCATAATATACATGAATCTCTTCTTAAAATCAATAAATTTAGA
+GGTAATCAATGTAAAATTATTAATAAATATTCACAAATTTTCCCCCCTTTAAAAGAAAACACACCAGAAA
+ATAATTTTCCGTGTTGACTAAAAGAATATAAGTATAAAGTGTAAGCTGCTCTAAAAAATGATAAAAATGA
+TAATATAATTATAGTTAATCATGATCAAGAAACAATTCTATTTAATAAAGAAATTTCTCCTAATAAATTT
+AATGTAGGAGGAGCTGCTATATTAGCTGAACTTAATAAAAATCATCATAATGTTATAGCTGGTATAAAAT
+TTAATAATCCCTTATTAATTAATAAACTTCGTCTGCCTAACCGTTCATAAGAAACATTTGCTAAACAAAA
+CAGCCCAGAAGAACAAAGTCCATGAGCAATTATTAATGTATATGAACCGCATAAACCTCAATAAGTTATT
+GTTAAAAGACCAGCTAATACAGTTCCTATATGAGCAACTGAAGAATAAGCAATTAAAGCTTTTAAATCAG
+TTTGTCGTAAACAAATCAATCTTACTAAAACACCACCCACTAAACTAATTCTAATTCAAATAAATCTGTA
+TTTTAAATTTATTAATTGAAGAAACGAAATAACCCGCAACAAACCATAACCTCCTAATTTTAATATAATT
+CCAGCCAAAATTATAGAACCTGAAACAGGGGCTTCAACATGAGCTTTTGGCAATCATAGATGAACTAAAA
+ATATAGGTATCTTTACTAAAAAAGCACACAACATACAAAAATATAATAAATCATAATTAAATATATAATT
+ATTTATTAAATAAAAATTTATTGAATTTACTTCATTTATAATATAAAAAATACCGATTAATATAGGTAAA
+GAAACTAATAAAGTATAAAATAATAAATAAACACCAGCTTGTAAACGTTCAGGTTGATAACCTCAACCTA
+AAATTAAAAATAAAGTCGGAATTAAACTTCTTTCAAAAAATAAATAAAATATAAATAAATTTATTCTTCT
+AAATGTTAGAACTAATAATAACAATAATAAAATAACATTTAATAAAAATAAATTTTTATAATTATTATAT
+TTATTAACACTTTCTCTAGCTAATAATATTAAAGAACAAATTCACAAACTTAACAAAATTAATCCATAAG
+AAAGTATATCACTCCCTAAAAAATAAGAAATTTCAGATCAATAATTTATAAAATTATTTATTACTAAAAA
+AATAAATCTAATAAAAAATAACAAAATTTGTACCATCCAGTACATATAATTAATAAAACAAATTGGAGAT
+AAAAATACTAAAAAAAATACTAACTTTAACATTATATAATTCTAAAAGATTGAAAATAATCATTCCCATG
+AGTACGAATTATAGAAACTAAAATTGATAAGCCAAGAGCACCTTCACACACACTAAAAGTTAAAAATATT
+ATTCTAAAATAAATTTCATAACTTAATAAATTTAAATAAATAAATAATATAAAAAATAATATTAAAACAA
+TAAATTCTAGACTTAATAATATAGAAAGTAAATGTTTTCGATTAGAAACAAAACAAAATAGACCAAAAAT
+AAATAAAATTATAGGTAATATTCAATATAAAATTATAATCATTAGTTTTAATAGTTTAATAAAAACATTG
+GTCTTGTAAATCAAAAATAAGATATATTCTTTTAAAACTTCAAGAGAAAAGAAATTTCTTTTTCATTAAT
+CCCCAAAATTAATATTTTAAATAAACTACCTCTTGATATTATACAATTAATTCTATATTCATTAATTTTA
+ACAACTTCAATTATTTTCTTAAATATAATTCATCCTTTAGCTATAGGATTAACTTTATTGATTCAAACAA
+TTTTTATTTGTCTAATTTCAGGACTAATAACAAAAAGTTTCTGATATTCATATATTTTATTTTTAATTTT
+TTTAGGGGGAATATTGGTATTATTTATTTATGTAACATCATTAGCATCTAATGAAATATTTAATTTATCA
+ATCAAATTAACTTTATTTTCAACGTCAATTTTATTTATTTTATTTTTTATAAGATTCTTAATTGATAAAT
+CTTCTATTTCATTTTTTTTAATTAATAATGAAATAGAATCAATTTTTAATTTTAATTCATATTTTTTAGA
+AAATTCTCTATCTTTAAATAAACTATATAATTTCCCAACAAATTTAATTACAATTTTATTAATAAATTAT
+TTATTAATTACATTAATTGTTGTAGTAAAAATTACTAAATTATTTAAAGGACCTCTTCGTGTAATAAATT
+AATTAATGAATAAACCTTTACGAACTTCCCATCCATTATTTAAAATTGCTAATAACGCATTAGTAGATTT
+ACCAGCTCCTATTAATATTTCAAGATGATGAAATTTTGGTTCATTATTGGGATTATGTTTAATTATTCAA
+ATTTTAACAGGATTATTTTTAGCAATACATTATACTGCTGACGTTAATATAGCTTTTTATAGAGTAAATC
+ATATTTGTCGTGATGTAAATTACGGATGATTATTACGAACTTTACTCGCTAACGGAGCATCATTCTTTTT
+TATTTGTATTTATTTACATGTAGGACGAGGAATATATTACGGATCTTATTTATTTACACCTACATGATTA
+GTAGGAGTAATTATTTTATTTTTAGTAATAGGAACAGCTTTTATAGGATATGTTTTACCTTGAGGACAAA
+TATCTTTTTGAGGAGCTACTGTAATTACAAATTTATTATCTGCTGTACCTTACTTAAGTATTGATTTAGT
+ACAATGAGTATGAGGAGGATTCGCTGTTGATAACGCAACTTTAACTCGATTTTTTACTTTTCAATTTATT
+TTACCTTTTATTGTATTAGCAATAACAATAATTCATTTATTATTTTTACACCAAACAGGATCTAATAATC
+CTATTGGTTTAAATTCTAATATTGATAAAATTCCTTTCCACCCTTATTTTACATTTAAGGATATTGTTGG
+TTTCATTGTAATAATCTTTTTATTAATTTCTCTTGTTCTCATTAATCGTAATTTATTAGGAGACCCCGAT
+AATTTCATTCCGGCTAACCCATTAGTTACACCAGCTCATATTCAACGTGAATGATATTTTTTATTTGCTT
+ATGCAATTTTACGTTCAATTCCAAATAAATTAGGTGGAGTAATTGCGTTAGTATTATCAATTGCTATTTT
+AATAATTTTACCTTTTTCTAATCTAAGAAAATTCCGAGGAATTCAATTTTATCCCTTAAATCAAATTTTA
+TTTTGAATTATATTCGTAACAGTAATTTTATTAACTTGAATTGGAGCCCGACCAGTTGAAGAACCTTATG
+TATTATTAGGACAAATTTTAACAGTAATCTATTTTTTATACTATTTAATTAATCCTTTAGTTAGAAAATG
+ATGAGATAATTTATTAAATTAATTAGTTAATGAGCTTGAATAAGCATATGTTTTGAAAACATAAGATAGA
+ATTTAATTTTCTATTAACTTTACTAAATTAAATTCACTATAAAAAAGAAAATAATAAAATTTTAAACCCA
+ATAAAAAATAATAAATAATTTAAAGAAAAAGATAAAAAACATTTTCAAGCTAAATATATTAATTTATCAT
+ACCGAAATCGAGGCAAAGTCCCTCGGGCCCAAATAAAAACAAAAGAAATAAAAGTAAGCTTTACATAAAA
+TAATAAATTAAAAACATCACATGCTAAAAAAATTACACAAAATAATATTCTTATAAATAAAATTTTTGCA
+TATTCAGCTATAAAAATTAAAGCAAACCCACCTCTTCTATATTCTACATTAAACCCTGAAACTAACTCTG
+ATTCACCTTCAGCAAAATCAAAAGGAGTTCGATTTGTCTCAGCTAAAGAAATAGTTAACCAAACTAAAGC
+TATAGGAAATAAAATAATTAGAAATCAAATATAAATTTGGTAATGAAAAAAATATATTATATTATAACTA
+CCAATTAAAAATACAAAAGACAAAAAAATCAATGCTAAACTTACTTCATAAGAAATGGTTTGAGCAACAG
+CTCGTAATCCCCCTAATAAAGCATAATTTGAATTAGAAGACCAACCAGCAATTATTACAGTATAAACTCC
+TAATCTAGTACAACATAAAAAAAATAACCCAACTATGTTAAAAGAATATAATTTAACGAAAAAAGGTATA
+CATATTCAAACAAATAAAGATAAAAATAATGAAAAAATAGGAGAAATATAATATCTTAAATAATTAGACA
+AAAGGGGATAAGTTTGTTCTTTTGTAAATAATTTAATTGCATCACAAAAAGGTTGAGGAATTCCTATTAA
+ACCTACTTTATTTGGACCTTTACGAATTTGAATATATCCTAATACCTTACGTTCTAATAAAGTTAAAAAA
+GCTACACTCACTAATACACAAATAATTAATAATAAACTTCCAATTAATGATAAAATAAATTCTATATAAA
+ACAAGTACTATTTGTAATAAAAATTACATAAATAAATTCTAAATTTATTGCACTAATCTGCCAAAATAGC
+TTTATTTATATTAATAATATTCTTTTTTAAAATATGATTATTCTAATATTTGGTCCTTTCGTACTAAAAT
+ATTATAATTTTTTAAAGATAGAAACCAACCTGGCTTACACCGGTTTGAACTCAGATCATGTAAGAATTTA
+AAAGTCGAACAGACTTAAAATTTGAACGGCTACACCCAAAATTATATCTTAATCCAACATCGAGGTCGCA
+ATCTTTTTTATCGATATGAACTCTCCAAAAAAATTACGCTGTTATCCCTAAAGTAACTTAATTTTTTAAT
+CATTATTAATGGATCAATTATTCATAAATTAATGTTTTTAAAAATTAAAAGTTTTTTAAATTTTAATATC
+ACCCCAATAAAATATTTTTATTTATTAAAATAAAATTAATCTTAACAATTAAAATAAAAAAAATATAAAG
+ATTTATAGGGTCTTCTCGTCTTTTAAAATTATTTTAGCTTTTTGACTAAAAAATAAAATTCTATAAAAAA
+TTTAAATGAAACAGTTAATATTTCGTCCAACCATTCATTCCAGCCTTCAATTAAAAGACTAATGATTATG
+CTACCTTTGCACAGTCAAAATACTGCGGCCATTTAAAATTTCAGTGGGCAGGTTAGACTTTAAATTTAAT
+TCAAAAAGACATGTTTTTGTTAAACAGGCGAACATTATTTTTGCCGAATTCTTTACTTAAACTTTTCATT
+AAAATTTATTTTAACATAAAAATATACTAATTTTATCATTATTTCTTAATTTTAAAGATTAAAATTAATA
+TTCTAATAAATAATTAAAATATAATAAATAATTTAATTTATAAAATAAATTATAACACATTTTTTAATAA
+TTGCTAATTCTAAGCATATATTTATTAAATTTATTTATTATTTTTAAAAATTTATTTTATAGCTTATCCC
+ATAAAATATTAAAATTATAAATTATTAATTTAAATAAAAAAATTAATAAATTTATAAATTCTGAATTAAA
+TTCATTTCTTAGAAAACTAGATACCATTAAAAACGAATAACATTTCATTTCTAATATAATATTATAAATA
+ATTTTATTACATTAACTTACATATTATATTAACTCTTTTAAAATCGAGAAAAATATATTTATATTTTTTA
+TTTAATAAACGCTGATACACAAGGTACAATAAATTAAATTTTCTTTTAAAATAAAAATTTTTCAAATTAT
+TTCAATTTTCTTTTACAATACTATTAAACTATTATTAAAATTATTTTTTCTTTAAACAATACTAAAACTT
+TAAATTTTATAGTTATTTCTAATATTTAAATTTTAAACAAAAAAAATTAATAAATAAAAATTAATCAATC
+TATATTGATTTGCACAAAAATCTTTTCAATGTAAATGAAATGCTTTACTTAATAAGCTTTAAATTGTCAT
+TCTAGATACACTTTCCAGTACATCTACTATGTTACGACTTATCTTACCTTAATAATAAGAGCGACGGGCG
+ATGTGTACATATTTTAGAGCTAAAATCAAATTATTTATCTTTATAATTTTACTACCAAATCCACCTTCAA
+AAACTTTTTCATAATTTTATCCGTATAAATAATTTTATTGTAACCCATTATTACTTAAATATAAGCTACA
+CCTTGATCTGATATAAATTTTTATTAAAATTATTGAATATTATTATTCTTATAAAATATTCTGATAACGA
+CGGTATATAAACTGATTACAAATTTAAGTAAGGTCCATCGTGGATTATCGATTACAAAACAGGTTCCTCT
+GGATAGACTAAAATACCGCCAAATTTTTTAAGTTTCAAGAACATAACTATTACTACTTTAATATTTATAT
+TTACATTTTAAATAATAGGGTATCTAATCCTAGTTTTTTAAAAAAATTTTTTAGCTTCAATTATTTTTTA
+TAAAAATATTTTGAATATAAAATTTCACTTAATAAATTCAATTTTCTTTTAATTTATAAATTTAACTAAT
+ACTAAAAAATTTATTTGTATTATTAGTGTAACCGCGACTGCTGGCACCAATTTGGTCAATACTCTTTAAT
+ATTGCTATTTCTAAATTTCTTTAATTAATAATACTAATTACTGCGAATAAATAAATTATAAATATTTTTA
+AAATAAATATAAATTCATACAAAAATTTACATATAAATCAAATTAATAATAAATTTTTTTAAGCCAAAAT
+AAAA
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 tool-data/sam_fa_indices.loc.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/sam_fa_indices.loc.sample Fri Apr 04 15:57:19 2014 -0400
@@ -0,0 +1,28 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need
+#to create these data files and then create a sam_fa_indices.loc file
+#similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The sam_fa_indices.loc
+#file has this format (white space characters are TAB characters):
+#
+#index
+#
+#So, for example, if you had hg18 indexed stored in
+#/depot/data2/galaxy/sam/,
+#then the sam_fa_indices.loc entry would look like this:
+#
+#index hg18 /depot/data2/galaxy/sam/hg18.fa
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/sam/ directory
+#would contain hg18.fa and hg18.fa.fai files:
+#
+#-rw-r--r-- 1 james universe 830134 2005-09-13 10:12 hg18.fa
+#-rw-r--r-- 1 james universe 527388 2005-09-13 10:12 hg18.fa.fai
+#
+#Your sam_fa_indices.loc file should include an entry per line for
+#each index set you have stored. The file in the path does actually
+#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves
+#as a prefix for the index file. For example:
+#
+#index hg18 /depot/data2/galaxy/sam/hg18.fa
+#index hg19 /depot/data2/galaxy/sam/hg19.fa
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 tool-data/tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/tool_data_table_conf.xml.sample Fri Apr 04 15:57:19 2014 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+
+
+
+
+ line_type, value, path
+
+
+
diff -r 000000000000 -r c6a25d782353 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Fri Apr 04 15:57:19 2014 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+