Repository revision
Select a revision to inspect and download versions of Galaxy utilities from this repository.

Repository blastxml_to_top_descr
Owner: peterjc
Synopsis: Make table of top BLAST match descriptions
NCBI BLAST+ (and the older NCBI "legacy" BLAST) can output in a range of formats
including text, tabular and a more detailed XML format. You can do a lot of things
with tabular files in Galaxy (sorting, filtering, joins, etc), however until BLAST+
2.2.28 the tabular output never included the hit descriptions (titles) found in
the other output formats.

This tool turns a BLAST XML file into a simple tabular file containing one row per
query sequence, containing the query identifier and then the three (by default)
top hit descriptions (i.e. the first three). If a query doesn''t have that many
hits, then these entries are left blank.

This tool can also be used with the tabular output from BLAST+ instead, provided
the relevant columns are provided. The default settings will work with the default
25 column extended output from the BLAST+ tools wrapped in Galaxy. Note if a query
has no hits, it does not appear in the BLAST tabular output.
Type: unrestricted
Revision: 3:bf634ebee84c
This revision can be installed: False
Times cloned / installed: 741

Categories
Convert Formats - Tools for converting data formats
Sequence Analysis - Tools for performing Protein and DNA/RNA analysis
Text Manipulation - Tools for manipulating data